Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000142 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 000288 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 000450 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001137 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 21 23 44 0.012 0.000 0.006 001176 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 001452 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001664 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 001691 AA 11 23 34 AG 11 0 11 GG 1 0 1 0.741 0.000 0.010 001986 CC 6 0 6 CT 14 3 17 TT 3 19 22 1.308 0.118 0.821 002097 AA 12 22 34 AC 10 0 10 CC 1 0 1 0.374 0.000 0.067 002201 AA 5 19 24 AG 15 3 18 GG 3 0 3 2.272 0.118 0.023 002210 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 20 22 42 0.112 0.000 0.054 002478 CC 22 19 41 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.053 0.024 002545 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 002586 GG 6 18 24 GT 15 3 18 TT 1 0 1 4.219 0.124 1.283 002610 CC 15 21 36 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.787 0.000 0.338 002660 AA 0 0 0 AG 6 3 9 GG 16 18 34 0.548 0.124 0.587 002835 AA 18 20 38 AT 6 3 9 TT 0 0 0 0.490 0.112 0.527 002963 CC 2 0 2 CT 14 0 14 TT 8 23 31 1.434 0.000 0.068 002972 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 003073 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003170 AA 17 23 40 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.700 0.000 0.304 004391 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 005048 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 005064 CC 19 23 42 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.095 005935 CC 20 20 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 006388 CC 21 16 37 CT 1 5 6 TT 0 0 0 0.012 0.383 0.242 006900 AA 13 19 32 AG 7 4 11 GG 3 0 3 1.431 0.209 1.957 006902 AA 18 23 41 AG 2 0 2 GG 3 0 3 11.185 0.000 24.258 006971 CC 3 0 3 CT 7 4 11 TT 13 19 32 1.431 0.209 1.957 007061 CC 16 23 39 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.741 0.000 0.312 007123 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007204 CC 22 19 41 CT 1 4 5 TT 0 0 0 0.011 0.209 0.152 007214 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.517 0.000 0.224 007222 AA 18 23 41 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.342 0.000 0.152 007249 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007348 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007786 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007819 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 007948 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 007973 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008073 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 008350 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008602 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008650 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 008980 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.095 009148 AA 1 13 14 AT 12 9 21 TT 10 1 11 1.239 0.130 0.317 009153 -- 1 13 14 +- 12 9 21 ++ 10 1 11 1.239 0.130 0.317 009481 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009823 AA 13 13 26 AC 8 9 17 CC 3 1 4 0.897 0.130 0.255 009892 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 009944 AA 24 20 44 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.051 009949 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 010649 CC 13 21 34 CG 5 0 5 GG 3 0 3 3.099 0.000 9.555 010795 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 21 43 0.011 0.000 0.006 010988 AA 20 21 41 AC 1 0 1 CC 1 0 1 9.075 0.000 18.427 011428 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011720 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 011883 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 012047 AA 0 4 4 AG 2 16 18 GG 22 3 25 0.045 3.569 0.087 012196 AA 22 23 45 AC 0 0 0 CC 1 0 1 23.000 0.000 46.000 012202 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012259 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 012264 CC 0 0 0 CT 9 4 13 TT 14 19 33 1.361 0.209 1.246 012508 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013109 AA 19 23 42 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 013274 AA 19 22 41 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 013312 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 013563 AA 21 18 39 AG 1 4 5 GG 0 0 0 0.012 0.220 0.160 014449 -- 18 14 32 +- 5 8 13 ++ 0 0 0 0.342 1.086 1.283 014508 CC 10 1 11 CT 11 9 20 TT 2 13 15 0.179 0.130 0.705 014780 AA 18 23 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.024 014876 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014881 -- 2 13 15 +- 11 9 20 ++ 10 1 11 0.179 0.130 0.705 015263 AA 23 22 45 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.006 015286 AA 0 0 0 AG 1 4 5 GG 23 19 42 0.011 0.209 0.148 015297 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015298 AA 5 13 18 AG 9 9 18 GG 10 1 11 1.119 0.130 2.206 015634 AA 17 19 36 AT 4 4 8 TT 1 0 1 1.144 0.209 0.450 015671 CC 8 3 11 CT 10 15 25 TT 1 5 6 0.903 2.272 1.810 016039 CC 8 2 10 CG 9 8 17 GG 4 12 16 0.257 0.153 1.612 016201 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 22 19 41 0.000 0.209 0.097 016279 AA 9 0 9 AG 7 7 14 GG 7 16 23 3.439 0.741 4.984 016350 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 016351 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 016994 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017307 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 017337 CC 0 0 0 CT 8 0 8 TT 13 23 36 1.163 0.000 0.440 017825 AA 2 11 13 AC 13 10 23 CC 8 2 10 1.043 0.017 0.001 017860 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017874 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 018231 AA 24 20 44 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 018289 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 20 22 42 0.050 0.000 0.024 018534 * 018573 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 21 41 0.050 0.000 0.024 018584 -- 18 17 35 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.220 0.000 0.114 018586 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 018670 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 018851 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 019101 AA 19 21 40 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.056 019727 AA 2 11 13 AG 13 10 23 GG 7 2 9 1.333 0.017 0.041 020982 AA 2 11 13 AG 11 10 21 GG 9 2 11 0.279 0.017 0.189 021003 AA 20 23 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 021105 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 15 23 38 0.787 0.000 0.320 021256 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 021261 CC 20 18 38 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.050 0.342 0.320 021278 AA 0 0 0 AG 1 8 9 GG 17 15 32 0.015 1.019 0.623 021382 CC 13 23 36 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.077 0.000 0.028 021539 AA 0 5 5 AG 3 13 16 GG 12 5 17 0.185 0.391 0.159 021603 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 13 23 36 0.077 0.000 0.028 022147 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 022153 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 022175 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 022229 CC 23 20 43 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 022240 CC 8 1 9 CT 13 10 23 TT 2 11 13 1.043 0.468 0.041 022297 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 21 17 38 0.048 0.362 0.320 022323 CC 10 14 24 CT 13 8 21 TT 0 0 0 3.569 1.086 4.168 022434 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 022530 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 022563 -- 0 0 0 +- 1 1 2 ++ 19 17 36 0.013 0.015 0.028 022568 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 20 18 38 0.012 0.000 0.007 022646 -- 8 0 8 +- 9 7 16 ++ 6 11 17 1.028 1.049 1.328 023561 GG 17 17 34 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.059 0.029 023688 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 023702 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 023705 CC 7 2 9 CT 9 10 19 TT 8 11 19 1.484 0.017 1.102 023730 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 024053 GG 17 19 36 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.015 0.000 0.007 024253 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024414 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024511 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024607 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 024679 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024788 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 024827 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 025073 CC 23 16 39 CT 0 6 6 TT 0 0 0 0.000 0.548 0.230 025165 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 025508 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 025619 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 025755 AA 21 17 38 AG 1 6 7 GG 0 0 0 0.012 0.517 0.320 025758 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 025993 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026120 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 026223 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 18 22 40 0.342 0.000 0.156 026596 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 027248 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 11 31 0.050 0.000 0.032 027291 CC 1 0 1 CT 4 0 4 TT 17 11 28 1.144 0.000 2.347 027516 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 21 44 0.000 0.012 0.006 027713 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 027896 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 028015 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 029224 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 20 40 0.012 0.000 0.006 029272 AA 0 0 0 AT 2 7 9 TT 19 13 32 0.053 0.900 0.623 029381 * 029393 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 23 43 0.112 0.000 0.052 029566 AA 0 0 0 AG 0 6 6 GG 23 17 40 0.000 0.517 0.224 029568 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 029839 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 029851 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 19 22 41 0.209 0.000 0.097 029991 GG 21 22 43 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 030063 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030433 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 030619 CC 0 0 0 CT 0 6 6 TT 23 16 39 0.000 0.548 0.230 031182 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 031411 -- 22 17 39 +- 0 6 6 ++ 2 0 2 24.000 0.517 5.074 031464 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 031734 CC 0 1 1 CG 3 0 3 GG 20 22 42 0.112 23.000 6.146 031843 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 23 19 42 0.000 0.209 0.095 032217 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 032235 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 032398 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 032492 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 032541 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032651 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 032707 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 20 23 43 0.198 0.000 0.093 032775 -- 0 0 0 +- 7 0 7 ++ 15 23 38 0.787 0.000 0.320 032918 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 033031 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 033062 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 033118 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 033186 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 033284 AA 24 17 41 AG 0 6 6 GG 0 0 0 0.000 0.517 0.218 033362 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 033758 CC 18 23 41 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.124 0.000 0.055 034108 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 034168 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 034231 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 034580 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 034740 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 22 45 0.000 0.011 0.006 034818 AA 23 17 40 AG 0 6 6 GG 0 0 0 0.000 0.517 0.224 034858 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 035066 AA 5 11 16 AG 10 9 19 GG 9 2 11 0.490 0.007 1.238 035171 CC 6 0 6 CT 10 7 17 TT 8 15 23 0.621 0.787 0.953 035205 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 035311 CC 4 11 15 CT 8 9 17 TT 6 2 8 0.180 0.007 0.607 035346 CC 18 22 40 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 035514 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 035571 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 035725 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 035740 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 035837 AA 0 0 0 AG 2 7 9 GG 21 16 37 0.048 0.741 0.541 035968 AA 19 23 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.095 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001137: t 002210: t 007786: ga 009153: t 014449: g 014881: g 018584: g 022563: TG 022568: GATT 022646: GATA 026223: A 029851: CCCCGGGTCAGGCACTGACGCCAGTCCCG 031411: G 032707: A 032775: TAAA 034740: GAATCTTAAGGAAAAAATA 035725: GTC Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 018534 AA 3 0 3 018534 AC 8 0 8 018534 AG 1 0 1 018534 CC 9 22 31 018534 CG 0 0 0 018534 GG 0 0 0 029381 AA 0 0 0 029381 AC 2 0 2 029381 AG 0 0 0 029381 CC 20 23 43 029381 CG 1 0 1 029381 GG 0 0 0