Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000331 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000443 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000811 G 0.06 0.28 0.17 A 0.94 0.72 0.83 0.12 0.41 0.28 000975 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001260 - 0.09 0.07 0.08 + 0.91 0.93 0.92 0.16 0.12 0.14 001506 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001702 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002276 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 002323 C 0.35 0.43 0.39 T 0.65 0.57 0.61 0.46 0.49 0.48 002324 C 0.35 0.43 0.39 G 0.65 0.57 0.61 0.45 0.49 0.48 002361 + 0.35 0.46 0.40 - 0.65 0.54 0.60 0.46 0.50 0.48 002538 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003095 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 003096 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003367 A 0.20 0.33 0.27 G 0.80 0.67 0.73 0.32 0.44 0.39 003400 + 0.17 0.35 0.27 - 0.82 0.65 0.73 0.29 0.45 0.39 003505 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003535 T 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 003573 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003662 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003674 C 0.33 0.46 0.39 T 0.67 0.54 0.61 0.44 0.50 0.48 003677 T 0.15 0.34 0.24 C 0.85 0.66 0.76 0.26 0.45 0.37 003739 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003766 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003767 C 0.29 0.33 0.31 T 0.71 0.67 0.69 0.41 0.44 0.43 003800 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003814 T 0.00 0.04 0.02 C 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 004127 A 0.30 0.20 0.26 G 0.70 0.80 0.74 0.42 0.33 0.38 004703 T 0.04 0.02 0.03 C 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 004921 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 004936 G 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 005370 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 005482 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005498 T 0.25 0.35 0.30 C 0.75 0.65 0.70 0.38 0.45 0.42 005518 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 005696 A 0.21 0.10 0.15 G 0.79 0.90 0.85 0.34 0.17 0.26 006348 T 0.37 0.45 0.41 C 0.63 0.55 0.59 0.47 0.50 0.48 006465 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 006504 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006664 G 0.36 0.57 0.47 A 0.64 0.43 0.53 0.46 0.49 0.50 006748 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006875 T 0.37 0.48 0.42 G 0.63 0.52 0.58 0.47 0.50 0.49 006913 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006923 T 0.13 0.00 0.07 C 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.13 007208 G 0.00 0.04 0.02 A 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 007246 A 0.02 0.09 0.05 G 0.98 0.91 0.95 0.04 0.16 0.10 007337 G 0.27 0.50 0.38 A 0.73 0.50 0.62 0.39 0.50 0.47 007556 T 0.32 0.50 0.41 C 0.68 0.50 0.59 0.43 0.50 0.48 007916 A 0.26 0.43 0.35 C 0.74 0.57 0.65 0.39 0.49 0.45 008033 T 0.14 0.22 0.18 A 0.86 0.78 0.82 0.24 0.34 0.30 008205 C 0.06 0.28 0.18 G 0.94 0.72 0.82 0.10 0.41 0.30 008346 + 0.57 0.26 0.41 - 0.43 0.74 0.59 0.49 0.39 0.48 008712 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 008713 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 008715 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 008811 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008873 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008881 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008900 T 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 008901 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 009042 T 0.05 0.00 0.03 C 0.95 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 009542 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009655 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 009881 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010026 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 010080 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 010150 G 0.38 0.09 0.23 A 0.62 0.91 0.77 0.47 0.16 0.35 010342 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 010709 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010769 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010869 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011232 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011247 G 0.19 0.04 0.12 A 0.81 0.96 0.88 0.30 0.08 0.21 011635 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 011636 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 011883 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011905 T 0.09 0.05 0.07 C 0.91 0.95 0.93 0.16 0.09 0.12 012019 A 0.02 0.07 0.05 G 0.98 0.93 0.95 0.04 0.13 0.09 012652 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013123 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013471 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013501 - 0.00 0.02 0.01 + 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013547 C 0.50 0.28 0.38 A 0.50 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 013560 - 0.05 0.02 0.04 + 0.95 0.98 0.96 0.10 0.04 0.07 013605 G 0.03 0.04 0.04 A 0.97 0.96 0.96 0.06 0.08 0.07 013787 + 0.17 0.04 0.11 - 0.83 0.96 0.89 0.29 0.08 0.19 013969 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014001 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014281 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.10 0.00 0.05 014464 A 0.10 0.02 0.06 C 0.90 0.98 0.94 0.17 0.04 0.11 014469 G 0.21 0.20 0.20 A 0.79 0.80 0.80 0.34 0.31 0.33 014473 A 0.10 0.00 0.05 G 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 014867 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 015161 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015562 T 0.00 0.13 0.06 C 1.00 0.87 0.94 0.00 0.23 0.11 015586 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 015614 T 0.11 0.05 0.08 A 0.89 0.95 0.92 0.19 0.10 0.15 016171 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016660 C 0.05 0.05 0.05 T 0.95 0.95 0.95 0.09 0.09 0.09 016697 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017426 G 0.35 0.35 0.35 A 0.65 0.65 0.65 0.46 0.46 0.46 017547 C 0.11 0.06 0.09 T 0.89 0.94 0.91 0.20 0.11 0.16 017927 + 0.33 0.26 0.29 - 0.68 0.74 0.71 0.44 0.39 0.42 018020 C 0.07 0.00 0.04 A 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 018286 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 018327 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018752 G 0.05 0.00 0.02 A 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 018792 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019132 A 0.09 0.07 0.08 C 0.91 0.93 0.92 0.16 0.12 0.14 019237 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019479 C 0.35 0.30 0.33 G 0.65 0.70 0.67 0.46 0.42 0.44 019480 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019669 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020024 G 0.35 0.28 0.32 T 0.65 0.72 0.68 0.46 0.41 0.43 020131 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020384 G 0.25 0.24 0.24 C 0.75 0.76 0.76 0.38 0.36 0.37 020924 A 0.42 0.28 0.35 G 0.58 0.72 0.65 0.49 0.41 0.46 020941 A 0.37 0.28 0.33 G 0.63 0.72 0.67 0.47 0.41 0.44 020982 G 0.35 0.28 0.32 A 0.65 0.72 0.68 0.45 0.41 0.43 021379 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 021766 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 021840 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022499 A 0.10 0.24 0.16 G 0.90 0.76 0.84 0.19 0.36 0.27 022618 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022807 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 023302 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023303 A 0.15 0.00 0.08 G 0.85 1.00 0.92 0.26 0.00 0.14 023525 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 023763 A 0.29 0.19 0.24 G 0.71 0.81 0.76 0.42 0.31 0.37 023934 A 0.04 0.24 0.14 G 0.96 0.76 0.86 0.08 0.36 0.24 024040 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024067 A 0.37 0.24 0.30 C 0.63 0.76 0.70 0.47 0.36 0.42 024268 T 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 024340 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024387 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.17 0.08 024557 G 0.33 0.25 0.29 C 0.67 0.75 0.71 0.44 0.38 0.41 026180 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 026314 T 0.31 0.24 0.27 C 0.69 0.76 0.73 0.42 0.36 0.39 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000975: T 001260: A 002361: AAG 003400: A 004921: A 008346: C 013501: TC 013560: AC 013787: CA 017927: GC