************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /net/nickerson/lims/bin/phase/PHASE2 -d1 ldhbx.phase.inp ldhbx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ldhbx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ldhbx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ldhbx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ldhbx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 84 Positions of loci: 1155 2677 3018 3270 3649 3906 3970 5346 5508 6090 6137 6345 6891 6955 7796 7804 8469 8484 9190 9307 9379 9769 9858 10007 10073 10092 10337 10426 11556 11722 12291 12381 12419 12999 13138 13140 13190 13778 14189 14275 14654 15421 15607 15950 16182 16183 16624 16748 16963 17736 17737 17777 18125 18148 18484 19803 19991 20635 21010 21656 21683 21722 21815 21979 22212 22322 22505 22884 23026 23073 23139 23158 23278 23809 24733 25857 26022 26671 26720 26769 26798 26884 26955 27082 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ldhbx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGGCCAGAAGCAATAAGGGCGTTGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 2 GGGCGGAAAGCAATAAGGGCGTTGCCCAGCCTGTTAGCTAGCAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 3 GGGCGGAGCCTGGCGGTTCCGCGATGGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCTTATA 1.000000 4 GGGCGGAGCCTGGCGGTTCTGCGATGGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCTTATA 37.000000 5 GGGCGGAGCCTGGCGGTTCTGCGATGGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGAGAGAAGCATAAGACCTTATA 12.000000 6 GGGCGGAGCCTGGCGGTTCTGCGATGGCATTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCTTATA 7.000000 7 GGGCGGAGCGTGGCGGTTCTGCGGTCGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCATATA 18.000000 8 GGGGCAGAAGCAATAAGGGCGTTGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 9 GGGGCAGAAGCAATAAGGGCATTGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAACCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACACG 1.000000 10 GGGGCAGAAGCAATAAGGGCATTGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 2.000000 11 GGGGCAGAAGCAATAAGGGCATTGCCCAGCCTGCCGACTAGCAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 12 GGGGCAGAAGCAATAAGGGCATTGCCCAGCCTGTTAGCCGAAAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 13 GGGGCAGAAGCAATAGGGGCGTGGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAGCTCTTACGT 3 CGCGTAGGAAATATGCAAGACCACATA 1.000000 14 GGGGCAGACGCAATAAGGGCATTGCCCAGCCTGCTAGCCGAAAGCAATCCTTAGGT 2 CACGCAGTTAGTATGCCGTGGAACGCG 1.000000 15 GGGGGGAGCGTGGCGGTTCTGCGGTCGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCATATA 4.000000 16 AGGCGGAGCCTGGCGGTTCTGCGATGGCACTCATTAGGTAGAGTTGGCTTCCGCAC 4 GGTATGGGAGAAGCATAAGACCTTATA 1.000000 17 AACCCAGAAGCAATAGGGGCGTGGCCCAGCCTGCCGAGTAGCAGCAGCTCTTACGT 3 CGCGTAGGAAATATGCAAGACCACATA 2.000000 18 AACGCAGAAGCAATAGGGGCGTGGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAGTCCTTACGT 2 CGCGCAGGTAGTATGCAGTGGAACACA 1.000000 19 AACGCAGAAGCAATAGGGGCGTGGCCCAGCCTGCCGACCGACAGCAGTCCTTACGT 2 CGCGCAGGTAGTATGCAGTGGAACGCA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (2,4) DY02: (1,3) DY03: (4,14) DY04: (7,8) DY05: (16,13) DY06: (4,6) DY07: (4,6) DY08: (12,15) DY09: (9,10) DY10: (4,6) DY11: (4,6) DY12: (4,6) DY13: (4,7) DY14: (6,10) DY15: (4,19) DY16: (4,7) DY17: (7,18) DY18: (6,17) DY19: (4,5) DY20: (4,7) DY21: (7,15) DY22: (4,15) DY23: (11,17) DY24: (4,4) E101: (4,5) E102: (4,15) E103: (4,5) E104: (5,7) E105: (4,7) E106: (5,7) E107: (4,5) E108: (4,5) E109: (4,4) E110: (5,7) E111: (4,4) E112: (4,4) E113: (4,5) E114: (4,7) E115: (4,7) E116: (4,4) E117: (4,7) E118: (5,7) E119: (4,4) E120: (4,7) E121: (5,5) E122: (4,7) E123: (7,7) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 G G G C G G A A A G C A A T A A G G G C G T T G C C C A G C C T G [T] T A G C [T] [A] G C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY02 G G G C C A G (A) (A) G C A A T A A G G G C G T T G C C C A G C C T G C [C] G A C C G A C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G G G G C G G A (G) (C) C T G G C G G T T C C G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY03 G G G (C) (G) (G) (A) (G) C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A (T) T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G (G) (C) (A) (G) (A) C G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G (C) T A G C C G A A A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY04 G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A G G G G C A G A [A] G C A A T A A G G G C G T T G C C C A G C C T G C [C] G A C C G A C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY05 (A) G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A (G) [G] [G] G C A G A A G C A A T A G G G G C G T G G C C C A G C C T G C C G A C C G A C A G C A G C T C T T A C G T 3 C G C G T A G G A A A T A T G C A A G A C C A C A T A 0 DY06 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY07 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY08 G G G G C A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G T T A G C C G A A A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G G G G G G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY09 G G G G [C] A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G C C G A C C [G] [A] C A G C A A C C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C A C G G G G G [C] A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G C C G A C C [G] [A] C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY10 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY11 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY12 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY13 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY14 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G G [C] A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G C C G A C C G A C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY15 (G) G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A (A) A C G C A G A A G C A A T A G G G G C G T G G C C C A G C C T G C C G A C C G A C A G C A G T C C T T A C G T 2 C G C G C A G G T A G T A T G C A G T G G A A C G C A 0 DY16 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY17 G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A A A C G C A G A A G C A A T A G G G G C G T G G C C C A G C C T G C C G A C C G A C A G C A G T C C T T A C G T 2 C G C G C A G G T A G T A T G C A G T G G A A C A C A 0 DY18 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A A A C [C] C A G A A G C A A T A G G G G C G T G G C C C A G C C T G C C G A G T A G C A G C A G C T C T T A C G T 3 C G C G T A G G A A A T A T G C A A G A C C A C A T A 0 DY19 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY20 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY21 G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A G G G G G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY22 G G G (C) G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G (G) G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 DY23 (G) G G (G) C A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G C C G A C T A G C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A G T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G (A) A C (C) C A G A A G C A A T A G G G G C G T G G C C C A G C C T G C C G A G T A G C A G C A G C T C T T A C G T 3 C G C G T A G G A A A T A T G C A A G A C C A C A T A 0 DY24 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E101 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E102 G G G (C) G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G (G) G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E103 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E104 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E105 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E106 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E107 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E108 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E109 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E110 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E111 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G [G] G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E112 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E113 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E114 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E115 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E116 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E117 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E118 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E119 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E120 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E121 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G A G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 E122 G G G C G G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A 0 E123 G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A G G G C G G A G C G T G G C G G T T C T G C G G T C G C A C T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G G G A G A A G C A T A A G A C C A T A T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = = = = ? = = A A G C A ? ? A A G G G C = T T G C C C A G = C T G ? = = = C ? ? = C ? G ? ? ? T C C T T A G G T 2 C A C G C A = T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G = = = = ? = = G C C T G ? ? G G T T C T = C G A T G G C A = T C A ? = = = G ? ? = A ? T ? ? ? C T T C C G C A C 4 G G T A T G = G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A 0 DY02 = = = = C A G (A) (A) G C A A T A A G G G = = T T G C C C A G = C T G ? ? ? ? C C G A ? A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A = T T A G ? ? T G C C G T G G A A C G C G = = = = G G A (G) (C) C T G G C G G T T C = = C G A T G G C A = T C A ? ? ? ? G T A G ? G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G = G A G A ? ? C A T A A G A C C T T A T A 0 DY03 = = = (C) (G) (G) (A) (G) = C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A = T C A (T) = = = G T A G = G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G = G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A = = = (G) (C) (A) (G) (A) = G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G = C T G (C) = = = C C G A = A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A = T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY04 = = = C G G A ? ? = T G G C G G T T C T = C G = T = G C A = T C A T ? A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 ? ? T A T G = G A ? A A G C A T A A G A C C = T A T A = = = G C A G ? ? = C A A T A A G G G C = T T = C = C A G = C T G C ? G A C C G A C A G C A A T C C T T A G G T 2 ? ? C G C A = T T ? G T A T G C C G T G G A = C G C G 0 DY05 (A) ? ? C G G A G C C T G G C G = ? ? C T = C = A T G G C A = T C A T T A G ? T A G A G T T G = = = ? ? ? G = ? C 4 ? ? T A = G = = = G = A G C A T ? = = = = = T T = = = (G) ? ? G C A G A A G C A A T A = ? ? G C = T = G C C C A G = C T G C C G A ? C G A C A G C A = = = ? ? ? A = ? T 3 ? ? C G = A = = = A = T A T G C ? = = = = = A C = = = 0 DY06 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY07 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = ? ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = ? ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY08 = = = = ? A G A A = C A A T A A G G G C A T T = C = C A G = C T G = ? ? ? C ? ? A = A G C A A T C ? T ? A G G T 2 C A C G C A = T T A G T A T G C ? G T G G A = C G C G = = = = ? G A G C = T G G C G G T T C T G C G = T = G C A = T C A = ? ? ? G ? ? G = G T T G G C T ? C ? G C A C 4 G G T A T G = G A G A A G C A T ? A G A C C = T A T A 0 DY09 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = 0 DY10 = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY11 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY13 = ? ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = = = 0 DY14 = = = C ? G A G C C T G G C G G T T C T G C G A T G G C A T T C A T T A G G T A G A G T T G G C T T C C G C A C 4 G G T A T G = G A G A A G C A T A A G A C C T T A T A = = = G ? A G A A G C A A T A A G G G C A T T G C C C A G C C T G C C G A C C G A C A G C A A T C C T T A G G T 2 C A C G C A = T T A G T A T G C C G T G G A A C G C G 0 DY15 (G) G G C ? G A G C C T G G C G = T T C T = C = A T G G C A = T C A T T A G G T A G A G T T G = C T T C C G = A C 4 G = T A T G = = A G A A G C A T = A G A C C T T A T = (A) A C G ? A G A A G C A A T A = G G G C = T = G C C C A G = C T G C C G A C C G A C A G C A = T C C T T A = G T 2 C = C G C A = = T A G T A T G C = G T G G A A C G C = 0 DY16 = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = = = 0 DY17 G G G C ? G A ? ? = T G G C G = T T C T = C = = T = G C A = T C A T T A G G ? ? G A G T ? ? = C T T C C G = A C 4 G = T A T G = = A G A A G C A T = A G A C C = T = T = A A C G ? A G ? ? = C A A T A = G G G C = T = = C = C A G = C T G C C G A C ? ? A C A G ? ? = T C C T T A = G T 2 C = C G C A = = T A G T A T G C = G T G G A = C = C = 0 DY18 G G G ? ? G A G C C T G G C G = T T ? ? ? C = A T G G C A T T C A T T A G ? = = = A G T T G = = = T C C G = A C 4 G = T A = G = = = G = A G C A T = = = = = = T T = = = A A C ? ? A G A A G C A A T A = G G ? ? ? T = G C C C A G C C T G C C G A ? = = = C A G C A = = = C T T A = G T 3 C = C G = A = = = A = T A T G C = = = = = = A C = = = 0 DY19 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY20 = = = = = = = = = C = = = = ? ? = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? ? = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 DY21 = ? ? C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? G = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 DY22 = ? ? (C) = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? (G) = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 DY23 (G) G G (G) = = = = = = = = = = = A = = = = A = T = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A T C = = = = G = = 2 = A = = C = = T T = G = = = = = C G T G G A = = G C G (A) A C (C) = = = = = = = = = = = G = = = = G = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G C T = = = = C = = 3 = G = = T = = G A = A = = = = = A A G A C C = = A T A 0 DY24 = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E101 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = (C) = = = = = C = = = = = = ? ? = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = (G) = = = = = G = = = = = = ? ? = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E105 = ? ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = T = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A = = = = 0 E106 = ? = = = = = = = C = = ? = ? ? = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? = = = = = = = G = = ? = ? ? = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E107 = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E111 = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E113 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E114 = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = A = G = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? ? = = G = C = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E115 = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E116 = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E117 = = = = = = = = = C = ? ? ? = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = ? ? ? = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E118 = = = ? = = = = = C = = ? ? = = ? ? = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = G = = ? ? = = ? ? = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E119 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E120 = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E121 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = C = = ? = = = ? ? = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = = ? ? = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 E123 = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = ? = = 0.98 0.98 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 ? ? = 1.00 ? 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.91 0.91 0.91 0.86 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 0.70 0.70 0.71 0.71 0.70 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.63 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 0.91 0.95 0.95 0.95 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.52 ? ? 0.97 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.71 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 0.96 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.98 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 0.98 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? 0.78 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.70 0.95 0.95 0.58 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.78 = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = ? = ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = ? ? = = ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS