************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 pct1b.phase.inp pct1b.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST pct1b.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates pct1b.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual pct1b.phase.out_recom : estimates of recombination parameters pct1b.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 66 Positions of loci: 1421 1916 2025 3391 6715 6815 6968 7406 9817 10523 10640 23854 25021 25067 25111 25186 26502 28745 29607 30105 40792 41479 41841 43479 43945 45534 58114 58651 58904 59448 60424 62071 63802 63967 64042 64974 65359 65879 69204 69349 71551 71783 71884 72531 72717 73785 74526 74645 74851 76860 78168 82699 83367 83425 83429 83505 84703 86552 88495 88747 88992 89028 89212 89707 91203 91498 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file pct1b.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 IDCTGTGAGCTATTATGAGTTATCGGTTGGTACCTACGATTAGCGACGGGTCTAACCCGATGGTCC 1.000000 2 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGCCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGATCC 1.000000 3 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGTTGAAACCCACGGTTGGCGCGGGGCCAAACCCAATAGACC 1.000000 4 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGTTGAAACCCACGGTTGGCGCGGGGCCATACCCAATAGACC 2.000000 5 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGTTGGAGTTCGCGGTCGGCGCGTGATCATACCCGTTAGTCC 1.000000 6 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGTTGGTACCTACGATTAGCGACGGGTCTAACCCGATGGTCC 3.000000 7 IDCTGTGAGCTGTTATGAGTTATCGGTTTGTGCCTACAACTAGCGAGGAGTCTAACGTGTTGGACC 1.000000 8 IDCTGTGAGCTGTTATGAGGCATTGGTTGGTGCCCACGGTTGGCGCCTGATCATACCCATTGGTCC 1.000000 9 IDCTGTGAGCTGTTATGAGGCATTGGTTGGTGCCCGCGGTTGGCGCCTGATCATACCCATTGGTCC 1.000000 10 IDCTGTGAGCTGTTATGAGGCGGTGACCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGATCC 1.000000 11 IDCTGTGAGCTGTTATGAGGTATTGGTTGGTGCCCGCGGTTGGCGCCTGATCATACCCAATAGTCC 1.000000 12 DDCTATGAGCTATTATGAGGCGGTGGTTGGAGCCTACGATTAGCGACGAGTCTAACCTATTAGTCC 1.000000 13 DDCTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAGCGACGAGTCTAACGTGTTGGTCC 1.000000 14 DDCTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAGCGACGAGTCTAACGTGATGGTCC 1.000000 15 DDCTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTTGTGCCTACAACTAGCGACGAGTCTAACGTGTTGGTCC 2.000000 16 DDCTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTTGTGCCTACAACTAGCGACGAGTCTAACGTGTTGGACC 2.000000 17 DDCTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTTGTGCCTACAACTAGCGACGAGTCTAACGTAATAGTCC 1.000000 18 DDCTATGGGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGACG 1.000000 19 DDCTATGGGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACAGATG 1.000000 20 DDCTGTGAGCTATTATGAGGCGGTGGCCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 1.000000 21 DDCTGTGAGCTATTATGAGGCGGTGGTTGGTGCCTACGATTAGCGACGAGTCTAACCTATTAGTCC 2.000000 22 DDCTGTGAGCTGCTATGAGGTATTGGTTGGTGCCTACGATTAGCGACGAGTCTAACCTAATGGACC 1.000000 23 DDCTGTGATCTGCTATGAGGTATTGGTTGGAGCCTACGATTAGCGACGAGTCTAACCTAATGGACC 2.000000 24 DDCTGTGATCTGCTATGAGGTATTGGTTGGTGCCTACGATTAGCGACGAGTCTAACCTAATGGACC 2.000000 25 DDCTGTGATCTGCTATGAGGTATTGGTTGGTGCCTACGGTCGGCGCCTGATCATACCCATTAGTCC 1.000000 26 DDCTGTGGGTTATTATGAGGCGGTGGTTGGAGTTCGCGGTCGGCGCCTGATCATACCCATTGGTCC 2.000000 27 DDCTGTTAGCCATTATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 2.000000 28 DDCCATGAGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACAGTCC 1.000000 29 DDCCATGAGTTATAATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGACG 1.000000 30 DDCCATGAGTTATAGGGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGACG 1.000000 31 DDCCATGGGCTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACAGTCC 1.000000 32 DDCCATGGGTTATTATGGATCGGTGGCCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATCGGACG 1.000000 33 DDCCATGGGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGTTGGTCC 1.000000 34 DDCCATGGGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGATG 2.000000 35 DDCCATGGGTTATTATGGATCGGTGGTTGGTGCCTACAGCTAACGACGAGTCTAACGTGACAGATG 2.000000 36 DDTTATGGGCTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGATGGACC 1.000000 37 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGATGGTCC 1.000000 38 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGATGGACC 1.000000 39 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGTCC 2.000000 40 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACGGACG 2.000000 41 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACAGTCC 3.000000 42 DDTTATGGGTTATTATGAATCGGTGGTTGGTGCCTACAACTAACGACGAGTCTAACGTGACAGACG 2.000000 43 DDTTATGGGTTATTATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 2.000000 44 DICTGTGAGCTGTTATGAGGTATTGGTTGGAGTTCACGATTAGCGACGGGTCTAACCCGATGGTCC 1.000000 45 DICTGTGAGCTGTTATGAGGTATTGGTTGGAGTTCGCGGTCGGCGCGTGATCATACCCGTTAGTCC 1.000000 46 DICTGTTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 3.000000 47 DICTGTTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 10.000000 48 DICTGTTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATCGGTCC 1.000000 49 DICTGTTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATCGGACG 1.000000 50 DICTGTTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGATACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 1.000000 51 DICTGTTAGCCATAGGAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTAGTCC 1.000000 52 DICTGTTAGCCATAGGAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATCGGTCC 3.000000 53 DICTGTTAGCCACAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGATCC 1.000000 54 DICTGTTAGCCACAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGAACGGGACTAAGTCCATTGGTCC 2.000000 55 DICTGCTAGCCATAATAAGTCGGTAACCGAAACCCATGGTTGGCACGGGACTAAGTCCATTGATCC 8.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (2,13) DY02: (15,15) DY03: (23,24) DY04: (6,7) DY05: (55,55) DY06: (11,23) DY07: (20,21) DY08: (25,44) DY09: (55,55) DY10: (55,55) DY11: (8,9) DY12: (3,24) DY13: (1,17) DY14: (12,21) DY15: (22,46) DY16: (16,26) DY17: (5,55) DY18: (16,45) DY19: (4,4) DY20: (46,46) DY21: (6,6) DY22: (10,14) DY23: (53,55) DY24: (41,41) E101: (52,54) E102: (27,35) E103: (19,51) E104: (47,47) E105: (40,49) E106: (18,29) E107: (31,34) E108: (27,32) E109: (47,47) E110: (35,37) E111: (47,47) E112: (43,43) E113: (42,42) E114: (33,39) E115: (26,28) E116: (36,38) E117: (47,50) E118: (39,47) E119: (34,54) E120: (47,48) E121: (52,52) E122: (30,41) E123: (40,47) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G T T G G T C C 0 DY02 D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G T T G G T C C D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G T T G G T C C 0 DY03 D D C T G T G A T C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G A G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A A T G G A C C D D C T G T G A T C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G [T] G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A A T G G A C C 0 DY04 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G G T A C C T A C G A T T A G C G A C G G G T C T A A C C C G A T G G T C C I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A G G A G T C T A A C G T G T T G G A C C 0 DY05 D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C 0 DY06 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G G T A T T G G T T G G T G C C C G C G G T T G G C G C C T G A T C A T A C C C A A T A G T C C D D C T G T G A T C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G A G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A A T G G A C C 0 DY07 D D C T G T G A G C T A T T A T G A G G C G G T G G C C G A (A) A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C [D] D C T G T G A G C T A T T A T G A G G C G G T G G T T G G (T) G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A T T A G T C C 0 DY08 D D C T G T G A T C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G T G C C T A C G G T C G G C G C C T G A T C A T A C C C A T T A G T C C D I C T G T G A G C T G T T A T G A G G T A T T G G T T G G A G T T C A C G A T T A G C G A C G G G T C T A A C C C G A T G G T C C 0 DY09 D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C 0 DY10 D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C 0 DY11 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G G C A T T G G T T G G T G C C C A C G G T T G G C G C C T G A T C A T A C C C A T T G G T C C I D C T G T G A G C T G T T A T G A G G C A T T G G T T G G T G C C C G C G G T T G G C G C C T G A T C A T A C C C A T T G G T C C 0 DY12 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G A A A C C C A C G G T T G G C G C G G G G C C A A A C C C A A T A G A C C D D C T G T G A T C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G T G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A A T G G A C C 0 DY13 I D C T G T G A G C T A T T A T G A G T T A T C G G T T G G T A C C T A C G A T T A G C G A C G G G T C T A A C C C G A T G G T C C D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T A A T A G T C C 0 DY14 D D C T (A) T G A G C T A T T A T G A G G C G G T G G T T G G A G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A T T A G T C C D D C T (G) T G A G C T A T T A T G A G G C G G T G G T T G G T G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A T T A G T C C 0 DY15 D D C T G T G A G C T G C T A T G A G G T A T T G G T T G G T G C C T A C G A T T A G C G A C G A G T C T A A C C T A A T G G A C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 DY16 D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G T T G G A C C D D C T G T G G G T T A T T A T G A G G C G G T G G T T G G A G T T C G C G G T C G G C G C C T G A T C A T A C C C A T T G G T C C 0 DY17 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G G A G T T C G C G G T C G G C G C [G] T G A T C A T A C C C G T T A G T C C D I C T G C T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C 0 DY18 D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T T G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G T T G G A C C D I C T G T G A G C T G T T A T G A G G T A T T G G T T G G A G T T C G C G G T C G G C G C [G] T G A T C A T A C C C G T T A G T C C 0 DY19 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G A A A C C C A C G G T T G G C G C G G G G C C A T A C C C A A T A G A C C I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G A A A C C C A C G G T T G G C G C G G G G C C A T A C C C A A T A G A C C 0 DY20 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 DY21 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G G T A C C T A C G A T T A G C G A C G G G T C T A A C C C G A T G G T C C I D C T G T G A G C T G T T A T G A G T T A T C G G T T G G T A C C T A C G A T T A G C G A C G G G T C T A A C C C G A T G G T C C 0 DY22 I D C T G T G A G C T G T T A T G A G G C G G T G A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C D D C T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A G C G A C G A G T C T A A C G T G A T G G T C C 0 DY23 D I C T G (T) T A G C C A C A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G [A] T C C D I C T G (C) T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G C A C G G G A C T A A G T C C A T T G A T C C 0 DY24 D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G T C C D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G T C C 0 E101 D I C T G T T A G C C A T A G G A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G T C C D I C T G T T A G C C A C A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E102 D D C T G T T A G C C A T T A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D D C C A T G G G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A [G] C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G A T G 0 E103 D D C T A T G G G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G A T G D I C T G T T A G C C A T A G G A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T A G T C C 0 E104 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E105 D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C G G A C G D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G A C G 0 E106 D D C (T) A T G G G T T A T (T) A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C G G A C G D D C (C) A T G A G T T A T (A) A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C G G A C G 0 E107 D D C C A T G G G (C) T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C (A) G T C C D D C C A T G G G (T) T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C (G) G A T G 0 E108 D D C T G T T A G C C A T T A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D D C C A T G G G T T A T T A T G G A T C G G T G G C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G A C G 0 E109 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E110 D D C C A T G G G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A G C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G A T G D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A T G G T C C 0 E111 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E112 D D T T A T G G G T T A T T A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D D T T A T G G G T T A T T A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E113 D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G A C G D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G A C G 0 E114 D D C C A T G [G] G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G (T) (T) G G T C C D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G (A) (C) G G T C C 0 E115 D D C T G T G (G) G T T A T T A T G A G G C G G T G G T T G G A G T T C G C G G T C G G C G C C T G A T C A T A C C C A T T G G T C C D D C C A T G (A) G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G T C C 0 E116 D D T T A T G G G C T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A T G G A C [C] D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A T G G A C [C] 0 E117 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G [A] A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A T A C C C A T G G T T G G [A] A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E118 D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A (C) G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T (T) G G T C C 0 E119 D D C C A T G G G T T A T T A T G G A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C G G A T G D I C T G T T A G C C A C A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C 0 E120 D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T T G G T C C D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G T C C 0 E121 D I C T G T T A G C C A T A G G A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G T C C D I C T G T T A G C C A T A G G A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T C G G T C C 0 E122 D D (C) (C) A T G (A) G T T A T A (G) (G) G (G) A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C G G A C G D D (T) (T) A T G (G) G T T A T T (A) (T) G (A) A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A C A G T C C 0 E123 D D T T A T G G G T T A T T A T G A A T C G G T G G T T G G T G C C T A C A A C T A A C G A C G A G T C T A A C G T G A (C) G G (A) C (G) D I C T G T T A G C C A T A A T A A G T C G G T A A C C G A A A C C C A T G G T T G G A A C G G G A C T A A G T C C A T (T) G G (T) C (C) END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 I = = = G = = A = C = G = = = = = = G ? T A T C = = C C = A A A = = C ? T G ? T = G = = A C ? ? ? A C ? A = G ? ? C ? = = = A ? = = D = = = A = = G = T = A = = = = = = A ? C G G T = = T T = G T G = = T ? C A ? C = A = = G A ? ? ? G T ? T = A ? ? T ? = = = G ? = = 0 DY02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 0 DY03 = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 DY04 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = A = = = = = G ? T = = = = = = C = G ? = = = = ? ? C C = A = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T = = G = = = = = A ? C = = = = = = G = A ? = = = = ? ? G T = T = = = A = = 0 DY05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY06 I = = = = = = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = C G = = ? = = G = ? ? C ? ? G ? = = A ? ? = = C = = = A = T ? = D = = = = = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = T A = = ? = = A = ? ? A ? ? A ? = = T ? ? = = T = = = G = A ? = 0 DY07 ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? C = A (A) A = = C = T = G = = G = = A C ? ? ? ? C T A = G T = C = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? T = G (T) G = = T = C = A = = A = = G A ? ? ? ? T C T = A C = T = = = ? = = = = 0 DY08 = D = ? = = = = T = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = C C T = = = G = C G = = = C ? ? ? ? = = ? ? ? ? = = A T = A = ? ? = = I = ? = = = = G = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = T T C = = = A = T A = = = A ? ? ? ? = = ? ? ? ? = = G A = G = ? ? = 0 DY09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = 0 DY10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 DY11 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY12 I = = = = = = = G = = = T = = = = = = T = = = C = = = = = A A A = = C = = = G = = G = = = C G = G = C = A = = = = C = = = A = = = = D = = = = = = = T = = = C = = = = = = G = = = T = = = = = G T G = = T = = = A = = A = = = A C = A = T = T = = = = T = = = G = = = = 0 DY13 I = = = G = = A = C = = = = = = = = G = T A T C = = = = G = = A = = = = = G = T = = = = = = = = G = = = = = = = C C G = = G = = = = D = = = A = = G = T = = = = = = = = A = C G G T = = = = T = = G = = = = = A = C = = = = = = = = A = = = = = = = G T A = = A = = = = 0 DY14 = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY15 = D = = = = G = = = T G C T = = G = = G T A T = G G T T = G T G = = T = C = A = = A = = G ? C = A G T C T = A C = T = A = = = A = = = I = = = = T = = = C A T A = = A = = T C G G = A A C C = A A A = = C = T = G = = G = = A ? G = G A C T A = G T = C = T = = = T = = 0 DY16 = = = = A = = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = = = T = T = C C T A = A A C T A = = = A ? ? ? ? = = T ? ? = G T G = = = = A ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G G = = = = = = = = G = A = T T C G = G G T C G = = = C ? ? ? ? = = A ? ? = C C A = = = = T ? = 0 DY17 I D = = = T G = = = T G = T = = G = = ? T A T C G G T T = G = G T T = G C = ? = C = = ? G = ? T = = T C = T A C = = G = = A G = = = D I = = = C T = = = C A = A = = A = = ? C G G T A A C C = A = A C C = A T = ? = T = = ? A = ? G = = C T = A G T = = A = = G A = = = 0 DY18 = D = = A = = G = T = A = = = = = = A T C G G = = = = = T = ? = C C T A = A A C T A = = = A ? G A G = = T A = = G T ? = = G = A = = = I = = G = = A = C = G = = = = = = G G T A T = = = = = G = ? = T T C G = G G T C G = = = C ? T G A = = A T = = C C ? = = A = T = = 0 DY19 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY21 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY22 I = = = G = = A = C = G = = = = = = G G = = = = = A C C = A A A = = C = T G ? T = G = = A ? G = G A C T A = G T C C A T = = A = = = D = = = A = = G = T = A = = = = = = A T = = = = = G T T = G T G = = T = C A ? C = A = = G ? C = A G T C T = A C G T G A = = G = = = 0 DY23 = = = = = (T) = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = (C) = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 DY24 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 E101 = = = = = = = = = = = = T = G G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A T = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = 0 E102 = = = T G = T A = C C = ? ? ? ? A A G = = = = = A A C C = A A A = = C = T G ? T = G G A A C G = G A C ? A = G T C C A T T G = T C C = = = C A = G G = T T = ? ? ? ? G G A = = = = = G G T T = G T G = = T = C A ? C = A A C G A C = A G T ? T = A C G T G A C A = A T G 0 E103 = D = = A = G ? = T T = = T A T G G A = ? = = ? ? G T T = G ? G = = T = C A A C = A A C G A C = A ? T C T = A C G T G A C = = A T G = I = = G = T ? = C C = = A G G A A G = ? = = ? ? A C C = A ? A = = C = T G G T = G G A A C G = G ? C T A = G T C C A T T = = T C C 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E105 = D T = A = G G = T T = = T = = G = A = = = = = G G T T = G T G = = T = C A ? C = A A C G A C = A G T C T = A C G T G A = = = = = = = I C = G = T A = C C = = A = = A = G = = = = = A A C C = A A A = = C = T G ? T = G G A A C G = G A C T A = G T C C A T = = = = = = 0 E106 = = = (T) = = = G = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = A = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E107 = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = (A) = T C C = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = (G) = A T G 0 E108 = = = T G = T A = C C = = = = = A A G = = = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = T = C = = = C A = G G = T T = = = = = G G A = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = A = G 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 E110 = = C C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C A = A T G = = T T = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T G = T C C 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E113 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E114 = = C C = = = ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = (T) (T) = = = = = = = T T = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = (A) (C) = = = = = 0 E115 = = = T G = = (G) = = = = = = = = = A G G = = = = = = = = = = A = T T C G = G G T C G G = = C ? T G A = = A T = = C C A T T G = = = = = = = C A = = (A) = = = = = = = = = G A T = = = = = = = = = = T = C C T A = A A C T A A = = A ? G A G = = T A = = G T G A C A = = = = 0 E116 = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E118 = D ? = A = G G = T T ? = T = = G = A = = = = = G ? T T = G T G = = T = C A ? C = A A C G ? ? = A ? T ? T = A C G T G A (C) = = = = = = I ? = G = T A = C C ? = A = = A = G = = = = = A ? C C = A A A = = C = T G ? T = G G A A ? ? = G ? C ? A = G T C C A T (T) = = = = = 0 E119 = D = C A = G G = T T = T T = = G ? A = = = = ? ? G T T = G ? G = = T = C A A C = A A C G ? C = A ? T C T = A C G T G A C = = A T G = I = T G = T A = C C = C A = = A ? G = = = = ? ? A C C = A ? A = = C = T G G T = G G A A ? G = G ? C T A = G T C C A T T = = T C C 0 E120 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E122 = = (C) (C) = = = (A) = = = ? = A (G) (G) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = G = = (T) (T) = = = (G) = = = ? = T (A) (T) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = C 0 E123 = D T = A = G G = T T = = T = = G = A = = = = = G G T T = G T G = = T = C A A C = A A C G ? C = A G T C T = A C G T G A (C) = = (A) = (G) = I C = G = T A = C C = = A = = A = G = = = = = A A C C = A A A = = C = T G G T = G G A A ? G = G A C T A = G T C C A T (T) = = (T) = (C) END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 ? = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? 1.00 ? ? 1.00 ? = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 0.84 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? = ? ? = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.95 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 0.99 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 0.92 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = ? 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 0.87 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.92 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = 0.99 = 0.99 0.99 = 0.99 0.99 = = 0.99 = = 0.99 = 0.99 = = = = = 0.99 0.99 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.86 = = = 0.92 = = = = = 0.82 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = 0.87 = 1.00 1.00 1.00 = = = 0.92 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0.93 = = 0.93 = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.91 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = 0.76 0.76 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 0.68 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.80 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 0.98 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.88 0.86 = = = 0.87 = = = ? = 0.95 0.59 0.59 = 0.88 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.94 = 0.92 = 0.92 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.85 = = 0.90 = 0.90 END PHASEPROBS