Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000316 A 0.06 0.28 0.17 G 0.94 0.72 0.83 0.12 0.41 0.28 000326 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000355 T 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 000576 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 000602 C 0.12 0.27 0.20 A 0.88 0.73 0.80 0.22 0.40 0.31 000768 C 0.06 0.27 0.16 A 0.94 0.73 0.84 0.12 0.40 0.27 000855 C 0.12 0.27 0.20 A 0.88 0.73 0.80 0.22 0.40 0.31 000868 C 0.12 0.27 0.20 T 0.88 0.73 0.80 0.22 0.40 0.31 000975 A 0.33 0.46 0.39 C 0.67 0.54 0.61 0.44 0.50 0.48 001187 - 0.04 0.27 0.15 + 0.96 0.73 0.85 0.08 0.40 0.26 001250 C 0.43 0.25 0.37 T 0.57 0.75 0.63 0.49 0.38 0.46 001359 - 0.10 0.04 0.08 + 0.90 0.96 0.92 0.17 0.08 0.14 001434 A 0.03 0.36 0.17 T 0.97 0.64 0.83 0.06 0.46 0.28 001558 - 0.56 0.25 0.41 + 0.44 0.75 0.59 0.49 0.38 0.48 001621 - 0.00 0.20 0.10 + 1.00 0.80 0.90 0.00 0.32 0.18 001755 A 0.15 0.26 0.21 G 0.85 0.74 0.79 0.26 0.39 0.33 001760 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 001798 C 0.20 0.17 0.19 T 0.80 0.83 0.81 0.33 0.29 0.31 001840 C 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002059 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002112 T 0.02 0.15 0.09 C 0.98 0.85 0.91 0.04 0.26 0.16 002113 A 0.04 0.28 0.16 G 0.96 0.72 0.84 0.08 0.41 0.27 002301 A 0.00 0.15 0.07 G 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 002304 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002402 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002532 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002561 G 0.04 0.14 0.09 A 0.96 0.86 0.91 0.08 0.24 0.16 002588 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 002745 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002753 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003019 T 0.04 0.13 0.09 C 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 003077 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 003078 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 003099 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003154 A 0.12 0.26 0.19 C 0.88 0.74 0.81 0.22 0.39 0.31 003162 A 0.04 0.28 0.16 G 0.96 0.72 0.84 0.08 0.41 0.27 003188 C 0.04 0.11 0.07 T 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 003441 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 003701 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003884 A 0.04 0.13 0.09 C 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 003944 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003970 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.11 004141 T 0.05 0.26 0.15 A 0.95 0.74 0.85 0.09 0.39 0.25 004155 A 0.14 0.29 0.21 G 0.86 0.71 0.79 0.24 0.41 0.33 004367 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005061 A 0.00 0.15 0.07 G 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 005072 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005131 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005202 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005267 T 0.04 0.28 0.16 C 0.96 0.72 0.84 0.08 0.41 0.27 005555 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005644 T 0.04 0.11 0.07 C 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 006048 T 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 006057 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006078 T 0.21 0.17 0.19 C 0.79 0.83 0.81 0.33 0.29 0.31 006079 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006226 C 0.19 0.26 0.22 T 0.81 0.74 0.78 0.30 0.39 0.35 006551 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006555 C 0.21 0.17 0.19 T 0.79 0.83 0.81 0.33 0.29 0.31 006634 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 006809 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006833 A 0.00 0.15 0.07 C 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 006949 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006962 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007184 A 0.21 0.17 0.19 G 0.79 0.83 0.81 0.33 0.29 0.31 007472 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008064 A 0.04 0.11 0.07 G 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 008200 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008584 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 008912 A 0.04 0.11 0.07 G 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 009175 A 0.33 0.00 0.16 C 0.67 1.00 0.84 0.44 0.00 0.27 009518 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009540 T 0.00 0.17 0.09 C 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 009571 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009605 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009659 C 0.17 0.37 0.27 T 0.83 0.63 0.73 0.29 0.47 0.40 009694 A 0.04 0.28 0.16 C 0.96 0.72 0.84 0.08 0.41 0.27 009850 A 0.00 0.17 0.09 G 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 009963 A 0.17 0.17 0.17 G 0.83 0.83 0.83 0.29 0.29 0.29 010075 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010351 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010435 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 010442 C 0.04 0.11 0.07 A 0.96 0.89 0.93 0.08 0.19 0.14 010445 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010601 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010720 C 0.15 0.07 0.11 T 0.85 0.93 0.89 0.26 0.13 0.20 010824 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011024 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011035 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011066 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011167 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011201 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011316 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011317 + 0.09 0.05 0.07 - 0.91 0.95 0.93 0.16 0.09 0.12 011430 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011431 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011463 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011796 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011805 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 012051 T 0.19 0.15 0.17 C 0.81 0.85 0.83 0.30 0.26 0.28 012092 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012353 A 0.00 0.17 0.09 G 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 012488 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012808 T 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 012945 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013043 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013100 * 013242 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013326 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 013459 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013482 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013514 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013587 A 0.27 0.15 0.21 G 0.73 0.85 0.79 0.39 0.26 0.33 013604 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013675 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013784 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013791 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013827 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013895 T 0.04 0.28 0.16 C 0.96 0.72 0.84 0.08 0.41 0.27 014164 - 0.25 0.15 0.20 + 0.75 0.85 0.80 0.38 0.26 0.32 014478 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014587 A 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 014688 T 0.00 0.17 0.09 C 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 014754 T 0.00 0.22 0.11 C 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 014844 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 015483 A 0.06 0.28 0.17 G 0.94 0.72 0.83 0.12 0.41 0.28 015581 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 015592 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015621 A 0.06 0.26 0.16 T 0.94 0.74 0.84 0.12 0.39 0.27 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001187: at 001359: ac 001558: tcac 001621: acacacacactc 010351: g 011317: tg 014164: c Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 013100 G 0.15 0.00 0.07 A 0.17 0.17 0.17 C 0.69 0.83 0.76