Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000161 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000205 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000453 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001114 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001158 A 0.00 0.13 0.07 G 1.00 0.87 0.93 0.00 0.23 0.12 001202 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001437 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 001440 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 001602 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001621 A 0.09 0.10 0.09 G 0.91 0.90 0.91 0.17 0.17 0.17 001648 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001916 A 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 002128 T 0.29 0.00 0.15 C 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 002172 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002243 T 0.55 0.13 0.33 C 0.45 0.87 0.67 0.50 0.23 0.44 002954 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003814 T 0.19 0.00 0.09 C 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.17 003855 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003900 G 0.15 0.14 0.15 A 0.85 0.86 0.85 0.26 0.24 0.25 004063 T 0.19 0.00 0.10 C 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 004135 A 0.17 0.11 0.14 G 0.83 0.89 0.86 0.29 0.19 0.24 004171 A 0.15 0.11 0.13 C 0.85 0.89 0.87 0.25 0.19 0.22 004204 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004230 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004299 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004404 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004488 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004587 - 0.03 0.00 0.01 + 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004649 G 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.20 0.00 0.09 004682 T 0.28 0.11 0.18 A 0.72 0.89 0.82 0.40 0.19 0.30 004773 A 0.33 0.11 0.21 G 0.67 0.89 0.79 0.44 0.19 0.33 004874 G 0.59 0.11 0.34 A 0.41 0.89 0.66 0.48 0.19 0.45 005510 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005593 T 0.37 0.11 0.24 C 0.63 0.89 0.76 0.47 0.19 0.36 005658 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005826 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005836 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 005997 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006359 G 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.28 0.00 0.16 006783 - 0.12 0.00 0.06 + 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 006835 T 0.00 0.11 0.06 G 1.00 0.89 0.94 0.00 0.19 0.11 006931 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 007112 C 0.17 0.10 0.14 A 0.82 0.90 0.86 0.29 0.18 0.24 007280 A 0.00 0.14 0.07 G 1.00 0.86 0.93 0.00 0.24 0.13 007505 * 007679 A 0.04 0.02 0.03 G 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 007796 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008805 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 008908 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009172 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009507 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 009595 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 009632 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009652 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009738 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 010087 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010169 T 0.15 0.09 0.12 C 0.85 0.91 0.88 0.25 0.16 0.21 010487 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010765 T 0.03 0.00 0.02 C 0.97 1.00 0.98 0.06 0.00 0.03 010854 T 0.03 0.00 0.02 C 0.97 1.00 0.98 0.06 0.00 0.03 010984 - 0.31 0.03 0.19 + 0.69 0.97 0.81 0.43 0.05 0.31 011002 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.02 011006 G 0.25 0.06 0.17 A 0.75 0.94 0.83 0.38 0.11 0.28 011014 * 011021 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.07 011045 T 0.16 0.00 0.09 C 0.84 1.00 0.91 0.27 0.00 0.16 011157 C 0.25 0.00 0.12 T 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.22 011355 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 011393 G 0.09 0.13 0.11 T 0.91 0.87 0.89 0.16 0.23 0.19 011446 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 011903 T 0.71 0.17 0.45 C 0.29 0.83 0.55 0.41 0.29 0.49 012459 T 0.38 0.17 0.28 C 0.62 0.83 0.72 0.47 0.29 0.40 012536 G 0.10 0.00 0.05 A 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 013337 C 0.07 0.00 0.03 T 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 013475 T 0.38 0.17 0.28 C 0.62 0.83 0.72 0.47 0.29 0.40 013510 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 014489 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014520 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 014537 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014679 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014893 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014894 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015508 G 0.15 0.72 0.43 T 0.85 0.28 0.57 0.25 0.41 0.49 015533 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015589 T 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 015642 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015962 G 0.09 0.74 0.41 C 0.91 0.26 0.59 0.17 0.39 0.48 016082 C 0.15 0.09 0.12 G 0.85 0.91 0.88 0.26 0.16 0.21 016430 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016492 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016572 A 0.31 0.18 0.25 G 0.69 0.82 0.75 0.43 0.30 0.38 016669 C 0.31 0.16 0.24 G 0.69 0.84 0.76 0.43 0.27 0.36 016746 C 0.24 0.11 0.17 A 0.76 0.89 0.83 0.36 0.19 0.28 016796 - 0.28 0.18 0.23 + 0.72 0.82 0.77 0.41 0.30 0.36 016892 G 0.71 0.20 0.46 A 0.29 0.80 0.54 0.41 0.31 0.50 017036 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017082 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017106 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017543 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017615 A 0.65 0.20 0.43 G 0.35 0.80 0.57 0.46 0.31 0.49 017704 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017754 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017834 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018550 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019010 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 019090 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019178 C 0.06 0.07 0.06 T 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 019337 A 0.28 0.17 0.23 C 0.72 0.83 0.77 0.41 0.29 0.35 019376 G 0.15 0.00 0.07 C 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 019775 A 0.62 0.20 0.41 G 0.38 0.80 0.59 0.47 0.31 0.49 019776 T 0.17 0.09 0.13 G 0.83 0.91 0.87 0.28 0.16 0.22 020535 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 020574 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020712 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 020727 G 0.65 0.18 0.42 A 0.35 0.82 0.58 0.46 0.30 0.49 020915 G 0.29 0.18 0.24 A 0.71 0.82 0.76 0.41 0.30 0.36 020952 A 0.31 0.17 0.24 C 0.69 0.83 0.76 0.43 0.29 0.37 021766 C 0.63 0.18 0.41 G 0.37 0.82 0.59 0.47 0.30 0.48 022004 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 022574 G 0.65 0.26 0.46 A 0.35 0.74 0.54 0.46 0.39 0.50 022590 A 0.29 0.72 0.50 G 0.71 0.28 0.50 0.41 0.41 0.50 022665 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002172: TGAA 004587: GTA 006783: CGC 010984: G 014537: T 015642: T 016796: AA 018550: ACTAAAGACACGCAGGCCGAGTC Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 007505 T 0.02 0.00 0.01 A 0.00 0.11 0.05 C 0.98 0.89 0.93 011014 T 0.00 0.03 0.01 G 0.35 0.00 0.21 A 0.65 0.97 0.78