Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000579 -- 9 3 12 +- 10 15 25 ++ 5 5 10 0.490 2.272 0.203 001383 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 001524 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 004439 AA 17 21 38 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.131 0.000 0.059 004583 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 18 21 39 0.014 0.000 0.006 005068 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009581 AA 15 21 36 AT 6 0 6 TT 1 0 1 0.153 0.000 1.288 009597 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010783 AA 0 3 3 AG 0 11 11 GG 22 9 31 0.000 0.016 1.841 011066 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011896 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 012003 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 012020 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012197 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 19 39 0.050 0.000 0.026 012625 GG 0 3 3 GT 0 12 12 TT 23 8 31 0.000 0.209 1.348 012841 AA 21 23 44 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 012843 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 012881 CC 0 0 0 CT 4 7 11 TT 20 16 36 0.198 0.741 0.826 013749 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 17 23 40 0.015 0.000 0.006 013859 AA 18 23 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.006 013992 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 18 23 41 0.014 0.000 0.006 014110 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 014214 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014681 AA 22 21 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 014904 CC 21 21 42 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 014985 CC 14 22 36 CG 6 0 6 GG 1 0 1 0.114 0.000 1.288 014996 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 22 42 0.012 0.000 0.006 015200 AA 0 0 0 AG 2 2 4 GG 19 20 39 0.053 0.050 0.102 015246 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 21 21 42 0.000 0.012 0.006 015956 AA 4 5 9 AG 7 15 22 GG 12 3 15 2.175 2.272 0.033 016150 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016279 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 016349 CC 22 22 44 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 016472 -- 0 3 3 +- 0 11 11 ++ 22 9 31 0.000 0.016 1.841 016567 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016713 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 016714 AA 0 0 0 AT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 016766 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016834 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019047 AA 19 22 41 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.118 0.000 0.055 019354 CC 7 0 7 CT 9 4 13 TT 6 19 25 0.714 0.209 4.385 019833 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019920 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 020409 -- 7 0 7 +- 11 4 15 ++ 6 19 25 0.160 0.209 2.984 020639 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 020712 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 020767 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 022746 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 21 20 41 0.012 0.050 0.055 022747 CC 0 0 0 CG 4 6 10 GG 18 16 34 0.220 0.548 0.723 022905 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 13 20 33 0.302 0.000 0.121 023202 AA 2 0 2 AG 8 3 11 GG 9 19 28 0.012 0.118 0.431 023420 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 023856 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 023873 -- 24 21 45 +- 0 2 2 ++ 0 0 0 0.000 0.048 0.022 023918 CC 16 21 37 CT 7 0 7 TT 1 0 1 0.044 0.000 0.830 023958 AA 24 7 31 AT 0 10 10 TT 0 3 3 0.000 0.035 2.453 024094 GG 23 20 43 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024438 AA 20 19 39 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.102 024559 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 24 13 37 0.000 0.468 0.168 024621 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 24 20 44 0.000 0.112 0.051 024823 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 024824 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 025115 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 025204 -- 22 22 44 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 025605 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 025974 AA 18 17 35 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.055 0.000 0.029 028545 -- 22 21 43 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028581 CC 22 21 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 029250 AA 1 0 1 AG 2 0 2 GG 18 20 38 4.203 0.000 9.226 029408 CC 0 1 1 CT 0 0 0 TT 21 19 40 0.000 20.000 41.000 030391 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 030529 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030652 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 031174 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031329 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 031989 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 22 41 0.209 0.000 0.097 032058 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 032598 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033186 CC 20 23 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033407 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033467 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033499 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 21 40 0.013 0.000 0.006 033913 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 19 41 0.011 0.000 0.006 034022 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 19 39 0.112 0.000 0.058 034181 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 035044 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 18 19 37 0.124 0.000 0.061 035499 AA 8 0 8 AT 10 4 14 TT 6 19 25 0.621 0.209 4.651 035507 CC 10 3 13 CT 10 15 25 TT 4 5 9 0.296 2.272 0.241 036318 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037046 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037249 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037534 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 037627 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 037753 AA 22 22 44 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.045 0.000 0.023 038707 GG 22 21 43 GT 0 0 0 TT 1 0 1 23.000 0.000 44.000 038822 AA 22 21 43 AG 0 0 0 GG 1 0 1 23.000 0.000 44.000 038848 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 21 43 0.011 0.000 0.006 039243 CC 21 18 39 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 039548 -- 0 0 0 +- 4 1 5 ++ 20 22 42 0.198 0.011 0.148 040181 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 040243 GG 0 0 0 GT 0 2 2 TT 24 20 44 0.000 0.050 0.023 040426 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 040747 CC 24 8 32 CT 0 11 11 TT 0 3 3 0.000 0.065 1.957 040830 -- 24 19 43 +- 0 3 3 ++ 0 0 0 0.000 0.118 0.052 041028 CC 18 23 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.220 0.000 0.097 041696 AA 18 20 38 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.055 0.000 0.026 041951 AA 21 20 41 AG 1 3 4 GG 0 0 0 0.012 0.112 0.097 042269 CC 8 20 28 CG 9 3 12 GG 7 0 7 1.484 0.112 6.159 042384 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 043049 -- 0 3 3 +- 0 10 10 ++ 23 8 31 0.000 0.002 2.453 043269 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 21 22 43 0.048 0.000 0.023 043379 -- 4 0 4 +- 10 2 12 ++ 10 20 30 0.296 0.050 2.504 043461 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 22 19 41 0.000 0.013 0.006 043509 AA 18 20 38 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.220 0.000 0.105 043545 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 18 20 38 0.220 0.000 0.105 043593 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 043788 AA 19 23 42 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.053 0.000 0.024 044035 AA 20 21 41 AT 1 2 3 TT 0 0 0 0.012 0.048 0.055 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000579: t 013992: t 016472: a 016766: ttc 020409: t 023873: ttggtgctt 024824: T 025204: a 028545: t 035044: taa 037249: t 039548: A 040830: t 043049: TTA 043379: tt 043461: g