************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 lipex.phase.inp lipex.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST lipex.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates lipex.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual lipex.phase.out_recom : estimates of recombination parameters lipex.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 54 Positions of loci: 2147 2378 2499 2863 3897 4167 5419 5435 5439 5630 5789 6655 7574 7813 9365 9764 9781 10199 10219 10220 13417 13758 14253 14708 14916 15291 15391 15618 15619 16062 16323 16534 17392 17554 18555 19245 19585 19798 19810 19871 20012 20018 22077 22242 22749 24002 24052 25091 25346 26251 26892 26894 27335 28330 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file lipex.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAA 1 CDDCTGATTTGCAGACTCGICGTTGAACCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCTA 1.000000 2 CAA 1 TDDCTGATTTGCAGACCCGICGTTGAGCCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCCA 1.000000 3 CAA 1 TDDCTGATTTGCAGACTCGICGTTGAACCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCTA 2.000000 4 CAA 1 TDDCTGATTTGCAGACTCGICGTTGAACCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCTG 1.000000 5 CAA 1 TDDCTGATTTGCAGGTTCGICGTTGAACCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCTA 1.000000 6 CAG 1 TDDCTGATTTGCAGATTCGICGTTGAACCGTTGCCTCGTCGAGTTCGCTA 1.000000 7 CTG 4 CIICCGATTTACGGGCCTAICGCCAGGCTACCACCTCGTCGGGCCCGCTG 1.000000 8 CTG 4 CIICCGATTTACGGGCTTAICGTCGGGCCACCGCCTCGTCGGGCCCGCCG 1.000000 9 CTG 4 CIIGCGTCTTACGGGCCTAICCCCGGGCCACCATCCAATCAGACCAGCTG 4.000000 10 CTG 4 CIIGCGTCTTACGGGTCTAICCCCGGGCCACCATCCAATCAGACCAGCTG 1.000000 11 TTG 2 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCGCTG 1.000000 12 TTG 4 CIICCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCGCTG 1.000000 13 TTG 4 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCGCTA 4.000000 14 TTG 4 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCGCTG 54.000000 15 TTG 4 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCCCTG 1.000000 16 TTG 4 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACCTCGCTGGGCCCCGTG 3.000000 17 TTG 4 CIIGCAACCCATGAGTCTADGGCCAGGCTACCACTTCGCTGGGCCCGCTG 11.000000 18 TTG 4 CIIGCGACCCATGAGTCTADGGCCGGGGTACCACCTCGCTGGGCCCCGTG 2.000000 19 TTG 4 CIIGCGACCCATGAGTCTADGCCCGGGGTACCACCTCGCTGGGCCCGGCG 3.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (2,14) DY02: (14,14) DY03: (9,14) DY04: (14,14) DY05: (4,7) DY06: (13,14) DY07: (8,12) DY08: (9,14) DY09: (14,19) DY10: (13,18) DY11: (13,14) DY12: (6,10) DY13: (14,14) DY14: (14,14) DY15: (5,19) DY16: (15,19) DY17: (1,14) DY18: (14,14) DY19: (3,14) DY20: (13,14) DY21: (3,9) DY22: (14,14) DY23: (9,14) DY24: (14,14) E101: (11,14) E102: (14,17) E103: (14,14) E104: (14,16) E105: (14,17) E106: (14,16) E107: (17,17) E108: (14,14) E109: (14,14) E110: (14,14) E111: (14,14) E112: (14,14) E113: (14,17) E114: (14,14) E115: (14,16) E116: (17,17) E117: (14,17) E118: (14,14) E119: (17,17) E120: (14,14) E121: (14,18) E122: (14,17) E123: (14,14) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 C A A 1 T D D C T G A T T T G C A G A C C C G I C G T T G A G C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C (C) A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C (T) G 0 DY02 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY03 C T G 4 C I I G C G T C T T A C G G G C C T A I C C C C G G G C C A C C A T C C A A T C A G A C C A G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY04 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY05 C A A 1 T D D C T G A T T T G C A G A C T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T G C T G 4 C I I C C G A T T T A C G G G C C T A I C G C C A G G C [T] A C C A C C T C G T C G G G C C C G C T G 0 DY06 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY07 C T G 4 C I I C C G A T T T A C G G G C (T) T A I C G (T) C (G) G G C (C) A C C (G) C C T C G T C G G G C C C G C (C) G T T G 4 C I I C C A A C C C A T G A G T (C) T A D G G (C) C (A) G G C (T) A C C (A) C C T C G C T G G G C C C G C (T) G 0 DY08 C T G 4 C I I G C G T C T T A C G G G C C T A I C C C C G G G C C A C C A T C C A A T C A G A C C A G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY09 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C G A C C C A T G A G T C T A D G C C C G G G G T A C C A C C T C G C T G G G C C C G G C G 0 DY10 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T A T T G 4 C I I G C G A C C C A T G A G T C T A D G G C C G G G G T A C C A C C T C G C T G G G C C C C G T G 0 DY11 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY12 C A G 1 T D D C T G A T T T G C A G A T T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T A C T G 4 C I I G C G T C T T A C G G G T C T A I C C C C G G G C C A C C A T C C A A T C A G A C C A G C T G 0 DY13 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY14 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY15 C A A 1 T D D C T G A T T T G C A G G T T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T A T T G 4 C I I G C G A C C C A T G A G T C T A D G C C C G G G G T A C C A C C T C G C T G G G C C C G G C G 0 DY16 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C (C) C T G T T G 4 C I I G C G A C C C A T G A G T C T A D G C C C G G G G T A C C A C C T C G C T G G G C C C (G) G C G 0 DY17 C A A 1 C D D C T G A T T T G C A G A C T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY18 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY19 C A A 1 T D D C T G A T T T G C A G A C T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY20 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T A T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY21 C A A 1 T D D C T G A T T T G C A G A C T C G I C G T T G A A C C G T T G C C T C G T C G A G T T C G C T A C T G 4 C I I G C G T C T T A C G G G C C T A I C C C C G G G C C A C C A T C C A A T C A G A C C A G C T G 0 DY22 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY23 C T G 4 C I I G C G T C T T A C G G G C C T A I C C C C G G G C C A C C A T C C A A T C A G A C C A G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 DY24 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E101 T T G 2 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E102 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E103 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E104 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C C G T G 0 E105 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E106 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C C G T G 0 E107 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E108 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E109 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C [C] T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E110 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E111 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E112 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E113 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E114 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E115 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C C G T G 0 E116 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E117 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E118 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E119 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E120 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G 0 E121 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C G A C C C A T G A G T C T A D G G C C G G G G T A C C A C C T C G C T G G G C C C C G T G 0 E122 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C T T C G C T G G G C C C G C T G 0 E123 T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C [C] T C G C T G G G C C C G C T G T T G 4 C I I G C A A C C C A T G A G T C T A D G G C C A G G C T A C C A C C T C G C T G G G C C C G C T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 C A A 1 T D D C T G = T T T G C A G A C = C G I C = T T G A = = C G T T G = = = = = T ? = A = T T = = = (C) A T T G 4 C I I G C A = C C C A T G A G T = T A D G = C C A G = = T A C C A = = = = = C ? = G = C C = = = (T) G 0 DY02 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 DY03 C = = = = = = = = G T = T T = C = G = C = = = I C C = = G = = = C = = = = T = C A A T C A = A = = A = = = = T = = = = = = = = A A = C C = T = A = T = = = D G G = = A = = = T = = = = C = T C G C T G = G = = C = = = = 0 DY04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 DY05 = A A 1 T D ? ? ? ? = = = = G = A = A = T C G = = = T T G A A = ? ? T T G = = = = = = = = A = T T = = = = = = T G 4 C I ? ? ? ? = = = = A = G = G = C T A = = = C C A G G = ? ? C C A = = = = = = = = G = C C = = = = = 0 DY06 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = G 0 DY07 C = = = = = ? = ? ? = T T T = C = G = C (T) = ? I C = (T) = (G) = = = (C) = = = (G) = = = = = T C = = = = = = ? ? (C) = T = = = = = ? = ? ? = C C C = T = A = T (C) = ? D G = (C) = (A) = = = (T) = = = (A) = = = = = C T = = = = = = ? ? (T) = 0 DY08 C = = = = = = = = G T = T T = C = G = C = = = I C C = = G = = = C = = = = T = C A A T C A = A = = A = = = = T = = = = = = = = A A = C C = T = A = T = = = D G G = = A = = = T = = = = C = T C G C T G = G = = C = = = = 0 DY09 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C ? 0 DY10 ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = C = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = G C = A ? ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = C G = G 0 DY11 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 DY12 ? A = ? T D D C T = A T = = G = A = A = T C G = = G T T = A A = = G T ? G C = T C G = = G A G T ? C = = = A ? T = ? C I I G C = T C = = A = G = G = C T A = = C C C = G G = = A C ? A T = C A A = = A G A C ? A = = = G 0 DY13 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY14 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY15 C A A 1 T D D C T = = T T T G ? ? G = = T C G I C G T T = A A C C G T T G = = = = = T C = A = T T = = C T A T T G 4 C I I G C = = C C C A ? ? A = = C T A D G C C C = G G G T A C C A = = = = = C T = G = C C = = G C G 0 DY16 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = G = = A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) C T = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) G C = 0 DY17 ? A A ? = D ? C T G = T T T G C A G ? C ? C G I C = T T G A A = C G T T G = = = = = T C = A = T T = = = = A ? T G ? = I ? G C A = C C C A T G A ? T ? T A D G = C C A G G = T A C C A = = = = = C T = G = C C = = = = G 0 DY18 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY19 C A A 1 T D D C T G = T T T G C A G A C T C G I C = T T G A A = C G T T G = = = = = T C = A = T T = = = = A T T G 4 C I I G C A = C C C A T G A G T C T A D G = C C A G G = T A C C A = = = = = C T = G = C C = = = = G 0 DY20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G 0 DY21 ? A A ? T D D C T = A T = = G = A = A = T C G = = G T T = A A = = G T T G C = T C G = = G A G T T C = = = A ? T G ? C I I G C = T C = = A = G = G = C T A = = C C C = G G = = A C C A T = C A A = = A G A C C A = = = G 0 DY22 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY23 C = = = = = = = = G T = T T = C = G = C = = = I C ? ? = G = = = C = = = = T = C A A T C A = A = = A = = = = T = = = = = = = = A A = C C = T = A = T = = = D G ? ? = A = = = T = = = = C = T C G C T G = G = = C = = = = 0 DY24 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E101 = = = 2 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 4 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = 0 E105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 E106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = 0 E107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 E114 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = 0 E116 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E117 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 E118 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E121 ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = ? ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 E123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.74 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 0.98 1.00 ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 0.74 = ? 1.00 1.00 = 0.74 = 0.74 = = = 0.74 = = = 0.74 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? 0.74 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = 1.00 1.00 = 0.96 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 0.97 1.00 = ? 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 0.91 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 0.90 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = END PHASEPROBS