Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000395 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000452 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002147 CC 1 0 1 CT 7 0 7 TT 9 19 28 0.057 0.000 0.444 002230 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 18 19 37 0.055 0.000 0.027 002285 CC 18 19 37 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.027 002378 AA 0 0 0 AT 7 0 7 TT 13 20 33 0.900 0.000 0.368 002430 CC 20 18 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.007 002499 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 15 21 36 0.583 0.000 0.249 002863 * 003210 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 003477 CC 23 22 45 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003559 AA 24 21 45 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 003649 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 20 22 42 0.050 0.000 0.024 003897 CC 18 23 41 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.490 0.000 0.218 004167 -- 0 0 0 +- 7 0 7 ++ 17 23 40 0.700 0.000 0.304 004536 -- 0 0 0 +- 1 1 2 ++ 23 22 45 0.011 0.011 0.022 004699 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 004744 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005177 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 005213 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 005419 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 16 23 39 0.383 0.000 0.160 005435 CC 1 0 1 CG 6 0 6 GG 16 23 39 0.195 0.000 1.467 005439 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.230 005630 AA 10 22 32 AG 9 1 10 GG 3 0 3 0.177 0.011 2.589 005789 AA 19 23 42 AT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.148 006086 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006655 CC 16 23 39 CT 7 0 7 TT 1 0 1 0.044 0.000 0.919 006684 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006745 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007515 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007574 CC 13 23 36 CT 8 0 8 TT 3 0 3 0.897 0.000 5.074 007692 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 007698 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007813 CC 13 23 36 CT 8 0 8 TT 3 0 3 0.897 0.000 5.074 009031 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009318 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 009365 AA 17 23 40 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.700 0.000 0.304 009579 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009764 CC 3 0 3 CT 7 0 7 TT 13 23 36 1.431 0.000 6.398 009781 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 23 40 0.517 0.000 0.224 010199 AA 13 21 34 AG 8 0 8 GG 3 0 3 0.897 0.000 4.704 010219 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 21 39 0.342 0.000 0.160 010220 CC 2 0 2 CT 7 0 7 TT 15 21 36 0.730 0.000 3.404 012596 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 013092 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 013256 CC 18 22 40 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.220 0.000 0.100 013329 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 013417 CC 17 23 40 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.517 0.000 0.224 013593 CC 23 19 42 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 013758 CC 0 0 0 CT 7 0 7 TT 17 22 39 0.700 0.000 0.312 014253 AA 16 20 36 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.741 0.000 0.338 014708 -- 13 19 32 +- 8 0 8 ++ 3 0 3 0.897 0.000 4.334 014916 CC 3 0 3 CG 8 0 8 GG 13 23 36 0.897 0.000 5.074 015140 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 015255 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 015291 CC 0 0 0 CG 7 0 7 GG 16 22 38 0.741 0.000 0.320 015391 CC 15 22 37 CT 8 0 8 TT 0 0 0 1.019 0.000 0.428 015417 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 015618 CC 17 21 38 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.320 015619 AA 10 20 30 AG 11 1 12 GG 3 0 3 0.000 0.012 1.250 016062 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 016323 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 18 23 41 0.490 0.000 0.218 016446 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 016534 CC 20 22 42 CG 4 1 5 GG 0 0 0 0.198 0.011 0.148 016616 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 016664 CC 21 23 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 016818 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 017136 AA 23 21 44 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.023 017392 CC 2 0 2 CT 8 0 8 TT 13 23 36 0.221 0.000 2.504 017554 AA 17 23 40 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.517 0.000 0.224 018054 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 17 23 40 0.015 0.000 0.006 018399 CC 17 22 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 018555 CC 17 21 38 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.320 018805 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 019245 CC 16 22 38 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.236 019394 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 019433 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019585 AA 15 22 37 AG 8 0 8 GG 0 0 0 1.019 0.000 0.428 019798 CC 19 22 41 CT 5 0 5 TT 0 0 0 0.324 0.000 0.152 019810 CC 24 13 37 CT 0 5 5 TT 0 3 3 0.000 3.099 10.462 019871 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 020012 AA 0 0 0 AC 5 0 5 CC 19 23 42 0.324 0.000 0.148 020018 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 020659 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020761 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020765 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020829 -- 22 23 45 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.022 021607 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 23 41 0.124 0.000 0.055 021944 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 022066 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 022077 CC 13 23 36 CT 8 0 8 TT 3 0 3 0.897 0.000 5.074 022242 CC 3 0 3 CT 7 0 7 TT 10 23 33 0.818 0.000 5.749 022749 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 19 23 42 0.324 0.000 0.148 022973 AA 19 22 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.053 0.000 0.024 023687 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023811 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 024002 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 15 23 38 0.787 0.000 0.320 024052 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 025036 AA 0 0 0 AG 2 1 3 GG 22 22 44 0.045 0.011 0.051 025091 CC 17 23 40 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.304 025314 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 23 42 0.053 0.000 0.024 025346 CC 16 23 39 CT 6 0 6 TT 0 0 0 0.548 0.000 0.230 026251 AA 0 0 0 AC 5 0 5 CC 19 23 42 0.324 0.000 0.148 026423 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 026424 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 026440 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 19 23 42 0.118 0.000 0.054 026782 CC 20 22 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.095 026892 CC 0 0 0 CG 2 4 6 GG 21 18 39 0.048 0.220 0.230 026894 CC 19 18 37 CG 4 4 8 GG 0 0 0 0.209 0.220 0.428 026898 AA 0 0 0 AC 3 0 3 CC 20 22 42 0.112 0.000 0.054 027141 CC 20 18 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.007 027335 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 027383 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 027520 CC 0 0 0 CG 2 1 3 GG 22 22 44 0.045 0.011 0.051 028011 GG 0 0 0 GT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 028330 AA 0 0 0 AG 10 0 10 GG 13 23 36 1.775 0.000 0.684 028512 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 028631 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028777 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028927 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004167: g 004536: ca 005419: c 014708: CCTTCCTTTCCTT 020829: t 026423: g Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop Total-pop 002863 AA 0 0 0 002863 AC 0 0 0 002863 AT 4 0 4 002863 CC 0 0 0 002863 CT 0 1 1 002863 TT 15 22 37