Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000331 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 000443 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 000811 AA 21 12 33 AG 3 9 12 GG 0 2 2 0.107 0.028 0.435 000975 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 22 45 0.011 0.000 0.006 001260 -- 0 0 0 +- 4 3 7 ++ 19 20 39 0.209 0.112 0.312 001506 CC 22 23 45 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 001702 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002276 CC 24 20 44 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.051 002323 CC 4 3 7 CT 9 14 23 TT 11 6 17 0.780 1.308 0.030 002324 CC 4 3 7 CG 8 13 21 GG 11 6 17 1.252 0.917 0.015 002361 -- 11 5 16 +- 9 15 24 ++ 4 3 7 0.780 2.272 0.170 002538 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 003095 AA 22 21 43 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.023 003096 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 003367 AA 2 1 3 AG 4 13 17 GG 14 9 23 2.812 1.882 0.003 003400 -- 14 9 23 +- 5 12 17 ++ 1 2 3 0.360 0.517 0.003 003505 CC 23 23 46 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003535 CC 23 20 43 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.093 003573 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003662 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003674 CC 4 3 7 CT 8 15 23 TT 12 5 17 1.500 2.272 0.030 003677 CC 16 7 23 CT 7 15 22 TT 0 0 0 0.741 5.886 4.710 003739 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 003766 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 003767 CC 3 4 7 CT 8 7 15 TT 13 12 25 0.897 2.175 2.984 003800 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 003814 CC 24 21 45 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.048 0.022 004127 AA 2 2 4 AG 10 5 15 GG 11 15 26 0.017 2.001 0.691 004703 CC 21 22 43 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.048 0.011 0.052 004921 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 19 21 40 0.053 0.000 0.025 004936 CC 21 20 41 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 005370 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 005482 AA 21 20 41 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 005498 CC 12 8 20 CT 9 10 19 TT 1 2 3 0.182 0.196 0.283 005518 AA 1 0 1 AG 1 0 1 GG 18 19 37 8.183 0.000 16.647 005696 AA 0 0 0 AG 9 4 13 GG 12 17 29 1.562 0.233 1.408 006348 CC 11 6 17 CT 7 11 18 TT 5 4 9 2.767 0.069 1.041 006465 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 20 22 42 0.050 0.000 0.024 006504 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 22 43 0.012 0.000 0.006 006664 AA 10 5 15 AG 8 9 17 GG 4 8 12 1.010 0.609 2.201 006748 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006875 GG 10 6 16 GT 9 12 21 TT 4 5 9 0.591 0.048 0.196 006913 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006923 CC 18 21 39 CT 4 0 4 TT 1 0 1 1.252 0.000 3.563 007208 AA 24 21 45 AG 0 2 2 GG 0 0 0 0.000 0.048 0.022 007246 AA 0 0 0 AG 1 4 5 GG 22 19 41 0.011 0.209 0.152 007337 AA 12 6 18 AG 11 11 22 GG 1 6 7 0.618 0.043 0.004 007556 CC 11 5 16 CT 8 12 20 TT 3 5 8 0.577 0.182 0.157 007916 AA 2 4 6 AC 8 12 20 CC 13 7 20 0.221 0.087 0.080 008033 AA 13 13 26 AT 5 10 15 TT 0 0 0 0.468 1.775 2.055 008205 CC 0 1 1 CG 2 11 13 GG 16 11 27 0.062 0.741 0.151 008346 -- 5 16 21 +- 8 2 10 ++ 8 5 13 1.037 13.797 12.356 008712 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 17 20 37 0.233 0.000 0.108 008713 CC 0 0 0 CT 4 0 4 TT 17 20 37 0.233 0.000 0.108 008715 CC 19 20 39 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.026 008811 CC 21 21 42 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008873 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 21 21 42 0.012 0.000 0.006 008881 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 008900 CC 19 21 40 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.118 0.000 0.056 008901 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 22 20 42 0.000 0.012 0.006 009042 CC 17 21 38 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.059 0.000 0.026 009542 CC 21 21 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 009655 CC 21 21 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 009881 AA 21 23 44 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010026 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 010080 CC 22 20 42 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.112 0.054 010150 AA 10 19 29 AG 6 4 10 GG 5 0 5 3.264 0.209 5.481 010342 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 18 20 38 0.014 0.000 0.007 010709 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 010769 CC 21 23 44 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 010869 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011232 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 011247 AA 17 21 38 AG 5 2 7 GG 2 0 2 2.400 0.048 3.666 011635 CC 20 19 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.013 0.006 011636 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 011883 GG 22 22 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 011905 CC 20 20 40 CT 2 2 4 TT 1 0 1 4.707 0.050 3.673 012019 AA 0 0 0 AG 1 3 4 GG 21 19 40 0.012 0.118 0.100 012652 AA 21 22 43 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 013123 AA 22 22 44 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 013471 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 22 45 0.000 0.011 0.006 013501 -- 0 0 0 +- 0 1 1 ++ 23 22 45 0.000 0.011 0.006 013547 AA 4 13 17 AC 10 7 17 CC 4 3 7 0.222 1.431 0.574 013560 -- 0 0 0 +- 2 1 3 ++ 17 22 39 0.059 0.011 0.058 013605 AA 16 21 37 AG 1 2 3 GG 0 0 0 0.016 0.048 0.061 013787 -- 16 21 37 +- 6 2 8 ++ 1 0 1 0.195 0.048 0.483 013969 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 014001 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 014281 CC 17 19 36 CT 0 0 0 TT 1 0 1 18.000 0.000 37.000 014464 AA 2 0 2 AC 0 1 1 CC 19 21 40 21.000 0.012 26.677 014469 AA 16 18 34 AG 1 1 2 GG 4 4 8 15.481 17.085 32.566 014473 AA 2 0 2 AG 0 0 0 GG 19 23 42 21.000 0.000 44.000 014867 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 015161 GG 21 23 44 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 015562 CC 23 15 38 CT 0 3 3 TT 0 1 1 0.000 1.815 5.505 015586 CC 21 19 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.025 015614 AA 19 17 36 AT 3 2 5 TT 1 0 1 2.457 0.059 2.047 016171 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 016660 CC 0 0 0 CT 2 2 4 TT 20 20 40 0.050 0.050 0.100 016697 CC 21 22 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 017426 AA 9 8 17 AG 13 6 19 GG 2 3 5 0.813 0.878 0.008 017547 CC 1 0 1 CT 3 2 5 TT 18 15 33 2.296 0.066 1.808 017927 -- 8 12 20 +- 11 4 15 ++ 1 3 4 1.286 3.971 0.220 018020 AA 17 20 37 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.131 0.000 0.061 018286 AA 0 0 0 AG 1 1 2 GG 23 21 44 0.011 0.012 0.023 018327 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018752 AA 20 22 42 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.024 018792 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019132 AA 0 0 0 AC 4 3 7 CC 19 20 39 0.209 0.112 0.312 019237 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 019479 CC 2 3 5 CG 13 7 20 GG 9 12 21 0.813 1.223 0.005 019480 AA 23 22 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019669 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 020024 GG 2 3 5 GT 13 7 20 TT 9 13 22 0.813 1.431 0.020 020131 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020384 CC 13 13 26 CG 10 9 19 GG 1 1 2 0.296 0.130 0.413 020924 AA 5 3 8 AG 10 7 17 GG 9 13 22 0.490 1.431 1.998 020941 AA 3 3 6 AG 11 7 18 GG 9 13 22 0.016 1.431 0.553 020982 AA 9 13 22 AG 12 7 19 GG 2 3 5 0.517 1.431 0.086 021379 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 021766 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 1 0 1 9.967 0.000 20.206 021840 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 022499 AA 0 1 1 AG 5 7 12 GG 19 11 30 0.324 0.007 0.024 022618 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 20 43 0.011 0.000 0.006 022807 CC 21 18 39 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.026 023302 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 023303 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 16 23 39 0.741 0.000 0.312 023525 AA 0 0 0 AC 0 1 1 CC 24 22 46 0.000 0.011 0.005 023763 AA 2 1 3 AG 6 5 11 GG 9 12 21 0.382 0.231 0.740 023934 AA 0 1 1 AG 2 9 11 GG 21 13 34 0.048 0.130 0.010 024040 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024067 AA 2 1 3 AC 13 9 22 CC 8 13 21 1.043 0.130 0.771 024268 GG 24 20 44 GT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 024340 CC 24 21 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 024387 CC 24 19 43 CT 0 2 2 TT 0 1 1 0.000 4.455 10.478 024557 CC 10 12 22 CG 12 9 21 GG 2 1 3 0.375 0.182 0.468 026180 AA 20 20 40 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.012 0.000 0.006 026314 CC 8 10 18 CT 9 9 18 TT 1 0 1 0.571 1.830 2.014 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000975: T 001260: A 002361: AAG 003400: A 004921: A 008346: C 013501: TC 013560: AC 013787: CA 017927: GC