************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 mp3k8.phase.inp mp3k8.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST mp3k8.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates mp3k8.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual mp3k8.phase.out_recom : estimates of recombination parameters mp3k8.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 97 Positions of loci: 257 867 959 961 965 1855 1970 1971 2088 2655 2768 2893 2963 3564 4399 4848 5007 5760 5907 5974 6146 6516 6702 6792 6850 7163 7312 7672 8139 8409 8719 8765 8783 8802 9324 9573 9886 9960 10208 10233 10343 10473 10553 10701 10722 10955 11202 11727 11900 12363 12555 13084 13677 13945 14032 14033 14062 14138 14265 14672 14931 16903 17664 18131 18796 18819 18853 19320 20182 20960 21375 21462 22271 22377 22404 22747 22753 23157 25390 25898 26620 27572 27941 28665 28779 28969 29271 29731 29793 29798 29979 30024 30113 30188 30240 30246 31173 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file mp3k8.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GAAGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAAGGCATAIIGAAGCGCAIGGTTCCGAIAGDCTCGAIGAATCCTGGCAIGTTTCAGTTA 1.000000 2 GAAGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAAGGCATAIIAAGATGCGIGGTTCCAAIGGDGTCGGIGAAGTCTTTCAIACTTTAGTTA 2.000000 3 GAGGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGGAAAGGCATAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 1.000000 4 GAGGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGGAAAGGCATAIIGAGATGCGIGGTTCCAAIGGIGTCGGIGAAGTCTTTCAIACTTCAGTTA 3.000000 5 GGAGGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 3.000000 6 GGAGGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATCCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 1.000000 7 GGAGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAGATGCGIGGTACCAAIGGDGTTGGIGAAGCCTGGCAIGTTTCAGTTA 1.000000 8 GGAGGGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGGADIGAGATGCGIATTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCADGTCTCGGTTC 1.000000 9 GGAGGGGGGACAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAAATGCGIGGTTGCAAIGGDGTTAGIGAAGCCTGGCAIGTTGTAGTTA 1.000000 10 GGAGGGGGGACAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAAATACGDGGCTGCAAIGGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 4.000000 11 GGAGGGGGGACAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGCAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGTTA 1.000000 12 GGAGGGGGGACAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGTAIIGAAATGCGIGGCTGCAADGADGCTGGIGAAGCCTGGCAIGTTTCAGTTA 1.000000 13 GGAGGGGGGACAGDATCGACGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIIGAGATGCGIAGTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCAIGTTTCAGTTA 1.000000 14 GGAGGGGGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 2.000000 15 GGAGGGGGGGCAGIATTAGTGGTCTTATGTTCTTTCGGATTATGGADIGAAGCGCAIGGTTGCGAIAGDCTCGAIGAAGTCTTTCAIACTTCAGTTA 1.000000 16 GGAGGGGGGGCAGIATTAGTGGTCTTATGCTCTTTCGGATTATGGADIGAAGCGCAIGGTTCCGAIAGDCTCGAIGAATCCTGGCAIGTTTCAGTTA 1.000000 17 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAAATGCGIGGTTGCAAIGGDGTTAGIGAAGCCTGGCAIGTTGTAGTTA 1.000000 18 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATATTCTAGGAAATTATGGCIIGAAATGCGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCAIGTTTCAGTCA 2.000000 19 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIDACAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGTTA 2.000000 20 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIDACAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGGTA 3.000000 21 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIDACAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGAIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGTTA 1.000000 22 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIDACAATACGDGGCTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 1.000000 23 GGAGGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTATAGGAAATTATGGCIIGAAATGCGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCCTGCAIGTTTCAGTCA 6.000000 24 GGAGTGGGAAAAGIAACAGTGGTCTTACGTTCATTCGGATTATGGADIAAGATGCGIGGTTCTAGIGGDGTCGGIGAAGCCTGGTAIGTTTTAGTTA 1.000000 25 GGAGTGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAGATGTGIAGTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCAIGTTTCAATTA 1.000000 26 GGAGTGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGGADIGAGATGCGIAGTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCAIGTTTCAGTTA 4.000000 27 GGAGTGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGGADIGAGATGCGIAGTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTTCAIATTTCAGTTA 1.000000 28 GGAGTGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGGADIGAGATGCGIATTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCADGTCTCGGTTC 4.000000 29 GGAGTGGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGTAIIGAGATGTGIAGTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCAIGTTTCAATTA 1.000000 30 GGAGTGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIIGAAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGTTA 1.000000 31 GGAGTAGGAAAAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCATAIIGAGATGCGIGGTTGCAADGADGCTGGIGAAGCCTGGCAIGTTTCAGTTA 3.000000 32 GGATGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 23.000000 33 GGATGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAAATGCGIGGTTGCAAIGGDGTTAGIGAAGCCTGGCAIGTTGTAGTTA 1.000000 34 GGATGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAAATGCGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCCTGCAIGTTTCAGTCA 1.000000 35 GGATGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTGCGGAIIGAGATGCAIGGTAGCGAIGGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 1.000000 36 GGATGGCGGACGGIATCGACTGATGCGCATCCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGTTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 3.000000 37 GGATGGCGGACGAIATCGACTGATGCGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAGATGCAIGGCTGCGAIAGDGTTAGDAAAGCTTGGCAIGTTTTAGTTA 3.000000 38 GGATGGGGGACGGIATCGACTGATGTGCATTCTAGGAAGTTACGGAIIGAAATGCGIGGTTCTAGIGGDGTTGGIGAAGCCTGGCADGTCTCGGTTA 1.000000 39 GGATGGGGGGCAGICTCGGCGGATGTATACTCTAGGAAGTTATGGCIDACAATACGDGGCTGCAAIGGDGTCGGIGCTGCCTTGCGIGTTTCAGTTA 1.000000 40 TGAGGGGAGGCAGIAACAGTGGTCTTACGTTCATTCGGATTATGGADIAAGATGCGIGGTTCTAGIGGDGTCGGIGAAGCCTGGTAIGTTTTAGTTA 1.000000 41 TGAGGGGAGGCAGIAATAGTGGTCTCGCGTTCATTCGGATTATGGADIAAGATGCGIGGTTCTAGIGGDGTCGGIGAAGCCTGGTAIGTTTTAGTTA 1.000000 42 TGAGGGGAGGCAGDATCGACGAATGTACATTCTAGGAAAATGCGGADIGAGATGCGIATTTGCAAIGGDGTCGGIGAAGCCTTGCADGTCTCGGTTC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,32) D002: (14,38) D003: (25,36) D004: (32,34) D005: (8,30) D006: (4,35) D007: (26,32) D008: (13,17) D009: (1,4) D010: (31,40) D011: (10,32) D012: (7,26) D013: (2,26) D014: (27,32) D015: (33,41) D016: (9,14) D033: (26,31) D034: (28,28) D035: (12,29) D036: (15,28) D037: (16,18) D038: (28,31) D039: (2,3) D040: (24,42) E001: (20,32) E002: (18,23) E003: (10,19) E004: (21,32) E005: (23,32) E006: (32,37) E007: (5,6) E008: (23,32) E009: (22,32) E010: (32,32) E011: (23,32) E012: (10,19) E013: (23,32) E014: (5,39) E015: (20,37) E016: (20,32) E017: (5,32) E018: (36,37) E019: (32,32) E020: (23,36) E021: (32,32) E022: (11,32) E023: (10,32) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G A G G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G G A A A G G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T C C A A I G G I G T C G G I G A A G T C T T T C A I A C T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D002 G G A (G) G G G G G A C G G I A T C G A C T G A T G (C) G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A (T) G G G G G A C G G I A T C G A C T G A T G (T) G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A A A T G C G I G G T T C T A G I G G D G T T [G] G I G A A G C C T G G C A [D] G T C T C G G T T A 0 D003 G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A G A T G T G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A A T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T C C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D004 G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A 0 D005 G G A G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C G G A G T G G G [G] G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I I G A A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A 0 D006 G A G G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G G A A A G G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T C C A A I G G I G T C G G I G A A G T C T T T C A I A C T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T G C G G A I I G A G A T G C A I G G T A G C G A I G G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D007 G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D008 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I I G A G A T G [C] G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A [G] T T A G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T G C G I G G T T G C A A I G G D G T T A G I G A A G C C T G G C A I G T T G T A G T T A 0 D009 G A A G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A G G C A T A I I G A A G C G C A I G G T T C C G A I A G D C T C G A I G A A T C C T G G C A I G T T T C A G T T A G A G G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G G A A A G G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T C C A A I G G I G T C G G I G A A G T C T T T C A I A C T T C A G T T A 0 D010 G G A G T A G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T G C A A D G A D G C T G G I G A A G C C T G G C A I G T T T C A G T T A T G A G G G G A G G C A G I A A C A G T G G T C T T A C G T T C A T T C G G A T T A T G G A D I A A G A T G C G I G G T T C T A G I G G D G T C G G I G A A G C C T G G T A I G T T T [T] A G T [T] A 0 D011 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D012 G G A G (G) G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A G A T G C G I G G T A C C A A I G G D G T T G G I G A A G C C T G G C A I G T T T C A G T T A G G A G (T) G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T T A 0 D013 G A A G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A G G C A T A I I [A] A G A T G C G I G G T T C C A A I G G D G T C G G I G A A G T C T T T C A I A C T T [T] A G T T A G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T T A 0 D014 G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T T C A I A T T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D015 G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A A A T G C G I G G T T G C A A I G G D G T T A G I G A A G C C T G G C A I G T T G T A G T T A T G A G G G G A G G C A G I A A T A G T G G T C T C G C G T T C A T T C G G A T T A T G G A D I A A G A T G C G I G G T T C T A G I G G D G T C G G I G A A G C C T G G T A I G T T T T A G T T A 0 D016 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T G C G I G G T T G C A A I G G D G T T A G I G A A G C C T G G C A I G T T G T A G T T A G G A G G G G G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D033 G G A G [T] G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T T A G G A G T A G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T G C A A D G A D G C T G G I G A A G C C T G G C A I G T T T C A G T T A 0 D034 G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C 0 D035 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G [T] A I I G A A A T G C G I G G C T G C A A D G A D G C T G G I G A A G C C T G G C A I G T T T C A G T T A G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G [T] A I I G A G A T G T G I A G T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A A T T A 0 D036 G G A G G G G G G G C A G I A T T A G T G G T C T T A T G T T C T T T C G G A T T A T G G A D I G A A G C G C A I G G T T G C G A I A G D C T C G A I G A A G T C T T T C A I A C T T C A G T T A G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C 0 D037 G G A G G G G G G G C A G I A T T A G T G G T C T T A T G C T C T T T C G G A T T A T G G A D I G A A G C G C A I G G T T [C] C G A I A G D C T C G A I G A A T C C T G G C A I G T T T C A G T T A G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A T T C T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T C A 0 D038 G G A G T G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C G G A G T A G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A G A T G C G I G G T T G C A A D G A D G C T G G I G A A G C C T G G C A I G T T T C A G T T A 0 D039 G A A G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A G G C A T A I I [A] A G A T G C G I G G T T C C A A I G G D G T C G G I G A A G T C T T T C A I A C T T [T] A G T T A G A G G G G G G A A A A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G G A A A G G C A T A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 D040 G G A G T G G G A A A A G I A A C A G T G G T C T T A C G T T C A T T C G G A T T A T G G A D I A A G A T G C G I G G T T C T A G I G G D G T C G G I G A A G C C T G G T A I G T T T [T] A G T [T] A T G A G G G G A G G C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C G G A D I G A G A T G C G I A T T T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A D G T C T C G G T T C 0 E001 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G G T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E002 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A T T C T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C T T G C A I G T T T C A G T C A G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A 0 E003 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A 0 E004 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G (A) I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A (G) D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E005 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E006 G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A [T] G G C G G A C G A I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G [C] T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E007 G G A G G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A G G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T C C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E008 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E009 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G [C] T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E010 G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E011 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E012 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A 0 E013 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E014 G G A G G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A 0 E015 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G G T A G G A [T] G G C G G A C G A I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G [C] T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E016 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T C T A G G A A G T T A T G G C I D [A] C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G G T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E017 G G A G G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E018 G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T C C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G (T) T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A [T] G G C G G A C G A I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G (C) T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E019 G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E020 G G A G G G G G G G C A G I C T C G G C G G A T G T A T A C T A T A G G A A A T T A T G G C I I G A A A T G C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G A A G C C C T G C A I G T T T C A G T C A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T C C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E021 G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E022 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G C A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T C G G I G C T G C C T T G C G I G T T T C A G T T A G G A T G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A 0 E023 G G A G G G G G G A C A G D A T C G A C G A A T G T A C A T T C T A G G A A A A T G C A T A I I G A A A T A C G D G G C T G C A A I G G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A G G A [T] G G C G G A C G G I A T C G A C T G A T G C G C A T T C T A G G A A G T T A C G G A I I G A G A T G C A I G G T T G C G A I A G D G T T A G D A A A G C T T G G C A I G T T T T A G T T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = A G G = = G = A = A A = D ? = = = = = G A = ? ? T A = = = = = = = = = ? ? A A G G = A T = = = = = = = = = = G = = = = = C = A = = G = I ? = C ? = I ? ? ? ? ? C = T T = = = A C = = ? = = = = = = G A T = = C = G = C G = I ? = = = = = T G = ? ? C G = = = = = = = = = ? ? G T T A = G G = = = = = = = = = = A = = = = = G = G = = A = D ? = T ? = D ? ? ? ? ? T = G G = = = G T = = ? = = = = = 0 D002 = = = (G) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = = = = = G C G A = A = = = = = ? = D A = = = = T = = = = ? ? = = T = T A = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = G = = = = = C T A G = G = = = = = ? = I G = = = = C = = = = ? ? = = C = C G = = = = 0 D003 = = = G T = G = A = A A = D ? = = = = = G A = = = T A = = = T = = = = = = = A A = G = A T = = = = = = = = = T G = A = = = = = A = = G = = = = C ? = I G = = = = C = T = = = = = = = = C = A = = = = = = T G = C = G = C G = I ? = = = = = T G = = = C G = = = C = = = = = = = G T = A = G G = = = = = = = = = C A = G = = = = = G = = A = = = = T ? = D A = = = = T = G = = = = = = = = T = G = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A I = = T = = = G = = A = = = = T ? = D A = = = = T T G = = = = = = = = T = = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = G D = = C = = = A = = G = = = = C ? = I G = = = = C C T = = = = = = = = C = = = C = 0 D005 = = = = G = = = ? A A = = D ? ? = = A = = A = = = = = C = T = = = = ? = = = A A = G C = = A D = = = G = = G = = I A T ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = A A = = = = = = = ? ? = = C = = G = = = C = = = = T = = = ? G C = = I ? ? = = G = = G = = = = = T = C = = = = ? = = = G T = A T = = C I = = = A = = A = = D G G ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = C T = = = = = = = ? ? = = T = = A = = = A 0 D006 = A G G = = G = A = A A = D ? = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = ? ? ? ? G = = A T = = = = = = = = = = G = = = = T C = A = = = = I = = C ? = I G = = = T C = T T = = = A C = = C = = = = = = G A T = = C = G = C G = I ? = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = ? ? ? ? T = = G G = = = = = = = = = = A = = = = A G = G = = = = D = = T ? = D A = = = C T = G G = = = G T = = T = = = = = 0 D007 = = = G T = G = A = A A = D ? = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A = G = = = = D = = = = = = = = G = A = = = = = A = = G = = = = C G = I G = = = = C = T = = = = = = = = C = = = = = = = = T G = C = G = C G = I ? = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T = A = = = = I = = = = = = = = A = G = = = = = G = = A = = = = T A = D A = = = = T = G = = = = = = = = T = = = = = 0 D008 = ? = = = = = = = A = = = D ? ? ? = A = = G = = ? = = T = C = = = = = = = = G T = A T G G C ? ? ? = G ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = ? = ? = C ? ? = ? ? ? ? ? ? = T = = = = = = = T ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = G = = = I ? ? ? = G = = A = = ? = = C = T = = = = = = = = A A = G C A T A ? ? ? = A ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = ? = ? = T ? ? = ? ? ? ? ? ? = G = = = = = = = G ? ? ? ? ? = 0 D009 = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = A G C ? ? ? ? ? ? = = = = G = = A = D C = = = A = = = = T ? = = G G = = = G T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = G A T ? ? ? ? ? ? = = = = A = = G = I G = = = G = = = = G ? = = T T = = = A C = = = = = = = = 0 D010 G = = = T A = G A A A = = D = T = G A C = A A T G = = = A = = = T A G G A A = A = G C A T = I = G = = = = = = = = = = ? = G C = A D = A = = C T ? = = = = = = = = = = = C = ? = = = = ? ? ? ? ? = T = = = G G = A G G C = = I = A = A G T = G T C T = = = G = = = A T T C G G = T = A T G G = D = A = = = = = = = = = = ? = C T = G I = G = = T C ? = = = = = = = = = = = T = ? = = = = ? ? ? ? ? = 0 D011 = = = G = = G = = = = A = D = = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A = G = A T = = = = = A = = A = G D = = C = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = T = = C = = = = G = I = = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T = A = G G = = = = = G = = G = A I = = T = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 0 D012 = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = I = = = = = = = = = = G = = A C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = D = = = = = = = = = = A = = T G = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 0 D013 = A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = G = = A T = I ? ? = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = T = = = A C = = ? ? ? ? ? = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = T = = G G = D ? ? = = = = = = = = A = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = G = = = G T = = ? ? ? ? ? = 0 D014 = = = G T = G = A = A A = D = = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A ? ? ? ? ? = D = = = = = = = = G = A = ? ? = = A = = G = = ? = C ? = I G = = = = C = T T = = = A = = = ? ? ? ? ? = = = = T G = C = G = C G = I = = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T ? ? ? ? ? = I = = = = = = = = A = G = ? ? = = G = = A = = ? = T ? = D A = = = = T = G G = = = G = = = ? ? ? ? ? = 0 D015 G = = T = = C G = A = G = = = T C G A C T = A T G = = = A = = = T A G G A A G = = = C = = = I = G = A = = = = = = = = = = G C = A = = = = = = T ? = = = = = = ? = = = = C = = = = = G = = = = = = T = = G = = G A = G = A = = = A T A G T G = T C T = = = G = = = A T T C G G A = = = T = = = D = A = G = = = = = = = = = = C T = G = = = = = = C ? = = = = = = ? = = = = T = = = = = T = = = = = = 0 D016 = = = = = = = = = = = A = D ? = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A = G = A T = = = = = A = = = = G = = = ? = = = A = = G ? = = = = ? = I G = = ? = C = = = = = = = = = G ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = G = I ? = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T = A = G G = = = = = G = = = = A = = = ? = = = G = = A ? = = = = ? = D A = = ? = T = = = = = = = = = T ? ? ? ? ? = 0 D033 = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = D ? ? = = = = = = = = A = = = = = = = I = G ? = T C = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = ? ? ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = I ? ? = = = = = = = = G = = = = = = = D = A ? = C T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 D035 = = = = G = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = A = = = C = = G = C = = = = = D = A = = C T ? ? ? = = = ? = = ? G = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = G = = = T = = A = T = = = = = I = G = = T C ? ? ? = = = ? = = ? T = = = = = = = = = = A = = = 0 D036 = = = = G = = = G G C = = I = = T A G T = G T C T = = ? G = = = = T T C G G = T = A T = = = = = = = A G C ? ? ? ? ? ? ? = = = G = = A = = C = = = A = = = = = T = = = T = ? ? A C T = = A = = = A = = = = T = = = A A A = = D = = C G A C = A A T G = = ? A = = = = A G G A A = A = G C = = = = = = = G A T ? ? ? ? ? ? ? = = = A = = G = = G = = = G = = = = = C = = = G = ? ? G T C = = G = = = C 0 D037 = = = = = = = = = = = = = = A = T A = T = = T C T = = = G C = = = T T C G G = = = = = = = A D = = = = G C ? ? ? ? ? ? T = ? = G = = A = = C = = = A = = = = T ? = = G = = = = = ? ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = C = C G = C = = A T G = = = A T = = = A G G A A = = = = = = = C I = = = = A T ? ? ? ? ? ? C = ? = A = = G = = G = = = G = = = = G ? = = T = = = = = ? ? = = = = = C = 0 D038 ? ? = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = D = = = ? = = = = = = A T ? ? = = ? = I = G = = T C = = = = = = = = = = T = = ? ? = = C = = G = = = C ? ? = = = A = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = I = = = ? = = = = = = G G ? ? = = ? = D = A = = C T = = = = = = = = = = G = = ? ? = = T = = A = = = A 0 D039 = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = G = = = ? ? C = A = = G = = = = C G = I G = = = T C = T T = = = A C = = ? ? ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = A = = = ? ? G = G = = A = = = = T A = D A = = = C T = G G = = = G T = = ? ? ? ? ? = 0 D040 G ? = = T = = G A A A = = I = A ? A G T = G T C T = = ? G = = = A T T C G G = T = A T = = = ? = A = = = = ? ? ? ? ? ? = = C T ? G = = = = = = = = = = = = = ? = ? = G = T ? ? = = T = ? ? ? ? ? A T ? = = G = = A G G C = = D = T ? G A C = A A T G = = ? A = = = T A G G A A = A = G C = = = ? = G = = = = ? ? ? ? ? ? = = G C ? A = = = = = = = = = = = = = ? = ? = T = C ? ? = = C = ? ? ? ? ? C 0 E001 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = ? T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = ? ? C A = = A = G D = = C = = = A = = G = = = = C G = I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = G = = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = ? C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = ? ? A G = = G = A I = = T = = = G = = A = = = = T A = D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = T = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = A = = = D A = = = A = = A = = = = = C = T = = = = = = = = A A = G C A T A = I ? A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = I C = = = G = = G = = = = = T = C = = = = = = = = G T = A T G G C = D ? C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = = = = 0 E004 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = = T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = D ? C A = = A = G D = = C = = = A = = G = = = = C G (A) I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = = C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = I ? A G = = G = A I = = T = = = G = = A = = = = T A (G) D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = = = = 0 E005 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = = T A T = C = A = = = = = = A = = = T = = C = = = = A = = = = G D = = C = = = A = = G = = = = C G = I G = = = = C C T = = = = = = = = C = = = C = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = = C G C = T = C = = = = = = G = = = C = = A = = = = G = = = = A I = = T = = = G = = A = = = = T A = D A = = = = T T G = = = = = = = = T = = = T = 0 E006 = = ? ? ? = = = = = = = G = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = A = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = ? ? ? = G = = G = A = = C = ? = G = G = = = = T A T = C = A = = = = = = A = = = T = = C = = = = A = = = = G D = = ? = ? = A = = G = = = = C G = I G = = = = C C T = = = = = = = = C = = = C = = = ? ? ? = C = = A = G = = A = ? = A = T = = = = C G C = T = C = = = = = = G = = = C = = A = = = = G = = = = A I = = ? = ? = G = = A = = = = T A = D A = = = = T T G = = = = = = = = T = = = T = 0 E009 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = = T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = D ? C A = = A = G D ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = = C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = I ? A G = = G = A I ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = = T A ? = C = A = = = = = = A = = = T = = C = = = = A = = = = G D = = C = = = A = = G = = = = C G = I G = = = = C C T = = = = = = = = C = = = C = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = = C G ? = T = C = = = = = = G = = = C = = A = = = = G = = = = A I = = T = = = G = = A = = = = T A = D A = = = = T T G = = = = = = = = T = = = T = 0 E012 = = = = = = = = = A = = = D A = = = A = = A = = = = = ? = T = = = = = = = = A A = G C A T A = I ? A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T A = D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = I C = = = G = = G = = = = = ? = C = = = = = = = = G T = A T G G C = D ? C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = C G = I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = = = = 0 E013 = = = G = = G = = G = A = = C = = = G = G = = = = T A ? = C = A = = = = = = A = = = T = = C = = = = A = = = = G D = = ? = = = A = = G ? = = = C G = I G = = = ? C C T = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = T = = C = = A = G = = A = = = A = T = = = = C G ? = T = C = = = = = = G = = = C = = A = = = = G = = = = A I = = ? = = = G = = A ? = = = T A = D A = = = ? T T G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 0 E014 = = = G = = C = = A = G = = A = ? = A = T = = = = C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = I ? A G = = G = A I = = T = ? = G = = A = = = = T A = D A A A ? = T = G = = A = = = = = T = = = = = = = = T = = G = = G = A = = C = ? = G = G = = = = T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = D ? C A = = A = G D = = C = ? = A = = G = = = = C G = I G C T ? = C = T = = G = = = = = C = = = = = 0 E015 = = = ? = = G = = G = A G = C = = = G = G = = = = T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = D ? C A ? ? A = G D = = ? = = ? A = = G = = = = C G = I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = G = = = = = ? = = C = = A = G A = A = = = A = T = = = = C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = I ? A G ? ? G = A I = = ? = = ? G = = A = = = = T A = D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = T = = 0 E016 = = = G = = G = = G = A = = ? ? = = G = G = = = = T A T = C = = = = = = = = = = = = T = = C = D ? C A = = ? ? ? D = = C = = ? A = = G = = = = C G = I G C T = = C = T = = G = = = = = C = = G = = = = = T = = C = = A = G = = ? ? = = A = T = = = = C G C = T = = = = = = = = = = = = C = = A = I ? A G = = ? ? ? I = = T = = ? G = = A = = = = T A = D A A A = = T = G = = A = = = = = T = = T = = 0 E017 = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = = = G = = G = = G = A = = C = ? = G = G = = = = T A T = C T A = = = = = = A = = = T = = C = = = = A ? ? = = G D = = C = = = A = ? G ? = = = C G = I G = = = = C C T = = = = = = = = C = = = C = = = = T = = C = = A = G = = A = ? = A = T = = = = C G C = T C C = = = = = = G = = = C = = A = = = = G ? ? = = A I = = T = = = G = ? A ? = = = T A = D A = = = = T T G = = = = = = = = T = = = T = 0 E021 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = G = = G = = = = A = D = = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A = G = A T = = = = C A = = A = G D = = ? ? = = A = = G = = = = C G = I G C T ? = C = T = = G = = = = = C = = = = = = = = T = = C = = = = G = I = = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T = A = G G = = = = A G = = G = A I = = ? ? = = G = = A = = = = T A = D A A A ? = T = G = = A = = = = = T = = = = = 0 E023 = = ? ? ? = G = = = = A = D = = = = = = G A = = = T A = = = = = = = = = = = A A = G = A T = ? = = = A = = A = G D = = C = = = ? = = G ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = C = = = = G = I = = = = = = T G = = = C G = = = = = = = = = = = G T = A = G G = ? = = = G = = G = A I = = T = = = ? = = A ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 ? = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0.68 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 0.99 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 0.95 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? = = = ? = ? = 1.00 ? ? = ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = 0.99 1.00 = 0.99 0.99 0.99 0.99 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = 0.99 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = ? = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = ? = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = ? = 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 0.87 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 0.99 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.90 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 0.97 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = 0.98 = = = = 0.98 = 0.98 = = = = = = 0.98 0.98 = = = 0.98 0.98 = = = = = = = = = = = 0.98 0.98 = 0.98 = 0.98 0.98 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? = = 1.00 ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS