************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 klkn1.phase.inp klkn1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST klkn1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates klkn1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual klkn1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters klkn1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 49 Positions of loci: 83 1026 1562 2002 2205 2529 2588 2765 3123 3451 3930 3939 4111 4191 4378 5681 6232 6353 6387 6419 6567 6624 6799 6827 6922 6939 7068 7421 7464 7486 7508 7510 7988 8089 8339 8381 8515 8529 8628 8817 9085 9345 9388 9460 9535 9639 9735 9762 9892 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file klkn1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAGGCACGACTGCGDDATCAGGTGGCAGAAAGAACDCTTCGTICGGACI 6.000000 2 CAGGCACGACTGCGDDGTCAGGCCGCGAGTGTGGTICTTCGTICGGACI 1.000000 3 CAGGCACGACTGCGDDGTCAGGTGGCAGAAAGAACDCTTCGTICGGACI 17.000000 4 CAGGCACGACTGCGDDGTCAGGTGGCAGAAAGAGCDCTTCGTICGGACI 1.000000 5 CAGGCACGACTGCGDDGTCAAGTGGCAGAAAGAACDCTTCGTICGGACI 2.000000 6 CAGGCACGATTGCGDDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCICCTCGTDCAGCTI 1.000000 7 CAGGTACGACTGGADDATCAGGTGGCAGAAAGAACDCTTCGTICGGACI 1.000000 8 CAGGTACGACTGGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCICCTCGTDCAGCTI 21.000000 9 CAGGTACGACTGGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCICCTCGCDCAGCTI 1.000000 10 CAGGTACGACTGGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCICTTCGTDCAGCTI 1.000000 11 CAGGTACGACTGGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCITCTCGTITGACCI 1.000000 12 CAGGTACGACTGGADIGCCCGGCCGCAGAAAGAATICCTCGTICAGCCI 2.000000 13 CAGGTACGACTTGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCITCTCGTITGACCI 1.000000 14 CAGGTACGGCCGCADDGCCCGGCGGTAGAAAGAACDCCTCGTICGGCCI 1.000000 15 CAGGTACGGCCGCADDGCCCGGCGGTAGAAAGAACDCTTCGTICGGCCI 5.000000 16 CAGGTACGGCCGCAIIGCCCGGCCGCAGAAAGAATICCTCGTICAGCCI 1.000000 17 CAGGTCCGACTGGADDGCCCGGCCGCAGAAAGAGCICCTCGTDCAGCTI 5.000000 18 CAGATATTACTGCADDGCGCGACCACGGGAAGGACITCCTGCICGGCCI 1.000000 19 CAAGTACGACTTCAIDGCCAGGCCGCGAGTGTGGTICTTCGTICGGACI 1.000000 20 CAAGTACGACTTCAIDGCCCGGCCGCGAGTGTGGTICCTCGTICAGACD 5.000000 21 CAAGTACGACTTCAIDGCCCGGCCGCGAGTGTGGTICCTCATICAGACD 3.000000 22 CAAGTACGACTTCAIDGCCCGGCCGCGAGTGTGGTICCTTGTICAGACD 1.000000 23 CAAGTACGACTTCAIDGCCCGGCCGCGAGTGTGGTICTTCGTICGGACI 5.000000 24 CAAGTACGACTTCAIDGCCCAGTGGCAGAAAGAACDCTTCGTICGGACI 1.000000 25 CCGATATTACTGCADDGCGCGGCCGCAGAAAGAATICCTCGTICAGCCI 1.000000 26 CCGATATTACTGCADDGCGCGACCACGGGAAGGACITCCCGCICGGCCI 1.000000 27 CCGATATTACTGCADDGCGCGACCACGGGAAGGACITCCTGCICGGCCI 3.000000 28 TAGGCACGATTGCGDDGCCCGGCCGCAGAAAGAGTICCTCGTITGACCI 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,8) D002: (4,14) D003: (8,28) D004: (8,15) D005: (8,28) D006: (3,25) D007: (12,15) D008: (22,27) D009: (8,11) D010: (1,15) D011: (8,8) D012: (3,18) D013: (3,20) D014: (1,27) D015: (3,28) D016: (15,16) D033: (7,28) D034: (1,12) D035: (13,21) D036: (8,10) D037: (6,15) D038: (8,8) D039: (1,27) D040: (1,8) E001: (3,17) E002: (3,17) E003: (5,5) E004: (3,20) E005: (8,8) E006: (3,17) E007: (3,23) E008: (19,23) E009: (9,23) E010: (3,23) E011: (3,8) E012: (8,26) E013: (3,17) E014: (3,8) E015: (3,3) E016: (2,24) E017: (3,8) E018: (8,17) E019: (8,23) E020: (21,21) E021: (3,20) E022: (8,20) E023: (8,20) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 D002 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A (G) C D C (T) T C G T I C G G A C I C A G G T A C G [G] C C G C A D D G C C C G G C G G T A G A A A G A (A) C D C (C) T C G T I C G G C C I 0 D003 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I T A G G C A C G A T T G C G D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G T I C C T C G T I T G A C C I 0 D004 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G [G] C C G C A D D G C C C G G C G G T A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G C C I 0 D005 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I T A G G C A C G A T T G C G D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G T I C C T C G T I T G A C C I 0 D006 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C C G A T A T T A C T G C A D D G C G C G G C C G C A G A A A G A A T I C C T C G T I C A G C C I 0 D007 C A G G T A C G A C T G G A D I G C C C G G C C G C A G A A A G A A T I C C T C G T I C A G C C I C A G G T A C G [G] C C G C A D D G C C C G G C G G T A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G C C I 0 D008 C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T T G T I C A G A C D C C G A T A T T A C T G C A D D G C G C G A C C A C G G G A A G G A C I T C C T G C I C G G C C I 0 D009 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I T C T C G T I T G A C C I 0 D010 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G [G] C C G C A D D G C C C G G C G G T A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G C C I 0 D011 C A G G T [A] C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 D012 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G A T A T T A C T G C A D D G C G C G A C C A C G G G A A G G A C I T C C T G C I C G G C C I 0 D013 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C G T I C A G A C D 0 D014 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C C G A T A T T A C T G C A D D G C G C G A C C A C G G G A A G G A C I T C C T G C I C G G C C I 0 D015 C A G G C A C G A C T G C G D D [G] T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I T A G G C A C G A T T G C G D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G T I C C T C G T I T G A C C I 0 D016 C A G G T A C G G C C G C A (D) D G C C C G G C G G T A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G C C I C A G G T A C G G C C G C A (I) I G C C C G G C C G C A G A A A G A A T I C C T C G T I C A G C C I 0 D033 C A G G T A C G A C T G G A D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I T A G G C A C G A T T G C G D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G T I C C T C G T I T G A C C I 0 D034 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D I G C C C G G C C G C A G A A A G A A T I C C T C G T I C A G C C I 0 D035 C A G G T A C G A C T T [G] A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I T C T C G T I T G A C C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C A T I C A G A C D 0 D036 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C T T C G T D C A G C T I 0 D037 C A G G C A C G A T T G C G D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G [G] C C G C A D D G C C C G G C G G T A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G C C I 0 D038 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 D039 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C [C] G A T A T T A C T G C A D D G C G C G A C C A C G G G A A G G A C I T C C T G C I C G G C C I 0 D040 C A G G C A C G A C T G C G D D A T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E001 C A G G C (A) C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T (C) C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E002 C A G G C (A) C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T (C) C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E003 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A A G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A A G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I 0 E004 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C G T I C A G A C D 0 E005 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E006 C A G G C (A) C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T (C) C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E007 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C [C] G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I 0 E008 C A A G T A C G A C T T C A I D G C C A G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I 0 E009 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G (C) D C A G C T I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G (T) I C G G A C I 0 E010 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I 0 E011 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E012 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C C G A T A T T A C T G C A D D G C G C G A C C A C G G G A A G G A C I T C C C G C I C G G C C I 0 E013 C A G G C (A) C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T (C) C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E014 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E015 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G C A C G A C T G C G D D [G] T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I 0 E016 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G [C] [C] G C [G] A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C A G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I 0 E017 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E018 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A G G T C C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I 0 E019 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C T T C G T I C G G A C I 0 E020 C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C A T I C A G A C D C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C A T I C A G A C D 0 E021 C A G G C A C G A C T G C G D D G T C A G G T G G C A G A A A G A A C D C T T C G T I C G G A C I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C G T I C A G A C D 0 E022 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C G T I C A G A C D 0 E023 C A G G T A C G A C T G G A D D G C C C G G C C G C A G A A A G A G C I C C T C G T D C A G C T I C A A G T A C G A C T T C A I D G C C C G G C C G C G A G T G T G G T I C C T C G T I C A G A C D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = ? = = = = = = = C G = = A T = A = = T G = = = = = = = = = A = D ? ? = = ? ? I = G = A C = = = = = ? = = = = = = = G A = = G C = C = = C C = = = = = = = = = G = I ? ? = = ? ? D = A = C T = 0 D002 = = = = C = = = ? = T = = G = = = T = A = = T = = C = = = = = = = (G) = = = (T) = = = = = = = = A = = = = = = T = = = ? = C = = A = = = C = C = = C = = T = = = = = = = (A) = = = (C) = = = = = = = = C = = 0 D003 C = = = T = = = = C = = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? D C A G = T = T = = = C = = = = T = = C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? I T G A = C = 0 D004 = = = = = = = = ? = T = G = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = = T = = = = = = = = = ? = C = C = = = = = = = = = = G = T = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = = C = 0 D005 C ? ? = ? = = = ? C = = G A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? ? = = = ? D C A G = T = T ? ? = ? = = = ? T = = C G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? ? = = = ? I T G A = C = 0 D006 = A = G C = C G = = = = ? ? ? = = T C A = = T G = = = = = = = = = = C D = ? = = = = = = G = A = = = C = A T = T T = = = = ? ? ? = = C G C = = C C = = = = = = = = = = T I = ? = = = = = = A = C = = 0 D007 = = = = = = = = ? = T = ? ? ? I ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = T I = C = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = C = ? ? ? D ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = C D = T = = = = = = G = = = = 0 D008 = A A G ? = C G = = = T = = I = = = C = = ? ? ? G = = A ? ? ? ? ? G T = C = ? = = T = = A = ? ? D = C G A ? = T T = = = G = = D = = = G = = ? ? ? A = = G ? ? ? ? ? A C = T = ? = = C = = G = ? ? I 0 D009 = = = = = ? ? ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? D C A G = T = = = = = = ? ? ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? I T G A = C = 0 D010 = = = = C = = = ? = T = = G = = A T = A = = T = = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = T = = = ? = C = = A = = G C = C = = C = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = 0 D011 = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = = = G ? = C G = = = = = G = = = T C A = G T G G = A = A = = = A = = D C T T C ? T = = = = A = = = = = A ? = T T = = = = = A = = = C G C = A C C A = G = G = = = G = = I T C C T ? C = = = = C = = 0 D013 = = G = C = = = = = = G = G D = = T = A = = T G = = A G A A A G A A C D = T = = = = = = G = ? ? I = = A = T = = = = = = T = A I = = C = C = = C C = = G A G T G T G G T I = C = = = = = = A = ? ? D 0 D014 = A = G C = C G = = = = = G = = A T C A = ? T G G = A = A = = = A = = D ? T T C ? T = = = = A = = = C = A T = T T = = = = = A = = G C G C = ? C C A = G = G = = = G = = I ? C C T ? C = = = = C = = 0 D015 C = = = = = = = = C = = = = = = ? ? ? ? ? ? T G = = = = = = = = = A C D = T = = ? = = C = G A = = T = = = = = = = = T = = = = = = ? ? ? ? ? ? C C = = = = = = = = = G T I = C = = ? = = T = A C = = 0 D016 = = = = = = = = = = = = ? ? (D) D = = = = = = = G = T = = = = = = = = C D = T = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? (I) I = = = = = = = C = C = = = = = = = = T I = C = = = = = = A = = = = 0 D033 C = = = T = = = = C = = G A = = A T = A = = T G = = = = = = = = = A C D ? ? = = ? = = C = G A = = T = = = C = = = = T = = C G = = G C = C = = C C = = = = = = = = = G T I ? ? = = ? = = T = A C = = 0 D034 = ? = = C ? ? ? = = = = ? ? ? D A T = A = = T G = = = = = = = = = = C D = T = = = = = = G = A = = = ? = = T ? ? ? = = = = ? ? ? I G C = C = = C C = = = = = = = = = = T I = C = = = = = = A = C = = 0 D035 = = G = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = A G A A A G ? = C = T = = = G = = T G A ? ? I = = A = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = G A G T G T ? = T = C = = = A = = C A G ? ? D 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 D037 = = = = C ? ? ? ? T T = = G = = = = = = = = = C = C = = = = = = = G = I ? ? = = ? ? D = A = = T = = = = = T ? ? ? ? C C = = A = = = = = = = = = G = T = = = = = = = A = D ? ? = = ? ? I = G = = C = 0 D038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D039 = ? = G C = C G = = = = = G = = A ? ? ? ? G T G G = A = A = = = A = = D ? ? T C ? T = = = = A = = = ? = A T = T T = = = = = A = = G ? ? ? ? A C C A = G = G = = = G = = I ? ? C T ? C = = = = C = = 0 D040 = = = ? ? = = = = = = = C G ? = A T = A = = T G = = = ? ? ? ? ? ? A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = = ? ? = = = = = = = G A ? = G C = C = = C C = = = ? ? ? ? ? ? G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E001 = = = = ? (A) = = = = = = C G = = = T = A = = T G = = = = = = = = = ? = D ? ? = = ? ? I = G = A C = = = = = ? (C) = = = = = = G A = = = C = C = = C C = = = = = = = = = ? = I ? ? = = ? ? D = A = C T = 0 E002 = = = = C (A) = = = = = = C G = ? = T = A = = T G = = = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = = = T (C) = = = = = = G A = ? = C = C = = C C = = = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = = G = C = = = = = = G = G D = = T = A = = T G = = A G A A A G A A C D = T = = = = = = G = ? ? I = = A = T = = = = = = T = A I = = C = C = = C C = = G A G T G T G G T I = C = = = = = = A = ? ? D 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = ? = ? (A) = = = = = = C G = = = T = A = = T G = = = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = ? = ? (C) = = = = = = G A = = = C = C = = C C = = = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E007 = = G = C = = = = = = G = G D ? = ? ? ? ? = T G = = A G ? A A G A ? C D ? ? = = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = T = A I ? = ? ? ? ? = C C = = G A ? T G T G ? T I ? ? = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 E009 = = G = = = = = = = = G G = D = = = = = = ? = = = = A G ? A A G A = C = = C = = ? (C) D = A = C T = = = A = = = = = = = = T C = I = = = = = = ? = = = = G A ? T G T G = T = = T = = ? (T) I = G = A C = 0 E010 = = G = C = = = = = = G = G ? = = ? = A = = T G = = A G ? ? A G A A C D = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = T = A ? = = ? = C = = C C = = G A ? ? G T G G T I = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = C = = = = = = = C G = = = T = A = = T G = = = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = = = T = = = = = = = G A = = = C = C = = C C = = = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E012 ? A = G = = C G = = = = G = = = = = C = = G = = G = A = A = = = A G = = C = T = = ? D = A = = T = ? C = A = = T T = = = = C = = = = = G = = A = = A = G = G = = = G A = = T = C = = ? I = G = = C = 0 E013 = = = = C (A) = ? = = = = C G = = = T = A = = T G = = = = = = = = = A = D ? ? = = ? ? I = G = A C = = = = = T (C) = ? = = = = G A = = = C = C = = C C = = = = = = = = = G = I ? ? = = ? ? D = A = C T = 0 E014 = = = = C = = = = = = = C G = = = T = A = = T G = = = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = = = T = = = = = = = G A = = = C = C = = C C = = = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = G = C = = = = = = G = G D = = T = A G = ? ? ? ? ? A G T G T G G T I = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = T = A I = = C = C A = ? ? ? ? ? G A A A G A A C D = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = C = = = = = ? = C G = = = ? ? ? ? ? T G = = = = = = = = = A = D = T = = ? ? I = G = A C = = = = = T = = = = = ? = G A = = = ? ? ? ? ? C C = = = = = = = = = G = I = C = = ? ? D = A = C T = 0 E018 = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0 E019 = = G = = = = ? = = = G G = D = = = = = = = = = = = A G A A A G A = C = = C = = ? ? D = A = C T = = = A = = = = ? = = = T C = I = = = = = = = = = = = G A G T G T G = T = = T = = ? ? I = G = A C = 0 E020 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E021 = = G = C = = ? = = = G = G D ? = T = A = = T G = = A G A A A G A A C D = T = = = = = = G = ? ? I = = A = T = = ? = = = T = A I ? = C = C = = C C = = G A G T G T G G T I = C = = = = = = A = ? ? D 0 E022 = = G = = = = = = = = G G = D ? = = = = = = = = = = A G A A A G A ? C = = = = = = = D = = = ? ? I = = A = = = = = = = = T C = I ? = = = = = = = = = = G A G T G T G ? T = = = = = = = I = = = ? ? D 0 E023 = = G = = = = ? = = = G G = D = ? ? ? ? = = = = = = A G A A A G A = C = = = = = = ? D = = = ? ? I = = A = = = = ? = = = T C = I = ? ? ? ? = = = = = = G A G T G T G = T = = = = = = ? I = = = ? ? D END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 0.51 = = = 0.56 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = ? = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 = ? ? ? 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = ? ? ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 0.99 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0.55 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = 0.99 ? ? ? = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 0.96 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 0.99 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 ? = 0.99 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? 0.74 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 ? ? = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 0.75 = = = = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 0.70 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? 0.69 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 0.76 = ? = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = ? ? 1.00 END PHASEPROBS