Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000239 A 0.40 0.50 0.45 G 0.60 0.50 0.55 0.48 0.50 0.50 000580 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000845 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000890 A 0.42 0.52 0.47 G 0.58 0.48 0.53 0.49 0.50 0.50 001454 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001596 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 001673 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002265 T 0.12 0.12 0.12 C 0.88 0.88 0.88 0.22 0.21 0.21 002371 A 0.15 0.13 0.14 G 0.85 0.87 0.86 0.26 0.23 0.24 002438 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002487 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002490 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002517 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002740 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002782 A 0.21 0.13 0.17 G 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 002820 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002909 T 0.13 0.13 0.13 C 0.87 0.87 0.87 0.23 0.23 0.23 003337 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 003619 A 0.17 0.13 0.15 C 0.83 0.87 0.85 0.29 0.23 0.26 003913 T 0.20 0.14 0.17 C 0.80 0.86 0.83 0.33 0.24 0.29 004083 C 0.34 0.55 0.44 G 0.66 0.45 0.56 0.45 0.50 0.49 004395 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 004503 C 0.19 0.13 0.16 T 0.81 0.87 0.84 0.31 0.23 0.27 004557 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004560 G 0.38 0.54 0.47 C 0.62 0.46 0.53 0.47 0.50 0.50 004606 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004841 T 0.18 0.14 0.16 G 0.82 0.86 0.84 0.30 0.24 0.27 004905 G 0.24 0.14 0.19 A 0.76 0.86 0.81 0.36 0.24 0.31 004918 A 0.35 0.34 0.34 G 0.65 0.66 0.66 0.45 0.45 0.45 004986 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 005758 A 0.40 0.55 0.48 G 0.60 0.45 0.52 0.48 0.50 0.50 005914 T 0.30 0.39 0.35 C 0.70 0.61 0.65 0.42 0.48 0.45 005953 T 0.37 0.39 0.38 C 0.63 0.61 0.62 0.47 0.48 0.47 006162 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006222 G 0.44 0.41 0.42 T 0.56 0.59 0.58 0.49 0.48 0.49 006235 * 006244 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006296 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006447 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 006568 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006619 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 006663 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 006834 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007086 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 007339 A 0.04 0.05 0.05 G 0.96 0.95 0.95 0.08 0.10 0.09 007482 T 0.04 0.07 0.06 C 0.96 0.93 0.94 0.08 0.13 0.10 007595 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007613 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007653 A 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 007685 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007687 T 0.29 0.46 0.37 C 0.71 0.54 0.63 0.41 0.50 0.47 007745 A 0.09 0.07 0.08 G 0.91 0.93 0.92 0.16 0.12 0.14 007758 A 0.52 0.48 0.50 G 0.48 0.52 0.50 0.50 0.50 0.50 007906 A 0.04 0.07 0.05 G 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 008199 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008293 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008318 T 0.37 0.48 0.42 C 0.63 0.52 0.58 0.47 0.50 0.49 008414 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008443 A 0.22 0.07 0.14 G 0.78 0.93 0.86 0.34 0.12 0.24 008503 A 0.29 0.41 0.35 G 0.71 0.59 0.65 0.41 0.48 0.46 008576 A 0.48 0.48 0.48 C 0.52 0.52 0.52 0.50 0.50 0.50 008616 A 0.50 0.48 0.49 T 0.50 0.52 0.51 0.50 0.50 0.50 008749 T 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 008851 A 0.09 0.07 0.08 G 0.91 0.93 0.92 0.17 0.13 0.15 009130 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009399 A 0.46 0.52 0.49 G 0.54 0.48 0.51 0.50 0.50 0.50 009596 A 0.04 0.15 0.10 G 0.96 0.85 0.90 0.08 0.26 0.18 009640 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009787 - 0.04 0.07 0.05 + 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 010182 A 0.50 0.43 0.47 G 0.50 0.57 0.53 0.50 0.49 0.50 010183 T 0.50 0.43 0.47 C 0.50 0.57 0.53 0.50 0.49 0.50 010411 T 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010487 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 010607 G 0.05 0.02 0.04 A 0.95 0.98 0.96 0.10 0.05 0.07 010644 + 0.07 0.00 0.04 - 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 010725 C 0.37 0.48 0.43 A 0.63 0.52 0.57 0.47 0.50 0.49 010871 A 0.05 0.05 0.05 C 0.95 0.95 0.95 0.09 0.09 0.09 010895 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 010920 A 0.10 0.07 0.09 G 0.90 0.93 0.91 0.18 0.13 0.16 011135 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011351 T 0.12 0.05 0.08 C 0.88 0.95 0.92 0.21 0.09 0.15 012007 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 012091 C 0.04 0.07 0.06 G 0.96 0.93 0.94 0.08 0.14 0.11 012408 T 0.33 0.52 0.43 C 0.67 0.48 0.57 0.44 0.50 0.49 012598 A 0.05 0.07 0.06 G 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 012604 A 0.05 0.07 0.06 G 0.95 0.93 0.94 0.09 0.13 0.11 012787 C 0.02 0.05 0.04 T 0.98 0.95 0.96 0.05 0.10 0.07 012822 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 012951 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013060 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013168 A 0.04 0.09 0.06 G 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 013243 G 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 013291 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 013715 T 0.23 0.43 0.33 C 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 013757 A 0.42 0.16 0.29 C 0.58 0.84 0.71 0.49 0.27 0.41 013790 G 0.38 0.09 0.24 A 0.62 0.91 0.76 0.47 0.17 0.36 013810 T 0.23 0.43 0.33 C 0.77 0.57 0.67 0.35 0.49 0.44 013902 G 0.38 0.09 0.23 A 0.62 0.91 0.77 0.47 0.16 0.36 013912 C 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013995 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014029 A 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014129 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014239 + 0.04 0.07 0.05 - 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 014368 A 0.29 0.43 0.36 G 0.71 0.57 0.64 0.41 0.49 0.46 014480 G 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 014639 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 014680 T 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 015015 G 0.29 0.43 0.36 C 0.71 0.57 0.64 0.41 0.49 0.46 015030 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 015176 G 0.23 0.41 0.32 A 0.77 0.59 0.68 0.35 0.48 0.43 015234 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015242 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015244 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015389 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015592 A 0.16 0.07 0.12 G 0.84 0.93 0.88 0.27 0.13 0.21 015688 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.12 0.10 015708 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015858 C 0.07 0.09 0.08 T 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 015960 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016061 G 0.04 0.07 0.05 A 0.96 0.93 0.95 0.08 0.13 0.10 016124 G 0.36 0.16 0.26 A 0.64 0.84 0.74 0.46 0.27 0.39 016431 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.18 016544 C 0.05 0.05 0.05 T 0.95 0.95 0.95 0.09 0.09 0.09 016656 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016788 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 017088 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017134 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017135 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017296 C 0.14 0.00 0.07 G 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 017298 - 0.17 0.00 0.08 + 0.83 1.00 0.92 0.28 0.00 0.15 017387 C 0.36 0.17 0.26 G 0.64 0.83 0.74 0.46 0.29 0.39 017399 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017424 C 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 017468 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017533 G 0.35 0.17 0.26 A 0.65 0.83 0.74 0.45 0.29 0.39 017560 C 0.26 0.09 0.17 T 0.74 0.91 0.83 0.39 0.16 0.29 017659 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 018306 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018351 A 0.55 0.17 0.35 T 0.45 0.83 0.65 0.50 0.29 0.46 018394 G 0.57 0.17 0.36 A 0.43 0.83 0.64 0.49 0.29 0.46 018665 - 0.21 0.00 0.11 + 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 019053 A 0.28 0.09 0.19 G 0.72 0.91 0.81 0.41 0.17 0.31 019056 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019063 A 0.52 0.09 0.31 G 0.48 0.91 0.69 0.50 0.17 0.43 019170 A 0.13 0.21 0.17 G 0.87 0.79 0.83 0.23 0.34 0.28 019300 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020015 A 0.24 0.09 0.17 G 0.76 0.91 0.83 0.36 0.17 0.28 020497 + 0.54 0.18 0.37 - 0.46 0.82 0.63 0.50 0.30 0.47 020719 C 0.54 0.17 0.36 T 0.46 0.83 0.64 0.50 0.29 0.46 020809 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020958 A 0.28 0.35 0.31 G 0.72 0.65 0.69 0.41 0.45 0.43 020981 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020985 T 0.27 0.09 0.18 C 0.73 0.91 0.82 0.40 0.17 0.30 021100 C 0.52 0.10 0.32 T 0.48 0.90 0.68 0.50 0.17 0.43 021132 G 0.57 0.20 0.39 A 0.43 0.80 0.61 0.49 0.33 0.48 021144 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021145 T 0.52 0.09 0.31 C 0.48 0.91 0.69 0.50 0.17 0.43 021510 A 0.38 0.09 0.24 G 0.62 0.91 0.76 0.47 0.17 0.36 021877 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021956 T 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 022084 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 022211 G 0.07 0.09 0.08 T 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 022652 - 0.00 0.09 0.04 + 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 022690 A 0.33 0.09 0.21 G 0.67 0.91 0.79 0.44 0.16 0.33 022738 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022825 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022889 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023026 C 0.16 0.00 0.08 A 0.84 1.00 0.92 0.27 0.00 0.15 023117 A 0.50 0.24 0.37 C 0.50 0.76 0.63 0.50 0.36 0.47 023171 C 0.00 0.05 0.02 T 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 023431 C 0.48 0.13 0.30 A 0.52 0.87 0.70 0.50 0.23 0.42 023474 T 0.48 0.13 0.30 G 0.52 0.87 0.70 0.50 0.23 0.42 023523 C 0.09 0.13 0.11 T 0.91 0.87 0.89 0.17 0.23 0.20 023525 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 023531 C 0.50 0.13 0.31 T 0.50 0.87 0.69 0.50 0.23 0.43 023539 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 023739 C 0.31 0.20 0.26 T 0.69 0.80 0.74 0.43 0.33 0.39 023959 G 0.57 0.30 0.43 A 0.43 0.70 0.57 0.49 0.42 0.49 023967 A 0.11 0.00 0.06 G 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.10 024255 T 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 024486 G 0.19 0.09 0.14 T 0.81 0.91 0.86 0.30 0.16 0.24 024629 C 0.11 0.00 0.06 T 0.89 1.00 0.94 0.19 0.00 0.11 024716 C 0.11 0.07 0.09 T 0.89 0.93 0.91 0.19 0.12 0.16 024718 C 0.15 0.00 0.08 T 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 024759 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024798 G 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 024982 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024992 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025101 A 0.29 0.48 0.38 G 0.71 0.52 0.62 0.41 0.50 0.47 025346 G 0.30 0.48 0.39 A 0.70 0.52 0.61 0.42 0.50 0.48 025448 T 0.34 0.09 0.21 C 0.66 0.91 0.79 0.45 0.16 0.33 025776 G 0.24 0.52 0.39 A 0.76 0.48 0.61 0.36 0.50 0.48 026042 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 026196 G 0.23 0.38 0.30 A 0.78 0.62 0.70 0.35 0.47 0.42 026457 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 026469 T 0.29 0.52 0.40 C 0.71 0.48 0.60 0.41 0.50 0.48 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 009787: A 010644: GTT 014239: ATAAA 017298: A 018665: GA 020497: GTG 022652: T Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 006235 T 0.00 0.02 0.01 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 0.98 0.97