Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000075 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 001013 T 0.18 0.43 0.31 C 0.82 0.57 0.69 0.30 0.49 0.43 001075 G 0.36 0.50 0.43 T 0.64 0.50 0.57 0.46 0.50 0.49 001329 C 0.30 0.55 0.42 T 0.70 0.45 0.58 0.42 0.49 0.49 001417 T 0.00 0.16 0.08 C 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.14 002143 + 0.04 0.04 0.04 - 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 002176 C 0.11 0.07 0.09 T 0.89 0.93 0.91 0.19 0.12 0.16 002483 G 0.38 0.50 0.44 A 0.62 0.50 0.56 0.47 0.50 0.49 003253 A 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 003421 A 0.27 0.50 0.38 G 0.73 0.50 0.62 0.39 0.50 0.47 003649 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 003653 A 0.26 0.50 0.38 T 0.74 0.50 0.62 0.39 0.50 0.47 003749 C 0.28 0.37 0.33 T 0.72 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 004003 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 005085 C 0.35 0.50 0.43 T 0.65 0.50 0.57 0.46 0.50 0.49 005270 A 0.38 0.50 0.44 T 0.62 0.50 0.56 0.47 0.50 0.49 005311 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005601 T 0.38 0.50 0.44 C 0.62 0.50 0.56 0.47 0.50 0.49 006454 C 0.00 0.15 0.07 T 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 006718 C 0.17 0.43 0.30 A 0.83 0.57 0.70 0.29 0.49 0.42 006729 T 0.37 0.50 0.43 C 0.63 0.50 0.57 0.47 0.50 0.49 006803 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006940 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007025 C 0.00 0.16 0.08 T 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.14 007216 - 0.38 0.54 0.46 + 0.62 0.46 0.54 0.47 0.50 0.50 007369 T 0.11 0.07 0.09 A 0.89 0.93 0.91 0.20 0.12 0.16 007631 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007671 C 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 007803 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 007818 C 0.02 0.15 0.09 T 0.98 0.85 0.91 0.04 0.26 0.16 008433 G 0.41 0.48 0.44 A 0.59 0.52 0.56 0.48 0.50 0.49 008733 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008754 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008964 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008985 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009241 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009248 A 0.10 0.02 0.06 T 0.90 0.98 0.94 0.19 0.04 0.12 009418 C 0.11 0.30 0.20 G 0.89 0.70 0.80 0.20 0.42 0.33 009609 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009960 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 010102 C 0.30 0.50 0.41 T 0.70 0.50 0.59 0.42 0.50 0.48 010420 T 0.37 0.50 0.43 G 0.63 0.50 0.57 0.47 0.50 0.49 010996 G 0.35 0.45 0.41 A 0.65 0.55 0.59 0.46 0.50 0.48 011395 G 0.09 0.37 0.23 A 0.91 0.63 0.77 0.16 0.47 0.35 011435 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011470 C 0.39 0.50 0.45 T 0.61 0.50 0.55 0.48 0.50 0.49 011884 G 0.37 0.50 0.43 C 0.63 0.50 0.57 0.47 0.50 0.49 012113 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012163 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012244 G 0.19 0.43 0.31 C 0.81 0.57 0.69 0.30 0.49 0.43 012402 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012415 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012562 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 012631 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012641 G 0.02 0.03 0.02 T 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 012651 G 0.08 0.00 0.05 T 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 013043 C 0.31 0.35 0.33 T 0.69 0.65 0.67 0.43 0.45 0.44 014788 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014829 T 0.08 0.00 0.05 C 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 014884 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 015010 T 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 015039 G 0.08 0.12 0.10 C 0.92 0.88 0.90 0.15 0.22 0.18 015089 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016125 G 0.07 0.15 0.11 A 0.93 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 016129 - 0.09 0.02 0.05 + 0.91 0.98 0.95 0.16 0.04 0.10 016154 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016163 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016258 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016268 - 0.27 0.22 0.24 + 0.73 0.78 0.76 0.40 0.34 0.37 016331 T 0.27 0.22 0.24 C 0.73 0.78 0.76 0.40 0.34 0.37 016332 T 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 016376 T 0.36 0.37 0.36 A 0.64 0.63 0.64 0.46 0.47 0.46 016433 - 0.18 0.10 0.14 + 0.82 0.90 0.86 0.30 0.17 0.24 016473 T 0.17 0.22 0.20 C 0.83 0.78 0.80 0.29 0.34 0.31 016519 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016574 G 0.41 0.50 0.46 T 0.59 0.50 0.54 0.48 0.50 0.50 016576 C 0.41 0.50 0.46 T 0.59 0.50 0.54 0.48 0.50 0.50 016588 C 0.35 0.35 0.35 G 0.65 0.65 0.65 0.45 0.45 0.45 016614 T 0.12 0.28 0.20 G 0.88 0.72 0.80 0.22 0.41 0.32 016694 G 0.04 0.02 0.03 T 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 016821 C 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 016843 G 0.12 0.28 0.20 A 0.88 0.72 0.80 0.22 0.41 0.32 016985 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017030 G 0.28 0.37 0.33 A 0.72 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 017031 C 0.28 0.37 0.33 T 0.72 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 017256 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017308 - 0.08 0.04 0.06 + 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 017311 G 0.28 0.43 0.35 A 0.72 0.57 0.65 0.41 0.49 0.46 017332 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017361 C 0.35 0.45 0.40 T 0.65 0.55 0.60 0.46 0.50 0.48 017386 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017603 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017685 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 017922 - 0.08 0.00 0.04 + 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018039 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018173 T 0.40 0.40 0.40 C 0.60 0.60 0.60 0.48 0.48 0.48 018488 G 0.17 0.05 0.10 A 0.83 0.95 0.90 0.28 0.09 0.18 018507 A 0.07 0.16 0.11 G 0.93 0.84 0.89 0.13 0.27 0.20 019764 G 0.24 0.54 0.39 C 0.76 0.46 0.61 0.36 0.50 0.48 019809 A 0.27 0.57 0.41 G 0.73 0.43 0.59 0.39 0.49 0.49 019860 T 0.10 0.13 0.12 C 0.90 0.87 0.88 0.19 0.23 0.21 020006 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020070 C 0.28 0.09 0.18 A 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 020496 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020519 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021405 T 0.08 0.07 0.08 C 0.92 0.93 0.92 0.15 0.13 0.14 021704 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021749 T 0.21 0.25 0.23 A 0.79 0.75 0.77 0.33 0.38 0.35 021833 G 0.10 0.16 0.13 A 0.90 0.84 0.87 0.19 0.27 0.23 022090 T 0.17 0.39 0.27 C 0.83 0.61 0.73 0.28 0.47 0.40 022134 C 0.50 0.48 0.49 T 0.50 0.52 0.51 0.50 0.50 0.50 022149 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022233 A 0.23 0.25 0.24 G 0.77 0.75 0.76 0.35 0.38 0.36 022436 A 0.10 0.05 0.08 G 0.90 0.95 0.92 0.19 0.10 0.15 022617 A 0.40 0.36 0.38 G 0.60 0.64 0.62 0.48 0.46 0.47 023189 G 0.19 0.37 0.28 A 0.81 0.63 0.72 0.30 0.47 0.40 023512 C 0.10 0.07 0.09 T 0.90 0.93 0.91 0.19 0.12 0.16 023714 T 0.11 0.36 0.23 C 0.89 0.64 0.77 0.19 0.46 0.35 023960 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023961 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024023 + 0.07 0.16 0.11 - 0.93 0.84 0.89 0.12 0.27 0.20 024323 A 0.19 0.28 0.23 G 0.81 0.72 0.77 0.30 0.41 0.36 024372 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 024902 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024988 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025248 A 0.20 0.41 0.31 G 0.80 0.59 0.69 0.33 0.48 0.43 025322 + 0.24 0.42 0.33 - 0.76 0.57 0.67 0.36 0.49 0.44 025389 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025672 G 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 025834 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025912 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025981 G 0.09 0.04 0.07 T 0.91 0.96 0.93 0.17 0.08 0.12 026009 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026457 G 0.00 0.16 0.08 A 1.00 0.84 0.92 0.00 0.27 0.15 026515 A 0.17 0.34 0.26 G 0.83 0.66 0.74 0.28 0.45 0.38 026540 C 0.20 0.39 0.30 G 0.80 0.61 0.70 0.33 0.47 0.42 026660 G 0.20 0.41 0.31 A 0.80 0.59 0.69 0.33 0.48 0.43 026999 T 0.19 0.09 0.14 G 0.81 0.91 0.86 0.30 0.16 0.24 027224 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027263 G 0.02 0.05 0.03 T 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 027332 C 0.17 0.39 0.27 A 0.83 0.61 0.73 0.28 0.47 0.40 027414 - 0.06 0.12 0.09 + 0.94 0.88 0.91 0.12 0.21 0.16 027437 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 027484 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 027652 A 0.47 0.45 0.46 G 0.53 0.55 0.54 0.50 0.50 0.50 027767 - 0.48 0.38 0.43 + 0.52 0.62 0.57 0.50 0.47 0.49 027949 - 0.09 0.00 0.04 + 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 028102 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 028147 A 0.47 0.35 0.40 G 0.53 0.65 0.60 0.50 0.45 0.48 028205 T 0.10 0.07 0.08 C 0.90 0.93 0.92 0.17 0.12 0.15 028427 T 0.25 0.09 0.17 C 0.75 0.91 0.83 0.38 0.16 0.28 028692 A 0.23 0.41 0.32 T 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 028723 C 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029291 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029573 T 0.06 0.15 0.11 C 0.94 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 029579 C 0.06 0.15 0.11 T 0.94 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 029596 T 0.17 0.37 0.27 C 0.83 0.63 0.73 0.28 0.47 0.39 029743 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029785 C 0.06 0.15 0.11 A 0.94 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 029804 T 0.20 0.28 0.24 C 0.80 0.72 0.76 0.31 0.41 0.36 029808 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029829 A 0.06 0.15 0.11 G 0.94 0.85 0.89 0.12 0.26 0.19 030695 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030760 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030784 G 0.30 0.13 0.22 A 0.70 0.87 0.78 0.42 0.23 0.34 030984 T 0.24 0.39 0.32 A 0.76 0.61 0.68 0.36 0.48 0.43 031095 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031270 C 0.20 0.41 0.30 T 0.80 0.59 0.70 0.31 0.48 0.42 031443 A 0.20 0.09 0.14 G 0.80 0.91 0.86 0.33 0.16 0.25 031569 C 0.21 0.28 0.25 T 0.79 0.72 0.75 0.34 0.41 0.38 031583 A 0.43 0.37 0.40 T 0.57 0.63 0.60 0.49 0.47 0.48 031758 - 0.47 0.50 0.49 + 0.53 0.50 0.51 0.50 0.50 0.50 031761 A 0.47 0.35 0.40 G 0.53 0.65 0.60 0.50 0.45 0.48 031933 G 0.05 0.16 0.11 A 0.95 0.84 0.89 0.10 0.27 0.20 031981 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 032040 + 0.05 0.00 0.02 - 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 032110 C 0.00 0.15 0.07 T 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 032185 T 0.42 0.35 0.38 C 0.58 0.65 0.62 0.49 0.45 0.47 032461 A 0.08 0.12 0.10 G 0.92 0.88 0.90 0.15 0.21 0.18 032653 T 0.30 0.19 0.25 C 0.70 0.81 0.75 0.42 0.30 0.38 032739 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032778 T 0.35 0.35 0.35 C 0.65 0.65 0.65 0.45 0.45 0.45 032961 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033090 A 0.35 0.26 0.31 G 0.65 0.74 0.69 0.46 0.39 0.43 033147 G 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002143: a 007216: AA 007803: a 009609: C 016129: T 016268: G 016433: CT 017308: g 017922: g 024023: a 024902: T 025322: T 025834: T 027414: gtttt 027767: t 027949: tattt 031758: TTT 032040: tg