Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000372 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000463 G 0.43 0.43 0.43 A 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 000544 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000668 G 0.04 0.13 0.09 C 0.96 0.87 0.91 0.07 0.23 0.17 001303 G 0.25 0.43 0.34 A 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 001362 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001589 G 0.55 0.42 0.49 A 0.45 0.58 0.51 0.50 0.49 0.50 001685 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 001758 G 0.00 0.06 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.00 0.10 0.05 002637 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002672 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002959 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003014 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 003048 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003550 C 0.00 0.27 0.14 T 1.00 0.73 0.86 0.00 0.40 0.24 003628 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003687 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003779 C 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003905 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003996 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004021 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004257 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004606 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004965 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005032 G 0.43 0.41 0.42 C 0.57 0.59 0.58 0.49 0.48 0.49 005634 T 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 005724 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005737 A 0.08 0.04 0.06 G 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 005872 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006181 G 0.11 0.11 0.11 T 0.89 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 006254 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006300 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006391 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 006393 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006420 G 0.06 0.07 0.06 T 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 006426 A 0.46 0.43 0.45 G 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 006564 A 0.04 0.04 0.04 T 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 006600 G 0.15 0.17 0.16 A 0.85 0.83 0.84 0.25 0.29 0.27 006993 G 0.19 0.00 0.10 A 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 007644 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007669 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007756 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007828 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007865 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007907 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007925 A 0.23 0.43 0.33 T 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 008002 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008084 A 0.23 0.43 0.33 G 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 008203 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 008310 G 0.17 0.39 0.28 A 0.83 0.61 0.72 0.28 0.48 0.40 008393 T 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 008455 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008693 - 0.16 0.00 0.09 + 0.84 1.00 0.91 0.27 0.00 0.16 008849 T 0.11 0.00 0.06 C 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 009014 T 0.44 0.43 0.43 G 0.56 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 009620 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 009643 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 009717 - 0.46 0.43 0.45 + 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 009731 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009751 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 009975 T 0.46 0.43 0.45 G 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 010046 T 0.44 0.43 0.44 C 0.56 0.57 0.56 0.49 0.49 0.49 010475 T 0.20 0.00 0.10 C 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 010885 A 0.17 0.17 0.17 C 0.83 0.83 0.83 0.28 0.29 0.28 010951 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 011247 G 0.02 0.17 0.10 A 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 012104 A 0.45 0.45 0.45 G 0.55 0.55 0.55 0.49 0.50 0.50 012455 A 0.20 0.00 0.10 G 0.80 1.00 0.90 0.31 0.00 0.18 012501 A 0.10 0.13 0.12 G 0.90 0.87 0.88 0.19 0.23 0.21 012592 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012752 A 0.19 0.00 0.11 G 0.81 1.00 0.89 0.30 0.00 0.20 012861 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012889 G 0.00 0.18 0.08 C 1.00 0.82 0.92 0.00 0.30 0.15 013281 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013284 T 0.00 0.33 0.16 C 1.00 0.67 0.84 0.00 0.44 0.27 013978 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014010 A 0.23 0.43 0.33 G 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 014292 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014626 C 0.43 0.43 0.43 T 0.57 0.57 0.57 0.49 0.49 0.49 014634 T 0.09 0.07 0.08 C 0.91 0.93 0.92 0.16 0.12 0.14 014777 - 0.00 0.25 0.12 + 1.00 0.75 0.88 0.00 0.38 0.21 014954 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015107 C 0.41 0.43 0.42 A 0.59 0.57 0.58 0.48 0.49 0.49 016004 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016406 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016424 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016444 T 0.23 0.43 0.33 G 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 016465 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016878 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017080 C 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017087 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 017183 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017251 A 0.00 0.22 0.11 T 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 017314 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017323 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017526 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017589 G 0.17 0.17 0.17 T 0.83 0.83 0.83 0.28 0.29 0.28 017937 A 0.46 0.43 0.45 G 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 018116 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018139 C 0.44 0.48 0.46 T 0.56 0.52 0.54 0.49 0.50 0.50 018325 A 0.46 0.45 0.45 G 0.54 0.55 0.55 0.50 0.50 0.50 018696 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018924 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 019556 C 0.19 0.17 0.18 T 0.81 0.83 0.82 0.31 0.28 0.29 019562 C 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.95 0.97 0.00 0.09 0.05 020088 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027144 T 0.09 0.04 0.07 C 0.91 0.96 0.93 0.16 0.08 0.12 027328 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 027384 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 027511 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027609 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027852 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027911 G 0.47 0.43 0.45 A 0.53 0.57 0.55 0.50 0.49 0.50 028122 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029566 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029597 A 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 029642 T 0.45 0.43 0.44 C 0.55 0.57 0.56 0.50 0.49 0.49 029887 A 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 030647 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 030783 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 030826 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030875 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031008 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031422 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031680 - 0.11 0.36 0.23 + 0.89 0.64 0.77 0.19 0.46 0.36 032125 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032126 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 032221 C 0.48 0.50 0.49 A 0.52 0.50 0.51 0.50 0.50 0.50 032282 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 032691 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 032957 A 0.25 0.43 0.34 G 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 033193 C 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 033645 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033891 G 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 033953 C 0.17 0.39 0.28 T 0.83 0.61 0.72 0.28 0.48 0.40 034035 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034492 C 0.11 0.10 0.10 G 0.89 0.90 0.90 0.19 0.17 0.18 034563 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 034844 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034997 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035468 C 0.00 0.17 0.09 T 1.00 0.83 0.91 0.00 0.29 0.16 036023 T 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.08 036057 G 0.00 0.06 0.03 A 1.00 0.94 0.97 0.00 0.12 0.05 036063 A 0.30 0.50 0.38 G 0.70 0.50 0.62 0.42 0.50 0.47 036502 T 0.17 0.21 0.18 G 0.83 0.79 0.82 0.28 0.33 0.30 036871 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037106 T 0.17 0.17 0.17 C 0.83 0.83 0.83 0.28 0.29 0.28 037316 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037344 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 037456 G 0.27 0.43 0.35 A 0.73 0.57 0.65 0.39 0.49 0.46 037896 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038130 A 0.00 0.22 0.11 G 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.20 038668 A 0.33 0.43 0.38 G 0.67 0.57 0.62 0.44 0.49 0.47 039497 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039986 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 040399 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 040400 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 041263 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 041825 A 0.17 0.43 0.26 G 0.83 0.57 0.74 0.28 0.49 0.39 041991 T 0.08 0.00 0.05 C 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.10 042250 G 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.05 042791 A 0.00 0.22 0.11 G 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 042887 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 042951 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 043723 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 044117 C 0.46 0.43 0.45 T 0.54 0.57 0.55 0.50 0.49 0.49 044138 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 044655 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 045095 G 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 046343 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 046403 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 046532 A 0.17 0.00 0.09 G 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 046566 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 046777 G 0.12 0.04 0.09 C 0.88 0.96 0.91 0.22 0.08 0.16 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 007756: C 008693: CTCT 009717: A 014777: A 027384: g 028122: A 031008: t 031680: tt 046343: t