Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 chi2 000085 GG 18 22 40 GT 5 1 6 TT 0 0 0 0.342 0.011 0.224 000171 GG 23 22 45 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.011 0.022 000180 CC 1 0 1 CT 7 0 7 TT 16 23 39 0.044 0.000 0.919 000234 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 20 43 0.011 0.112 0.093 000444 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 000518 CC 16 22 38 CG 8 1 9 GG 0 0 0 0.960 0.011 0.527 001722 CC 14 21 35 CT 5 1 6 TT 0 0 0 0.436 0.012 0.256 001946 CC 0 0 0 CG 6 1 7 GG 18 22 40 0.490 0.011 0.304 002128 ++ 0 0 0 +- 3 1 4 -- 21 22 43 0.107 0.011 0.093 002237 CC 18 22 40 CG 5 1 6 GG 0 0 0 0.342 0.011 0.224 002315 AA 2 0 2 AG 5 0 5 GG 17 23 40 2.400 0.000 6.989 002578 ++ 0 0 0 +- 1 0 1 -- 22 23 45 0.011 0.000 0.006 002612 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 002807 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002942 CC 24 21 45 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 002953 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003220 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003221 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 003317 ++ 24 19 43 +- 0 3 3 -- 0 0 0 0.000 0.118 0.052 003321 CC 23 19 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003872 AA 24 22 46 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 003919 CC 2 0 2 CT 14 6 20 TT 8 17 25 1.434 0.517 0.666 003941 CC 12 21 33 CT 12 2 14 TT 0 0 0 2.667 0.048 1.439 004217 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004452 AA 18 21 39 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.124 0.012 0.102 004497 AA 20 21 41 AG 3 1 4 GG 0 0 0 0.112 0.012 0.097 004528 CC 0 0 0 CT 1 2 3 TT 23 20 43 0.011 0.050 0.052 004568 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 24 20 44 0.000 0.050 0.023 004599 AA 24 21 45 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004971 CC 21 22 43 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.011 0.093 005179 CC 23 21 44 CG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.023 005323 CC 16 21 37 CT 8 2 10 TT 0 0 0 0.960 0.048 0.666 005614 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005649 AA 0 0 0 AG 0 3 3 GG 24 19 43 0.000 0.118 0.052 005743 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 005898 GG 21 23 44 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 006280 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 006537 ++ 18 22 40 +- 6 1 7 -- 0 0 0 0.490 0.011 0.304 006612 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006792 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 006827 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006908 AA 0 0 0 AT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 007008 CC 18 20 38 CT 6 1 7 TT 0 0 0 0.490 0.012 0.320 007011 CC 21 20 41 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.012 0.097 007134 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 007227 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 22 45 0.011 0.000 0.006 007293 CC 16 21 37 CG 8 2 10 GG 0 0 0 0.960 0.048 0.666 007342 CC 16 21 37 CT 7 2 9 TT 0 0 0 0.741 0.048 0.541 007358 CC 15 23 38 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.019 0.000 0.417 007394 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 007481 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007508 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 007563 CC 22 23 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007673 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008240 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008357 GG 9 19 28 GT 11 3 14 TT 3 0 3 0.016 0.118 0.450 008389 CC 18 22 40 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.224 008555 AA 24 20 44 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.112 0.051 008768 AA 21 21 42 AC 3 2 5 CC 0 0 0 0.107 0.048 0.148 008848 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 008921 ++ 21 23 44 +- 3 0 3 -- 0 0 0 0.107 0.000 0.051 009501 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 20 44 0.000 0.050 0.023 011008 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 011314 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 011530 GG 21 23 44 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 011808 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011911 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012045 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 012109 AA 0 0 0 AG 5 1 6 GG 19 22 41 0.324 0.011 0.218 012186 ++ 22 23 45 +- 1 0 1 -- 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012234 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 012531 AA 21 23 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012581 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 012948 AA 7 9 16 AG 13 10 23 GG 4 4 8 0.243 0.175 0.003 012984 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 013017 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013095 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 013166 AA 24 20 44 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 013277 CC 1 0 1 CT 8 2 10 TT 15 21 36 0.003 0.048 0.094 013291 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 013304 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 013386 ++ 1 3 4 +- 11 10 21 -- 12 10 22 0.618 0.040 0.105 013403 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 20 44 0.000 0.050 0.023 013447 AA 7 10 17 AG 14 10 24 GG 3 2 5 0.960 0.050 0.659 013972 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014005 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 014342 AA 0 3 3 AG 4 9 13 GG 19 10 29 0.209 0.177 0.792 014578 ++ 0 0 0 +- 4 0 4 -- 17 20 37 0.233 0.000 0.108 014724 CC 2 9 11 CT 11 9 20 TT 11 5 16 0.107 0.857 0.911 014781 ++ 0 0 0 +- 1 0 1 -- 23 23 46 0.011 0.000 0.005 014965 CC 23 22 45 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 014975 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 015078 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 015106 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015167 CC 20 20 40 CT 1 2 3 TT 0 0 0 0.012 0.050 0.056 015438 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 015518 AA 3 4 7 AG 13 9 22 GG 7 10 17 0.631 0.591 0.001 015546 CC 20 20 40 CT 3 3 6 TT 0 0 0 0.112 0.112 0.224 015600 CC 6 9 15 CT 11 9 20 TT 3 4 7 0.314 0.414 0.006 016426 CC 2 3 5 CT 3 8 11 TT 17 12 29 5.290 0.733 4.515 016595 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016734 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 016873 CC 14 10 24 CT 7 10 17 TT 2 3 5 0.616 0.040 0.545 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002128: GG 002578: CCG 003317: AGGCCGGGGGCTGG 006537: agg 008921: AGATGG 012186: CCT 013386: catcctcatccccaact 014578: AGGG 014781: C