Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000070 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 000232 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 000411 CC 11 9 20 CT 10 11 21 TT 3 3 6 0.094 0.016 0.018 000530 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001040 AA 4 0 4 AG 11 0 11 GG 9 23 32 0.042 0.000 3.539 001415 AA 0 9 9 AC 5 11 16 CC 18 3 21 0.342 0.016 2.957 001607 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 001683 AA 3 3 6 AG 10 11 21 GG 10 9 19 0.040 0.016 0.003 001776 -- 3 3 6 +- 10 11 21 ++ 10 9 19 0.040 0.016 0.003 001962 -- 9 8 17 +- 10 8 18 ++ 3 2 5 0.007 0.000 0.005 002157 AA 9 23 32 AG 6 0 6 GG 4 0 4 1.963 0.000 9.909 002175 AA 15 23 38 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.105 002337 CC 13 23 36 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.668 0.000 0.249 002342 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 22 41 0.000 0.011 0.006 002403 -- 1 0 1 +- 9 0 9 ++ 14 23 37 0.091 0.000 0.253 002425 AA 3 3 6 AG 10 11 21 GG 10 9 19 0.040 0.016 0.003 002446 CC 0 9 9 CT 2 6 8 TT 17 3 20 0.059 1.125 10.223 002979 AA 11 9 20 AG 10 11 21 GG 3 3 6 0.094 0.016 0.018 002987 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 003170 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 003215 AA 14 19 33 AC 7 4 11 CC 3 0 3 1.642 0.209 2.074 003382 CC 6 0 6 CT 15 4 19 TT 3 19 22 1.748 0.209 0.344 003422 CC 6 0 6 CT 15 4 19 TT 3 19 22 1.748 0.209 0.344 003515 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003522 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 003817 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 004348 AA 5 0 5 AG 15 4 19 GG 3 19 22 2.272 0.209 0.086 004517 CC 3 19 22 CT 15 4 19 TT 6 0 6 1.748 0.209 0.344 004758 AA 0 9 9 AG 5 11 16 GG 19 3 22 0.324 0.016 3.245 004860 CC 6 0 6 CT 14 4 18 TT 3 19 22 1.308 0.209 0.553 005140 CC 3 19 22 CG 15 4 19 GG 6 0 6 1.748 0.209 0.344 005204 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 005255 AA 3 18 21 AG 15 4 19 GG 6 0 6 1.748 0.220 0.263 005447 AA 22 22 44 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 005694 CC 6 0 6 CG 15 4 19 GG 3 19 22 1.748 0.209 0.344 006045 CC 17 23 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.015 0.000 0.006 006072 AA 2 19 21 AG 10 4 14 GG 4 0 4 1.165 0.209 0.504 006081 -- 4 0 4 +- 11 3 14 ++ 2 19 21 1.658 0.118 0.504 008010 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 008092 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 008094 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 21 22 43 0.000 0.011 0.006 008446 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 008565 -- 1 5 6 +- 9 10 19 ++ 14 7 21 0.091 0.153 0.263 009153 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 20 40 0.012 0.000 0.006 009480 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 009493 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 23 44 0.012 0.000 0.006 009514 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 009572 CC 15 22 37 CT 7 1 8 TT 0 0 0 0.787 0.011 0.428 009759 AA 9 14 23 AG 7 6 13 GG 5 1 6 1.995 0.114 2.832 009817 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 009880 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 010479 AA 0 1 1 AT 3 7 10 TT 21 15 36 0.107 0.025 0.094 010492 AA 0 1 1 AG 0 3 3 GG 24 19 43 0.000 2.457 6.306 010553 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 010584 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 18 23 41 0.490 0.000 0.218 010823 AA 16 23 39 AG 8 0 8 GG 0 0 0 0.960 0.000 0.407 011242 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 011318 AA 0 0 0 AT 8 0 8 TT 16 22 38 0.960 0.000 0.417 011754 AA 0 2 2 AC 2 5 7 CC 22 12 34 0.045 1.406 3.142 012014 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012121 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012131 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012345 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012407 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.230 012441 CC 16 23 39 CG 6 0 6 GG 0 0 0 0.548 0.000 0.230 012520 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012753 CC 18 22 40 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.644 0.000 2.368 012861 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012958 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 22 40 0.490 0.000 0.224 014258 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 014353 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 014365 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 014935 CC 0 2 2 CT 2 7 9 TT 22 14 36 0.045 0.616 1.816 014941 GG 4 0 4 GT 8 0 8 TT 12 23 35 1.500 0.000 7.424 015007 CC 3 0 3 CT 8 0 8 TT 12 23 35 0.733 0.000 4.889 015168 CC 4 0 4 CT 8 0 8 TT 12 23 35 1.500 0.000 7.424 015200 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 015203 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 015277 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015352 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 015447 AA 11 18 29 AG 9 4 13 GG 4 1 5 0.780 1.252 2.977 015648 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016139 AA 2 0 2 AT 4 0 4 TT 15 22 37 3.070 0.000 8.658 016219 CC 17 22 39 CT 5 0 5 TT 1 0 1 0.571 0.000 2.288 016235 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016283 CC 4 0 4 CT 6 1 7 TT 13 21 34 3.390 0.012 8.712 016533 AA 21 21 42 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017075 CC 4 0 4 CT 7 0 7 TT 13 22 35 2.476 0.000 9.004 018963 GG 2 0 2 GT 5 0 5 TT 13 21 34 1.604 0.000 5.795 019104 AA 2 11 13 AG 12 8 20 GG 10 4 14 0.375 1.252 1.037 019128 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019277 CC 3 4 7 CT 12 8 20 TT 9 11 20 0.107 1.252 0.289 019459 AA 3 0 3 AT 7 0 7 TT 14 23 37 1.642 0.000 6.614 019843 AA 0 2 2 AG 2 6 8 GG 22 15 37 0.045 1.252 2.613 019900 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 019979 AA 18 23 41 AC 6 0 6 CC 0 0 0 0.490 0.000 0.218 020426 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 020504 CC 4 11 15 CT 15 8 23 TT 5 4 9 1.526 1.252 0.001 020544 CC 4 11 15 CT 15 8 23 TT 5 4 9 1.526 1.252 0.001 020937 CC 4 10 14 CT 15 8 23 TT 5 4 9 1.526 1.010 0.007 020984 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 22 41 0.324 0.000 0.152 021048 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.644 0.000 2.368 021248 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 021434 CC 4 11 15 CT 15 8 23 TT 5 4 9 1.526 1.252 0.001 021500 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 021607 CC 19 22 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.152 021661 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.644 0.000 2.368 022214 GG 23 21 44 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 025315 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 025332 CC 24 18 42 CT 0 4 4 TT 0 1 1 0.000 1.252 3.895 025398 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 025493 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 025500 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 025501 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 025542 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 025575 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 025851 GG 18 23 41 GT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 025876 AA 21 13 34 AG 3 8 11 GG 0 2 2 0.107 0.221 0.763 025939 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026003 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 026154 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026435 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 026437 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026528 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026555 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 026728 AA 0 14 14 AG 2 8 10 GG 22 1 23 0.045 0.011 14.648 026751 AA 0 14 14 AG 7 8 15 GG 17 1 18 0.700 0.011 5.992 026773 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 026849 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027031 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 027033 CC 13 22 35 CT 10 1 11 TT 1 0 1 0.296 0.011 0.015 027072 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 027074 CC 1 0 1 CT 11 1 12 TT 12 22 34 0.618 0.011 0.002 027262 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 027285 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 027768 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 028010 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028066 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 028139 CC 12 22 34 CT 10 1 11 TT 1 0 1 0.374 0.011 0.010 028155 CC 12 22 34 CT 10 1 11 TT 1 0 1 0.374 0.011 0.010 028265 GG 18 23 41 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 028456 AA 1 0 1 AG 7 0 7 GG 15 22 37 0.025 0.000 0.830 028497 GG 20 22 42 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 028786 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 028957 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 029258 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 029404 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 029492 GG 3 0 3 GT 10 2 12 TT 10 21 31 0.040 0.048 1.348 029599 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 029637 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 029656 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 029670 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 21 44 0.000 0.048 0.023 029690 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 029964 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 029984 AA 22 1 23 AG 2 5 7 GG 0 17 17 0.045 0.571 22.846 030058 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030068 CC 12 1 13 CT 11 5 16 TT 1 17 18 0.618 0.571 4.556 030113 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 24 21 45 0.000 0.012 0.006 030173 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030362 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030406 AA 9 17 26 AG 12 5 17 GG 3 1 4 0.107 0.571 0.255 030520 CC 0 1 1 CT 0 3 3 TT 24 19 43 0.000 2.457 6.306 030802 CC 24 19 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 030925 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 030974 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031237 AA 0 17 17 AG 7 5 12 GG 17 1 18 0.700 0.571 11.245 031358 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 031487 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 031687 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 032079 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033031 AA 22 1 23 AC 1 9 10 CC 0 13 13 0.011 0.130 13.596 033635 CC 0 10 10 CG 3 12 15 GG 18 1 19 0.124 1.239 3.660 033725 CC 11 23 34 CT 8 0 8 TT 2 0 2 0.093 0.000 2.289 034112 AA 0 11 11 AG 0 10 10 GG 23 2 25 0.000 0.017 12.478 034532 CC 10 23 33 CT 11 0 11 TT 3 0 3 0.000 0.000 2.074 034701 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 035005 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 035269 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 035787 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 036174 CC 18 10 28 CG 4 10 14 GG 2 1 3 3.840 0.583 0.450 036448 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036453 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 036740 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 036808 AA 4 22 26 AG 7 1 8 GG 13 0 13 2.476 0.011 18.736 036938 AA 1 1 2 AC 5 10 15 CC 18 12 30 0.644 0.374 0.005 036960 CC 13 0 13 CT 8 2 10 TT 3 21 24 0.897 0.048 14.208 037029 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 037097 CC 24 12 36 CT 0 11 11 TT 0 0 0 0.000 2.272 0.826 037196 AA 14 22 36 AG 7 1 8 GG 2 0 2 0.616 0.011 2.504 037276 AA 1 1 2 AG 4 10 14 GG 18 12 30 1.252 0.374 0.050 037476 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 037602 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 037633 AA 7 22 29 AC 13 0 13 CC 4 0 4 0.243 0.000 1.801 037670 CC 4 0 4 CT 13 0 13 TT 7 22 29 0.243 0.000 1.801 037837 CC 20 22 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 039296 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001776: gagaag 001962: C 002403: g 006081: C 008565: a 010553: C 030113: at