Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 001233 AA 1 5 6 AG 5 8 13 GG 12 8 20 0.231 1.037 2.149 001239 CC 19 23 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 001278 CC 20 23 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001299 AA 16 23 39 AG 5 0 5 GG 0 0 0 0.383 0.000 0.160 001307 GG 10 15 25 GT 11 7 18 TT 0 1 1 2.644 0.025 1.194 001398 CC 16 23 39 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.247 0.000 0.102 001436 CC 20 23 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001442 CC 18 23 41 CG 3 0 3 GG 0 0 0 0.124 0.000 0.055 001490 CC 21 17 38 CT 0 5 5 TT 0 1 1 0.000 0.571 2.207 001524 AA 15 21 36 AG 6 2 8 GG 0 0 0 0.583 0.048 0.440 001561 AA 5 0 5 AG 9 11 20 GG 6 12 18 0.191 2.272 0.024 001565 AA 16 23 39 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.247 0.000 0.102 001884 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 18 20 38 0.055 0.000 0.026 002005 AA 1 0 1 AT 2 2 4 TT 16 19 35 3.698 0.053 3.120 002015 CC 18 21 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 002018 CC 11 9 20 CT 7 10 17 TT 1 2 3 0.007 0.107 0.056 002049 CC 11 12 23 CT 7 10 17 TT 2 0 2 0.299 1.903 0.265 002274 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 22 41 0.013 0.000 0.006 002449 CC 22 20 42 CT 1 1 2 TT 0 0 0 0.011 0.012 0.024 004728 CC 1 1 2 CT 7 6 13 TT 12 15 27 0.000 0.153 0.072 004788 AA 0 0 0 AG 2 6 8 GG 16 15 31 0.062 0.583 0.509 006717 -- 0 0 0 +- 7 0 7 ++ 16 22 38 0.741 0.000 0.320 006792 AA 19 22 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.013 0.000 0.006 006793 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 19 22 41 0.013 0.000 0.006 006817 CC 14 20 34 CT 6 3 9 TT 2 0 2 1.099 0.112 1.638 006829 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 006843 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 006862 AA 12 8 20 AG 9 12 21 GG 3 3 6 0.389 0.209 0.018 006921 AA 1 0 1 AG 5 1 6 GG 18 22 40 0.644 0.011 1.527 006935 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 006984 CC 18 22 40 CG 5 1 6 GG 1 0 1 0.644 0.011 1.527 007024 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 007059 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007107 AA 2 0 2 AG 12 2 14 GG 7 19 26 0.940 0.053 0.004 007195 CC 1 0 1 CT 6 2 8 TT 14 19 33 0.114 0.053 0.355 007426 CC 2 0 2 CG 6 2 8 GG 14 17 31 1.099 0.059 1.967 007451 AA 14 20 34 AG 8 2 10 GG 2 0 2 0.296 0.050 1.141 007457 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007458 CC 21 21 42 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.012 0.095 007459 CC 1 0 1 CT 3 0 3 TT 20 22 42 2.617 0.000 6.146 007583 AA 1 0 1 AG 5 3 8 GG 18 20 38 0.644 0.112 0.516 007732 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 21 42 0.048 0.000 0.024 008153 AA 18 19 37 AG 3 2 5 GG 2 0 2 5.624 0.053 6.392 008204 AA 5 1 6 AG 12 6 18 GG 6 16 22 0.048 0.195 0.553 008228 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008245 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 008250 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 008266 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008276 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 008281 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008284 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 008291 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 008296 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 008314 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 008318 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 008356 AA 0 0 0 AG 1 2 3 GG 23 21 44 0.011 0.048 0.051 009464 AA 16 22 38 AG 8 0 8 GG 0 0 0 0.960 0.000 0.417 010550 GG 1 4 5 GT 6 11 17 TT 14 8 22 0.114 0.004 0.370 010732 AA 23 16 39 AG 0 3 3 GG 1 0 1 24.000 0.140 5.665 010796 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 19 41 0.045 0.000 0.024 010886 CC 18 7 25 CT 5 11 16 TT 0 0 0 0.342 3.485 2.410 011175 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 22 22 44 0.000 0.011 0.006 011187 CC 1 1 2 CG 6 14 20 GG 14 8 22 0.114 2.685 0.936 011277 CC 18 23 41 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.024 011345 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 17 22 39 0.000 0.011 0.006 011349 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 16 22 38 0.000 0.011 0.007 011397 CC 21 19 40 CT 0 1 1 TT 1 0 1 22.000 0.013 17.982 011469 AA 0 1 1 AG 0 4 4 GG 16 16 32 0.000 1.037 2.788 011488 AA 16 21 37 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.016 0.000 0.007 011554 CC 1 1 2 CT 7 6 13 TT 9 14 23 0.057 0.114 0.008 011620 CC 17 17 34 CT 0 4 4 TT 1 0 1 18.000 0.233 3.009 011623 AA 2 1 3 AG 7 6 13 GG 9 14 23 0.126 0.114 0.355 011630 AA 9 14 23 AG 7 6 13 GG 1 1 2 0.057 0.114 0.008 011633 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 18 20 38 0.000 0.012 0.007 011669 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 22 20 42 0.000 0.012 0.006 011672 CC 0 0 0 CT 3 11 14 TT 18 10 28 0.124 2.644 1.680 011679 CC 20 21 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 011808 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011818 AA 22 23 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 011820 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 011903 AA 8 6 14 AG 12 7 19 GG 4 10 14 0.020 3.188 1.723 012312 -- 12 6 18 +- 4 10 14 ++ 1 6 7 0.617 0.182 1.888 012434 CC 2 6 8 CT 5 7 12 TT 10 5 15 1.016 0.870 2.857 012480 AA 1 1 2 AT 3 10 13 TT 15 7 22 1.815 1.125 0.002 012508 AA 1 1 2 AC 3 10 13 CC 15 7 22 1.815 1.125 0.002 012512 CC 1 1 2 CT 3 9 12 TT 15 7 22 1.815 0.746 0.046 012514 GG 17 15 32 GT 1 2 3 TT 1 0 1 7.736 0.066 4.543 012536 AA 1 6 7 AT 6 6 12 TT 12 5 17 0.048 1.446 2.774 012550 -- 12 5 17 +- 8 11 19 ++ 1 6 7 0.053 0.000 0.186 012561 CC 18 22 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.025 012613 GG 19 19 38 GT 0 3 3 TT 1 0 1 20.000 0.118 5.505 012614 AA 14 5 19 AG 5 11 16 GG 1 6 7 0.360 0.000 1.219 012848 CC 10 5 15 CG 10 12 22 GG 3 6 9 0.040 0.048 0.033 013028 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 16 22 38 0.247 0.000 0.105 013033 CC 20 21 41 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 013074 CC 0 1 1 CT 2 6 8 TT 20 16 36 0.050 0.195 0.450 013149 -- 17 23 40 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.015 0.000 0.006 013168 AA 1 1 2 AG 6 12 18 GG 12 10 22 0.048 1.239 0.494 013179 CC 0 1 1 CG 2 7 9 GG 17 14 31 0.059 0.011 0.124 013247 CC 12 16 28 CT 4 6 10 TT 1 0 1 0.617 0.548 0.009 013253 CC 17 19 36 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.118 0.062 013419 AA 15 14 29 AG 1 5 6 GG 1 1 2 6.842 0.360 3.470 013457 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 19 20 39 0.013 0.000 0.006 013510 GG 19 17 36 GT 0 2 2 TT 1 1 2 20.000 3.951 16.366 013570 AA 12 20 32 AG 4 0 4 GG 4 0 4 5.488 0.000 14.779 013588 CC 6 6 12 CG 11 10 21 GG 3 4 7 0.314 0.002 0.178 013615 CC 21 20 41 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 013633 CC 20 23 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 013659 CC 2 9 11 CG 7 8 15 GG 13 6 19 0.505 1.965 4.369 013739 AA 21 22 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 013773 AA 15 19 34 AC 3 3 6 CC 1 1 2 1.815 2.457 4.272 014619 CC 7 8 15 CT 13 8 21 TT 2 3 5 1.333 0.172 0.326 014888 GG 9 11 20 GT 9 6 15 TT 5 4 9 0.857 2.679 3.273 015037 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 19 23 42 0.013 0.000 0.006 015086 AA 0 0 0 AG 1 5 6 GG 22 17 39 0.011 0.362 0.230 015150 CC 0 0 0 CG 2 3 5 GG 19 15 34 0.053 0.149 0.183 016270 AA 1 2 3 AG 10 7 17 GG 12 11 23 0.374 0.299 0.003 016348 CC 13 10 23 CT 8 5 13 TT 1 2 3 0.027 1.016 0.355 016407 CC 15 10 25 CT 7 6 13 TT 0 2 2 0.787 0.516 0.034 017438 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 017445 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 017514 GG 0 2 2 GT 7 8 15 TT 16 13 29 0.741 0.221 0.001 017536 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 017543 GG 21 23 44 GT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 017577 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 017839 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 017918 CC 0 2 2 CG 7 7 14 GG 15 13 28 0.787 0.505 0.022 017993 CC 0 2 2 CT 6 8 14 TT 15 13 28 0.583 0.221 0.022 018000 GG 13 12 25 GT 7 8 15 TT 0 2 2 0.900 0.153 0.017 018009 AA 20 23 43 AT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 018090 CC 0 2 2 CT 4 8 12 TT 16 13 29 0.247 0.221 0.265 018130 AA 0 1 1 AG 2 4 6 GG 18 18 36 0.055 1.252 1.288 018159 CC 16 13 29 CG 4 8 12 GG 1 2 3 1.037 0.221 1.153 018868 CC 1 2 3 CT 7 8 15 TT 14 13 27 0.011 0.221 0.210 018875 AA 1 2 3 AT 6 7 13 TT 14 13 27 0.114 0.505 0.637 018879 CC 1 1 2 CT 4 2 6 TT 14 13 27 0.825 2.939 3.150 018894 AA 12 11 23 AG 5 8 13 GG 1 2 3 0.231 0.093 0.355 018898 CC 1 1 2 CT 5 7 12 TT 13 12 25 0.294 0.000 0.124 018904 -- 13 13 26 +- 8 5 13 ++ 0 1 1 1.163 0.294 0.178 019392 AA 20 23 43 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.112 0.000 0.052 019461 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 019467 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.617 0.000 6.306 019587 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019595 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 23 43 0.112 0.000 0.052 019623 AA 10 10 20 AG 7 7 14 GG 1 2 3 0.025 0.207 0.061 020925 GG 0 2 2 GT 7 6 13 TT 16 14 30 0.741 1.099 0.147 021095 GG 22 23 45 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 021463 -- 0 1 1 +- 4 5 9 ++ 16 17 33 0.247 0.571 0.164 021677 GG 19 22 41 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 022054 AA 5 2 7 AC 15 11 26 CC 3 10 13 2.272 0.179 1.035 022266 AA 0 1 1 AG 7 8 15 GG 17 13 30 0.700 0.027 0.312 022280 AA 17 13 30 AG 7 8 15 GG 0 1 1 0.700 0.027 0.312 022579 -- 0 0 0 +- 1 1 2 ++ 23 22 45 0.011 0.011 0.022 022860 CC 1 0 1 CT 5 3 8 TT 10 19 29 0.118 0.118 0.236 022948 AA 6 11 17 AG 7 9 16 GG 3 2 5 0.139 0.007 0.159 023368 CC 20 19 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 023566 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 023651 AA 17 23 40 AG 7 0 7 GG 0 0 0 0.700 0.000 0.304 023859 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 1 0 1 1.361 0.000 3.895 023910 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 20 43 0.011 0.112 0.093 024471 CC 18 21 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.055 0.000 0.026 027903 CC 2 6 8 CT 13 9 22 TT 8 7 15 1.043 0.714 0.000 027959 AA 2 6 8 AG 14 9 23 GG 8 7 15 1.434 0.714 0.026 028062 -- 4 7 11 +- 15 9 24 ++ 5 7 12 1.526 1.087 0.022 028067 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 028080 AA 2 7 9 AG 14 9 23 GG 8 7 15 1.434 1.087 0.001 028112 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 028173 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 033400 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 19 20 39 0.209 0.000 0.102 033457 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 18 40 0.011 0.000 0.006 033524 AA 4 7 11 AG 11 9 20 GG 8 5 13 0.004 0.383 0.349 033595 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 20 43 0.000 0.012 0.006 033620 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 22 18 40 0.011 0.124 0.100 033621 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 22 20 42 0.011 0.012 0.024 033623 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 19 21 40 0.209 0.000 0.100 033664 CC 21 21 42 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 033703 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 19 42 0.000 0.013 0.006 033742 CC 0 0 0 CT 1 1 2 TT 18 17 35 0.014 0.015 0.029 043702 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 21 22 43 0.000 0.011 0.006 043716 CC 18 23 41 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.124 0.000 0.055 043753 -- 21 23 44 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.107 0.000 0.051 043887 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 043921 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 044035 CC 1 1 2 CG 1 3 4 GG 22 19 41 9.967 2.457 9.666 044078 AA 1 1 2 AG 1 3 4 GG 22 19 41 9.967 2.457 9.666 044209 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 044657 CC 4 1 5 CG 15 4 19 GG 4 16 20 2.130 1.037 0.023 044772 AA 23 22 45 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 044861 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 046161 AA 0 4 4 AG 7 10 17 GG 17 9 26 0.700 0.175 0.255 046204 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 046226 CC 14 9 23 CT 8 10 18 TT 0 4 4 1.086 0.175 0.031 046269 GG 17 9 26 GT 7 10 17 TT 0 4 4 0.700 0.175 0.255 046400 CC 1 1 2 CT 7 5 12 TT 16 17 33 0.044 0.571 0.435 046457 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 046528 CC 15 17 32 CT 8 5 13 TT 1 1 2 0.003 0.571 0.208 046551 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 24 21 45 0.000 0.048 0.022 047862 CC 14 19 33 CT 8 3 11 TT 1 1 2 0.011 2.457 0.705 048974 CC 0 2 2 CT 3 9 12 TT 16 10 26 0.140 0.000 0.156 049105 CC 14 17 31 CT 8 5 13 TT 1 1 2 0.011 0.571 0.177 049759 CC 3 5 8 CT 11 9 20 TT 8 8 16 0.065 0.609 0.157 049785 CC 4 8 12 CT 13 8 21 TT 5 6 11 0.747 1.564 0.089 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006717: aaca 012312: A 012550: A 013149: A 013457: CTT 018904: cc 021463: tcctaaa 022579: att 028062: ATTT 043753: caggtggcctg