************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 il8ra.phase.inp il8ra.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il8ra.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il8ra.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il8ra.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il8ra.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 46 Number of Loci: 54 Positions of loci: 751 935 1114 2196 2216 3642 3876 4072 4611 5072 5130 5244 5585 5686 5931 6006 6156 6217 6722 6747 6831 6935 7100 7605 7628 7661 8998 9000 9007 9279 9328 10194 10392 11069 11143 12335 12494 12806 12915 12931 13238 13777 13849 14019 15251 15590 15707 16258 16372 17566 17921 18014 18858 19070 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il8ra.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAACCCTCCATGGGCCTCGCCCCCCICIIIDIAGTGAGCGCCACAGACGGAGGC 1.000000 2 CAACCCTCCATGGGCCTCGCCCCTCICIIIDIAGTGAGCGCCACAGACGGAGGC 3.000000 3 CAACCCTCGATGGGCCTCGCCCCTCICIIIDIAGTGAGCGCCACAGACGGAGGC 1.000000 4 CAACGCTCCATGGGCCTCGCCCCCCICIIIDIAGTGAGCGCCACAGACGGAGGC 1.000000 5 CAACGCTCCATGGGCCTCGCCCCTCICIIIDIAGTGAGCGCCACAGACGGAGGC 5.000000 6 CAGCCCTCCATGGGCCTCGCTCTTTITDDDDIAGGTGGCGCCACATGCACGGGC 1.000000 7 CAGCCCTCCATGGGCCTCGGCTCTTICIIIDIAGTGAGTGCCATTTGCACATAT 2.000000 8 CAGCCCTCCATGGGCCTCAGCCTTTICIIIDIAGTGAGTGCCATTTGCACATAT 1.000000 9 CAGCCCTCGATGGGCCTCGCCCCTTITDDDDIAGGGAGCGCCACATGCACAGGC 1.000000 10 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCCCTTTITDDDDIAGGTGACGTCACATGTACAGGC 1.000000 11 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCCCTTTITDDDDIGGGTGGCGCTACATGCACAGGC 1.000000 12 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCCCTTTITDDDDDAGGTGACGTCACATGTACAGGC 2.000000 13 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCTCTTTICIIIDIAGTGAGTGCCATTTGCACATAT 1.000000 14 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCTCTTTITDDDDIAGTTGGCGCCGCATGCACGGGC 1.000000 15 CAGCCCTCGATGGGCCTGGCTCTTTITDDDDIAGGTGGCGCCGCATGCACGGGC 27.000000 16 CAGCCCTCGATGGGCCTGGGCCTTTITDDDDDAGGTGACGTCACATGTACAGGC 21.000000 17 CAGCCCTCGATGGGCCTGGGCCTTTITDDDDDAAGTGACGTCACATGTACAGGC 4.000000 18 CAGCCCTCGATGGGCCTGAGCCTTTITDDDDDAGGTGACGTCACATGTACAGGC 5.000000 19 CAGCCTGCGATGGGCCTGGCTCTTTITDDDDIAGGTGGCGCCGCATGCACGGGC 1.000000 20 CAGCCTGTCATAAGCCTGGCCCTCTDTDDDDIGGGTGGCGCTACATGCACAGGC 1.000000 21 CAGCCTGTGATAAGCCTGGCCCTCTDTDDDDIGGGTGGCGCTACATGCACAGGC 4.000000 22 CGGCCCTCGATGGGCCTGGCTCTTTITDDDDIAGGTGGCGCCGCATGCACGGGC 2.000000 23 CGGCGCTCCATGGGCCTCGCCCCCCICIIIDIAGTGAGTGCCATTTGCACATAT 1.000000 24 TAATCCTCGTCGGTAACCGGCTCTTITDDDIIAGGGGGCTCCACATGCACAGGC 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D002: (1,23) D003: (16,22) D004: (2,14) D005: (6,13) D006: (12,15) D007: (15,18) D008: (12,15) D009: (5,20) D010: (16,21) D011: (16,24) D012: (15,21) D013: (7,24) D014: (8,18) D015: (4,15) D016: (2,15) D033: (21,22) D034: (2,5) D035: (15,15) D036: (10,15) D037: (7,24) D038: (15,21) D039: (3,18) D040: (9,24) E001: (16,17) E002: (15,15) E003: (15,16) E004: (15,16) E005: (5,15) E006: (11,19) E007: (5,16) E008: (15,18) E009: (15,17) E010: (15,16) E011: (15,16) E012: (15,16) E013: (16,18) E014: (16,17) E015: (15,16) E016: (15,15) E017: (16,16) E018: (16,16) E019: (16,16) E020: (5,15) E021: (16,17) E022: (15,15) E023: (15,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D002 C (A) (A) C (C) C T C C A T G G G C C T C G C C C C C C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C (G) (G) C (G) C T C C A T G G G C C T C G C C C C C C I C I I I D I A G T G A G T G C C A T T T G C A C A T A T 0 D003 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C G G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D004 C A A C C C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G T T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D005 C A G C C C T C (C) A T G G G C C T (C) G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C A C A T G C A C G G G C C A G C C C T C (G) A T G G G C C T (G) G C T C T T T I C I I I D I A G T G A G T G C C A T T T G C A C A T A T 0 D006 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D007 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G A G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 D008 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D009 C A A C G C T C C A T G G G C C T C G C C C C [T] C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C T G T C A T A A G C C T G G C C C T C T D T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C 0 D010 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C T G T G A T A A G C C T G G C C C T C T D T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C 0 D011 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C [T] A A T C C T C G T C G G T A A C C G G C T C T T I T D D D I I A G G G G G C T C C A C A T G C A C A G G C 0 D012 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C T G T G A T A A G C C T G G C C C T C T D T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C 0 D013 (C) A G C C C T C C A T G G G C C T C G G C T C T T I C I I I D I A G T G A G T G C C A T T T G C A C A T A T (T) A A T C C T C G T C G G T A A C C G G C T C T T I T D D D I I A G G G G G C T C C A C A T G C A C A G G C 0 D014 C A [G] C C C T C (C) A T G G G C C T (C) A G C C T T T I C I I I D I A G T G A G T G C C A T T T G C A C A T A T C A [G] C C C T C (G) A T G G G C C T (G) A G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 D015 C A A C G C T C C A T G G G C C T C G C C C C (C) C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T (T) T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D016 C A A C C C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D033 C A G C C T G T G A T A A G C C T G G C C C T C T D T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C C G G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D034 C A A C [C] C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A A C [G] C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C 0 D035 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D036 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C C C T T T I T D D D D I A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 D037 (C) A G C C C T C C A T G G G C C T C G G C T C T T I C I I I D I A G T G A G T G C C A T T T G C A C A T A T (T) A A T C C T C G T C G G T A A C C G G C T C T T I T D D D I I A G G G G G C T C C A C A T G C A C A G G C 0 D038 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C T G T G A T A A G C C T G G C C C T C T D T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C 0 D039 C A A C C C T C G A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G A G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 D040 (C) A G C C C T C G A T G G G C C T C G C C C C T T I T D D D D I A G G G A G C G C C A C A T G C A C A G G C (T) A A T C C T C G T C G G T A A C C G G C T C T T I T D D D I I A G G G G G C T C C A C A T G C A C A G G C 0 E001 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A A G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E002 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E003 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E004 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E005 C A A C G C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E006 C A G C C (C) (T) C G A T G G G C C T G G C C C T T T I T D D D D I G G G T G G C G C T A C A T G C A C A G G C C A G C C (T) (G) C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E007 C A A C G C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E008 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G A G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E009 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A A G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E010 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E011 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E012 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E013 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G A G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E014 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A A G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E015 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E016 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E017 C A G C C C T C G A T G G G C C T G [G] G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G [G] C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E018 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E019 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E020 C A A C G C T C C A T G G G C C T C G C C C C T C I C I I I D I A G T G A G C G C C A C A G A C G G A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E021 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A A G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C 0 E022 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C 0 E023 C A G C C C T C G A T G G G C C T G G C T C T T T I T D D D D I A G G T G G C G C C G C A T G C A C G G G C C A G C C C T C G A T G G G C C T G G G C C T T T I T D D D D D A G G T G A C G T C A C A T G T A C A G G C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D002 = (A) (A) = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = C A G A = G G = G G C = (G) (G) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = T T T G = A C = T A T 0 D003 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = ? ? = = A = = T = A = = = = T = = A = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = ? ? = = G = = C = G = = = = C = = G = = = 0 D004 = = A = = = = = C = = = = = = = = C = = C = C = C = C I I I = ? ? = = G A = = = = = A = = G A = G G A = = = = = G = = = = = G = = = = = = = = G = = T = T = T = T D D D = ? ? = = T G = = = = = G = = T G = A C G = = = 0 D005 = = = = = = = = (C) = = = = = = = = (C) = = = = = = = = T D D D = ? = ? ? T G = C = = = = C A = = = = = G G G C = = = = = = = = (G) = = = = = = = = (G) = = = = = = = = C I I I = ? = ? ? G A = T = = = = T T = = = = = A T A T 0 D006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = D = = = = ? A = = ? = A = = = = T = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = I = = = = ? G = = ? = G = = = = C = = G = ? = 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = 0 D008 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = ? ? T = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = ? ? C = = G = = = 0 D009 = = A = G C T C = = = G G = = = = C = = = = C ? ? I C I I I = = A = T G A = = = = C = = = G A ? ? ? = = = = = = G = C T G T = = = A A = = = = G = = = = T ? ? D T D D D = = G = G T G = = = = T = = = T G ? ? ? = = = = 0 D010 = = = = = C T C = = = G G = = = = = = G = = = ? ? I = = = = = D A = = = = A = = T C = = = = = T = = = = = = = = = = = T G T = = = A A = = = = = = C = = = ? ? D = = = = = I G = = = = G = = C T = = = = = C = = = = = = 0 D011 ? = G C = ? ? = = A T = = G C C T G ? ? = C T = = = = = = ? D D = = = T = A = G T = = = = = = T = ? = = = = ? = A T = ? ? = = T C = = T A A C C ? ? = T C = = = = = = ? I I = = = G = G = T C = = = = = = C = ? = = = = 0 D012 = = = = = C T C = = = G G = = = = = = = T = = ? ? I = = = = = = A = = = = = = = = C G = = = = = = = G = = = = = = = = T G T = = = A A = = = = = = = C = = ? ? D = = = = = = G = = = = = = = = T A = = = = = = = A = = = 0 D013 (C) = G C = = = = C A T = = G C C T = = = = = = = = = C I I ? D = = ? ? = A = T G = = = T T = = = = ? ? ? A T (T) = A T = = = = G T C = = T A A C = = = = = = = = = T D D ? I = = ? ? = G = C T = = = C A = = = = ? ? ? G C 0 D014 = ? ? = = = = = (C) = = = = = = = = (C) = = = = = = = = C I I I = I = = T G A G T = C = = T T = = C = = = ? ? ? = ? ? = = = = = (G) = = = = = = = = (G) = = = = = = = = T D D D = D = = G T G A C = T = = C A = = T = = = ? ? ? 0 D015 = = A = G = = = C = = = = = = = = C = = C = C (C) C = C I I I = = = = T G A = = = = = A = = G A = G G A = = = = = G = C = = = G = = = = = = = = G = = T = T (T) T = T D D D = = = = G T G = = = = = G = = T G = A C G = = = 0 D016 = = A = = = = = C = = = = = = = = C = = C = C = C = C I I I = = = = T G A = = = = = A = = G A = G G A = = = = = G = = = = = G = = = = = = = = G = = T = T = T = T D D D = = = = G T G = = = = = G = = T G = A C G = = = 0 D033 = A = = = T G T = = = A A = = = = = = = C = = ? ? D = = = = = = G = = = = = = = = T A = = = = = = = A = = = = G = = = C T C = = = G G = = = = = = = T = = ? ? I = = = = = = A = = = = = = = = C G = = = = = = = G = = = 0 D034 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D035 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? = = = = = = = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? = = = = = = = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = 0 D037 (C) = G C = = = = C A T = = G C C T = = = = = = = = = C I I ? D = = = T ? A = T G = = = T T = = = = = = T A T (T) = A T = = = = G T C = = T A A C = = = = = = = = = T D D ? I = = = G ? G = C T = = = C A = = = = = = G G C 0 D038 ? ? ? = = C T C = = = G G = = = = = = = T = = ? ? I = = = = = = A = = = = = = = = C G = = = = = = = G = = = ? ? ? = = T G T = = = A A = = = = = = = C = = ? ? D = = = = = = G = = = = = = = = T A = = = = = = = A = = = 0 D039 = = A = = = = = = = = = = = = = = C G C ? = C = C = C I I I = I = = T G A G = = C = = = = G A C G G = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = G A G ? = T = T = T D D D = D = = G T G A = = T = = = = T G T A C = = = = 0 D040 (C) ? G C = = = = = A T = = G C C T = = C = C = = = = = = = = D = = = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = (T) ? A T = = = = = T C = = T A A C = = G = T = = = = = = = = I = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = 0 E004 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = 0 E005 = = A = G = = = C = = = = = = = = C = = C = C = C = C I I I = = = = T G A = = = = = A = = G A = G G A = = = = = G = C = = = G = = = = = = = = G = = T = T = T = T D D D = = = = G T G = = = = = G = = T G = A C G = = = 0 E006 = = = = = (C) (T) = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T A = = = = = = = A = = = = = = = = (T) (G) = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = C G = = = = = = = G = = = 0 E007 = = A = G = = = C ? ? ? = = = = = C = C = = C = C = C I I I = I = = T G A G = = C = = = = G A C G G = = = = = = G = C = = = G ? ? ? = = = = = G = G = = T = T = T D D D = D = = G T G A = = T = = = = T G T A C = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = 0 E009 ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = G = = = G = = ? = G = = = = C = = G = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = A = = = A = = ? = A = = = = T = = A = = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = ? ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = ? ? = A = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = G = = C = G = = = = C = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = A = = T = A = = = = T = = A ? = = 0 E012 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = = = = = ? ? ? ? = G = = = = C = = G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = = = = = ? ? ? ? = A = = = = T = = A = = = 0 E013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E015 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = C ? ? ? = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = T ? ? ? = = = T = = A = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E017 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 ? = A = G = = = C = = = = = = = = C = = C = C = C = ? ? ? ? ? = = = ? G A = = = = = A = = G A = G G A ? = = ? = G = C = = = G = = = = = = = = G = = T = T = T = ? ? ? ? ? = = = ? T G = = = = = G = = T G = A C G ? = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = I = = = = = G = = C = G = = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = = = = D = = = = = A = = T = A = = = = T = = A = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 0.51 0.50 = 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 0.93 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 0.68 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 1.00 = ? ? = = = = = 0.52 = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.81 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 0.67 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.79 ? 0.95 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = = = 0.97 = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.51 0.51 = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 0.99 = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = = = ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = END PHASEPROBS