Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001421 + 0.32 0.00 0.16 - 0.68 1.00 0.84 0.43 0.00 0.26 001916 + 0.30 0.41 0.36 - 0.70 0.59 0.64 0.42 0.48 0.46 002025 T 0.04 0.25 0.14 C 0.96 0.75 0.86 0.08 0.38 0.25 002725 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 002728 C 0.00 0.10 0.05 T 1.00 0.90 0.95 0.00 0.18 0.09 003391 C 0.00 0.22 0.11 T 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.20 004063 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 006466 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006715 A 0.22 0.52 0.37 G 0.78 0.48 0.63 0.34 0.50 0.47 006815 C 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 006968 T 0.26 0.46 0.36 G 0.74 0.54 0.64 0.39 0.50 0.46 007406 G 0.21 0.45 0.32 A 0.79 0.55 0.68 0.33 0.50 0.44 007632 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007685 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008216 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 009792 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 009817 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010523 T 0.21 0.50 0.35 C 0.79 0.50 0.65 0.33 0.50 0.46 010640 C 0.25 0.48 0.36 T 0.75 0.52 0.64 0.38 0.50 0.46 010679 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010879 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 023854 G 0.41 0.00 0.22 A 0.59 1.00 0.78 0.48 0.00 0.34 025021 C 0.13 0.05 0.09 T 0.87 0.95 0.91 0.23 0.09 0.16 025067 A 0.26 0.45 0.35 T 0.74 0.55 0.65 0.39 0.50 0.46 025086 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025111 G 0.00 0.11 0.06 A 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.10 025179 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 025186 G 0.00 0.11 0.06 T 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.10 026502 A 0.25 0.48 0.36 G 0.75 0.52 0.64 0.38 0.50 0.46 028059 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 028160 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 028745 G 0.00 0.25 0.12 A 1.00 0.75 0.88 0.00 0.38 0.22 029607 A 0.20 0.48 0.34 G 0.80 0.52 0.66 0.31 0.50 0.45 029949 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 030105 G 0.40 0.02 0.21 T 0.60 0.98 0.79 0.48 0.05 0.34 030495 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031689 T 0.05 0.02 0.04 C 0.95 0.98 0.96 0.10 0.05 0.07 040792 T 0.34 0.00 0.17 C 0.66 1.00 0.83 0.45 0.00 0.28 040800 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 041315 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 041479 A 0.41 0.00 0.21 G 0.59 1.00 0.79 0.48 0.00 0.33 041744 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041841 T 0.39 0.00 0.19 G 0.61 1.00 0.81 0.47 0.00 0.31 042174 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.05 043002 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 043479 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.14 043498 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 043745 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 043945 A 0.27 0.50 0.38 G 0.73 0.50 0.62 0.40 0.50 0.47 045534 A 0.30 0.50 0.40 G 0.70 0.50 0.60 0.42 0.50 0.48 045672 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 058095 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 058114 C 0.30 0.52 0.41 T 0.70 0.48 0.59 0.42 0.50 0.48 058150 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 058597 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 058651 C 0.31 0.52 0.41 T 0.69 0.48 0.59 0.43 0.50 0.49 058904 T 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 058933 G 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 059365 T 0.00 0.09 0.05 G 1.00 0.91 0.95 0.00 0.17 0.09 059372 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 059424 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 059448 A 0.38 0.52 0.45 G 0.62 0.48 0.55 0.47 0.50 0.49 059641 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 060102 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 060424 T 0.45 0.48 0.46 A 0.55 0.52 0.54 0.50 0.50 0.50 060850 A 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 061188 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 061319 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 061616 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 062071 A 0.46 0.52 0.49 G 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 063802 T 0.08 0.02 0.05 C 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 063967 T 0.08 0.02 0.05 C 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 064042 T 0.48 0.46 0.47 C 0.52 0.54 0.53 0.50 0.50 0.50 064256 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 064423 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 064505 G 0.05 0.04 0.05 A 0.95 0.96 0.95 0.09 0.08 0.09 064509 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 064950 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 064974 G 0.11 0.02 0.07 A 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 065100 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 065359 T 0.31 0.52 0.41 C 0.69 0.48 0.59 0.43 0.50 0.49 065879 A 0.22 0.45 0.33 G 0.78 0.55 0.67 0.34 0.50 0.44 066050 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 066332 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 067253 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 067643 A 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.10 0.05 067833 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 067845 G 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 067997 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 068482 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 068743 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 069204 A 0.53 0.35 0.45 G 0.47 0.65 0.55 0.50 0.45 0.49 069318 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 069349 C 0.21 0.46 0.33 T 0.79 0.54 0.67 0.33 0.50 0.44 070509 A 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 071551 C 0.09 0.02 0.06 T 0.91 0.98 0.94 0.17 0.04 0.10 071657 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.07 071783 A 0.45 0.48 0.47 G 0.55 0.52 0.53 0.50 0.50 0.50 071884 A 0.05 0.48 0.27 G 0.95 0.52 0.73 0.09 0.50 0.39 071930 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 072067 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 072120 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 072531 A 0.00 0.48 0.24 C 1.00 0.52 0.76 0.00 0.50 0.37 072717 A 0.31 0.50 0.41 G 0.69 0.50 0.59 0.43 0.50 0.48 073785 A 0.48 0.45 0.46 C 0.52 0.55 0.54 0.50 0.50 0.50 074526 C 0.47 0.42 0.44 G 0.53 0.57 0.56 0.50 0.49 0.49 074645 T 0.11 0.02 0.06 G 0.89 0.98 0.94 0.19 0.04 0.11 074823 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 074851 A 0.38 0.48 0.43 G 0.62 0.52 0.57 0.47 0.50 0.49 075051 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 076860 G 0.42 0.36 0.38 A 0.58 0.64 0.62 0.49 0.46 0.47 077134 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 077792 A 0.02 0.04 0.03 T 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 078045 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 078168 C 0.38 0.52 0.45 T 0.62 0.48 0.55 0.47 0.50 0.49 081941 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 082540 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 082699 T 0.24 0.58 0.40 C 0.76 0.42 0.60 0.36 0.49 0.48 082862 G 0.02 0.03 0.02 A 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 083367 T 0.43 0.48 0.45 A 0.57 0.52 0.55 0.49 0.50 0.50 083425 T 0.15 0.02 0.08 A 0.85 0.98 0.92 0.26 0.04 0.15 083429 G 0.36 0.52 0.45 A 0.64 0.48 0.55 0.46 0.50 0.50 083505 T 0.35 0.52 0.44 C 0.65 0.48 0.56 0.45 0.50 0.49 084703 G 0.12 0.46 0.30 C 0.88 0.54 0.70 0.21 0.50 0.42 085962 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 086279 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 086411 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 086552 T 0.38 0.46 0.41 C 0.62 0.54 0.59 0.47 0.50 0.49 087057 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 087411 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 087519 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 087635 T 0.02 0.02 0.02 A 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 088173 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 088495 G 0.30 0.48 0.39 A 0.70 0.52 0.61 0.42 0.50 0.47 088747 A 0.38 0.41 0.39 T 0.62 0.59 0.61 0.47 0.48 0.48 088891 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 088904 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 088992 C 0.04 0.50 0.27 T 0.96 0.50 0.73 0.08 0.50 0.39 089028 A 0.27 0.20 0.23 G 0.73 0.80 0.77 0.40 0.31 0.36 089071 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 089212 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 089389 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 089593 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 089702 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 089704 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 089707 A 0.25 0.35 0.30 T 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 090315 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 091107 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 091203 T 0.00 0.11 0.06 C 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.11 091476 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 091498 G 0.00 0.33 0.16 C 1.00 0.67 0.84 0.00 0.44 0.26 091701 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 091874 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001421: g 001916: g