Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000257 T 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000275 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000867 A 0.17 0.00 0.08 G 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 000959 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.10 000961 T 0.22 0.41 0.29 G 0.78 0.59 0.71 0.34 0.48 0.42 000965 T 0.30 0.00 0.17 G 0.70 1.00 0.82 0.42 0.00 0.29 001392 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001782 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001855 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001897 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001970 C 0.19 0.59 0.38 G 0.81 0.41 0.62 0.30 0.48 0.47 001971 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001972 C 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 002088 A 0.50 0.00 0.25 G 0.50 1.00 0.75 0.50 0.00 0.38 002175 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002179 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002526 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002655 G 0.17 0.33 0.24 A 0.83 0.67 0.76 0.28 0.44 0.37 002768 A 0.50 0.00 0.26 C 0.50 1.00 0.74 0.50 0.00 0.38 002893 G 0.25 0.59 0.41 A 0.75 0.41 0.59 0.38 0.48 0.49 002963 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 003030 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003395 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003564 - 0.58 0.09 0.34 + 0.42 0.91 0.66 0.49 0.16 0.45 003646 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003934 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 004225 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 004399 C 0.03 0.32 0.20 A 0.97 0.68 0.80 0.06 0.43 0.32 004848 A 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 005007 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 005266 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005760 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005907 G 0.17 0.33 0.24 A 0.83 0.67 0.76 0.28 0.44 0.37 005974 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006146 T 0.25 0.59 0.41 G 0.75 0.41 0.59 0.38 0.48 0.49 006210 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006489 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 006515 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006516 A 0.58 0.09 0.34 G 0.42 0.91 0.66 0.49 0.16 0.45 006522 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006609 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006702 T 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006792 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006850 T 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 007163 C 0.25 0.59 0.41 T 0.75 0.41 0.59 0.38 0.48 0.49 007312 G 0.27 0.59 0.43 A 0.73 0.41 0.57 0.39 0.48 0.49 007669 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 007672 T 0.09 0.30 0.19 C 0.91 0.70 0.81 0.17 0.42 0.31 008104 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008139 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008285 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008409 C 0.06 0.30 0.17 T 0.94 0.70 0.83 0.12 0.42 0.29 008719 C 0.02 0.07 0.04 T 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 008765 A 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.12 008783 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008802 T 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008896 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008933 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009169 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009324 T 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009573 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 009886 G 0.13 0.00 0.06 A 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.11 009960 G 0.13 0.00 0.06 A 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.11 010014 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010208 A 0.68 0.24 0.44 G 0.33 0.76 0.56 0.44 0.36 0.49 010233 A 0.59 0.09 0.34 T 0.41 0.91 0.66 0.48 0.16 0.45 010324 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010343 G 0.17 0.00 0.08 T 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 010410 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010473 G 0.57 0.09 0.32 A 0.43 0.91 0.68 0.49 0.16 0.43 010553 T 0.19 0.33 0.26 C 0.81 0.67 0.74 0.31 0.44 0.39 010701 A 0.32 0.09 0.20 G 0.68 0.91 0.80 0.43 0.16 0.32 010722 T 0.33 0.09 0.20 G 0.67 0.91 0.80 0.44 0.16 0.33 010955 C 0.06 0.30 0.17 A 0.94 0.70 0.83 0.12 0.42 0.29 011202 - 0.32 0.00 0.17 + 0.68 1.00 0.83 0.43 0.00 0.28 011727 - 0.00 0.17 0.09 + 1.00 0.82 0.91 0.00 0.29 0.16 011900 A 0.07 0.00 0.05 G 0.93 1.00 0.95 0.14 0.00 0.09 012363 C 0.00 0.20 0.10 A 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 012468 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012486 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012555 A 0.26 0.41 0.34 G 0.74 0.59 0.66 0.39 0.48 0.45 012902 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013084 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 013677 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 013799 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013881 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013945 A 0.05 0.25 0.16 G 0.95 0.75 0.84 0.10 0.38 0.27 014032 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014033 A 0.26 0.59 0.44 G 0.74 0.41 0.56 0.39 0.48 0.49 014062 - 0.08 0.41 0.26 + 0.92 0.59 0.74 0.15 0.48 0.39 014138 A 0.29 0.00 0.13 G 0.71 1.00 0.87 0.41 0.00 0.23 014265 T 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.09 014270 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014297 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014463 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.07 0.00 0.03 014541 G 0.03 0.00 0.02 A 0.97 1.00 0.98 0.06 0.00 0.03 014672 C 0.12 0.37 0.24 T 0.88 0.63 0.76 0.22 0.46 0.37 014931 A 0.05 0.00 0.03 T 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 014989 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 015735 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 016601 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016903 C 0.25 0.00 0.13 G 0.75 1.00 0.87 0.38 0.00 0.22 017073 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017105 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017484 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017664 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018131 G 0.31 0.64 0.48 A 0.69 0.36 0.52 0.43 0.46 0.50 018796 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018819 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018853 A 0.25 0.61 0.43 G 0.75 0.39 0.57 0.38 0.48 0.49 018928 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019320 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 020182 + 0.07 0.00 0.03 - 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020960 C 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 021375 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 021462 C 0.58 0.33 0.46 T 0.42 0.67 0.54 0.49 0.44 0.50 021544 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021663 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021773 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021875 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022271 A 0.17 0.66 0.49 G 0.83 0.34 0.51 0.28 0.45 0.50 022377 A 0.07 0.02 0.05 G 0.93 0.98 0.95 0.13 0.05 0.09 022404 - 0.24 0.66 0.44 + 0.76 0.34 0.56 0.36 0.45 0.49 022583 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022747 A 0.23 0.67 0.46 G 0.77 0.33 0.54 0.35 0.44 0.50 022753 C 0.02 0.18 0.10 A 0.98 0.82 0.90 0.04 0.30 0.18 023157 T 0.02 0.18 0.10 A 0.98 0.82 0.90 0.04 0.30 0.18 023370 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024378 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024640 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 024733 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 025035 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 025390 T 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 025898 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 026128 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026278 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026357 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 026620 T 0.25 0.67 0.47 C 0.75 0.33 0.53 0.38 0.44 0.50 026816 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027572 C 0.02 0.14 0.08 T 0.98 0.86 0.92 0.04 0.24 0.14 027666 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027860 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027941 T 0.48 0.34 0.41 G 0.52 0.66 0.59 0.50 0.45 0.48 027980 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028665 T 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 028779 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 028969 G 0.00 0.17 0.10 A 1.00 0.83 0.90 0.00 0.29 0.17 029271 - 0.06 0.00 0.02 + 0.94 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 029718 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029731 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 029793 C 0.14 0.00 0.07 T 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.12 029798 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.20 0.00 0.10 029979 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 030024 C 0.73 0.32 0.47 T 0.27 0.68 0.53 0.39 0.43 0.50 030062 + 0.04 0.00 0.01 - 0.96 1.00 0.99 0.07 0.00 0.03 030113 G 0.21 0.00 0.08 A 0.79 1.00 0.92 0.34 0.00 0.15 030188 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.05 030197 T 0.04 0.00 0.01 C 0.96 1.00 0.99 0.07 0.00 0.03 030240 G 0.00 0.07 0.04 T 1.00 0.93 0.96 0.00 0.13 0.08 030246 C 0.07 0.14 0.11 T 0.93 0.86 0.89 0.13 0.24 0.20 030276 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.03 030470 G 0.04 0.00 0.01 A 0.96 1.00 0.99 0.07 0.00 0.03 030935 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031092 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 031173 C 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003030: G 003564: A 011202: g 011727: a 014062: C 014270: T 016601: T 018819: CACGCCT 020182: A 021663: CCTTAGTGGTACTCCAGCGATCCTCACTCTTTGGTGGGAGGACTTACTTTAAATTACCTGAATTATTAAAAGAGCAACCGTTTAG 022404: CAAA 029271: TT 030062: C