Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000221 G 0.07 0.28 0.19 C 0.93 0.72 0.81 0.12 0.40 0.30 000312 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.06 0.00 0.03 000367 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 000542 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 000953 T 0.10 0.10 0.10 G 0.90 0.90 0.90 0.19 0.18 0.18 001036 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001516 G 0.08 0.00 0.05 A 0.92 1.00 0.95 0.15 0.00 0.09 001533 C 0.35 0.30 0.33 T 0.65 0.70 0.67 0.46 0.42 0.44 001588 G 0.10 0.25 0.17 A 0.90 0.75 0.83 0.19 0.38 0.28 001604 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 002135 G 0.10 0.24 0.17 C 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 002165 T 0.02 0.11 0.07 C 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 002193 C 0.09 0.24 0.16 G 0.91 0.76 0.84 0.16 0.36 0.27 002220 A 0.09 0.24 0.16 G 0.91 0.76 0.84 0.16 0.36 0.27 002267 - 0.06 0.11 0.09 + 0.94 0.89 0.91 0.12 0.19 0.16 002425 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002548 + 0.50 0.38 0.44 - 0.50 0.62 0.56 0.50 0.47 0.49 002668 G 0.23 0.36 0.29 A 0.77 0.64 0.71 0.35 0.46 0.41 002814 C 0.23 0.36 0.29 A 0.77 0.64 0.71 0.35 0.46 0.41 002937 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 003259 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 003288 G 0.05 0.13 0.09 A 0.95 0.87 0.91 0.09 0.23 0.16 003307 G 0.05 0.13 0.09 T 0.95 0.87 0.91 0.09 0.23 0.16 003685 A 0.11 0.24 0.18 G 0.89 0.76 0.82 0.20 0.36 0.29 003966 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 003975 G 0.38 0.30 0.34 C 0.62 0.70 0.66 0.47 0.42 0.45 004561 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004827 T 0.04 0.05 0.05 G 0.96 0.95 0.95 0.08 0.10 0.09 004889 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005025 - 0.10 0.24 0.17 + 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 005130 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005602 A 0.10 0.24 0.17 G 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 005732 C 0.10 0.11 0.11 T 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 005968 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006033 T 0.21 0.24 0.22 C 0.79 0.76 0.78 0.33 0.36 0.35 006117 G 0.23 0.35 0.29 C 0.77 0.65 0.71 0.35 0.45 0.41 006124 G 0.11 0.12 0.12 A 0.89 0.88 0.88 0.19 0.22 0.20 006233 T 0.10 0.25 0.17 G 0.90 0.75 0.83 0.19 0.38 0.28 006236 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006644 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006781 - 0.16 0.25 0.20 + 0.84 0.75 0.80 0.27 0.38 0.33 007297 + 0.11 0.24 0.17 - 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.29 007301 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007351 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 007455 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 007535 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007593 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 007807 T 0.22 0.35 0.28 C 0.78 0.65 0.72 0.34 0.45 0.41 007951 T 0.04 0.13 0.09 C 0.96 0.87 0.91 0.08 0.23 0.16 007969 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008023 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008210 A 0.15 0.24 0.20 G 0.85 0.76 0.80 0.26 0.36 0.31 008394 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008409 A 0.09 0.24 0.16 G 0.91 0.76 0.84 0.16 0.36 0.27 008639 T 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008771 C 0.11 0.24 0.17 G 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.29 008985 T 0.11 0.24 0.17 C 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.29 009036 G 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 009390 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009556 C 0.17 0.24 0.21 T 0.83 0.76 0.79 0.29 0.36 0.33 009658 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010126 T 0.11 0.10 0.10 C 0.89 0.90 0.90 0.19 0.17 0.18 010160 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 010177 C 0.17 0.26 0.22 G 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 010195 T 0.17 0.26 0.22 A 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 010416 G 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.06 010928 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 010965 T 0.07 0.16 0.11 C 0.93 0.84 0.89 0.12 0.27 0.19 011095 C 0.10 0.24 0.17 T 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 011111 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011184 G 0.50 0.41 0.46 A 0.50 0.59 0.54 0.50 0.48 0.50 011231 T 0.10 0.24 0.17 C 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 011288 C 0.10 0.11 0.11 T 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 011462 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011499 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011616 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 011662 G 0.11 0.24 0.17 A 0.89 0.76 0.83 0.20 0.36 0.29 011896 A 0.10 0.24 0.17 G 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 011904 A 0.10 0.24 0.17 G 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 011909 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012491 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013012 G 0.12 0.16 0.14 A 0.88 0.84 0.86 0.22 0.27 0.24 013318 C 0.02 0.11 0.07 T 0.98 0.89 0.93 0.04 0.20 0.12 013356 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013463 C 0.17 0.24 0.20 T 0.83 0.76 0.80 0.28 0.36 0.32 013473 T 0.10 0.11 0.11 A 0.90 0.89 0.89 0.19 0.19 0.19 013484 G 0.10 0.24 0.17 T 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 013528 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013635 C 0.10 0.24 0.17 G 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 013702 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014003 C 0.07 0.15 0.10 A 0.93 0.85 0.90 0.13 0.26 0.18 014325 A 0.10 0.24 0.17 T 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 014565 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014784 G 0.15 0.24 0.20 A 0.85 0.76 0.80 0.26 0.36 0.32 014926 A 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 015083 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 015242 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.06 015272 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015508 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 015554 A 0.10 0.24 0.17 G 0.90 0.76 0.83 0.19 0.36 0.28 015591 C 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015780 A 0.11 0.24 0.17 C 0.89 0.76 0.83 0.19 0.36 0.29 015819 A 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015940 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015976 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016156 G 0.10 0.25 0.17 A 0.90 0.75 0.83 0.17 0.38 0.29 016239 T 0.11 0.15 0.13 C 0.89 0.85 0.87 0.19 0.26 0.23 016371 C 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 016429 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016507 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 016650 T 0.35 0.28 0.32 C 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 016797 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016919 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017156 A 0.10 0.15 0.13 T 0.90 0.85 0.87 0.19 0.26 0.22 017279 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017543 + 0.36 0.27 0.31 - 0.64 0.73 0.69 0.46 0.40 0.43 017582 + 0.00 0.11 0.06 - 1.00 0.89 0.94 0.00 0.20 0.11 017622 - 0.11 0.00 0.06 + 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 017831 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 017943 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018045 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 018092 G 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018101 + 0.10 0.33 0.21 - 0.90 0.67 0.79 0.19 0.44 0.33 018119 G 0.10 0.16 0.13 A 0.90 0.84 0.87 0.19 0.27 0.23 018170 A 0.09 0.05 0.07 G 0.91 0.95 0.93 0.16 0.09 0.12 018537 C 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 018574 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018837 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018841 G 0.38 0.30 0.34 T 0.62 0.70 0.66 0.47 0.42 0.45 019215 T 0.11 0.00 0.05 C 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 019280 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019544 T 0.11 0.33 0.22 C 0.89 0.67 0.78 0.19 0.44 0.34 020103 C 0.35 0.30 0.33 T 0.65 0.70 0.67 0.46 0.42 0.44 020196 A 0.38 0.30 0.34 G 0.62 0.70 0.66 0.47 0.42 0.45 020209 G 0.11 0.11 0.11 A 0.89 0.89 0.89 0.20 0.19 0.20 020469 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 020562 A 0.37 0.35 0.36 T 0.63 0.65 0.64 0.47 0.45 0.46 020923 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021243 G 0.39 0.32 0.35 A 0.61 0.68 0.65 0.47 0.43 0.46 021903 + 0.12 0.12 0.12 - 0.88 0.88 0.88 0.21 0.22 0.21 022256 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022391 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022478 G 0.21 0.36 0.28 A 0.79 0.64 0.72 0.33 0.46 0.41 022799 A 0.11 0.26 0.18 T 0.89 0.74 0.82 0.20 0.39 0.30 022814 A 0.48 0.25 0.38 G 0.52 0.75 0.62 0.50 0.38 0.47 022887 G 0.48 0.27 0.38 A 0.52 0.73 0.62 0.50 0.40 0.47 023105 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023113 A 0.10 0.11 0.11 G 0.90 0.89 0.89 0.19 0.20 0.19 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000542: A 001036: A 002267: C 002548: AGAAG 005025: C 006781: T 007297: T 017543: A 017582: A 017622: CAA 018101: T 021903: AAAG