Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000212 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 000246 G 0.29 0.00 0.15 A 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 000376 G 0.65 0.20 0.43 A 0.35 0.80 0.57 0.46 0.31 0.49 000404 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000458 A 0.29 0.00 0.15 G 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 000851 T 0.50 0.17 0.33 C 0.50 0.83 0.67 0.50 0.28 0.44 000914 T 0.13 0.00 0.06 C 0.87 1.00 0.94 0.23 0.00 0.11 001127 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 001130 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 001263 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001312 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001509 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001727 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001801 G 0.50 0.23 0.37 T 0.50 0.77 0.63 0.50 0.35 0.46 001809 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002059 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002316 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002584 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 002606 A 0.56 0.07 0.32 G 0.44 0.93 0.68 0.49 0.12 0.43 002676 T 0.15 0.05 0.10 A 0.85 0.95 0.90 0.26 0.09 0.18 002766 A 0.02 0.09 0.05 C 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 002786 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 002825 A 0.65 0.24 0.45 G 0.35 0.76 0.55 0.46 0.36 0.49 002935 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003095 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 003148 G 0.29 0.07 0.18 C 0.71 0.93 0.82 0.41 0.12 0.30 003189 C 0.02 0.02 0.02 T 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 003197 A 0.65 0.22 0.44 G 0.35 0.78 0.56 0.46 0.34 0.49 003294 G 0.33 0.07 0.20 C 0.67 0.93 0.80 0.44 0.12 0.32 003383 C 0.66 0.26 0.47 T 0.34 0.74 0.53 0.45 0.39 0.50 003477 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003630 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003677 T 0.65 0.24 0.45 C 0.35 0.76 0.55 0.46 0.36 0.49 003728 A 0.02 0.35 0.18 G 0.98 0.65 0.82 0.04 0.45 0.30 003748 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003816 C 0.35 0.24 0.30 G 0.65 0.76 0.70 0.46 0.36 0.42 003990 A 0.35 0.25 0.30 G 0.65 0.75 0.70 0.45 0.38 0.42 004036 A 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 004155 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004156 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004366 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004544 T 0.00 0.28 0.13 C 1.00 0.72 0.87 0.00 0.40 0.23 004559 A 0.02 0.03 0.02 G 0.98 0.97 0.98 0.04 0.05 0.05 004652 C 0.04 0.11 0.08 T 0.96 0.89 0.92 0.08 0.20 0.14 004690 C 0.29 0.16 0.23 T 0.71 0.84 0.77 0.41 0.27 0.35 004821 G 0.17 0.07 0.12 A 0.83 0.93 0.88 0.28 0.13 0.21 004918 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 004944 C 0.23 0.00 0.12 T 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 005003 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 005048 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 005126 G 0.44 0.25 0.35 A 0.56 0.75 0.65 0.49 0.38 0.45 005167 T 0.27 0.18 0.23 C 0.73 0.82 0.77 0.39 0.30 0.35 005338 - 0.21 0.00 0.11 + 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 005404 C 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 005479 T 0.13 0.68 0.40 G 0.87 0.32 0.60 0.23 0.43 0.48 005728 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005740 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005813 A 0.22 0.00 0.10 G 0.78 1.00 0.90 0.34 0.00 0.18 006266 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006301 G 0.18 0.00 0.09 A 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 006369 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007036 C 0.29 0.07 0.17 A 0.71 0.93 0.82 0.41 0.13 0.29 007296 C 0.74 0.25 0.49 T 0.26 0.75 0.51 0.39 0.38 0.50 007313 T 0.21 0.00 0.10 G 0.79 1.00 0.90 0.34 0.00 0.19 007357 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007433 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 007443 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008023 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008044 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 008123 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 008243 A 0.17 0.00 0.09 C 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 008580 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008638 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008905 G 0.04 0.02 0.03 A 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 008928 C 0.30 0.07 0.18 T 0.70 0.93 0.82 0.42 0.12 0.30 009115 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009276 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009586 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009681 C 0.02 0.16 0.09 T 0.98 0.84 0.91 0.05 0.27 0.17 009693 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009807 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009867 T 0.02 0.13 0.08 C 0.98 0.87 0.92 0.04 0.23 0.14 009929 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009939 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009944 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010027 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010031 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010068 + 0.11 0.00 0.05 - 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 010083 C 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 010171 A 0.25 0.59 0.41 G 0.75 0.41 0.59 0.38 0.48 0.49 010181 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010198 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010217 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010277 C 0.38 0.14 0.26 G 0.62 0.86 0.74 0.47 0.24 0.39 010299 + 0.02 0.13 0.08 - 0.98 0.87 0.92 0.05 0.23 0.15 010667 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010762 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 010766 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010914 C 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 010925 G 0.28 0.09 0.18 A 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 010949 C 0.11 0.02 0.07 G 0.89 0.98 0.93 0.19 0.04 0.12 011121 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 013403 G 0.45 0.14 0.30 T 0.55 0.86 0.70 0.50 0.24 0.42 013412 T 0.57 0.14 0.36 C 0.43 0.86 0.64 0.49 0.24 0.46 013441 C 0.45 0.10 0.27 T 0.55 0.90 0.73 0.50 0.17 0.40 013638 A 0.47 0.17 0.31 G 0.53 0.83 0.69 0.50 0.28 0.43 013647 G 0.50 0.17 0.33 A 0.50 0.83 0.68 0.50 0.28 0.44 013656 T 0.53 0.14 0.33 C 0.47 0.86 0.68 0.50 0.24 0.44 015256 T 0.42 0.57 0.49 G 0.58 0.42 0.51 0.49 0.49 0.50 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001809: TT 005338: T 010068: TGTG 010299: G