Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000142 G 0.00 0.08 0.04 A 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.07 000204 A 0.10 0.32 0.20 G 0.90 0.68 0.80 0.17 0.43 0.32 000442 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 000446 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000739 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 000759 G 0.07 0.36 0.22 C 0.93 0.64 0.78 0.13 0.46 0.34 001008 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001055 C 0.17 0.46 0.32 T 0.83 0.54 0.68 0.29 0.50 0.43 001086 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001169 G 0.27 0.02 0.15 T 0.73 0.98 0.85 0.39 0.04 0.25 001224 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001319 T 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 001504 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001626 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001818 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001919 - 0.15 0.04 0.10 + 0.85 0.96 0.90 0.25 0.08 0.17 001980 + 0.33 0.02 0.17 - 0.67 0.98 0.83 0.44 0.05 0.28 002264 A 0.19 0.57 0.37 T 0.81 0.43 0.63 0.30 0.49 0.47 002973 G 0.00 0.05 0.02 A 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 003049 C 0.12 0.38 0.24 T 0.88 0.62 0.76 0.22 0.47 0.36 003217 + 0.00 0.11 0.05 - 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 003350 C 0.10 0.17 0.14 A 0.90 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 003402 A 0.00 0.11 0.05 C 1.00 0.89 0.95 0.00 0.19 0.10 003953 G 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 004066 G 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 004097 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004113 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 004122 C 0.11 0.00 0.05 T 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 004168 T 0.15 0.04 0.10 G 0.85 0.96 0.90 0.26 0.08 0.18 004192 T 0.35 0.02 0.18 G 0.65 0.98 0.82 0.45 0.04 0.30 004223 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 004323 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004479 T 0.10 0.37 0.22 A 0.90 0.63 0.78 0.19 0.47 0.34 004864 A 0.24 0.42 0.33 G 0.76 0.58 0.68 0.36 0.49 0.44 004914 T 0.07 0.34 0.20 C 0.93 0.66 0.80 0.13 0.45 0.31 004984 A 0.07 0.33 0.19 G 0.93 0.67 0.81 0.13 0.44 0.31 005027 A 0.21 0.58 0.39 G 0.79 0.42 0.61 0.34 0.49 0.47 005361 T 0.10 0.17 0.13 C 0.90 0.83 0.87 0.17 0.28 0.23 005509 T 0.25 0.40 0.33 C 0.75 0.60 0.67 0.38 0.48 0.44 005724 C 0.22 0.57 0.39 G 0.78 0.43 0.61 0.34 0.49 0.48 005810 G 0.11 0.36 0.23 A 0.89 0.64 0.77 0.19 0.46 0.36 005965 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006017 + 0.07 0.00 0.03 - 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006410 T 0.15 0.05 0.10 C 0.85 0.95 0.90 0.26 0.09 0.18 006413 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006528 T 0.13 0.17 0.15 C 0.87 0.83 0.85 0.23 0.29 0.26 006554 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006565 G 0.09 0.37 0.23 A 0.91 0.63 0.77 0.16 0.47 0.35 006576 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006646 C 0.26 0.02 0.14 A 0.74 0.98 0.86 0.39 0.04 0.24 006673 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006885 A 0.04 0.17 0.11 G 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 007095 T 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 007204 G 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007313 C 0.24 0.42 0.33 T 0.76 0.57 0.67 0.36 0.49 0.44 007318 + 0.02 0.12 0.07 - 0.98 0.88 0.93 0.05 0.22 0.14 007330 A 0.12 0.05 0.09 C 0.88 0.95 0.91 0.22 0.10 0.16 007488 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 007523 T 0.05 0.06 0.06 C 0.95 0.94 0.94 0.10 0.11 0.10 007677 T 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008053 G 0.10 0.00 0.05 C 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 008364 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008558 - 0.11 0.37 0.24 + 0.89 0.63 0.76 0.19 0.47 0.36 009538 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009545 C 0.27 0.41 0.34 T 0.73 0.59 0.66 0.39 0.48 0.45 009641 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009702 G 0.02 0.04 0.03 A 0.98 0.96 0.97 0.04 0.08 0.06 009861 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009869 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010159 A 0.28 0.34 0.31 C 0.72 0.66 0.69 0.40 0.45 0.42 010334 C 0.23 0.03 0.13 T 0.78 0.97 0.87 0.35 0.05 0.22 010343 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 010468 T 0.26 0.37 0.31 C 0.74 0.63 0.69 0.39 0.47 0.43 010499 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 010516 - 0.00 0.03 0.01 + 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 010546 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 010663 A 0.19 0.05 0.12 G 0.81 0.95 0.88 0.31 0.10 0.21 010749 C 0.15 0.05 0.10 G 0.85 0.95 0.90 0.26 0.09 0.18 010780 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 010821 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 010828 C 0.02 0.05 0.03 T 0.98 0.95 0.97 0.04 0.09 0.07 010855 G 0.11 0.38 0.24 T 0.89 0.62 0.76 0.19 0.47 0.36 011071 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011081 C 0.29 0.43 0.36 T 0.71 0.57 0.64 0.41 0.49 0.46 011085 G 0.17 0.05 0.11 T 0.83 0.95 0.89 0.28 0.09 0.20 011256 A 0.23 0.00 0.12 C 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 011625 A 0.15 0.00 0.09 G 0.85 1.00 0.91 0.26 0.00 0.16 011679 G 0.12 0.17 0.15 T 0.88 0.82 0.85 0.22 0.29 0.25 011929 G 0.08 0.17 0.12 T 0.92 0.83 0.88 0.15 0.28 0.21 012385 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012389 T 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 012432 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012480 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012522 T 0.25 0.02 0.14 C 0.75 0.98 0.86 0.38 0.05 0.24 012565 T 0.25 0.02 0.14 C 0.75 0.98 0.86 0.38 0.05 0.24 012566 G 0.70 0.19 0.45 A 0.30 0.81 0.55 0.42 0.31 0.50 012648 T 0.70 0.19 0.45 C 0.30 0.81 0.55 0.42 0.31 0.50 012726 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 012749 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 012909 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013090 T 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 013388 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013551 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013628 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013640 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013907 + 0.03 0.00 0.01 - 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 013918 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 014029 C 0.07 0.35 0.21 T 0.93 0.65 0.79 0.13 0.45 0.33 014217 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 014356 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014574 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 014599 G 0.09 0.42 0.25 T 0.91 0.57 0.75 0.17 0.49 0.38 014648 G 0.02 0.07 0.04 A 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 014802 + 0.05 0.14 0.10 - 0.95 0.86 0.90 0.10 0.24 0.18 015113 + 0.12 0.45 0.28 - 0.88 0.55 0.72 0.22 0.49 0.40 015720 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015974 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016069 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016134 T 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 016243 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016285 - 0.08 0.36 0.22 + 0.92 0.64 0.78 0.15 0.46 0.34 016331 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016666 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016685 A 0.00 0.25 0.12 T 1.00 0.75 0.88 0.00 0.38 0.21 016691 A 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 016693 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 017130 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017243 T 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 017387 C 0.11 0.14 0.13 T 0.89 0.86 0.87 0.20 0.24 0.22 017406 C 0.14 0.16 0.15 T 0.86 0.84 0.85 0.24 0.27 0.25 018042 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 018085 T 0.40 0.02 0.22 C 0.60 0.98 0.78 0.48 0.04 0.34 018183 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018311 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018595 G 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 018645 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 018816 C 0.18 0.12 0.15 A 0.82 0.88 0.85 0.30 0.22 0.26 019115 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 019583 C 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 019618 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 019788 T 0.00 0.07 0.03 A 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 020051 G 0.17 0.11 0.14 C 0.83 0.89 0.86 0.29 0.19 0.24 020187 - 0.13 0.02 0.08 + 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 020298 A 0.11 0.17 0.14 G 0.89 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 020318 G 0.11 0.17 0.14 A 0.89 0.83 0.86 0.19 0.29 0.24 020580 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020630 G 0.37 0.62 0.49 C 0.63 0.38 0.51 0.47 0.47 0.50 020884 C 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 020922 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021082 G 0.08 0.37 0.22 A 0.92 0.63 0.78 0.15 0.47 0.35 021249 T 0.25 0.02 0.14 C 0.75 0.98 0.86 0.38 0.04 0.24 021415 + 0.15 0.17 0.16 - 0.85 0.83 0.84 0.25 0.29 0.27 021442 G 0.10 0.18 0.14 C 0.90 0.82 0.86 0.19 0.30 0.24 021465 C 0.16 0.05 0.11 G 0.84 0.95 0.89 0.27 0.10 0.19 021650 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021690 G 0.00 0.03 0.01 A 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 022021 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022049 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022373 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022494 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022642 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022660 A 0.02 0.07 0.04 G 0.98 0.93 0.96 0.04 0.13 0.08 022804 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023156 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023170 C 0.08 0.32 0.20 G 0.92 0.68 0.80 0.15 0.43 0.31 023217 A 0.25 0.02 0.14 T 0.75 0.98 0.86 0.38 0.04 0.24 023299 T 0.17 0.09 0.13 C 0.83 0.91 0.87 0.28 0.17 0.23 023590 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023659 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023684 C 0.15 0.17 0.16 G 0.85 0.83 0.84 0.25 0.29 0.27 023954 T 0.06 0.28 0.17 C 0.94 0.72 0.83 0.12 0.41 0.28 024388 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024555 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.25 0.00 0.14 024898 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024908 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 025034 T 0.08 0.36 0.22 C 0.92 0.64 0.78 0.15 0.46 0.34 025417 C 0.08 0.38 0.21 T 0.92 0.62 0.79 0.15 0.47 0.33 025455 - 0.08 0.38 0.20 + 0.92 0.62 0.80 0.15 0.47 0.32 025543 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025840 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 026046 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 026962 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 027032 A 0.06 0.37 0.21 G 0.94 0.63 0.79 0.12 0.47 0.33 027059 T 0.27 0.02 0.15 A 0.73 0.98 0.85 0.39 0.04 0.25 027227 T 0.08 0.20 0.14 C 0.92 0.80 0.86 0.15 0.31 0.24 027284 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027316 A 0.08 0.37 0.22 G 0.92 0.63 0.78 0.15 0.47 0.35 027401 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027638 - 0.15 0.28 0.21 + 0.85 0.72 0.79 0.25 0.41 0.33 027948 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028022 + 0.11 0.00 0.05 - 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 028082 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028095 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028302 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028373 + 0.21 0.11 0.16 - 0.79 0.89 0.84 0.33 0.19 0.27 028396 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028478 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028653 T 0.07 0.02 0.05 C 0.93 0.98 0.95 0.13 0.04 0.09 028966 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029233 A 0.08 0.04 0.06 G 0.92 0.96 0.94 0.15 0.08 0.12 029593 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029947 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030049 C 0.27 0.36 0.32 T 0.73 0.64 0.68 0.39 0.46 0.43 030345 A 0.17 0.05 0.11 T 0.83 0.95 0.89 0.29 0.09 0.20 030557 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030595 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030732 T 0.09 0.00 0.05 A 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.10 030823 C 0.05 0.00 0.03 T 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 030826 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030852 C 0.02 0.03 0.03 T 0.98 0.97 0.97 0.04 0.05 0.05 030950 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031084 - 0.05 0.00 0.03 + 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 031252 G 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 031348 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 031416 G 0.07 0.04 0.06 A 0.93 0.96 0.94 0.13 0.08 0.10 031780 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 031948 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031991 G 0.07 0.04 0.05 A 0.93 0.96 0.95 0.12 0.08 0.10 032179 C 0.05 0.00 0.03 G 0.95 1.00 0.97 0.09 0.00 0.05 032359 A 0.33 0.00 0.17 C 0.67 1.00 0.82 0.44 0.00 0.29 032732 C 0.23 0.00 0.11 A 0.77 1.00 0.89 0.35 0.00 0.20 032771 A 0.27 0.00 0.13 G 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 033001 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033241 T 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 033493 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 033506 G 0.27 0.00 0.15 T 0.73 1.00 0.85 0.40 0.00 0.26 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001919: G 001980: T 003217: C 004323: GTCA 006017: AAAT 007318: T 008558: AAGTCT 009538: T 010343: CAAATTAACTGAG 010516: ATTA 013907: T 013918: T 014217: T 014802: T 015113: T 016285: GTTTAT 018311: T 019115: AA 020187: AAGAA 021415: T 022049: G 025455: CATT 027638: TCAG 028022: G 028373: T 031084: attt 031780: a