Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000257 GG 20 23 43 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 000275 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 000867 AA 2 0 2 AG 3 0 3 GG 16 22 38 4.954 0.000 12.237 000959 AA 19 16 35 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.114 000961 GG 14 4 18 GT 8 11 19 TT 1 1 2 0.011 2.891 1.148 000965 GG 11 17 28 GT 10 0 10 TT 2 0 2 0.017 0.000 0.720 001392 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001782 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001855 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001897 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 001970 CC 1 7 8 CG 7 13 20 GG 16 3 19 0.044 0.631 0.466 001971 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001972 CC 0 0 0 CG 2 1 3 GG 21 22 43 0.048 0.011 0.052 002088 AA 7 0 7 AG 9 0 9 GG 7 23 30 1.087 0.000 10.522 002175 AA 22 22 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002179 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 002526 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 002655 AA 17 9 26 AG 6 13 19 GG 1 1 2 0.240 1.882 0.413 002768 AA 7 0 7 AC 10 0 10 CC 7 23 30 0.667 0.000 9.119 002893 AA 14 3 17 AG 8 13 21 GG 2 7 9 0.296 0.631 0.299 002963 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 20 44 0.000 0.112 0.051 003030 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 20 42 0.011 0.000 0.006 003395 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 22 43 0.048 0.000 0.023 003564 -- 8 0 8 +- 12 4 16 ++ 4 19 23 0.020 0.209 2.751 003646 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003934 AA 20 21 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.024 004225 CC 22 20 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004399 AA 14 9 23 AC 1 12 13 CC 0 1 1 0.018 1.455 0.280 004848 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 19 22 41 0.118 0.000 0.055 005007 CC 18 19 37 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.061 005266 CC 21 21 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 005760 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 005907 AA 17 9 26 AG 6 13 19 GG 1 1 2 0.240 1.882 0.413 005974 CC 19 23 42 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 006146 GG 14 3 17 GT 8 13 21 TT 2 7 9 0.296 0.631 0.299 006210 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006489 CC 23 22 45 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 006515 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006516 AA 8 0 8 AG 12 4 16 GG 4 19 23 0.020 0.209 2.751 006522 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006609 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006702 AA 19 23 42 AT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 006792 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 18 23 41 0.342 0.000 0.152 006850 GG 16 21 37 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.383 0.000 0.168 007163 CC 2 7 9 CT 8 13 21 TT 14 3 17 0.296 0.631 0.299 007312 AA 14 3 17 AG 7 13 20 GG 3 7 10 1.642 0.631 0.790 007669 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 20 41 0.048 0.000 0.024 007672 CC 19 9 28 CT 2 10 12 TT 1 1 2 4.455 0.726 0.227 008104 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 008139 AA 19 23 42 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.324 0.000 0.148 008285 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 008409 CC 0 0 0 CT 3 13 16 TT 21 9 30 0.107 3.869 2.039 008719 CC 0 0 0 CT 1 3 4 TT 23 20 43 0.011 0.112 0.093 008765 AA 0 0 0 AC 0 6 6 CC 24 17 41 0.000 0.517 0.218 008783 AA 0 0 0 AT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 008802 AA 19 23 42 AT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 008896 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008933 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 009169 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009324 GG 18 23 41 GT 5 0 5 TT 0 0 0 0.342 0.000 0.152 009573 CC 0 0 0 CG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 009886 AA 14 23 37 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.436 0.000 0.168 009960 AA 14 23 37 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.436 0.000 0.168 010014 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 22 41 0.000 0.011 0.006 010208 AA 9 1 10 AG 9 9 18 GG 2 13 15 0.013 0.130 0.985 010233 AA 8 0 8 AT 11 4 15 TT 4 19 23 0.004 0.209 3.359 010324 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 22 43 0.012 0.000 0.006 010343 GG 2 0 2 GT 3 0 3 TT 16 23 39 4.954 0.000 12.565 010410 AA 21 22 43 AC 0 1 1 CC 0 0 0 0.000 0.011 0.006 010473 AA 4 19 23 AG 10 4 14 GG 7 0 7 0.016 0.209 3.129 010553 CC 14 9 23 CT 6 13 19 TT 1 1 2 0.114 1.882 0.617 010701 AA 2 0 2 AG 10 4 14 GG 10 19 29 0.050 0.209 0.035 010722 GG 9 19 28 GT 10 4 14 TT 2 0 2 0.107 0.209 0.022 010955 AA 21 9 30 AC 3 13 16 CC 0 0 0 0.107 3.869 2.039 011202 -- 2 0 2 +- 10 0 10 ++ 10 20 30 0.050 0.000 0.857 011727 -- 0 0 0 +- 0 7 7 ++ 20 13 33 0.000 0.900 0.368 011900 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 17 13 30 0.131 0.000 0.075 012363 AA 24 14 38 AC 0 9 9 CC 0 0 0 0.000 1.361 0.527 012468 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 012486 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012555 AA 1 3 4 AG 10 13 23 GG 12 7 19 0.374 0.631 0.651 012902 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 013084 AA 20 20 40 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.056 013677 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 21 41 0.112 0.000 0.055 013799 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013881 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 013945 AA 0 2 2 AG 2 7 9 GG 17 13 30 0.059 0.505 1.288 014032 CC 17 22 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.026 014033 AA 0 7 7 AG 10 12 22 GG 9 3 12 2.423 0.362 0.327 014062 -- 0 3 3 +- 3 13 16 ++ 16 7 23 0.140 0.631 0.009 014138 AA 1 0 1 AG 9 0 9 GG 9 22 31 0.436 0.000 0.124 014265 GG 16 22 38 GT 2 0 2 TT 1 0 1 3.698 0.000 9.226 014270 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 19 22 41 0.000 0.011 0.006 014297 CC 18 23 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 014463 GG 13 17 30 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.019 0.000 0.008 014541 AA 15 16 31 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.017 0.000 0.008 014672 CC 0 1 1 CT 4 9 13 TT 12 5 17 0.327 1.278 0.636 014931 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 18 20 38 0.055 0.000 0.026 014989 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 21 40 0.053 0.000 0.025 015735 CC 23 20 43 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 016601 -- 21 21 42 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.012 0.000 0.006 016903 CC 1 0 1 CG 9 0 9 GG 12 21 33 0.182 0.000 0.164 017073 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 23 21 44 0.000 0.012 0.006 017105 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017484 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017664 CC 20 21 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.097 018131 AA 8 2 10 AG 13 11 24 GG 0 8 8 4.220 0.416 0.889 018796 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 018819 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 20 21 41 0.198 0.000 0.097 018853 AA 0 8 8 AG 12 12 24 GG 12 3 15 2.667 0.209 0.093 018928 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019320 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 18 19 37 0.220 0.000 0.108 020182 -- 20 23 43 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.112 0.000 0.052 020960 CC 0 0 0 CG 3 0 3 GG 17 22 39 0.131 0.000 0.058 021375 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 021462 CC 7 1 8 CT 14 13 27 TT 3 9 12 0.960 1.882 1.163 021544 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021663 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 021773 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 021875 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 022271 AA 1 8 9 AG 2 13 15 GG 9 1 10 1.920 2.182 0.464 022377 AA 0 0 0 AG 3 1 4 GG 19 20 39 0.118 0.012 0.102 022404 -- 1 8 9 +- 9 13 22 ++ 13 1 14 0.130 2.182 0.004 022583 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 022747 AA 1 9 10 AG 8 13 21 GG 13 1 14 0.027 1.882 0.158 022753 AA 21 14 35 AC 1 8 9 CC 0 0 0 0.012 1.086 0.571 023157 AA 21 14 35 AT 1 8 9 TT 0 0 0 0.012 1.086 0.571 023370 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 024378 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 024640 AA 19 19 38 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.007 024733 GG 19 22 41 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 025035 CC 19 22 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 025390 GG 17 19 36 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.028 025898 CC 15 21 36 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.263 0.000 0.111 026128 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 026278 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 026357 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 23 43 0.050 0.000 0.023 026620 CC 12 1 13 CT 9 13 22 TT 1 9 10 0.182 1.882 0.014 026816 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.045 0.000 0.023 027572 CC 0 0 0 CT 1 6 7 TT 22 16 38 0.011 0.548 0.320 027666 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 027860 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 027941 GG 5 8 13 GT 15 13 28 TT 4 1 5 1.526 2.182 3.000 027980 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 028665 GG 17 23 40 GT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.304 028779 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 028969 AA 19 15 34 AG 0 8 8 GG 0 0 0 0.000 1.019 0.465 029271 -- 1 0 1 +- 0 0 0 ++ 17 23 40 18.000 0.000 41.000 029718 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 029731 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 029793 CC 0 0 0 CT 6 0 6 TT 16 23 39 0.548 0.000 0.230 029798 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 17 23 40 0.362 0.000 0.156 029979 GG 0 0 0 GT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 030024 CC 7 1 8 CT 5 12 17 TT 1 9 10 0.007 1.455 0.023 030062 -- 13 22 35 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.019 0.000 0.007 030113 AA 9 22 31 AG 4 0 4 GG 1 0 1 0.321 0.000 2.678 030188 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 12 22 34 0.083 0.000 0.029 030197 CC 13 22 35 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.019 0.000 0.007 030240 GG 0 0 0 GT 0 3 3 TT 14 19 33 0.000 0.118 0.068 030246 CC 0 1 1 CT 2 4 6 TT 12 17 29 0.083 1.144 0.879 030276 CC 14 21 35 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.007 030470 AA 13 22 35 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.019 0.000 0.007 030935 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 031092 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 031173 AA 19 23 42 AC 4 0 4 CC 1 0 1 1.361 0.000 3.895 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003030: G 003564: A 011202: g 011727: a 014062: C 014270: T 016601: T 018819: CACGCCT 020182: A 021663: CCTTAGTGGTACTCCAGCGATCCTCACTCTTTGGTGGGAGGACTTACTTTAAATTACCTGAATTATTAAAAGAGCAACCGTTTAG 022404: CAAA 029271: TT 030062: C