Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000316 AA 0 1 1 AG 3 11 14 GG 21 11 32 0.107 0.741 0.140 000326 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 000355 CC 18 23 41 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.448 000576 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 22 42 0.198 0.000 0.095 000602 AA 18 13 31 AC 6 6 12 CC 0 3 3 0.490 2.148 1.348 000768 AA 21 11 32 AC 3 10 13 CC 0 1 1 0.107 0.468 0.058 000855 AA 18 13 31 AC 6 6 12 CC 0 3 3 0.490 2.148 1.348 000868 CC 0 3 3 CT 6 6 12 TT 18 13 31 0.490 2.148 1.348 000975 AA 3 4 7 AC 9 13 22 CC 11 6 17 0.277 0.445 0.001 001187 -- 0 1 1 +- 2 10 12 ++ 22 11 33 0.045 0.468 0.006 001250 CC 3 1 4 CT 13 4 17 TT 6 7 13 0.917 0.148 0.193 001359 -- 0 0 0 +- 4 1 5 ++ 17 11 28 0.233 0.023 0.222 001434 AA 0 3 3 AT 1 2 3 TT 15 6 21 0.017 4.055 9.720 001558 -- 2 1 3 +- 6 2 8 ++ 1 5 6 1.103 0.889 0.014 001621 -- 0 1 1 +- 0 2 2 ++ 10 7 17 0.000 1.406 3.951 001755 AA 0 3 3 AG 6 6 12 GG 14 14 28 0.623 2.407 1.058 001760 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 001798 CC 1 1 2 CT 7 6 13 TT 14 16 30 0.011 0.195 0.147 001840 CC 0 0 0 CT 0 3 3 TT 23 20 43 0.000 0.112 0.052 002059 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 002112 CC 23 17 40 CT 1 5 6 TT 0 1 1 0.011 0.571 1.527 002113 AA 0 1 1 AG 2 11 13 GG 22 11 33 0.045 0.741 0.046 002301 AA 0 1 1 AG 0 5 5 GG 24 17 41 0.000 0.571 2.448 002304 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002402 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 002532 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 002561 AA 21 16 37 AG 2 6 8 GG 0 0 0 0.048 0.548 0.428 002588 CC 17 22 39 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.517 0.000 0.230 002745 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 21 23 44 9.521 0.000 19.761 002753 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 003019 CC 22 17 39 CT 2 6 8 TT 0 0 0 0.045 0.517 0.407 003077 AA 2 0 2 AG 6 0 6 GG 16 23 39 1.407 0.000 5.074 003078 AA 2 0 2 AG 6 0 6 GG 16 23 39 1.407 0.000 5.074 003099 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003154 AA 0 3 3 AC 6 6 12 CC 18 14 32 0.490 2.407 1.447 003162 AA 0 1 1 AG 2 11 13 GG 22 11 33 0.045 0.741 0.046 003188 CC 0 0 0 CT 2 5 7 TT 22 18 40 0.045 0.342 0.304 003441 CC 17 23 40 CT 6 0 6 TT 1 0 1 0.240 0.000 1.527 003701 GG 23 22 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003884 AA 0 0 0 AC 2 6 8 CC 22 17 39 0.045 0.517 0.407 003944 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 003970 CC 18 20 38 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.296 0.000 5.505 004141 AA 20 10 30 AT 2 8 10 TT 0 1 1 0.050 0.140 0.023 004155 AA 0 3 3 AG 6 5 11 GG 16 11 27 0.548 2.466 1.384 004367 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 005061 AA 0 1 1 AG 0 5 5 GG 24 17 41 0.000 0.571 2.448 005072 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 005131 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005202 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005267 CC 22 11 33 CT 2 11 13 TT 0 1 1 0.045 0.741 0.046 005555 CC 1 0 1 CT 0 0 0 TT 23 23 46 24.000 0.000 47.000 005644 CC 22 18 40 CT 2 5 7 TT 0 0 0 0.045 0.342 0.304 006048 GG 16 23 39 GT 7 0 7 TT 1 0 1 0.044 0.000 0.919 006057 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006078 CC 15 16 31 CT 8 6 14 TT 1 1 2 0.003 0.195 0.068 006079 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006226 CC 0 3 3 CT 9 6 15 TT 15 14 29 1.278 2.407 0.303 006551 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006555 CC 1 1 2 CT 8 6 14 TT 15 16 31 0.003 0.195 0.068 006634 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 2 0 2 1.407 0.000 5.074 006809 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 006833 AA 0 1 1 AC 0 5 5 CC 24 17 41 0.000 0.571 2.448 006949 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006962 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007184 AA 1 1 2 AG 8 6 14 GG 15 16 31 0.003 0.195 0.068 007472 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008064 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 22 18 40 0.045 0.342 0.304 008200 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008584 CC 15 23 38 CT 8 0 8 TT 1 0 1 0.003 0.000 0.516 008912 AA 0 0 0 AG 2 5 7 GG 22 18 40 0.045 0.342 0.304 009175 AA 3 0 3 AC 9 0 9 CC 11 23 34 0.277 0.000 3.687 009518 CC 21 23 44 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 009540 CC 23 16 39 CT 0 6 6 TT 0 1 1 0.000 0.195 1.467 009571 CC 23 22 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 009605 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 009659 CC 1 3 4 CT 6 11 17 TT 16 9 25 0.195 0.016 0.202 009694 AA 0 1 1 AC 2 11 13 CC 21 11 32 0.048 0.741 0.058 009850 AA 0 1 1 AG 0 6 6 GG 24 16 40 0.000 0.195 1.527 009963 AA 1 1 2 AG 6 6 12 GG 16 16 32 0.195 0.195 0.390 010075 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 010351 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 22 46 0.000 0.011 0.005 010435 AA 0 0 0 AG 8 0 8 GG 16 23 39 0.960 0.000 0.407 010442 AA 22 18 40 AC 2 5 7 CC 0 0 0 0.045 0.342 0.304 010445 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 010601 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 010720 CC 1 0 1 CT 5 3 8 TT 17 18 35 0.571 0.124 0.418 010824 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011024 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 011035 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 011066 CC 16 23 39 CT 8 0 8 TT 0 0 0 0.960 0.000 0.407 011167 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011201 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 011316 AA 23 20 43 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.050 0.023 011317 -- 20 20 40 +- 2 2 4 ++ 1 0 1 4.707 0.050 3.673 011430 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011431 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 011463 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011796 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 011805 GG 19 23 42 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 012051 CC 16 16 32 CT 7 7 14 TT 1 0 1 0.044 0.741 0.140 012092 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012353 AA 0 1 1 AG 0 6 6 GG 24 16 40 0.000 0.195 1.527 012488 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012808 GG 19 23 42 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 012945 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 013043 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013100 * 013242 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013326 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 013459 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013482 CC 24 22 46 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013514 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013587 AA 2 0 2 AG 9 7 16 GG 13 16 29 0.061 0.741 0.012 013604 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 013675 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 013784 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 013791 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013827 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013895 CC 22 11 33 CT 2 11 13 TT 0 1 1 0.045 0.741 0.046 014164 -- 1 0 1 +- 9 7 16 ++ 12 16 28 0.182 0.741 0.556 014478 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 014587 AA 1 0 1 AC 7 0 7 CC 16 22 38 0.044 0.000 0.875 014688 CC 24 16 40 CT 0 6 6 TT 0 1 1 0.000 0.195 1.527 014754 CC 24 14 38 CT 0 8 8 TT 0 1 1 0.000 0.011 0.516 014844 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 015483 AA 0 1 1 AG 3 11 14 GG 21 11 32 0.107 0.741 0.140 015581 AA 24 20 44 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.051 015592 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015621 AA 0 3 3 AT 3 6 9 TT 21 14 35 0.107 2.407 3.846 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001187: at 001359: ac 001558: tcac 001621: acacacacactc 010351: g 011317: tg 014164: c Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 013100 AA 1 1 2 013100 AC 6 6 12 013100 AG 0 0 0 013100 CC 10 16 26 013100 CG 7 0 7 013100 GG 0 0 0