************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 pan3x.phase.inp pan3x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST pan3x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates pan3x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual pan3x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters pan3x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 73 Positions of loci: 2157 2400 2833 3287 4039 4781 5217 5496 11139 11252 11254 11509 12406 12600 25894 27740 34866 34877 46664 47361 48709 48713 48925 57055 57592 58029 58240 58508 65936 66231 67762 67780 70025 71104 82771 83239 84104 84415 85483 86094 87732 88409 88569 88790 89314 89666 97263 97268 97918 98373 100242 103674 104439 104829 104960 109600 114497 114613 115173 116163 119231 119403 119796 120288 120353 120366 120376 121401 122264 122695 122968 123021 123663 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file pan3x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GACGATAAAAGIAATAICICTAAACIGATATCATTAGTCGCTATAGTCCACGAGGGTGGCTADTCCCGDAGAT 1.000000 2 GACGATAAAAGDAGCAICDCTAAGGIGACAACATTTGTGACCGTCGGTCACAAGAATGACTADTCCCGDAGAT 1.000000 3 GACGATAAAAAIAGTAICDCTAAGGIGACAACATTTGTCACCATCGGTCACAAGAATGGCTADTCCCGDAGGT 1.000000 4 GACGATAAAAAIAGTAICDCTAAGGIGACAACATTTGTCACCATCGGTCACAAGAATGGCTADTCCCGDAGGC 1.000000 5 GACGATAAAAADAGTAICDCTAAGGIGACAACATTTGTCACCATCGGTCACAAGAATGGCTADTCCCGDAGAT 1.000000 6 GACGATCAAAGIAATAICICTAAGGIGACAACATTAGTCACCATCGGTCACGAGGGTGGCTADTCCCGIAGAT 1.000000 7 GACGACAAAAAIAGTAICICTAAACIGGTATCATTAGTCGCTATCGTCCACAAGGATGGCTADTCGCGIAGAT 1.000000 8 GACGACAAAAAIAGTAICICTAAACIGGTATCATTAGTCGCTATAGTCCACAAGGATGGCTADTCGCGIAGAT 2.000000 9 GACGACAAAAAIAGTAICICTAAACIGGTATCATTAGTCGCTATAGTCCACAAGGATGGCTADTCGCGIAGGT 1.000000 10 GACGACAAAAAIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGACCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCCGDAGAT 1.000000 11 GACGACAAAGAIGGTAICICTAAACIGGTATCATTAGTCGCTATAGTCCACGAGGGTGGCTADTCCCGDAGAT 1.000000 12 GACGACAAAGAIGGTAICICTAAACIGGTATCATTAGTCGCTATAGTCCACGAGGGTGGCTADCCCCGDAAGT 5.000000 13 GATGATAGAAGDAGCGDCDCTGAGGIGACAACGTCTTTGACCGTCGGTCGCAAGAACAATTGDTCCCADAGAT 2.000000 14 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGACCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCCGDAGAT 3.000000 15 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGACCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCTGDAGAT 10.000000 16 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGACCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCTGDAGAC 5.000000 17 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGATCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCTGDAGAT 4.000000 18 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAATACCTTTGACCGTCGGTCATAGAAATGACTGDTCCTGDAGAT 19.000000 19 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAATACCTTTGACCGTCGGTCATAGAAATGACTGDTCCTGDGGAT 7.000000 20 GATGATAGGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAATACCTTTGACCGTCGGTCATAGAAATGACTADTCGCGIAGAT 1.000000 21 GATGATAGGAGIAGTAIGDTTAAGGIGACAACATCTTTGATCGTCGGTCACAGGAATGACCADCTCCGDAGAT 4.000000 22 GATGATCAAAGIAACAIGICTAAGGIGATATCATTAGTCGCTATAATCCACGAGGGTGGCTADTCGCGIAGAT 1.000000 23 GATGATCAAAGIAATAIGICTAAGGIGATATCATTAGTCGCTATAATCCACGAGGGTGGCTADTCGCGIAGAT 7.000000 24 GATGATCAGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAACATCTTTGACCGTCGGTCACAGAAATGACTGDTCCTGDAGAT 1.000000 25 GGCACTAAAAGIAGCGICDCTGGGGIAACGACGTCTTCGACCGCCGGTAGCAAGAACAACTGITCCCGDAGAT 2.000000 26 GGCACTAAAAGDAGCGICDCTGGGGIAACGACGTCTTCGACCGCCGGTAGCAAGAACAACTGITCCCGDAGAT 6.000000 27 CGCGATAAAAGDAGCGDCDCTGAGGIGACAACGTCTTTGACCGTCGGTCGCAAGAACAATTGDTCCCADAGAT 3.000000 28 CGCGATAAGAGIAGTAIGDCGAAGGDGACAATACCTTTGACCGTCGGTCATAGAAATGACTGDTCCTGDAGAT 1.000000 29 CGCGATAAGAGIAGTAIGDTTAAGGIGACAACATCTTTGATCGTCGGTCACAGGAATGACCADCTCCGDAGAT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (24,26) DY02: (1,15) DY03: (6,27) DY04: (3,9) DY05: (17,26) DY06: (5,25) DY07: (16,17) DY08: (15,16) DY09: (15,26) DY10: (12,23) DY11: (15,22) DY12: (10,23) DY13: (2,25) DY14: (16,17) DY15: (11,12) DY16: (7,15) DY17: (15,23) DY18: (16,27) DY19: (8,26) DY20: (23,26) DY21: (17,26) DY22: (8,12) DY23: (12,12) DY24: (4,16) E101: (18,18) E102: (18,21) E103: (14,14) E104: (15,18) E105: (18,23) E106: (18,21) E107: (18,18) E108: (13,29) E109: (18,18) E110: (14,18) E111: (19,21) E112: (18,19) E113: (20,21) E114: (13,28) E115: (15,18) E116: (15,23) E117: (19,27) E118: (18,19) E119: (19,23) E120: (15,18) E121: (18,19) E122: (18,18) E123: (18,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 G A T G A T [C] A [G] A G I A [G] T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY02 G A C G A T A A A A G I A A T A I C I C T A A A C I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D T C C C G D A G A T G A T G A T A [G] G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 DY03 G A C G A T (C) A A A G I A A T A I C I C T A A G G I G A C A A C A T T A G T C A C C A T C G G T C A C G A G G G T G G C T A D T C C C G I A G A T C G C G A T (A) A A A G D A G C G D C D C T G A G G I G A C A A C G T C T T T G A C C G T C G G T C G C A A G A A C A A T T G D T C C C A D A G A T 0 DY04 G A C G A T A A A A A I A G T A I C D C T A A G G I G A C A A C A T T T G T C A C C A T C G G T C A C A A G A A T G G C T A D T C C C G D A G G T G A C G A C A A A A A I A G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C A A G G A T G G C T A D T C G C G I A G G T 0 DY05 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY06 G A C G A T A A A A A D A G T A I C D C T A A G G I G A C A A C A T T T G T C A C C A T C G G T C A C A A G A A T G G C T A D T C C C G D A G A T G G C A C T A A A A G I A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY07 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A C G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 DY08 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A C 0 DY09 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY10 G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D C C C C G D A A G T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 DY11 G A T G A T A G G A G I A G (T) A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T C A A A G I A A (C) A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 DY12 G A C G A C A A A A A I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C C G D A G A T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 DY13 G A C G A T A A A A G (D) A G C A I C D C T A A G G I G A C A A C A T T T G T G A C C G T C G G T C A C A A G A A T G A C T A D T C C C G D A G A T G G C A C T A A A A G (I) A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY14 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A C G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 DY15 G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D T C C C G D A G A T G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D C C C C G D A A G T 0 DY16 G A C G A C A A A A A I A G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T C G T C C A C A A G G A T G G C T A D T C G C G I A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 DY17 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 DY18 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A C C G C G A T A A A A G D A G C G D C D C T G A G G I G A C A A C G T C T T T G A C C G T C G G T C G C A A G A A C A A T T G D T C C C A D A G A T 0 DY19 G A C G A C A A A A A I A G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C A A G G A T G G C T A D T C G C G I A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY20 G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY21 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G G C A C T A A A A G D A G C G I C D C T G G G G I A A C G A C G T C T T C G A C C G C C G G T A G C A A G A A C A A C T G I T C C C G D A G A T 0 DY22 G A C G A C A A A A A I A G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C A A G G A T G G C T A D T C G C G I A G A T G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D C C C C G D A A G T 0 DY23 G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D C C C C G D A A G T G A C G A C A A A G A I G G T A I C I C T A A A C I G G T A T C A T T A G T C G C T A T A G T C C A C G A G G G T G G C T A D C C C C G D A A G T 0 DY24 G A C G A T A A A A A I A G T A I C D C T A A G G I G A C A A C A T T T G T C A C C A T C G G T C A C A A G A A T G G C T A D T C C C G D A G G C G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A C 0 E101 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E102 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D T T A A G G I G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G G A A T G A C C A D C T C C G D A G A T 0 E103 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C C G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C C G D A G A T 0 E104 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E105 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 E106 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D T T A A G G I G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G G A A T G A C C A D C T C C G D A G A T 0 E107 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E108 G A T G A T A G A A G D A G C G D C D C T G A G G I G A C A A C G T C T T T G A C C G T C G G T C G C A A G A A C A A T T G D T C C C A D A G A T C G C G A T A A G A G I A G T A I G D T T A A G G I G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G G A A T G A C C A D C T C C G D A G A T 0 E109 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E110 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C C G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E111 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D T T A A G G I G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G G A A T G A C C A D C T C C G D A G A T 0 E112 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T 0 E113 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T A D T C G C G I A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D T T A A G G I G A C A A C A T C T T T G A T C G T C G G T C A C A G G A A T G A C C A D C T C C G D A G A T 0 E114 G A T G A T A G A A G D A G C G D C D C T G A G G I G A C A A C G T C T T T G A C C G T C G G T C G C A A G A A C A A T T G D T C C C A D A G A T C G C G A T A A G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E115 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E116 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 E117 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T C G C G A T A A A A G D A G C G D C D C T G A G G I G A C A A C G T C T T T G A C C G T C G G T C G C A A G A A C A A T T G D T C C C A D A G A T 0 E118 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T 0 E119 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T G A T G A T C A A A G I A A T A I G I C T A A G G I G A T A T C A T T A G T C G C T A T A A T C C A C G A G G G T G G C T A D T C G C G I A G A T 0 E120 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A C A T C T T T G A C C G T C G G T C A C A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E121 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T 0 E122 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T 0 E123 G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D A G A T G A T G A T A G G A G I A G T A I G D C G A A G G D G A C A A T A C C T T T G A C C G T C G G T C A T A G A A A T G A C T G D T C C T G D G G A T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = A T G ? ? ? = ? = = I ? ? T A = G = = G A A = = D G ? ? ? = = A = = = = T = = = = = ? = = = = C A = = G A = = T G = = = = D = = = T = = = = = = = G C A ? ? ? = ? = = D ? ? C G = C = = T G G = = I A ? ? ? = = G = = = = C = = = = = ? = = = = A G = = A G = = C A = = = = I = = = C = = = = = = 0 DY02 = = C = ? = = ? A = = = ? A = = = C I = T = = A C I = = T = T = = = T A G = C G = T ? ? A = T C = = = G A G G G = = G = = A = = = = C = = = = = = = = T = ? = = ? G = = = ? G = = = G D = G = = G G D = = C = A = = = C T T = G A = C ? ? C = G T = = = A G A A A = = A = = G = = = = T = = = = = = 0 DY03 G A = = ? = (C) = ? = = I ? A T A I = I = = A = = = = = = = = = = A = T A G = C = = = A ? = = = = = A = G = = G G T G G C = A = = = = = G I = = = = C G = = ? = (A) = ? = = D ? G C G D = D = = G = = = = = = = = = = G = C T T = G = = = G ? = = = = = G = A = = A A C A A T = G = = = = = A D = = = = 0 DY04 = = = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = D = = = = G G = = A C = A = = = = T = = = A = C = ? C = G T = = = = = = A = = = = = = = = = = C = = D = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = I = = = = A C = = G T = T = = = = A = = = G = T = ? A = T C = = = = = = G = = = = = = = = = = G = = I = = = = 0 DY05 = A T G ? = = ? ? = = I ? ? T A = G = = G A A = = D G = = A = = A = = = = T = = T = = ? = = = = C A = = G A = = T G = = = = D = = = T = = = = = = = G C A ? = = ? ? = = D ? ? C G = C = = T G G = = I A = = G = = G = = = = C = = C = = ? = = = = A G = = A G = = C A = = = = I = = = C = = = = = = 0 DY06 = A = G ? ? = ? ? = A D ? ? T A = = = = = A A = = = G = = A = = A = T = G T C = = = A T = = = = C A = = = = = = T G G = = A D = = = = = = = = = = = G = A ? ? = ? ? = G I ? ? C G = = = = = G G = = = A = = G = = G = C = T C G = = = G C = = = = A G = = = = = = C A A = = G I = = = = = = = = = = 0 DY07 = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = C = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = T = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 DY08 = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? = ? = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? = ? = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C 0 DY09 = A T G A = = G G = = I = = T A = G = = G A A = = ? ? ? = A = = A = ? = = T = = = = = T = = = = C A = = G A ? = T G = = = = D = = = T = = = = = = = G C A C = = A A = = D = = C G = C = = T G G = = ? ? ? = G = = G = ? = = C = = = = = C = = = = A G = = A G ? = C A = = = = I = = = C = = = = = = 0 DY10 = = C ? = C A = = G A = G G = = = C = = = = = A C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = D = A G = = = T ? = T C = = A G = A A = = = G = = = = = G G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = I = G A = 0 DY11 = = = = = = A G G = = = = G (T) = = = D = G = = = = D ? ? C = A = = = ? T T = G A = C G = C G G T = = = A G A A A = = A = = G = = = C T = D = = = = = = = = = = C A A = = = = A (C) = = = I = T = = = = I ? ? T = T = = = ? A G = C G = T A = A A T C = = = G A G G G = = G = = A = = = G C = I = = = = 0 DY12 = = C = = C A = = = A = = G = = = = D = G = = = = D = = C = A = = = C T T = G A = C G = C G G T = = = A G A A A = = A = = G = = = C = = D = = = ? = = T = = T C = = = G = = A = = = = I = T = = = = I = = T = T = = = T A G = C G = T A = A A T C = = = G A G G G = = G = = A = = = G = = I = = = ? 0 DY13 = A = G A = = = = = = (D) = = = A = = = = ? ? ? = = = G = = A = = A ? T = G T = = = = = ? = = = = C A = = = = = = T G = = = A D = = = = = = = = = = = G = A C = = = = = = (I) = = = G = = = = ? ? ? = = = A = = G = = G ? C = T C = = = = = ? = = = = A G = = = = = = C A = = = G I = = = = = = = = = = 0 DY14 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T 0 DY15 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = A G = 0 DY16 = = C = = C = A A = A = = = = ? = C I = T = = A C I = G T = T = = ? T A G = C G = T A = = = T C = = = = ? G G = = = G = = A = = = G C = I = = = = = = T = = T = G G = G = = = = ? = G D = G = = G G D = A C = A = = ? C T T = G A = C G = = = G T = = = = ? A A = = = A = = G = = = C T = D = = = = 0 DY17 = = = = = = A G G = = = = G = = = = D = G = = = = D = = C = A = = = C T T = G A = C G = C G ? ? = = = ? G A ? A = = A = = G = = = C T = D = = = = = = = = = = C A A = = = = A = = = = I = T = = = = I = = T = T = = = T A G = C G = T A = A A ? ? = = = ? A G ? G = = G = = A = = = G C = I = = = = 0 DY18 G A T = = = = G G = = I = = T A I G = = ? ? ? = = D = = = = ? ? A = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = G A = = T G = C = = = = = = T G = = = = C C G C = = = = A A = = D = = C G D C = = ? ? ? = = I = = = = ? ? G = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = A G = = C A = T = = = = = = C A = = = = T 0 DY19 = A = G A C = = = = A I = = T A = = I = = A A A C = G G T A T = A = T A G T C G = T A T A = T C C A = = = = G = T G G = = A D = = G = = I = = = = = G = A C T = = = = G D = = C G = = D = = G G G G = A A C G A = G = C T T C G A = C G C C = G T A G = = = = A = C A A = = G I = = C = = D = = = = 0 DY20 = A T G A = C = = = = I = A T A = G ? = = A A = = = G = T A T = A = T A G T C G = T A ? A A T C C A = G = = G G T G G = = A D = = G = = I = = = ? = G C A C = A = = = = D = G C G = C ? = = G G = = = A = C G A = G = C T T C G A = C G ? C G G T A G = A = = A A C A A = = G I = = C = = D = = = ? 0 DY21 = A T G A = = G G = = I = = T A = G = = G A A = = D G = = A = = A = ? = = T = = T = = T = = = = C ? = = G A = = T G = ? = = D = = = T = = = = = = = G C A C = = A A = = D = = C G = C = = T G G = = I A = = G = = G = ? = = C = = C = = C = = = = A ? = = A G = = C A = ? = = I = = = C = = = = = = 0 DY22 = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = A = = = A = = = = = = = T = G = = I = G A = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = G = = = = = = = C = C = = D = A G = 0 DY23 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY24 = = C = = = = A A = A = = = = = = C = = T = = = = I = = = = ? ? = = T = G = C = = = A = = = = = = = = = A G = = = = G = = A = = = = C = = = = G = = = T = = = = G G = G = = = = = = G = = G = = = = D = = = = ? ? = = C = T = G = = = G = = = = = = = = = G A = = = = A = = G = = = = T = = = = A = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = C G = = = = D = = = = = T = C = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = A = = = = = = T G = T C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T T = = = = I = = = = = C = T = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = G = = = = = = C A = C T = C = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T ? = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E105 = = = = = = A G G = = = = G = = = = ? = G = = = = D ? ? C = A T = C C T T = G A ? C G = C G G T = = T A G A ? A = = A = = G = = = C T = D = = = = = = = = = = C A A = = = = A = = = = ? = T = = = = I ? ? T = T C = T T A G = C G ? T A = A A T C = = C G A G ? G = = G = = A = = = G C = I = = = = 0 E106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = D = = = = = T = C = = = = = = ? = = ? = = = = = = T = = A = = = = = = T G = T C = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = I = = = = = C = T = = = = = = ? = = ? = = = = = = C = = G = = = = = = C A = C T = C ? = = = = = 0 E107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E108 G ? T = = = = G A = = D = = C G D C ? C ? ? ? = = = = = = = ? ? G ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = G = = A = = = C A = T T G = T C = = A = = = = = C ? C = = = = A G = = I = = T A I G ? T ? ? ? = = = = = = = ? ? A ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = A = = G = = = T G = C C A = C T = = G = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = ? ? = ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = ? ? = ? = = = = = = T = = = = = = 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C G = = = = D = ? = = = T = C = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = ? ? = = = = = T G = T C = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T T = = = = I = ? = = = C = T = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = ? ? = = = = = C A = C T = C = = A = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 E113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = ? = = = = = T = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = A = = = = = = T = = T C G = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = = ? = = = = = C = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = G = = = = = = C = = C T C = = D = = = = 0 E114 G A T = = = = G A = = D = = C G D C ? = T G = = = I ? ? = = = C G T = = ? ? ? = = ? = ? = = ? ? ? G C = A G ? = C A = T = = = = = = C A = = = = = C G C = = = = A G = = I = = T A I G ? = G A = = = D ? ? = = = T A C = = ? ? ? = = ? = ? = = ? ? ? A T = G A ? = T G = C = = = = = = T G = = = = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 = = = = = = A G G = = = = G ? ? = = D = G = = = = D = ? C = ? ? ? = ? T T = G ? = C G = ? G G T = = = A G A A A = = A = = G = = = C T = D = = = = = = = = = = C A A = = = = A ? ? = = I = T = = = = I = ? T = ? ? ? = ? A G = C ? = T A = ? A T C = = = G A G G G = = G = = A = = = G C = I = = = = 0 E117 G A T = = = = G G = = I = = T A I G = = G A = = = ? = = = = = T A C = = = = = ? = = = = = = = = = ? T = G A = = T G = C = = = = = = T G = G = = = C G C = = = = A A = = D = = C G D C = = T G = = = ? = = = = = C G T = = = = = ? = = = = = = = = = ? C = A G = = C A = T = = = = = = C A = A = = = 0 E118 = ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 E119 = = = = = = A G G = = = = G = = = = ? = G = = = = D = = C = A T = C ? T T = G A = C G = C G G T = = T A G A A A = = A = = G = = = C T = D G = = = = = = = = = C A A = = = = A = = = = ? = T = = = = I = = T = T C = T ? A G = C G = T A = A A T C = = C G A G G G = = G = = A = = = G C = I A = = = 0 E120 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = = = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E121 ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E123 = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = ? = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 0.92 = ? = = ? 0.92 = = = ? 0.92 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = 0.66 = ? = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = ? ? = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = ? ? = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = 0.98 = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = ? = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = ? ? ? ? = ? = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 0.52 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 0.76 = = = 1.00 = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = ? 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? = = = = = = = ? ? 1.00 ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = ? = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = = ? = ? = = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 = ? ? ? = ? 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = END PHASEPROBS