Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000142 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000288 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000450 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001137 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001176 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001452 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001664 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001691 G 0.28 0.00 0.14 A 0.72 1.00 0.86 0.41 0.00 0.24 001986 C 0.57 0.07 0.32 T 0.43 0.93 0.68 0.49 0.13 0.44 002097 C 0.26 0.00 0.13 A 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 002201 G 0.46 0.07 0.27 A 0.54 0.93 0.73 0.50 0.13 0.39 002210 - 0.07 0.00 0.03 + 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002478 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 002545 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002586 T 0.39 0.07 0.23 G 0.61 0.93 0.77 0.47 0.13 0.36 002610 T 0.16 0.00 0.08 C 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 002660 A 0.14 0.07 0.10 G 0.86 0.93 0.90 0.24 0.13 0.19 002835 T 0.12 0.07 0.10 A 0.88 0.93 0.90 0.22 0.12 0.17 002963 C 0.38 0.00 0.19 T 0.62 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 002972 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003073 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003170 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 004391 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005048 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005064 G 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 005935 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006388 T 0.02 0.12 0.07 C 0.98 0.88 0.93 0.04 0.21 0.13 006900 G 0.28 0.09 0.18 A 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 006902 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 006971 C 0.28 0.09 0.18 T 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 007061 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 007123 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007204 T 0.02 0.09 0.05 C 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 007214 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 007222 G 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007249 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007348 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007786 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007819 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007948 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007973 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008073 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008350 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008602 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008650 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008980 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 009148 T 0.70 0.24 0.47 A 0.30 0.76 0.53 0.42 0.36 0.50 009153 + 0.70 0.24 0.47 - 0.30 0.76 0.53 0.42 0.36 0.50 009481 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009823 C 0.29 0.24 0.27 A 0.71 0.76 0.73 0.41 0.36 0.39 009892 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009944 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 009949 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010649 G 0.26 0.00 0.13 C 0.74 1.00 0.87 0.39 0.00 0.23 010795 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010988 C 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 011428 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011720 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 011883 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012047 A 0.04 0.52 0.28 G 0.96 0.48 0.72 0.08 0.50 0.40 012196 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012202 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012259 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012264 C 0.20 0.09 0.14 T 0.80 0.91 0.86 0.31 0.16 0.24 012508 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013109 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 013274 T 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 013312 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013563 G 0.02 0.09 0.06 A 0.98 0.91 0.94 0.04 0.17 0.11 014449 + 0.11 0.18 0.14 - 0.89 0.82 0.86 0.19 0.30 0.25 014508 C 0.67 0.24 0.46 T 0.33 0.76 0.54 0.44 0.36 0.50 014780 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014876 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014881 + 0.67 0.24 0.46 - 0.33 0.76 0.54 0.44 0.36 0.50 015263 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015286 A 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 015297 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015298 G 0.60 0.24 0.43 A 0.40 0.76 0.57 0.48 0.36 0.49 015634 T 0.14 0.09 0.11 A 0.86 0.91 0.89 0.24 0.16 0.20 015671 T 0.32 0.54 0.44 C 0.68 0.46 0.56 0.43 0.50 0.49 016039 C 0.60 0.27 0.43 G 0.40 0.73 0.57 0.48 0.40 0.49 016201 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 016279 A 0.54 0.15 0.35 G 0.46 0.85 0.65 0.50 0.26 0.45 016350 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016351 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016994 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017307 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017337 C 0.19 0.00 0.09 T 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.17 017825 C 0.63 0.30 0.47 A 0.37 0.70 0.53 0.47 0.42 0.50 017860 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017874 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018231 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 018289 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 018534 * 018573 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 018584 + 0.09 0.00 0.05 - 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 018586 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018670 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018851 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019101 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 019727 G 0.61 0.30 0.46 A 0.39 0.70 0.54 0.47 0.42 0.50 020982 G 0.66 0.30 0.48 A 0.34 0.70 0.52 0.45 0.42 0.50 021003 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 021105 A 0.16 0.00 0.08 G 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 021256 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021261 T 0.05 0.11 0.08 C 0.95 0.89 0.92 0.09 0.19 0.14 021278 A 0.03 0.17 0.11 G 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.20 021382 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.05 021539 A 0.10 0.50 0.34 G 0.90 0.50 0.66 0.18 0.50 0.45 021603 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.05 022147 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022153 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022175 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022229 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 022240 C 0.63 0.27 0.46 T 0.37 0.73 0.54 0.47 0.40 0.50 022297 A 0.04 0.11 0.08 G 0.96 0.89 0.92 0.08 0.20 0.14 022323 T 0.28 0.18 0.23 C 0.72 0.82 0.77 0.41 0.30 0.36 022434 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022530 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022563 - 0.03 0.03 0.03 + 0.97 0.97 0.97 0.05 0.05 0.05 022568 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 022646 - 0.54 0.19 0.39 + 0.46 0.81 0.61 0.50 0.31 0.48 023561 T 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 023688 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023702 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023705 C 0.48 0.30 0.39 T 0.52 0.70 0.61 0.50 0.42 0.48 023730 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024053 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 024253 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024414 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024511 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024607 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024679 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024788 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024827 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025073 T 0.00 0.14 0.07 C 1.00 0.86 0.93 0.00 0.24 0.12 025165 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025508 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025619 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025755 G 0.02 0.13 0.08 A 0.98 0.87 0.92 0.04 0.23 0.14 025758 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025993 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026120 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026223 - 0.11 0.00 0.06 + 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 026596 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027248 A 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.06 027291 C 0.14 0.00 0.09 T 0.86 1.00 0.91 0.24 0.00 0.17 027516 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027713 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027896 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028015 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029224 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 029272 A 0.05 0.17 0.11 T 0.95 0.82 0.89 0.09 0.29 0.20 029381 * 029393 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029566 A 0.00 0.13 0.07 G 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 029568 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029839 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029851 - 0.09 0.00 0.04 + 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029991 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030063 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030433 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030619 C 0.00 0.14 0.07 T 1.00 0.86 0.93 0.00 0.24 0.12 031182 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031411 + 0.08 0.13 0.11 - 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 031464 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031734 C 0.07 0.04 0.05 G 0.93 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 031843 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 032217 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 032235 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032398 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 032492 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032541 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032651 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032707 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 032775 - 0.16 0.00 0.08 + 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.14 032918 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033031 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033062 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033118 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 033186 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 033284 G 0.00 0.13 0.06 A 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 033362 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 033758 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 034108 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 034168 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 034231 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034580 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 034740 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034818 G 0.00 0.13 0.07 A 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 034858 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035066 G 0.58 0.30 0.45 A 0.42 0.70 0.55 0.49 0.42 0.49 035171 C 0.46 0.16 0.32 T 0.54 0.84 0.68 0.50 0.27 0.43 035205 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 035311 T 0.56 0.30 0.41 C 0.44 0.70 0.59 0.49 0.42 0.48 035346 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 035514 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 035571 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 035725 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035740 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035837 A 0.04 0.15 0.10 G 0.96 0.85 0.90 0.08 0.26 0.18 035968 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001137: t 002210: t 007786: ga 009153: t 014449: g 014881: g 018584: g 022563: TG 022568: GATT 022646: GATA 026223: A 029851: CCCCGGGTCAGGCACTGACGCCAGTCCCG 031411: G 032707: A 032775: TAAA 034740: GAATCTTAAGGAAAAAATA 035725: GTC Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 018534 G 0.02 0.00 0.01 A 0.36 0.00 0.17 C 0.62 1.00 0.81 029381 G 0.02 0.00 0.01 A 0.04 0.00 0.02 C 0.93 1.00 0.97