Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000070 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000232 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 000411 T 0.33 0.37 0.35 C 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.46 000530 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001040 A 0.40 0.00 0.20 G 0.60 1.00 0.80 0.48 0.00 0.32 001415 A 0.11 0.63 0.37 C 0.89 0.37 0.63 0.19 0.47 0.47 001607 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001683 A 0.35 0.37 0.36 G 0.65 0.63 0.64 0.45 0.47 0.46 001776 - 0.35 0.37 0.36 + 0.65 0.63 0.64 0.45 0.47 0.46 001962 + 0.36 0.33 0.35 - 0.64 0.67 0.65 0.46 0.44 0.45 002157 G 0.37 0.00 0.17 A 0.63 1.00 0.83 0.47 0.00 0.28 002175 T 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 002337 T 0.16 0.00 0.07 C 0.84 1.00 0.93 0.27 0.00 0.13 002342 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002403 - 0.23 0.00 0.12 + 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 002425 A 0.35 0.37 0.36 G 0.65 0.63 0.64 0.45 0.47 0.46 002446 C 0.05 0.67 0.35 T 0.95 0.33 0.65 0.10 0.44 0.46 002979 G 0.33 0.37 0.35 A 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.46 002987 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003170 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003215 C 0.27 0.09 0.18 A 0.73 0.91 0.82 0.39 0.16 0.30 003382 C 0.56 0.09 0.33 T 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 003422 C 0.56 0.09 0.33 T 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 003515 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003522 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003817 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 004348 A 0.54 0.09 0.32 G 0.46 0.91 0.68 0.50 0.16 0.43 004517 T 0.56 0.09 0.33 C 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 004758 A 0.10 0.63 0.36 G 0.90 0.37 0.64 0.19 0.47 0.46 004860 C 0.57 0.09 0.33 T 0.43 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 005140 G 0.56 0.09 0.33 C 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 005204 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005255 G 0.56 0.09 0.34 A 0.44 0.91 0.66 0.49 0.17 0.45 005447 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005694 C 0.56 0.09 0.33 G 0.44 0.91 0.67 0.49 0.16 0.44 006045 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 006072 G 0.56 0.09 0.28 A 0.44 0.91 0.72 0.49 0.16 0.40 006081 - 0.56 0.07 0.28 + 0.44 0.93 0.72 0.49 0.13 0.40 008010 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008092 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008094 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008446 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008565 - 0.23 0.45 0.34 + 0.77 0.55 0.66 0.35 0.50 0.45 009153 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 009480 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009493 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009514 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009572 T 0.16 0.02 0.09 C 0.84 0.98 0.91 0.27 0.04 0.16 009759 G 0.40 0.19 0.30 A 0.60 0.81 0.70 0.48 0.31 0.42 009817 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009880 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010479 A 0.06 0.20 0.13 T 0.94 0.80 0.87 0.12 0.31 0.22 010492 A 0.00 0.11 0.05 G 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 010553 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010584 C 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 010823 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011242 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011318 A 0.17 0.00 0.09 T 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 011754 A 0.04 0.24 0.13 C 0.96 0.76 0.87 0.08 0.36 0.22 012014 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012121 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012131 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012345 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012407 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 012441 G 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 012520 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012753 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 012861 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012958 A 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 014258 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014353 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 014365 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014935 C 0.04 0.24 0.14 T 0.96 0.76 0.86 0.08 0.36 0.24 014941 G 0.33 0.00 0.17 T 0.67 1.00 0.83 0.44 0.00 0.28 015007 C 0.30 0.00 0.15 T 0.70 1.00 0.85 0.42 0.00 0.26 015168 C 0.33 0.00 0.17 T 0.67 1.00 0.83 0.44 0.00 0.28 015200 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 015203 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015277 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015352 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015447 G 0.35 0.13 0.24 A 0.65 0.87 0.76 0.46 0.23 0.37 015648 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016139 A 0.19 0.00 0.09 T 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.17 016219 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 016235 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016283 C 0.30 0.02 0.17 T 0.70 0.98 0.83 0.42 0.04 0.28 016533 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017075 C 0.31 0.00 0.16 T 0.69 1.00 0.84 0.43 0.00 0.27 018963 G 0.23 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 019104 A 0.33 0.65 0.49 G 0.67 0.35 0.51 0.44 0.45 0.50 019128 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019277 C 0.38 0.35 0.36 T 0.62 0.65 0.64 0.47 0.45 0.46 019459 A 0.27 0.00 0.14 T 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 019843 A 0.04 0.22 0.13 G 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 019900 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 019979 C 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 020426 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 020504 T 0.52 0.35 0.44 C 0.48 0.65 0.56 0.50 0.45 0.49 020544 T 0.52 0.35 0.44 C 0.48 0.65 0.56 0.50 0.45 0.49 020937 T 0.52 0.36 0.45 C 0.48 0.64 0.55 0.50 0.46 0.49 020984 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021048 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 021248 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021434 T 0.52 0.35 0.44 C 0.48 0.65 0.56 0.50 0.45 0.49 021500 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021607 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 021661 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 022214 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025315 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025332 T 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 025398 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025493 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025500 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025501 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025542 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025575 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 025851 T 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 025876 G 0.06 0.26 0.16 A 0.94 0.74 0.84 0.12 0.39 0.27 025939 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026003 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026154 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026435 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 026437 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026528 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026555 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 026728 A 0.04 0.78 0.40 G 0.96 0.22 0.60 0.08 0.34 0.48 026751 A 0.15 0.78 0.46 G 0.85 0.22 0.54 0.25 0.34 0.50 026773 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 026849 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027031 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 027033 T 0.25 0.02 0.14 C 0.75 0.98 0.86 0.38 0.04 0.24 027072 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 027074 C 0.27 0.02 0.15 T 0.73 0.98 0.85 0.39 0.04 0.25 027262 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 027285 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 027768 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028010 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028066 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028139 T 0.26 0.02 0.14 C 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 028155 T 0.26 0.02 0.14 C 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 028265 T 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 028456 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 028497 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 028786 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028957 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029258 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 029404 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 029492 G 0.35 0.04 0.20 T 0.65 0.96 0.80 0.45 0.08 0.31 029599 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029637 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029656 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029670 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029690 C 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 029964 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029984 G 0.04 0.85 0.44 A 0.96 0.15 0.56 0.08 0.26 0.49 030058 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030068 C 0.73 0.15 0.45 T 0.27 0.85 0.55 0.39 0.26 0.49 030113 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030173 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030362 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030406 G 0.38 0.15 0.27 A 0.62 0.85 0.73 0.47 0.26 0.39 030520 C 0.00 0.11 0.05 T 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 030802 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 030925 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030974 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031237 A 0.15 0.85 0.49 G 0.85 0.15 0.51 0.25 0.26 0.50 031358 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 031487 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 031687 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 032079 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033031 C 0.02 0.76 0.39 A 0.98 0.24 0.61 0.04 0.36 0.48 033635 C 0.07 0.70 0.40 G 0.93 0.30 0.60 0.13 0.42 0.48 033725 T 0.29 0.00 0.14 C 0.71 1.00 0.86 0.41 0.00 0.24 034112 A 0.00 0.70 0.35 G 1.00 0.30 0.65 0.00 0.42 0.45 034532 T 0.35 0.00 0.18 C 0.65 1.00 0.82 0.46 0.00 0.30 034701 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 035005 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 035269 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035787 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 036174 G 0.17 0.29 0.22 C 0.83 0.71 0.78 0.28 0.41 0.35 036448 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036453 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 036740 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036808 G 0.69 0.02 0.36 A 0.31 0.98 0.64 0.43 0.04 0.46 036938 A 0.15 0.26 0.20 C 0.85 0.74 0.80 0.25 0.39 0.32 036960 C 0.71 0.04 0.38 T 0.29 0.96 0.62 0.41 0.08 0.47 037029 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 037097 T 0.00 0.24 0.12 C 1.00 0.76 0.88 0.00 0.36 0.21 037196 G 0.24 0.02 0.13 A 0.76 0.98 0.87 0.36 0.04 0.23 037276 A 0.13 0.26 0.20 G 0.87 0.74 0.80 0.23 0.39 0.31 037476 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037602 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 037633 C 0.44 0.00 0.23 A 0.56 1.00 0.77 0.49 0.00 0.35 037670 C 0.44 0.00 0.23 T 0.56 1.00 0.77 0.49 0.00 0.35 037837 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 039296 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001776: gagaag 001962: C 002403: g 006081: C 008565: a 010553: C 030113: at