Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000450 A 0.40 0.57 0.48 T 0.60 0.43 0.52 0.48 0.49 0.50 000479 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000543 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 000789 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000823 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000835 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 000943 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000985 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000996 G 0.15 0.57 0.36 A 0.85 0.43 0.64 0.26 0.49 0.46 001023 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001062 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001132 C 0.14 0.59 0.37 T 0.86 0.41 0.63 0.24 0.48 0.46 001229 T 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.33 0.19 001339 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001345 A 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 002226 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002493 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003497 A 0.00 0.20 0.10 G 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.19 004609 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 004887 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005383 G 0.24 0.16 0.20 A 0.76 0.84 0.80 0.36 0.27 0.32 005410 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005659 G 0.44 0.20 0.32 A 0.56 0.80 0.68 0.49 0.31 0.43 006237 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006248 A 0.07 0.20 0.13 G 0.93 0.80 0.87 0.12 0.31 0.23 006267 G 0.43 0.20 0.32 A 0.57 0.80 0.68 0.49 0.31 0.43 006779 T 0.15 0.46 0.30 C 0.85 0.54 0.70 0.25 0.50 0.42 007164 T 0.14 0.50 0.32 G 0.86 0.50 0.68 0.24 0.50 0.43 008148 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 008149 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 008275 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008347 G 0.10 0.20 0.15 A 0.90 0.80 0.85 0.19 0.31 0.25 008386 C 0.12 0.48 0.30 A 0.88 0.52 0.70 0.22 0.50 0.42 008785 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008860 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009932 A 0.33 0.66 0.50 G 0.67 0.34 0.50 0.44 0.45 0.50 010213 C 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 010303 T 0.15 0.09 0.12 G 0.85 0.91 0.88 0.26 0.16 0.21 010930 G 0.00 0.59 0.35 A 1.00 0.41 0.65 0.00 0.48 0.46 010987 T 0.46 0.17 0.32 C 0.54 0.83 0.68 0.50 0.28 0.43 011034 T 0.25 0.00 0.13 C 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.23 011999 A 0.00 0.17 0.09 C 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 012332 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 012351 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012808 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012836 A 0.46 0.17 0.32 G 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 012911 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013124 A 0.46 0.17 0.32 G 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 013244 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013272 T 0.46 0.17 0.32 C 0.54 0.83 0.68 0.50 0.29 0.43 013384 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013485 T 0.23 0.09 0.16 A 0.77 0.91 0.84 0.35 0.17 0.27 013644 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013834 A 0.43 0.17 0.30 C 0.57 0.83 0.70 0.49 0.29 0.42 014094 T 0.33 0.23 0.28 C 0.67 0.77 0.72 0.44 0.35 0.41 014183 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014184 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014281 + 0.08 0.02 0.05 - 0.92 0.98 0.95 0.15 0.04 0.10 014296 G 0.05 0.15 0.10 A 0.95 0.85 0.90 0.10 0.26 0.19 014797 + 0.15 0.09 0.12 - 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 014877 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014970 T 0.52 0.33 0.43 G 0.48 0.67 0.57 0.50 0.44 0.49 014983 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015455 A 0.12 0.09 0.10 C 0.88 0.91 0.90 0.22 0.16 0.19 015534 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015898 A 0.59 0.28 0.43 G 0.41 0.72 0.57 0.48 0.41 0.49 016255 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 016468 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016499 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016665 C 0.25 0.00 0.13 T 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 016897 A 0.04 0.07 0.05 G 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 016981 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017041 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017433 A 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 017439 C 0.40 0.30 0.35 A 0.60 0.70 0.65 0.48 0.42 0.46 017696 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 017749 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017797 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017971 A 0.31 0.70 0.50 G 0.69 0.30 0.50 0.43 0.42 0.50 018173 C 0.27 0.00 0.14 T 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 018400 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018544 C 0.42 0.32 0.37 T 0.58 0.68 0.63 0.49 0.43 0.47 018581 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 018893 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018999 A 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 019091 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019145 A 0.07 0.24 0.15 G 0.93 0.76 0.85 0.13 0.36 0.25 019258 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 019358 G 0.53 0.20 0.37 T 0.47 0.80 0.63 0.50 0.32 0.46 019516 + 0.27 0.70 0.48 - 0.73 0.30 0.52 0.39 0.42 0.50 019772 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019773 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019907 G 0.42 0.30 0.36 A 0.58 0.70 0.64 0.49 0.42 0.46 019980 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020348 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020352 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020628 T 0.15 0.37 0.26 G 0.85 0.63 0.74 0.25 0.47 0.38 020819 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020961 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021449 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021741 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021742 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021964 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 023288 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023375 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 023534 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023684 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023721 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023791 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024023 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 024038 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024288 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024327 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024513 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024667 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024693 C 0.04 0.41 0.22 G 0.96 0.59 0.78 0.08 0.48 0.35 024717 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 024828 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024845 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 014281: A 014797: T 016255: C 017041: G 019516: T