Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000587 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001039 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001134 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001426 T 0.44 0.34 0.39 A 0.56 0.66 0.61 0.49 0.45 0.48 001638 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 002000 A 0.06 0.33 0.19 C 0.94 0.67 0.81 0.12 0.44 0.31 002014 A 0.46 0.33 0.39 G 0.54 0.67 0.61 0.50 0.44 0.48 002121 T 0.23 0.32 0.27 C 0.77 0.68 0.73 0.35 0.43 0.40 002329 T 0.46 0.32 0.39 C 0.54 0.68 0.61 0.50 0.43 0.48 002395 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 002445 T 0.20 0.35 0.27 C 0.80 0.65 0.73 0.31 0.45 0.40 002493 T 0.05 0.02 0.03 C 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.06 002586 G 0.40 0.37 0.38 A 0.60 0.63 0.62 0.48 0.47 0.47 002598 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002686 T 0.23 0.37 0.30 C 0.77 0.63 0.70 0.35 0.47 0.42 002689 + 0.19 0.00 0.10 - 0.81 1.00 0.90 0.30 0.00 0.17 002746 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003074 C 0.18 0.00 0.09 G 0.82 1.00 0.91 0.30 0.00 0.16 003581 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003670 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003764 C 0.02 0.24 0.13 T 0.98 0.76 0.87 0.04 0.36 0.23 003781 T 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 004077 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004175 T 0.15 0.26 0.21 C 0.85 0.74 0.79 0.26 0.39 0.33 004267 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004287 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004341 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004736 T 0.42 0.29 0.36 C 0.58 0.71 0.64 0.49 0.41 0.46 004893 C 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004916 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 004939 T 0.31 0.25 0.28 C 0.69 0.75 0.72 0.43 0.38 0.40 005022 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005034 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005063 A 0.40 0.28 0.34 T 0.60 0.72 0.66 0.48 0.41 0.45 005106 G 0.12 0.26 0.19 C 0.88 0.74 0.81 0.22 0.39 0.31 005125 C 0.29 0.25 0.27 T 0.71 0.75 0.73 0.41 0.38 0.40 005241 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005335 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 005808 + 0.16 0.26 0.21 - 0.84 0.74 0.79 0.27 0.39 0.33 005921 + 0.15 0.00 0.07 - 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 006170 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 006214 C 0.24 0.26 0.25 T 0.76 0.74 0.75 0.36 0.39 0.38 006379 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006817 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.18 0.00 0.09 006976 T 0.25 0.00 0.12 C 0.75 1.00 0.88 0.38 0.00 0.21 007226 G 0.07 0.11 0.09 A 0.93 0.89 0.91 0.12 0.20 0.16 007742 C 0.10 0.20 0.15 G 0.90 0.80 0.85 0.19 0.31 0.25 007751 T 0.10 0.20 0.15 C 0.90 0.80 0.85 0.19 0.31 0.25 007811 A 0.38 0.22 0.30 G 0.62 0.78 0.70 0.47 0.34 0.42 007952 C 0.24 0.00 0.11 T 0.76 1.00 0.89 0.36 0.00 0.20 008431 T 0.12 0.00 0.06 C 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 008611 G 0.17 0.07 0.12 A 0.83 0.93 0.88 0.28 0.14 0.21 008655 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 008672 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 008799 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008980 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009093 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009191 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009378 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 009406 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009425 G 0.62 0.35 0.49 A 0.38 0.65 0.51 0.47 0.45 0.50 009685 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009705 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009876 T 0.05 0.02 0.03 C 0.95 0.98 0.97 0.09 0.04 0.06 009881 G 0.32 0.65 0.49 C 0.68 0.35 0.51 0.43 0.45 0.50 010216 - 0.30 0.64 0.47 + 0.70 0.36 0.53 0.42 0.46 0.50 010998 C 0.61 0.34 0.48 T 0.39 0.66 0.52 0.48 0.45 0.50 011167 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011452 C 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 011475 A 0.17 0.28 0.22 G 0.83 0.72 0.78 0.28 0.41 0.35 011503 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011618 C 0.29 0.29 0.29 G 0.71 0.71 0.71 0.41 0.41 0.41 011876 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 011970 A 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 011999 T 0.56 0.35 0.46 C 0.44 0.65 0.54 0.49 0.45 0.50 012145 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012212 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 012407 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012912 T 0.41 0.33 0.37 C 0.59 0.68 0.63 0.48 0.44 0.47 013080 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 013151 * 013160 C 0.52 0.32 0.42 G 0.48 0.68 0.57 0.50 0.43 0.49 013382 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013416 G 0.02 0.18 0.10 C 0.98 0.82 0.90 0.04 0.30 0.18 013628 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013660 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013803 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 013878 A 0.33 0.09 0.23 G 0.67 0.91 0.78 0.44 0.16 0.35 013992 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 014181 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 014247 A 0.35 0.33 0.34 G 0.65 0.67 0.66 0.45 0.44 0.45 014281 G 0.43 0.33 0.38 A 0.57 0.68 0.62 0.49 0.44 0.47 014432 A 0.21 0.07 0.14 G 0.79 0.93 0.86 0.33 0.12 0.24 014505 T 0.21 0.07 0.14 C 0.79 0.93 0.86 0.33 0.13 0.25 014691 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 014739 A 0.04 0.04 0.04 G 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 014774 C 0.21 0.07 0.14 T 0.79 0.93 0.86 0.33 0.12 0.24 014856 A 0.04 0.27 0.15 C 0.96 0.73 0.85 0.08 0.40 0.26 014876 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014885 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014912 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014978 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015091 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015425 G 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 015510 T 0.33 0.38 0.36 C 0.67 0.62 0.64 0.44 0.47 0.46 015657 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 015829 A 0.31 0.37 0.34 G 0.69 0.63 0.66 0.43 0.47 0.45 015847 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015910 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016132 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016183 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016317 G 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016431 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016614 C 0.10 0.24 0.17 T 0.90 0.76 0.83 0.18 0.36 0.28 016684 A 0.19 0.07 0.13 C 0.81 0.93 0.87 0.31 0.14 0.23 016863 A 0.03 0.31 0.15 G 0.97 0.69 0.85 0.05 0.43 0.26 016885 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 017024 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.21 0.00 0.11 017044 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017045 T 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017062 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017148 C 0.60 0.36 0.48 T 0.40 0.64 0.52 0.48 0.46 0.50 017220 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017222 T 0.20 0.36 0.28 C 0.80 0.64 0.72 0.31 0.46 0.40 017598 A 0.11 0.07 0.09 G 0.89 0.93 0.91 0.19 0.12 0.16 018254 C 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 018340 T 0.27 0.30 0.29 C 0.73 0.70 0.71 0.39 0.42 0.41 018370 C 0.27 0.33 0.30 T 0.73 0.67 0.70 0.39 0.44 0.42 018373 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 018376 C 0.13 0.00 0.07 T 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 018398 A 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 018584 C 0.27 0.29 0.28 A 0.73 0.71 0.72 0.39 0.41 0.40 018712 A 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 018848 A 0.15 0.30 0.22 G 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.35 018906 C 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018920 C 0.25 0.35 0.30 T 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 018930 G 0.27 0.30 0.28 A 0.73 0.70 0.72 0.39 0.42 0.41 019983 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020417 T 0.28 0.24 0.26 C 0.72 0.76 0.74 0.40 0.36 0.38 020587 T 0.32 0.29 0.30 C 0.68 0.71 0.70 0.43 0.41 0.42 020599 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 021066 G 0.50 0.33 0.41 A 0.50 0.67 0.59 0.50 0.44 0.48 021215 C 0.39 0.33 0.36 T 0.61 0.67 0.64 0.48 0.44 0.46 021437 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 021576 G 0.36 0.33 0.35 A 0.64 0.67 0.65 0.46 0.44 0.45 021626 G 0.36 0.33 0.35 A 0.64 0.67 0.65 0.46 0.44 0.45 021738 G 0.35 0.17 0.26 A 0.65 0.83 0.74 0.45 0.28 0.39 022327 A 0.08 0.17 0.12 C 0.92 0.83 0.88 0.15 0.28 0.21 022854 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 022902 T 0.15 0.00 0.08 C 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.15 022938 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 023225 C 0.50 0.34 0.42 G 0.50 0.66 0.58 0.50 0.45 0.49 023254 C 0.17 0.00 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 023282 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023345 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023456 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023515 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023640 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023918 G 0.15 0.00 0.07 A 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 024181 C 0.17 0.00 0.09 A 0.82 1.00 0.91 0.29 0.00 0.16 024655 A 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 024949 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 025013 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025284 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025468 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 025583 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025699 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025735 A 0.08 0.13 0.11 G 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 025975 C 0.28 0.26 0.27 A 0.72 0.74 0.73 0.41 0.39 0.40 026051 C 0.33 0.38 0.35 G 0.68 0.62 0.65 0.44 0.47 0.46 026092 C 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 026156 - 0.33 0.17 0.25 + 0.67 0.83 0.75 0.44 0.29 0.38 026189 G 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002689: AGCATC 005808: A 005921: T 009705: C 010216: AACC 026156: g Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop Total-pop 013151 A 0.07 0.00 0.04 G 0.48 0.32 0.40 C 0.45 0.68 0.56