Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000105 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.10 000601 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 001458 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 001557 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001634 C 0.42 0.13 0.27 T 0.57 0.87 0.73 0.49 0.23 0.39 001638 G 0.26 0.41 0.35 C 0.74 0.59 0.65 0.39 0.48 0.45 001646 + 0.23 0.09 0.15 - 0.78 0.91 0.85 0.35 0.17 0.26 001659 * 001672 A 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.13 001780 C 0.00 0.09 0.05 T 1.00 0.91 0.95 0.00 0.16 0.10 001788 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 001797 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 001926 T 0.12 0.00 0.05 C 0.88 1.00 0.95 0.22 0.00 0.10 001994 G 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 002130 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002339 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002656 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002662 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002812 T 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 003185 G 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 003222 C 0.50 0.30 0.40 G 0.50 0.70 0.60 0.50 0.42 0.48 003256 - 0.17 0.00 0.09 + 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 003277 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003374 T 0.06 0.17 0.12 C 0.94 0.83 0.88 0.12 0.29 0.21 003380 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003532 A 0.35 0.17 0.27 G 0.65 0.83 0.73 0.46 0.29 0.39 003562 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003654 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003827 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004015 T 0.33 0.09 0.22 C 0.67 0.91 0.78 0.44 0.17 0.34 004173 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004261 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 004281 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004350 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005019 G 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 005038 A 0.50 0.17 0.31 G 0.50 0.83 0.69 0.50 0.28 0.43 005063 A 0.00 0.04 0.03 G 1.00 0.96 0.97 0.00 0.08 0.05 005168 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 005302 A 0.15 0.64 0.39 G 0.85 0.36 0.61 0.26 0.46 0.48 005502 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005533 + 0.04 0.02 0.03 - 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 005552 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005559 T 0.06 0.17 0.12 C 0.94 0.83 0.88 0.12 0.29 0.21 005660 A 0.54 0.17 0.36 G 0.46 0.83 0.64 0.50 0.29 0.46 005765 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006064 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006256 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.11 0.00 0.05 006298 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 006321 G 0.61 0.11 0.35 T 0.39 0.89 0.65 0.48 0.19 0.46 006334 T 0.00 0.16 0.08 C 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.15 006393 C 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 006463 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006514 C 0.60 0.17 0.39 T 0.40 0.83 0.61 0.48 0.29 0.48 006569 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006606 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006630 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006716 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 006980 - 0.20 0.66 0.42 + 0.80 0.34 0.58 0.31 0.45 0.49 007118 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007189 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007376 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007594 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001646: tctc 003256: t 005533: a 006980: C 007189: GGG Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 001659 C 0.12 0.00 0.06 T 0.38 0.53 0.46 G 0.50 0.47 0.49