Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz hz 000085 T 0.11 0.02 0.07 G 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 000171 T 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 000180 C 0.19 0.00 0.10 T 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 000234 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 000444 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000518 G 0.17 0.02 0.10 C 0.83 0.98 0.90 0.28 0.04 0.17 001722 T 0.13 0.02 0.07 C 0.87 0.98 0.93 0.23 0.04 0.14 001946 C 0.12 0.02 0.07 G 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 002128 + 0.06 0.02 0.04 - 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 002237 G 0.11 0.02 0.07 C 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 002315 A 0.19 0.00 0.10 G 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 002578 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002612 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002807 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002942 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002953 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003220 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003221 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 003317 - 0.00 0.07 0.03 + 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 003321 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003872 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003919 C 0.38 0.13 0.26 T 0.62 0.87 0.74 0.47 0.23 0.38 003941 T 0.25 0.04 0.15 C 0.75 0.96 0.85 0.38 0.08 0.25 004217 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004452 G 0.07 0.02 0.05 A 0.93 0.98 0.95 0.13 0.04 0.09 004497 G 0.07 0.02 0.04 A 0.93 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 004528 C 0.02 0.05 0.03 T 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 004568 A 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 004599 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004971 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 005179 G 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 005323 T 0.17 0.04 0.11 C 0.83 0.96 0.89 0.28 0.08 0.19 005614 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005649 A 0.00 0.07 0.03 G 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.06 005743 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005898 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006280 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006537 - 0.12 0.02 0.07 + 0.88 0.98 0.93 0.22 0.04 0.14 006612 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006792 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 006827 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006908 A 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007008 T 0.12 0.02 0.08 C 0.88 0.98 0.92 0.22 0.05 0.14 007011 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.05 0.08 007134 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007227 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007293 G 0.17 0.04 0.11 C 0.83 0.96 0.89 0.28 0.08 0.19 007342 T 0.15 0.04 0.10 C 0.85 0.96 0.90 0.26 0.08 0.18 007358 T 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 007394 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007481 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007508 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 007563 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007673 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008240 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008357 T 0.37 0.07 0.22 G 0.63 0.93 0.78 0.47 0.13 0.35 008389 T 0.12 0.00 0.07 C 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 008555 G 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 008768 C 0.06 0.04 0.05 A 0.94 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 008848 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008921 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009501 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 011008 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011314 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011530 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011808 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011911 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012045 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 012109 A 0.10 0.02 0.06 G 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 012186 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012234 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012531 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012581 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012948 G 0.44 0.39 0.41 A 0.56 0.61 0.59 0.49 0.48 0.49 012984 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013017 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013095 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 013166 T 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 013277 C 0.21 0.04 0.13 T 0.79 0.96 0.87 0.33 0.08 0.22 013291 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013304 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013386 + 0.27 0.35 0.31 - 0.73 0.65 0.69 0.39 0.45 0.43 013403 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 013447 G 0.42 0.32 0.37 A 0.58 0.68 0.63 0.49 0.43 0.47 013972 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014005 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 014342 A 0.09 0.34 0.21 G 0.91 0.66 0.79 0.16 0.45 0.33 014578 + 0.10 0.00 0.05 - 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 014724 C 0.31 0.59 0.45 T 0.69 0.41 0.55 0.43 0.48 0.49 014781 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014965 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014975 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015078 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015106 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015167 T 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.05 0.09 0.07 015438 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015518 A 0.41 0.37 0.39 G 0.59 0.63 0.61 0.48 0.47 0.48 015546 T 0.07 0.07 0.07 C 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 015600 T 0.42 0.39 0.40 C 0.57 0.61 0.60 0.49 0.47 0.48 016426 C 0.16 0.30 0.23 T 0.84 0.70 0.77 0.27 0.42 0.36 016595 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016734 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016873 T 0.24 0.35 0.29 C 0.76 0.65 0.71 0.36 0.45 0.41 Note: ED : European Descent AD : African Descent pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002128: GG 002578: CCG 003317: AGGCCGGGGGCTGG 006537: agg 008921: AGATGG 012186: CCT 013386: catcctcatccccaact 014578: AGGG 014781: C