Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000142 AA 21 16 37 AG 0 3 3 GG 0 0 0 0.000 0.140 0.061 000204 AA 1 2 3 AG 2 8 10 GG 18 9 27 4.203 0.012 1.914 000442 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 19 22 41 0.053 0.000 0.024 000446 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 20 22 42 0.012 0.000 0.006 000739 CC 20 22 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 000759 CC 19 9 28 CG 1 10 11 GG 1 3 4 8.629 0.007 2.837 001008 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 001055 CC 0 5 5 CT 8 11 19 TT 15 7 22 1.019 0.030 0.086 001086 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.052 001169 GG 2 0 2 GT 9 1 10 TT 13 22 35 0.061 0.011 1.214 001224 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001319 GG 20 22 42 GT 3 0 3 TT 1 0 1 2.617 0.000 6.146 001504 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 001626 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001818 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001919 -- 0 0 0 +- 7 2 9 ++ 17 21 38 0.700 0.048 0.527 001980 -- 8 20 28 +- 8 1 9 ++ 2 0 2 0.000 0.012 1.117 002264 AA 1 7 8 AT 7 12 19 TT 16 4 20 0.044 0.087 0.858 002973 AA 24 19 43 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.053 0.023 003049 CC 2 3 5 CT 2 9 11 TT 20 8 28 9.197 0.032 4.283 003217 -- 24 19 43 +- 0 3 3 ++ 0 1 1 0.000 2.457 6.306 003350 AA 19 16 35 AC 5 6 11 CC 0 1 1 0.324 0.195 0.015 003402 AA 0 1 1 AC 0 3 3 CC 24 19 43 0.000 2.457 6.306 003953 GG 1 0 1 GT 2 0 2 TT 19 23 42 4.455 0.000 10.228 004066 AA 20 23 43 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.112 0.000 0.052 004097 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 004113 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 23 42 0.209 0.000 0.095 004122 CC 1 0 1 CT 3 0 3 TT 19 23 42 2.457 0.000 6.146 004168 GG 16 21 37 GT 7 2 9 TT 0 0 0 0.741 0.048 0.541 004192 GG 10 22 32 GT 10 1 11 TT 3 0 3 0.040 0.011 1.957 004223 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 004323 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 004479 AA 20 7 27 AT 3 10 13 TT 1 2 3 2.617 0.326 0.637 004864 AA 1 4 5 AG 8 8 16 GG 12 7 19 0.053 0.353 0.312 004914 CC 19 8 27 CT 3 9 12 TT 0 2 2 0.118 0.052 0.191 004984 AA 0 2 2 AG 3 8 11 GG 18 8 26 0.124 0.000 0.331 005027 AA 1 7 8 AG 7 8 15 GG 13 4 17 0.002 0.353 1.764 005361 CC 17 15 32 CT 4 5 9 TT 0 1 1 0.233 0.429 0.144 005509 CC 12 8 20 CT 9 9 18 TT 1 4 5 0.182 0.257 0.094 005724 CC 1 7 8 CG 8 11 19 GG 14 4 18 0.011 0.008 0.561 005810 AA 19 9 28 AG 3 10 13 GG 1 3 4 2.457 0.007 1.668 005965 AA 23 21 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 006017 -- 20 22 42 +- 3 0 3 ++ 0 0 0 0.112 0.000 0.054 006410 CC 16 20 36 CT 7 2 9 TT 0 0 0 0.741 0.050 0.556 006413 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 006528 CC 17 16 33 CT 6 6 12 TT 0 1 1 0.517 0.195 0.006 006554 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006565 AA 20 9 29 AG 2 11 13 GG 1 3 4 4.707 0.016 1.801 006576 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006646 AA 13 22 35 AC 8 1 9 CC 2 0 2 0.221 0.011 1.727 006673 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006885 AA 0 1 1 AG 2 6 8 GG 21 16 37 0.048 0.195 0.483 007095 AA 18 23 41 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.220 0.000 0.097 007204 AA 18 17 35 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.014 0.000 0.007 007313 CC 2 4 6 CT 6 9 15 TT 13 7 20 0.948 0.126 1.209 007318 -- 20 16 36 +- 1 3 4 ++ 0 1 1 0.012 1.976 3.231 007330 AA 0 0 0 AC 5 2 7 CC 15 18 33 0.408 0.055 0.368 007488 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 17 35 0.014 0.000 0.007 007523 CC 17 16 33 CT 2 0 2 TT 0 1 1 0.059 17.000 7.972 007677 CC 20 23 43 CT 3 0 3 TT 1 0 1 2.617 0.000 6.306 008053 CC 20 23 43 CG 3 0 3 GG 1 0 1 2.617 0.000 6.306 008364 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008558 -- 1 3 4 +- 3 11 14 ++ 19 9 28 2.457 0.016 1.232 009538 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009545 CC 2 4 6 CT 9 11 20 TT 13 8 21 0.061 0.004 0.129 009641 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 009702 AA 23 21 44 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.011 0.048 0.051 009861 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 009869 CC 23 21 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010159 AA 1 3 4 AC 9 5 14 CC 10 8 18 0.330 1.512 0.252 010334 CC 2 0 2 CT 5 1 6 TT 13 18 31 1.604 0.014 3.791 010343 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 20 18 38 0.012 0.000 0.007 010468 CC 11 8 19 CT 9 8 17 TT 1 3 4 0.247 0.172 0.005 010499 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 20 19 39 0.012 0.000 0.006 010516 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 21 19 40 0.000 0.013 0.006 010546 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 19 20 39 0.053 0.000 0.026 010663 AA 0 0 0 AG 8 2 10 GG 13 18 31 1.163 0.055 0.791 010749 CC 0 0 0 CG 7 2 9 GG 16 20 36 0.741 0.050 0.556 010780 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 23 20 43 0.000 0.012 0.006 010821 AA 21 20 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.024 010828 CC 0 0 0 CT 1 2 3 TT 22 19 41 0.011 0.053 0.055 010855 GG 1 3 4 GT 3 10 13 TT 19 8 27 2.457 0.002 1.537 011071 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 21 43 0.045 0.000 0.023 011081 CC 2 4 6 CT 10 10 20 TT 12 7 19 0.002 0.016 0.041 011085 GG 0 0 0 GT 8 2 10 TT 16 19 35 0.960 0.053 0.703 011256 AA 2 0 2 AC 7 0 7 CC 15 21 36 0.730 0.000 3.404 011625 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 17 17 34 0.571 0.000 1.887 011679 GG 0 1 1 GT 6 5 11 TT 18 14 32 0.490 0.360 0.002 011929 GG 0 1 1 GT 4 5 9 TT 20 15 35 0.198 0.429 0.207 012385 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 21 42 0.012 0.000 0.006 012389 AA 20 21 41 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 012432 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012480 AA 21 21 42 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 012522 CC 12 20 32 CT 9 1 10 TT 1 0 1 0.182 0.012 0.043 012565 CC 13 20 33 CT 7 1 8 TT 2 0 2 0.505 0.012 2.181 012566 AA 2 14 16 AG 9 6 15 GG 11 1 12 0.007 0.114 3.773 012648 CC 2 14 16 CT 9 6 15 TT 11 1 12 0.007 0.114 3.773 012726 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 21 41 0.050 0.000 0.024 012749 AA 20 21 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.024 012909 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 20 21 41 0.012 0.000 0.006 013090 AA 19 21 40 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.025 013388 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 013551 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 013628 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 013640 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 013907 -- 19 23 42 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.013 0.000 0.006 013918 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 23 43 0.050 0.000 0.023 014029 CC 0 2 2 CT 3 10 13 TT 18 8 26 0.124 0.196 0.051 014217 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 20 40 0.050 0.000 0.025 014356 CC 21 20 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 014574 AA 20 20 40 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.025 014599 GG 1 3 4 GT 2 11 13 TT 19 6 25 4.455 0.314 1.280 014648 AA 21 20 41 AG 1 3 4 GG 0 0 0 0.012 0.112 0.097 014802 -- 17 16 33 +- 2 6 8 ++ 0 0 0 0.059 0.548 0.479 015113 -- 16 5 21 +- 3 11 14 ++ 1 3 4 1.976 0.555 0.504 015720 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 015974 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016069 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016134 AA 24 21 45 AT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 016243 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 016285 -- 1 3 4 +- 2 10 12 ++ 21 9 30 4.959 0.007 2.504 016331 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016666 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 20 20 40 0.012 0.000 0.006 016685 AA 0 1 1 AT 0 8 8 TT 21 11 32 0.000 0.089 0.324 016691 AA 0 0 0 AT 2 0 2 TT 19 20 39 0.053 0.000 0.026 016693 CC 19 20 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.026 017130 CC 20 21 41 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017243 AA 20 21 41 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.024 017387 CC 0 1 1 CT 5 4 9 TT 17 16 33 0.362 1.037 0.164 017406 CC 0 1 1 CT 6 5 11 TT 16 16 32 0.548 0.499 0.002 018042 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 018085 CC 9 21 30 CT 11 1 12 TT 4 0 4 0.042 0.012 2.504 018183 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018311 -- 23 23 46 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018595 AA 19 20 39 AG 2 0 2 GG 1 0 1 4.455 0.000 9.476 018645 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 20 20 40 0.050 0.000 0.025 018816 AA 14 15 29 AC 8 5 13 CC 0 0 0 1.086 0.408 1.408 019115 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 20 40 0.050 0.000 0.025 019583 AA 20 21 41 AC 2 0 2 CC 0 0 0 0.050 0.000 0.024 019618 AA 20 21 41 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.024 019788 AA 22 18 40 AT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.124 0.056 020051 CC 15 18 33 CG 8 5 13 GG 0 0 0 1.019 0.342 1.246 020187 -- 0 0 0 +- 6 1 7 ++ 17 22 39 0.517 0.011 0.312 020298 AA 0 1 1 AG 5 6 11 GG 18 16 34 0.342 0.195 0.010 020318 AA 18 16 34 AG 5 6 11 GG 0 1 1 0.342 0.195 0.010 020580 AA 21 22 43 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 020630 CC 12 3 15 CG 5 10 15 GG 6 8 14 6.546 0.002 4.445 020884 CC 1 0 1 CT 2 0 2 TT 21 23 44 4.959 0.000 10.729 020922 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 021082 AA 21 9 30 AG 2 11 13 GG 1 3 4 4.959 0.016 1.934 021249 CC 14 22 36 CT 8 1 9 TT 2 0 2 0.296 0.011 1.816 021415 -- 17 16 33 +- 7 6 13 ++ 0 1 1 0.700 0.195 0.046 021442 CC 19 15 34 CG 5 6 11 GG 0 1 1 0.324 0.153 0.010 021465 CC 0 0 0 CG 7 2 9 GG 15 18 33 0.787 0.055 0.605 021650 GG 22 20 42 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.024 021690 AA 24 19 43 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.013 0.006 022021 AA 22 20 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.024 022049 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 20 43 0.011 0.000 0.006 022373 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022494 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 022642 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 022660 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 23 19 42 0.011 0.118 0.095 022804 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023156 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 023170 CC 1 2 3 CG 2 10 12 GG 21 10 31 4.959 0.050 1.348 023217 AA 2 0 2 AT 8 1 9 TT 14 21 35 0.296 0.012 1.727 023299 CC 16 18 34 CT 8 4 12 TT 0 0 0 0.960 0.220 1.035 023590 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 023659 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023684 CC 1 1 2 CG 5 6 11 GG 18 16 34 0.644 0.195 0.763 023954 CC 21 12 33 CT 3 9 12 TT 0 2 2 0.107 0.028 0.435 024388 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 024555 AA 1 0 1 AG 5 0 5 GG 18 22 40 0.644 0.000 2.368 024898 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 024908 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 025034 CC 21 9 30 CT 2 10 12 TT 1 3 4 4.959 0.007 2.504 025417 CC 1 3 4 CT 2 7 9 TT 21 7 28 4.959 0.279 4.523 025455 -- 1 3 4 +- 2 6 8 ++ 21 7 28 4.959 0.640 5.625 025543 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 19 41 0.011 0.000 0.006 025840 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 19 41 0.045 0.000 0.024 026046 GG 21 19 40 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.025 026962 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 027032 AA 0 3 3 AG 3 11 14 GG 21 9 30 0.107 0.016 0.577 027059 AA 13 22 35 AT 9 1 10 TT 2 0 2 0.061 0.011 1.214 027227 CC 20 16 36 CT 4 5 9 TT 0 2 2 0.198 2.200 1.816 027284 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 027316 AA 1 3 4 AG 2 11 13 GG 21 9 30 4.959 0.016 1.934 027401 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 027638 -- 1 1 2 +- 5 11 16 ++ 18 11 29 0.644 0.741 0.012 027948 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 028022 -- 18 23 41 +- 5 0 5 ++ 0 0 0 0.342 0.000 0.152 028082 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 028095 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 23 44 0.012 0.000 0.006 028302 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 028373 -- 14 18 32 +- 10 5 15 ++ 0 0 0 1.662 0.342 1.694 028396 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028478 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 028653 CC 19 21 40 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.118 0.012 0.100 028966 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 20 42 0.011 0.000 0.006 029233 AA 0 0 0 AG 4 2 6 GG 20 21 41 0.198 0.048 0.218 029593 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 029947 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 030049 CC 1 4 5 CT 11 8 19 TT 12 10 22 0.618 1.010 0.086 030345 AA 0 0 0 AT 8 2 10 TT 15 20 35 1.019 0.050 0.703 030557 CC 21 18 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 030595 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 18 39 0.012 0.000 0.006 030732 AA 18 18 36 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.220 0.000 0.111 030823 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 20 18 38 0.050 0.000 0.026 030826 CC 21 18 39 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 030852 CC 0 0 0 CT 1 1 2 TT 21 17 38 0.012 0.015 0.026 030950 AA 21 18 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 031084 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 18 38 0.050 0.000 0.026 031252 AA 16 21 37 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.548 0.000 0.242 031348 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 22 21 43 0.000 0.048 0.023 031416 AA 19 21 40 AG 3 2 5 GG 0 0 0 0.118 0.048 0.156 031780 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 22 45 0.000 0.011 0.006 031948 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 031991 AA 20 21 41 AG 3 2 5 GG 0 0 0 0.112 0.048 0.152 032179 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 19 19 38 0.053 0.000 0.026 032359 AA 4 0 4 AC 6 0 6 CC 11 19 30 2.679 0.000 9.236 032732 AA 14 23 37 AC 6 0 6 CC 2 0 2 1.099 0.000 4.753 032771 AA 3 0 3 AG 6 0 6 GG 13 23 36 2.148 0.000 8.055 033001 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033241 GG 22 17 39 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.015 0.006 033493 AA 21 18 39 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 033506 GG 3 0 3 GT 6 0 6 TT 13 18 31 2.148 0.000 6.782 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001919: G 001980: T 003217: C 004323: GTCA 006017: AAAT 007318: T 008558: AAGTCT 009538: T 010343: CAAATTAACTGAG 010516: ATTA 013907: T 013918: T 014217: T 014802: T 015113: T 016285: GTTTAT 018311: T 019115: AA 020187: AAGAA 021415: T 022049: G 025455: CATT 027638: TCAG 028022: G 028373: T 031084: attt 031780: a