Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000276 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 20 44 0.000 0.112 0.051 001000 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 001783 CC 17 18 35 CG 6 4 10 GG 1 1 2 0.000 1.252 1.214 001819 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 002292 CC 16 4 20 CT 8 9 17 TT 0 10 10 0.000 0.591 2.759 002295 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 002754 CC 0 0 0 CT 3 7 10 TT 15 16 31 0.000 0.741 0.791 002806 GG 0 0 0 GT 0 4 4 TT 18 19 37 0.000 0.209 0.108 003302 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.000 0.000 0.023 003369 AA 1 1 2 AG 2 4 6 GG 21 17 38 0.000 1.144 4.914 003390 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.052 003569 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.005 003868 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.023 003908 ++ 0 10 10 +- 7 9 16 -- 16 4 20 0.000 0.591 3.349 004065 GG 18 18 36 GT 5 4 9 TT 1 1 2 0.000 1.252 1.816 004121 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 004396 AA 16 4 20 AG 8 9 17 GG 0 10 10 0.000 0.591 2.759 004668 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.000 0.000 0.093 005363 AA 8 13 21 AG 15 9 24 GG 1 1 2 0.000 0.130 2.291 005436 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.000 0.000 0.051 005810 AA 1 1 2 AG 4 4 8 GG 19 17 36 0.000 1.144 2.504 005886 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 005898 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006295 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006315 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.022 007527 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 007661 ++ 22 23 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 007722 AA 1 1 2 AC 5 4 9 CC 18 18 36 0.000 1.252 1.816 007737 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 008061 ++ 22 23 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 008065 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 008261 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 20 40 0.000 0.000 0.025 008496 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 008509 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 22 21 43 0.000 0.048 0.093 008595 AA 24 20 44 AC 0 3 3 CC 0 0 0 0.000 0.112 0.051 008680 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.000 0.000 0.006 008760 AA 1 1 2 AT 3 3 6 TT 20 18 38 0.000 2.296 4.914 008810 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 22 44 0.000 0.000 0.023 009022 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009093 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009191 CC 1 1 2 CT 3 4 7 TT 20 18 38 0.000 1.252 3.666 009667 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.000 0.000 0.005 009685 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 009862 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.022 010128 AA 16 22 38 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.007 010242 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 15 23 38 0.000 0.000 0.007 010782 GG 16 23 39 GT 8 0 8 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.407 010985 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.000 0.000 0.005 011061 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 011186 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 011255 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 011385 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 011686 CC 0 0 0 CT 1 4 5 TT 23 19 42 0.000 0.209 0.148 011692 AA 15 4 19 AG 9 8 17 GG 0 11 11 0.000 1.252 3.056 011888 AA 1 0 1 AT 8 3 11 TT 10 20 30 0.000 0.112 0.000 011928 CC 18 23 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 011942 CC 16 23 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 012652 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 012737 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 012801 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 012845 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 012862 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 013122 ++ 23 23 46 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.005 013354 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.000 0.000 0.005 014095 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.000 0.000 0.006 014341 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 014711 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 015057 GG 14 20 34 GT 10 3 13 TT 0 0 0 0.000 0.112 1.211 015237 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.000 0.000 0.006 015255 CC 16 6 22 CT 6 10 16 TT 2 6 8 0.000 0.182 2.504 015340 AA 1 1 2 AG 3 10 13 GG 20 11 31 0.000 0.468 0.177 015573 AA 1 1 2 AG 5 10 15 GG 18 12 30 0.000 0.374 0.005 015718 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 015854 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 016022 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 21 42 0.000 0.000 0.024 016373 CC 7 10 17 CT 9 10 19 TT 8 2 10 0.000 0.050 1.096 016486 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 017052 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 017079 CC 15 23 38 CT 9 0 9 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.527 017171 AA 8 10 18 AG 9 11 20 GG 7 2 9 0.000 0.179 0.638 017311 AA 0 0 0 AT 4 3 7 TT 20 20 40 0.000 0.112 0.304 017397 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 017474 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 017683 AA 0 1 1 AG 1 4 5 GG 23 18 41 0.000 1.252 2.448 018532 CC 12 20 32 CT 9 3 12 TT 3 0 3 0.000 0.112 1.447 018810 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 019445 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 019506 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 019779 AA 24 20 44 AC 0 3 3 CC 0 0 0 0.000 0.112 0.051 019816 AA 8 2 10 AG 8 11 19 GG 8 10 18 0.000 0.179 1.317 020293 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 020467 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 020880 AA 1 3 4 AG 11 3 14 GG 12 17 29 0.000 7.887 1.345 021124 ++ 2 6 8 +- 8 10 18 -- 13 7 20 0.000 0.381 1.181 021349 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 021539 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 23 43 0.000 0.000 0.093 021626 CC 24 19 43 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.052 021721 CC 0 0 0 CT 0 8 8 TT 24 14 38 0.000 1.086 0.417 021728 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.000 0.000 0.006 021900 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.095 022537 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 023016 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.000 0.000 0.006 023024 GG 20 12 32 GT 3 9 12 TT 1 1 2 0.000 0.182 0.390 023094 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 023131 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 023141 GG 23 22 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.006 023203 AA 12 17 29 AC 10 3 13 CC 1 3 4 0.000 7.887 1.801 023478 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 20 42 0.000 0.000 0.006 023577 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 20 42 0.000 0.000 0.006 023681 CC 22 22 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 023700 CC 18 12 30 CT 3 10 13 TT 0 1 1 0.000 0.374 0.088 023864 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.005 024262 AA 15 23 38 AG 9 0 9 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.527 024346 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 025340 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 16 23 39 0.000 0.000 0.058 025780 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 21 44 0.000 0.000 0.006 025800 CC 3 0 3 CT 9 3 12 TT 12 18 30 0.000 0.124 1.250 026293 ++ 20 23 43 +- 3 0 3 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.052 026617 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.000 0.000 0.006 026946 AA 4 0 4 AG 7 3 10 GG 13 20 33 0.000 0.112 4.601 026985 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 027167 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 027461 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.000 0.000 0.006 027868 CC 0 0 0 CG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 028320 AA 15 8 23 AT 7 10 17 TT 2 5 7 0.000 0.306 1.553 028914 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 028929 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 029084 CC 5 3 8 CG 13 8 21 GG 6 12 18 0.000 0.733 0.193 029789 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.000 0.000 0.005 029956 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 23 44 0.000 0.000 0.006 030078 GG 3 1 4 GT 9 10 19 TT 10 12 22 0.000 0.374 0.001 030293 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 23 45 0.000 0.000 0.006 030368 ++ 22 23 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.006 030610 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.000 0.000 0.005 030986 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.000 0.000 0.006 031021 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.000 0.000 0.006 031164 CC 23 22 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 031277 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.005 031331 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.000 0.000 0.005 031854 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 032160 CC 11 12 23 CT 9 10 19 TT 3 1 4 0.000 0.374 0.001 032287 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.000 0.000 0.006 032647 ++ 23 10 33 +- 0 9 9 -- 0 4 4 0.000 0.591 5.654 033634 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.000 0.000 0.005 033711 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 033831 AA 14 23 37 AC 9 0 9 CC 1 0 1 0.000 0.000 0.253 034281 AA 8 12 20 AG 12 10 22 GG 4 1 5 0.000 0.374 0.084 034367 ++ 22 23 45 +- 2 0 2 -- 0 0 0 0.000 0.000 0.022 034756 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.000 0.000 0.006 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003908: ACT 007661: ccaag 008061: CTCT 013122: ataa 021124: T 026293: t 030368: AAGAG 032647: gatt 034367: CACACTGAG