Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000092 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 19 23 42 0.053 0.000 0.024 000133 AA 0 0 0 AG 0 5 5 GG 19 18 37 0.000 0.342 0.168 000642 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 23 43 0.050 0.000 0.023 000854 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 001265 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001533 -- 21 19 40 +- 3 4 7 ++ 0 0 0 0.107 0.209 0.304 002315 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 002365 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002456 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002940 CC 19 22 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.097 003023 CC 19 19 38 CT 4 4 8 TT 0 0 0 0.209 0.209 0.417 003038 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 003115 -- 6 17 23 +- 8 4 12 ++ 5 0 5 0.460 0.233 2.453 003189 CC 17 22 39 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.015 0.000 0.006 003536 CC 1 0 1 CG 11 0 11 GG 12 23 35 0.618 0.000 0.015 003573 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003819 GG 14 19 33 GT 8 4 12 TT 2 0 2 0.296 0.209 0.435 003877 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004144 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 004602 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 004797 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 004972 -- 7 0 7 +- 11 4 15 ++ 6 19 25 0.160 0.209 2.984 005821 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 005880 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 005954 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006204 CC 20 21 41 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.097 006661 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 20 22 42 0.198 0.000 0.095 006998 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 007122 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 007147 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 007234 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 22 42 0.198 0.000 0.095 007392 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 22 21 43 0.000 0.012 0.006 007597 AA 21 23 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 007794 CC 18 19 37 CG 4 4 8 GG 0 0 0 0.220 0.209 0.428 007878 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 23 41 0.124 0.000 0.055 008004 AA 0 0 0 AG 4 4 8 GG 18 18 36 0.220 0.220 0.440 008074 CC 17 23 40 CT 7 0 7 TT 0 0 0 0.700 0.000 0.304 008170 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 23 43 0.012 0.000 0.006 008252 GG 18 23 41 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 008320 GG 0 0 0 GT 4 4 8 TT 15 19 34 0.263 0.209 0.465 009043 AA 23 21 44 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.023 009430 GG 20 23 43 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 009663 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 010002 CC 0 0 0 CG 3 4 7 GG 21 18 39 0.107 0.220 0.312 010028 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 010186 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 010238 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010390 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 010639 -- 6 18 24 +- 11 4 15 ++ 7 0 7 0.160 0.220 2.754 010900 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011463 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 011700 CC 7 0 7 CT 11 4 15 TT 6 19 25 0.160 0.209 2.984 011902 AA 5 15 20 AC 9 3 12 CC 7 0 7 0.383 0.149 3.692 012264 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 20 41 0.048 0.000 0.024 012326 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 21 42 0.107 0.000 0.054 012429 AA 11 17 28 AT 10 4 14 TT 3 0 3 0.094 0.233 0.450 013026 AA 24 21 45 AT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 013197 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 013303 GG 6 19 25 GT 10 4 14 TT 7 0 7 0.381 0.209 3.639 013439 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013575 CC 14 13 27 CT 7 4 11 TT 1 0 1 0.011 0.302 0.009 013591 CC 0 0 0 CT 3 4 7 TT 19 13 32 0.118 0.302 0.379 013823 AA 0 2 2 AG 5 11 16 GG 15 10 25 0.408 0.179 0.077 013899 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 19 23 42 0.209 0.000 0.095 014289 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 19 19 38 0.013 0.000 0.007 014368 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 19 19 38 0.013 0.000 0.007 014564 AA 6 0 6 AT 11 1 12 TT 6 19 25 0.043 0.013 4.038 014991 CC 19 17 36 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.131 0.062 015070 CC 15 21 36 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.149 0.000 0.062 015411 AA 20 22 42 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 015452 AA 1 0 1 AC 7 3 10 CC 13 18 31 0.002 0.124 0.032 015525 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 19 21 40 0.013 0.000 0.006 016227 CC 19 22 41 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.209 0.000 0.097 016413 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 20 22 42 0.112 0.000 0.054 016988 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017150 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017454 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 19 22 41 0.118 0.000 0.055 017469 CC 21 22 43 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017499 AA 15 22 37 AG 8 0 8 GG 0 0 0 1.019 0.000 0.428 017515 AA 22 22 44 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017816 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 018018 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 018118 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 018648 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018788 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 21 44 0.011 0.000 0.006 019016 GG 13 19 32 GT 10 4 14 TT 1 0 1 0.296 0.209 0.140 019035 CC 0 0 0 CG 9 0 9 GG 14 23 37 1.361 0.000 0.541 019079 AA 11 18 29 AT 8 4 12 TT 3 0 3 0.577 0.220 1.153 019099 GG 22 22 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019376 GG 0 0 0 GT 2 4 6 TT 22 18 40 0.045 0.220 0.224 019379 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 20 22 42 0.198 0.000 0.095 019425 GG 20 19 39 GT 4 4 8 TT 0 0 0 0.198 0.209 0.407 019498 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 019816 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 019957 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 020230 GG 7 0 7 GT 11 4 15 TT 6 18 24 0.160 0.220 2.754 020231 CC 7 0 7 CT 11 4 15 TT 6 18 24 0.160 0.220 2.754 020265 AA 7 0 7 AG 11 4 15 GG 6 18 24 0.160 0.220 2.754 020496 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 020721 AA 23 20 43 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 020736 AA 22 16 38 AT 2 4 6 TT 0 0 0 0.045 0.247 0.236 020778 GG 0 0 0 GT 1 1 2 TT 22 19 41 0.011 0.013 0.024 020968 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 21 44 0.011 0.000 0.006 021342 GG 20 21 41 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 021784 CC 20 15 35 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.114 022008 AA 20 21 41 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.097 022062 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 21 41 0.198 0.000 0.097 022150 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 022155 AA 0 0 0 AG 5 4 9 GG 19 17 36 0.324 0.233 0.556 022182 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.023 022262 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 022442 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 022522 AA 0 0 0 AC 1 1 2 CC 23 22 45 0.011 0.011 0.022 023172 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 19 19 38 0.000 0.013 0.007 023338 CC 14 5 19 CG 5 10 15 GG 0 4 4 0.436 0.059 0.160 023435 CC 17 19 36 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.028 023569 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 023595 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023602 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 023619 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 023900 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 023920 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 024072 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 024359 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 024430 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 20 44 0.000 0.012 0.006 024472 CC 1 0 1 CT 8 5 13 TT 15 16 31 0.003 0.383 0.072 024511 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 024674 AA 15 22 37 AG 8 0 8 GG 0 0 0 1.019 0.000 0.428 025006 -- 3 6 9 +- 8 10 18 ++ 12 7 19 0.733 0.381 1.467 025036 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 20 21 41 0.198 0.000 0.097 025068 CC 6 17 23 CT 11 4 15 TT 7 0 7 0.160 0.233 2.525 025480 AA 20 23 43 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.198 0.000 0.093 025870 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 025997 CC 7 19 26 CT 13 4 17 TT 4 0 4 0.243 0.209 0.255 026476 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 026488 AA 1 0 1 AG 10 4 14 GG 13 19 32 0.296 0.209 0.140 026536 GG 20 23 43 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 026642 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 026788 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027217 CC 6 19 25 CT 9 4 13 TT 7 0 7 0.714 0.209 4.385 027309 AA 6 19 25 AG 9 4 13 GG 7 0 7 0.714 0.209 4.385 027403 GG 0 0 0 GT 4 2 6 TT 18 21 39 0.220 0.048 0.230 028344 CC 3 0 3 CG 5 1 6 GG 11 19 30 2.466 0.013 6.527 028384 CC 15 20 35 CT 2 0 2 TT 1 0 1 3.445 0.000 8.474 028568 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028647 AA 1 0 1 AG 2 3 5 GG 16 19 35 3.698 0.118 1.967 028692 AA 15 19 34 AT 3 3 6 TT 1 0 1 1.815 0.118 1.170 028713 GG 8 19 27 GT 4 3 7 TT 6 0 6 5.445 0.118 10.684 028715 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 028754 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 21 39 0.014 0.000 0.006 028776 CC 18 21 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 028854 CC 17 21 38 CT 1 0 1 TT 1 0 1 7.736 0.000 17.092 029429 AA 2 0 2 AG 9 4 13 GG 10 17 27 0.000 0.233 0.072 029798 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 20 40 0.012 0.000 0.006 029922 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 029933 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 030080 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 030172 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 22 22 44 0.045 0.000 0.023 030260 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 030275 AA 23 21 44 AG 1 1 2 GG 0 0 0 0.011 0.012 0.023 030641 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 031053 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 19 40 0.012 0.000 0.006 031429 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 031446 CC 7 0 7 CT 11 4 15 TT 5 19 24 0.030 0.209 2.754 031539 CC 19 19 38 CT 3 4 7 TT 0 0 0 0.118 0.209 0.320 031545 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 031547 AA 0 0 0 AG 3 4 7 GG 19 19 38 0.118 0.209 0.320 031840 AA 8 5 13 AG 11 10 21 GG 2 7 9 0.416 0.153 0.009 031918 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 032085 CC 6 0 6 CT 10 2 12 TT 6 21 27 0.182 0.048 4.556 032356 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 032413 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 032469 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 032501 AA 23 18 41 AG 1 5 6 GG 0 0 0 0.011 0.342 0.218 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000092: TCT 001533: GC 003115: TGCCAAAAACCTTGG 004972: t 006661: TC 010639: TATAT 012264: gtt 013899: tctc 015525: t 020968: tta 022442: aa 025006: aaaa 025036: ta