************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 il7re.phase.inp il7re.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il7re.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il7re.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il7re.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il7re.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 113 Positions of loci: 221 953 1516 1533 1588 1604 2135 2165 2193 2220 2267 2548 2668 2814 2937 3259 3288 3307 3685 3975 4827 5025 5602 5732 6033 6117 6124 6233 6781 7297 7351 7455 7593 7807 7951 7969 8210 8394 8409 8639 8771 8985 9036 9390 9556 9658 10126 10160 10177 10195 10928 10965 11095 11184 11231 11288 11499 11616 11662 11896 11904 11909 13012 13318 13463 13473 13484 13635 14003 14325 14784 14926 15083 15242 15508 15554 15591 15780 15819 15976 16156 16239 16371 16429 16650 16797 17156 17279 17543 17582 17622 17831 18045 18092 18101 18119 18170 18537 18574 18841 19215 19544 20103 20196 20209 20562 21243 21903 22478 22799 22814 22887 23113 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il7re.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGACAGCCGGIIAACAATGGGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATTGTTIDICTTDAGAGGCCCAATGDATAGG 19.000000 2 CGACAGCCGGIIAACAATGGGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATTGTTIDICTTDAGCGGCCCAATGDATAGG 4.000000 3 CGACAGCCGGIIAACAATGGGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGGTTATGATACTGCGACCCATATCGATDDICTTDGGAGGCCCAATGDATAGG 1.000000 4 CGACAGCCGGIIAACAATGGGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCGGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATTGTTIDICTTDAGAGGCCCAATGDATAGG 3.000000 5 CGACAGCCGGIIAACAATGGTIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATTGTTIDICTTDAGAGGCCCAATGDATAGG 3.000000 6 CGACAGCCGGIIAACAATGGTIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCGGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATTGTTIDICTTDAGAGGCCCAATGDATAGG 1.000000 7 CGATAGCCGGIIAACAATGCGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTDDICTTDAGAGTCCTGATGDATAGG 1.000000 8 CGATAGCCGGIIAACAATGGGIGTCCAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTGCTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTDDICTTDAGAGGCCTAATGDATAGG 1.000000 9 CGATAGCCGGIDAACAATGCGIGTTCAGIDCCGCCCGAGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTIDDTTGDAGAATCCTGAAADATAGG 1.000000 10 CGATAGCCGGIDAACGATGCGIGTCCAGDDTGACCAAGGAGCCACACCCTGCTACTCCAGGAGTCATGATGACACGCCATACACCATTDDICATDAAAGTCCTGAAADATAGG 3.000000 11 CGATAGCCGGIDGCCAATGCGIGTCGAGIDCCGCCCGGGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTDDICTTDAGAGTCCTGATADATGAG 1.000000 12 CGATAGCCGGIDGCCAATGCGIGTCGAGIDCCGTCCGGGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTDDICTTIAGAGTCTTGATADATGAG 17.000000 13 CGATAGCCGGIDGCCAATGCGIGTCGAGIDCCGTCCGGGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGTGACCCACCTCGTTDDICTTDAGAGTTCTGATADATGAG 5.000000 14 CGATAGCCGGIDGCCAATGCGIGTCGAGIDCCGTCCGGGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGGTTATGATACTGCGACCCATATCGATDDICTTDGGAGTCCTGATADATGAG 1.000000 15 CGATAACCGGIDGCCAATGCGIGTCGAGIDCCGTCCGGGTGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTADDICTTIAGAGTCTTGATADATGAG 3.000000 16 CGGTAGCCGGIDAATAATGCGIGTTCAGIDCCGCCCGAGAGCCGTGCTGAACTACTGGAGGGATTATGATACTGCGACCCACATCGTTIDDTTGDAGAATCCTGAAADATGAG 4.000000 17 CTATAGCCGGIIAACAATGCGIGCCCGGIDCCGCCCGGGAGCCGTGTTGAACTGCCGGAGGGGTTTTGATACTGCGACCCATATCGATDDICTTDGGAGTCCTGGAAIGTGAA 9.000000 18 CTATAGCCGGIIAACAATGCGIGCCCGGIDCCGCCCGGGAGCCGTGTTGAACTGCCGGAGGGGTTTTGATACTGCGACCCATATCGATDDICTTDGGAGTCCTGGAADGTGAA 1.000000 19 GGATGGGCCAIDAACAGGACGDATTCATDICCGCTCAGAACTCGCGCTCTATCATTGGGAAGATCAGCAAGCTGCAAACCGCATCGTTDDICTTDAGAGTCCTGAAADGAGAG 6.000000 20 GGATGGGCCAIDAACAGGACGDATTCATDICCGCTCAGAACTCGCGCTCTATCATTGGGAAGATCAGCCAGCTGCAAACCGCATCGTTDDICTTDAGAGTCCTGAAAIGAGAG 2.000000 21 GGATGGGCCADDAACAATACGDATTCATDICCGCCCAGAACTCGCGCTCTATCATTGGGAAGATCAGCCAGCTGCAAACCGCATCGTTDDICTTDAGAGTCCTGAAADGAGAG 2.000000 22 GGATGGGTCADDAACAATACGDATTCATDICCGCCCAGAACTCGCGCTCTACCATTGGGAAGACCAGCCAGCTGCAAACCGCATCGTTDDICTTDAAAGTCCTGAAADGAGAG 1.000000 23 GGATGGGTCADDAACAATACGDATTCATDICCGCCCAGAACTCGCGCTCTATCATTGGGAAGACCAGCCAGCTGCAAACCGCATCGTTDIICTTDAGAGTCCTGAAADGAGAG 3.000000 24 GGATGGGTCADDAACAATACGDATTCATDICCGCCCAGAACTCGCGCTCTATCATTGGGAAGACCAGCCAGCTGCAAACCGCATCGTTDIICTTDAAAGTCCTGAAADGAGAG 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (2,20) D002: (8,13) D003: (1,16) D004: (1,10) D005: (4,21) D006: (19,21) D007: (2,13) D008: (1,13) D009: (17,22) D010: (12,15) D011: (10,15) D012: (11,13) D013: (1,15) D014: (2,9) D015: (4,16) D016: (13,16) D033: (5,16) D034: (1,18) D035: (4,6) D036: (2,17) D037: (7,17) D038: (1,10) D039: (1,12) D040: (1,17) E001: (1,12) E002: (1,12) E003: (3,14) E004: (5,24) E005: (1,12) E006: (12,12) E007: (19,23) E008: (1,5) E009: (12,12) E010: (12,12) E011: (12,23) E012: (17,17) E013: (12,17) E014: (1,24) E015: (12,19) E016: (1,1) E017: (12,17) E018: (1,12) E019: (19,19) E020: (1,23) E021: (1,20) E022: (12,19) E023: (1,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G C G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A I G A G A G 0 D002 C G A T A G C C G G I I A A C A A T G (G) G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T D A G A G G C C T A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G (C) G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G T G A C C C A C C T C G T T D D I C T T D A G A G T T C T G A T A D A T G A G 0 D003 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G G T A G C C G G I D A A T A A T G C G I G T T C A G I D C C G C C C G A G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T I D D T T G D A G A A T C C T G A A A D A T G A G 0 D004 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D A A C G A T G C G I G T C C A G D D T G A C C A A G G A G C C A C A C C C T G C T A C T C C A G G A [G] T C A T G A T G A C A C G C C A T A C A C C A T T D D I C A T D A A A G T C C T G A A A D A T A G G 0 D005 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C G G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G C C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 D006 G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G G G A T G G G C C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 D007 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G C G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G T G A C C C A C C T C G T T D D I C T T D A G A G T T C T G A T A D A T G A G 0 D008 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G T G A C C C A C C T C G T T D D I C T T D A G A G T T C T G A T A D A T G A G 0 D009 C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A C C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A A A G T C C T G A A A D G A G A G 0 D010 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C G A T A A C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G T G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T A D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 D011 C G A T A G C C G G I D A A C G A T G C G I G T C C A G D D T G A C C A A G G A G C C A C A C C C T G C T A C T C C A G G A [G] T C A T G A T G A C A C G C C A T A C A C C A T T D D I C A T D A A A G T C C T G A A A D A T A G G C G A T A A C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G T G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T A D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 D012 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G (C) C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A T A D A T G A G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G (T) C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G T G A C C C A C C T C G T T D D I C T T D A G A G T T C T G A T A D A T G A G 0 D013 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A A C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G T G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T A D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 D014 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G C G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D A A C A A T G C G I G T T C A G I D C C G C C C G A G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T I D D T T G D A G A A T C C T G A A A D A T A G G 0 D015 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C G G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G G T A G C C G G I D A A T A A T G C G I G T T C A G I D C C G C C C G A G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T I D D T T G D A G A A T C C T G A A A D A T G A G 0 D016 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G T G A C C C A C C T C G T T D D I C T T D A G A G T T C T G A T A D A T G A G C G G T A G C C G G I D A A T A A T G C G I G T T C A G I D C C G C C C G A G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T I D D T T G D A G A A T C C T G A A A D A T G A G 0 D033 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G T I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G G T A G C C G G I D A A T A A T G C G I G T T C A G I D C C G C C C G A G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T I D D T T G D A G A A T C C T G A A A D A T G A G 0 D034 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A D G T G A A 0 D035 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C G G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G T I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C G G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G 0 D036 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G C G G C C C A A T G D A T A G G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 D037 C G A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A [T] G D A T A G G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 D038 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D A A C G A T G C G I G T C C A G D D T G A C C A A G G A G C C A C A C C C T G C T A C T C C A G G A [G] T C A T G A T G A C A C G C C A T A C A C C A T T D D I C A T D A A A G T C C T G A A A D A T A G G 0 D039 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 D040 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 E001 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E002 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E003 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G G T T A T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G (G) C C (C) (A) A T (G) D A T (A) (G) G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G G T T A T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G (T) C C (T) (G) A T (A) D A T (G) (A) G 0 E004 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G T I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D I I C T T D A A A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E005 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E006 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E007 G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D I I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E008 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G T I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G 0 E009 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E010 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E011 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D I I C T T D A [G] A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E012 C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 E013 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 E014 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D I I C T T D A A A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E015 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E016 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G 0 E017 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A 0 E018 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G 0 E019 G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E020 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G T C A D D A A C A A T A C G D A T T C A T D I C C G C C C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A C C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D I I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E021 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C C A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A I G A G A G 0 E022 C G A T A G C C G G I D G C C A A T G C G I G T C G A G I D C C G T C C G G G A G C C G T G C T G A A C T A C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T C G T T D D I C T T I A G A G T C T T G A T A D A T G A G G G A T G G G C C A I D A A C A G G A C G D A T T C A T D I C C G C T C A G A A C T C G C G C T C T A T C A T T G G G A A G A T C A G C [A] A G C T G C A A A C C G C A T C G T T D D I C T T D A G A G T C C T G A A A D G A G A G 0 E023 C G A C A G C C G G I I A A C A A T G G G I G T C C A G I D C C G C C C G G G A G C C G T G C T G A A C T G C T G G A G G G A T T A T G A T A C T G C G A C C C A C A T T G T T I D I C T T D A G A G G C C C A A T G D A T A G G C T A T A G C C G G I I A A C A A T G C G I G C C C G G I D C C G C C C G G G A G C C G T G T T G A A C T G C C G G A G G G G T T T T G A T A C T G C G A C C C A T A T C G A T D D I C T T D G G A G T C C T G G A A I G T G A A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? = = C A = C ? G G = I = = = = A T G G = I G = C = = G I D ? ? ? = C = G = G = G C = = T = = = G A ? ? T G C = = = A G G = ? = T = T G A T ? = = = = G = C = = ? ? = = T = = = I = = = = = = = = C = G = = C A = T ? D A T A G = ? = = T G = G ? C A = D = = = = G G A C = D A = T = = T D I ? ? ? = T = A = A = C T = = C = = = C T ? ? C A T = = = G A A = ? = C = G C C A ? = = = = A = A = = ? ? = = C = = = D = = = = = = = = A = T = = T G = A ? I G A G A = 0 D002 = = = = = = = = = = = I A A = = = = = (G) = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? = = G C = = A = = G = = = A G = = = = = = = = = = = = D G C = = = = = (C) = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = T T = = G = = A = = = G A = 0 D003 = = A C = = = = = = = I = = C = = = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = T = = = ? ? I C = T = = = = G G = = C A = T G ? = = A G = = = G T = = = = = = = D = = T = = = = C = = = = T = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = C = = = ? ? D T = G = = = = A T = = T G = A A ? = = G A = 0 D004 ? = = C = = = = = = = I = = = A = = = G = = = = = = = = I = C C G = = C G = = = = = = G T G = T G A A = = G = = G G = = = G ? = T = = = = = ? C T G = = A = C C ? = = T T G = = I = = = T = = = G = = G = = C A ? T G ? = = = = = ? = = T = = = = = = = D = = = G = = = C = = = = = = = = D = T G A = = A A = = = = = = A C A = C C T G = = A = = C C = = = A ? = C = = = = = ? A C A = = C = A T ? = = C C A = = D = = = A = = = A = = T = = T G ? A A ? = = = = = 0 D005 ? = = C A = C ? ? ? I I = = = = = = G G = I G = C = = G I D ? = = = = = G = G = G C G = T = = = G A = C T G C = = = A G G = = = T = T G A T A = = = = G = C = = A = = = T = = = I = = = = = = = = = = G = = C A = T G = A T A G = ? = = T G = G ? ? ? D D = = = = = = A C = D A = T = = T D I ? = = = = = A = A = C T C = C = = = C T = T C A T = = = G A A = = = C = G C C A G = = = = A = A = = G = = = C = = = D = = = = = = = = = = T = = T G = A A = G A G A = 0 D006 = = = = = = = = = = I = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? C = = = = = = = A = T = = = I = = = = = = = = C = G C = C A = = G = = = A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? T = = = = = = = C = C = = = D = = = = = = = = A = T T = T G = = A = = = G A = 0 D008 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = A = T = = = I = = = = = = = = = = G C = C A ? = G = = ? A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = C = C = = = D = = = = = = = = = = T T = T G ? = A = = ? G A = 0 D009 ? T = = A = C C G G I I = = = = = = G = = I G C C = G G ? D ? = = = = = ? ? ? = G C = = T = T = G A = = T G C C = = A G G = G T T T T G A T A = = = = G = C = = A T = = = = A = = = = = = = = G G = = = = = = = G = = I = T = = A ? G = = G = G T C A D D = = = = = = A = = D A T T = A T ? I ? = = = = = ? ? ? = C T = = C = C = C T = = C A T T = = G A A = A C C A G C C A G = = = = A = A = = G C = = = = T = = = = = = = = A A = = = = = = = A = = D = A = = G 0 D010 = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D011 = = = = = G = = = = = = A A = G = = = = = = = = = C = = D = T G A C = A A = = A = = = A C A = C C T G = = = = = C C = = = A ? = C = = = = = G A C A = = C = A T = = = C = A = T = = = = A = D = A = = = = C = = = A = = = = A G = = = = = = A = = = = = = G C = A = = = = = = = = = G = = I = C C G T = C G = = T = = = G T G = T G A A = = = = = G G = = = G ? = T = = = = = A C T G = = A = C C = = = T = G = A = = = = T = I = G = = = = T = = = T = = = = G A = 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = 0 D013 = = = C = G = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = T I = = = = = D = = = = G = C C A = = G = = = A G = = = = T = A = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = A D = = = = = I = = = = T = T T G = = A = = = G A = 0 D014 = = = C = = = = = = = I = = = = = = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? I C = T = = = C G G = = C A = T G = = = = = = = = = T = = = = = = = D = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = ? ? D T = G = = = A A T = = T G = A A = = = = = = 0 D015 = = A C = = = = = = = I = = C ? ? ? ? G = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = G = = = = = = = = = = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? I C = T = = = = G G = = C A = T G = = = A G = = = G T = = = = = = = D = = T ? ? ? ? C = = = = T = = = = = = = = = = = = A = = = = C = = = = = = = = = = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = ? ? D T = G = = = = A T = = T G = A A = = = G A = 0 D016 = = A = = = = = = = = = G C C = = = = = = = = = C G = = = = = = = T = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = ? ? I C = T = = = = G = T = = = = T = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = A A T = = = = = = = = = T C = = = = = = = C = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = ? ? D T = G = = = = A = C = = = = A = = = ? = = = 0 D033 = = A C = = = = = = = I = = C = = = = G T = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? I C = T = = = = G G = = C A = T G = = = A G = = = G T = = = = = = = D = = T = = = = C G = = = T = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = ? ? D T = G = = = = A T = = T G = A A = = = G A = 0 D034 ? G = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = T = I = = = = = = A = = = G ? ? C A A T G = A = A G G ? T = T = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = A = D = = = = = = G = = = T ? ? T G G A A = G = G A A 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 ? G = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C = = = = = = = = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = T = I = = = = = = A = C = G = = C A A T G D A = A G G ? T = T = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T = = = = = = = = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = A = D = = = = = = G = A = T = = T G G A A I G = G A A 0 D037 ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = T = = = = = = = = A = = = = = = = = A ? G D A = A G G ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = G = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = A = = = = = = = = G = = = = = = = = G ? A I G = G A A 0 D038 ? = = C = = = = = = = I = = = A = = = G = = = = = = = = I = C C G = = C G = = = = = = G T G = T G A A = = G = = G G = = = G ? = T = = = = = A C T G = = A = C C = = = T T G = = I = = = T = = = G = = G = = C A = T G = = = = = = ? = = T = = = = = = = D = = = G = = = C = = = = = = = = D = T G A = = A A = = = = = = A C A = C C T G = = A = = C C = = = A ? = C = = = = = G A C A = = C = A T = = = C C A = = D = = = A = = = A = = T = = T G = A A = = = = = = 0 D039 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = I = = = = = D = = = = G = C C A = = G = = = A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = D = = = = = I = = = = T = T T G = = A = = = G A = 0 D040 ? G = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = T = I = = = = = = A = = = G = = C A A T ? D A = A G G ? T = T = = = = = = = = = = = = = = = C = = = C = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = A = D = = = = = = G = = = T = = T G G A ? I G = G A A 0 E001 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = I = = = = = D = = = = G = C C A = = G = = = A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = D = = = = = I = = = = T = T T G = = A = = = G A = 0 E002 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C ? = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = I = = = = = D = = = = G = C C A = = G = = = A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = D = = = = = I = = = = T = T T G = = A = = = G A = 0 E003 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = (C) (A) = = (G) = = = (A) (G) = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = (T) (G) = = (A) = = = (G) (A) = 0 E004 C = = C A = C C G G I I = = = = = = G G T I G = C = = G I D = = = = = = G = G = G C = = T = = = G A = ? T G C = = ? ? G G = = T T = T G A T A = = = = G = C = = A = = = T = = = I D = = = = = = G = = G = = C A = T G = A ? A G = G = = T G = G T C A D D = = = = = = A C G D A = T = = T D I = = = = = = A = A = C T = = C = = = C T = ? C A T = = ? ? A A = = C C = G C C A G = = = = A = A = = G = = = C = = = D I = = = = = = A = = T = = T G = A A = G ? G A = 0 E005 = = = C = = = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T = = = ? ? ? = = = D = = = = G = C C A = = G ? = = A G = = = = T = = = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G ? ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = C = = = ? ? ? = = = I = = = = T = T T G = = A ? = = G A = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E007 = = = = = = = C = = I = = = = = G G = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = D = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 C = = = A = C C G G I = G C = = = = G = = I G = C G = G I D ? = = T = = G = G = G C = = T = = = G A = C T = C = = = A G G = = T T = T G A T A = = = = G = C = = A = = = = = = = = D = = = = I ? ? = = = = T = = = T = = A T = = = G = = = G = G T C A D = A A = = = = A = = D A = T C = T D I ? = = C = = A = A = C T = = C = = = C T = T C = T = = = G A A = = C C = G C C A G = = = = A = A = = G = = = = = = = = I = = = = D ? ? = = = = C = = = A = = G A = = = 0 E012 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 ? G = = = = = = = = = D G C = = = = = = = = = T = G A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = A = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = I A = = = = = T = = A T = ? A = = = G ? T = = = = = = = = = I A A = = = = = = = = = C = C G = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = = = = = = D G = = = = = C = = G A = ? G = = = A 0 E014 C = = C A = C C G G I I = = = = = = G G = I G = C = = G I D = = = = = = G = G = G C = = T = = = G A = C T G C = = = A G G = = T T = T G A T A = = = = G = C = = A = = = T = = = I D = = = = = = G = = G = = C A = T G = A T A G = G = = T G = G T C A D D = = = = = = A C = D A = T = = T D I = = = = = = A = A = C T = = C = = = C T = T C A T = = = G A A = = C C = G C C A G = = = = A = A = = G = = = C = = = D I = = = = = = A = = T = = T G = A A = G A G A = 0 E015 C = = = A = C = G G = = G C = = A T G ? ? I G = C G ? G I D ? ? = T C = G = G = G C = = T = = = G A = C T = C = = = A G G = = = T = T G ? T A = = = = G = C = = A = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = T = = = T = = A T = = = G = = = G = G = C A = = A A = = G G A ? ? D A = T C ? T D I ? ? = C T = A = A = C T = = C = = = C T = T C = T = = = G A A = = = C = G C ? A G = = = = A = A = = G = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = C = = = A = = G A = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 E017 ? G = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = T = G A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = A = T = = ? = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = I A = = = = = T = = A T = D A = = = G ? T = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = C = C G = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = = = = G = C = = ? = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = = = = = = = D G = = = = = C = = G A = I G = = = A 0 E018 = ? ? ? ? ? = = = = = I A A = = = = = G = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = I = = = = = D = = = = G = C C A = = G = = = A G = = ? ? ? ? ? = = = = = D G C = = = = = C = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = D = = = = = I = = = = T = T T G = = A = = = G A = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 C = = C A = C C G G I I = = = = = = G G = I G = C = ? ? I D = = = = = = G = G = G C = = T = = = G A = ? T G C = = = A G G = ? T T = T G ? ? A = = = = G = C = = A = = = T = = = I D = = = = = = = = = G = = C A = T G ? A T A G = G = = T G = G T C A D D = = = = = = A C = D A = T = ? ? D I = = = = = = A = A = C T = = C = = = C T = ? C A T = = = G A A = ? C C = G C ? ? G = = = = A = A = = G = = = C = = = D I = = = = = = = = = T = = T G = A A ? G A G A = 0 E021 C = = C A = C = G G = I = = = = A T G G = I G = C = = G I D ? = = = C = G = G = G C = = T = = = G A = C T G C = = ? A G G = = = T = T G A T A = = = = G = C = = A = = = T = = = I = = = = = = = = = = G = = C A = T G D A T A G = G = = T G = G = C A = D = = = = G G A C = D A = T = = T D I ? = = = T = A = A = C T = = C = = = C T = T C A T = = ? G A A = = = C = G C C A G = = = = A = A = = G = = = C = = = D = = = = = = = = = = T = = T G = A A I G A G A = 0 E022 C ? ? ? ? ? C = G G = = G C = = A T G = = I G = C G = G I D ? = = T C = G = G = G C = = T = = = G A = ? T = C = = = A G G = = = T = T G ? T A = = = = G = C = = A = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = T = = = T ? = A T = = = G ? ? ? ? ? G = C A = = A A = = G G A = = D A = T C = T D I ? = = C T = A = A = C T = = C = = = C T = ? C = T = = = G A A = = = C = G C ? A G = = = = A = A = = G = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = C = = = A ? = G A = = = 0 E023 = ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = T = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = T = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = = C = = T = T = I = = = = = = A = = = G = = C A A T G D A = A G G = ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = C = = = C = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = C = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = A = D = = = = = = G = = = T = = T G G A A I G = G A A END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = 0.75 = = = = = 0.99 = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0.73 = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = 0.50 0.50 = = 0.50 = = = 0.50 0.50 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 0.99 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 END PHASEPROBS