************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 il1rn.phase.inp il1rn.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il1rn.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il1rn.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il1rn.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il1rn.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 105 Positions of loci: 150 422 728 1018 1193 1519 1768 1979 2060 2116 2135 2182 2304 2324 2491 2618 2620 2630 2712 2732 2765 2977 3040 3050 3091 3254 3331 3374 3571 3575 3778 3965 4047 4090 4265 4511 5848 6284 6600 6843 7044 7194 7498 7916 8576 10234 10257 10746 10753 10952 12142 12319 12377 12437 12602 12695 12903 12937 13027 13056 13328 13760 13815 13826 13847 13888 13891 13929 13952 14011 14036 14225 14245 14356 14687 15018 15023 15110 15132 15346 15453 15559 15614 15653 15672 15687 15983 16022 16184 16341 16556 16714 16857 16926 17139 17163 17311 17312 17965 18328 18358 18395 18694 19077 19327 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il1rn.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAAGGCACACACGTATTGCCGCCGGCGTCCCTGACAACGG 1.000000 2 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAAGGCATACACGTATTGCCGCCGGTGCCGCTGGTAATGG 2.000000 3 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTGCCGCCGGTGCCGCTGGTAATGG 8.000000 4 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTGCCGCAAGCGTCCCTGACAACGG 2.000000 5 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 3.000000 6 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIACTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACATATTGCCGCCGGTGCCGCTGGTAATGG 2.000000 7 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTGCCGCCGGCGTCCCTGACAACGG 2.000000 8 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGACAACGG 1.000000 9 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 2.000000 10 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGGAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 1.000000 11 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCADATTGGGGGDGTGGTGTTCGGTAGGGCACACACGCATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 3.000000 12 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCADATTGGGGGDGTGGTGTTCGGTAGGGCACACACGCATTGCCGCCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 13 CGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGATCGGTADATCGAGAAIGGGAAACCTACTCGATCGCGAGGACTAGACCGCAAGCGTCCCTGACAACGG 1.000000 14 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGTGADAGGGAGCADGTTCAGGGDGGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 15 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCAIGTTCAGGGDGGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 16 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDGGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGCGTCCCTGGTAATGA 1.000000 17 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDGGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 18 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDAGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGCGTCCCTGATACCGG 1.000000 19 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDAGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCCCTGACAACGG 1.000000 20 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDAGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 7.000000 21 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDAGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATAG 4.000000 22 CGGTCGAGGAGTCAGAICACTCTTGGGGAGAGGGADAGGGAGCADGTTCAGGGDAGGGAGCTCGGTAGGGTACACACGTATTGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 1.000000 23 CGGTCGAGGAGTCAGADCACTCTTGGGGAGAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 24 CGGTCGAGGAGTCAGADCACTCTTGGGGAGAGGGADGGTCGGTADATCGAGGAIGGGAAACCTACTCGATCGCGAGGACTAGACCGCAAGCGTCCCTGACAACGG 1.000000 25 CGGTCGAGGAGTCAGADCACTCTTGGGTAGAGGGADGGTCGGTGIATTGGGGGDGGAAAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTGCCGGCGATGTCCCTGGTGATGA 2.000000 26 CGGTCCCAAGCCGGGTIGGATTCCAAGGGGAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGGAGGGCACACACGTAATGCCGCCAGCGTCCCTGACAACGG 1.000000 27 CGGTCCCAAGCCGGGTIGGATTCCAAGGGGGTTCCDGATCGGTADATCGAGGAIGGGAAACCTACTCGATCGCGAGGACTAGACCGCAAGCGTCCCTGACAACGG 3.000000 28 CGGTCCCAAGCCGGGTIGGATTCCAAGGGGGTTCCDGATCGGTADATCGAGAAIGGGAAACCTACTCGATCGCGAGGACTAGACCGCAAGCGTCCCTGACAACGG 6.000000 29 CGGCCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 7.000000 30 CGGCCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGGAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCCTGGTAATGA 9.000000 31 CGGCCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGGAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCGTCCTTGGTAATGA 3.000000 32 CGGCCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGGAGGGCACACACGTAATGCCGCCGGCATCCTTGGTAATGA 1.000000 33 CGGCTGAGGAGTCAGAICACGCTTGGAGAAAGTGADGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTATTACCGGTGCCGCTGGTAATGG 3.000000 34 CGATCGAGGAGTCACTICGAGCTTGGAGAAAGTGAIGGTGGGCAIATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAGGGCACACACGTAAGGCCGCAAGCGTCCCTGGTACTGG 2.000000 35 CGATCGAGGAGTCACTICGAGCTTGGGTAGAGGGAIGGTCGGTGIATTGGGGGDGGAAAGTTCGGTAGGGCACACACGTATGGCCGGCGATGTCCCTGGTGATGG 1.000000 36 CAGTCGAGGAGTCAGADCACTCTTGGGTAGAGGGADGGTCGGTGIATTGGGGGDGGAAAGTTCGGTAGGGCACACACGTATTGCCGCCGACGTCCCTGGTGATGA 3.000000 37 TGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGGGAGAGTGADGGTGGACADATTGGGGGDGGAGAGTTCGGTAAGGCATACACGTATTGCCGCCGGTGCCGCTGGTAATGG 1.000000 38 TGGTCGAGGAGTCAGAICACGCTTGGGGAGAGTGADGGTGGACADATTGGAGGDGGGGAGTTCGGTAGGGCACACACGCATTATTACCGGCACTGCCAATACTGG 3.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,14) D002: (12,38) D003: (2,33) D004: (11,17) D005: (9,16) D006: (34,38) D007: (20,36) D008: (11,25) D009: (25,37) D010: (9,35) D011: (15,33) D012: (20,36) D013: (11,33) D014: (27,34) D015: (20,20) D016: (7,19) D033: (8,36) D034: (5,24) D035: (3,20) D036: (2,30) D037: (20,38) D038: (20,26) D039: (18,23) D040: (22,29) E001: (4,28) E002: (21,31) E003: (5,28) E004: (28,29) E005: (29,32) E006: (6,21) E007: (3,28) E008: (27,29) E009: (21,30) E010: (3,28) E011: (6,27) E012: (4,28) E013: (3,30) E014: (3,30) E015: (30,30) E016: (3,30) E017: (31,31) E018: (10,30) E019: (21,29) E020: (3,30) E021: (7,29) E022: (13,29) E023: (3,5) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A A G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G C G T C C C T G A C A A C G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G T G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D G G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D002 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A D A T T G G G G G D G T G G T G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G T G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G G G A G A G T G A D G G T G G A C A D A T T G G A G G D G G G G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G C A C T G C C A A T A C T G G 0 D003 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A A G G C A T A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C T G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D004 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A D A T T G G G G G D G T G G T G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D G G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D005 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D G G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 D006 C G A T C G A G G A G T C A C T I C G [A] G C T T G G A G A A A G T G A I G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A G G C C G C A A G C G T C C C T G G T A C T G G T G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G G G A G A G T G A D G G T G G A C A D A T T G G A G G D G G G G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G C A C T G C C A A T A C T G G 0 D007 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C A G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G T A G A G G G A D G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G A C G T C C C T G G T G A T G A 0 D008 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A D A T T G G G G G D G T G G T G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G T A G A G G G A D G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G G C G A [T] G T C C C T G G T G A T G A 0 D009 C G G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G T A G A G G G A D G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G G C G A [T] G T C C C T G G T G A T G A T G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G G G A G A G T G A D G G T G G A C A D A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A A G G C A T A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D010 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G A T C G A G G A G T C A C [T] I C [G] [A] [G] C T T G G G T A G A G G G A I G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T G G C C G G C G A [T] G T C C C T G G T G A T G G 0 D011 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A I G T T C A G G G D G G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C T G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D012 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C A G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G T A G A G G G A D G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G A C G T C C C T G G T G A T G A 0 D013 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A D A T T G G G G G D G T G G T G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C T G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D014 C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G G A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G A T C G A G G A G T C A C T I C G [A] G C T T G G A G A A A G T G A I G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A G G C C G C A A G C G T C C C T G G T A C T G G 0 D015 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D016 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G C G T C C C T G A C A A C G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C C C T G A C A A C G G 0 D033 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A (A) T G C C G C C G G C G T C C C T G A C A A C G G C A G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G T A G A G G G A D G G T C G G T G I A T T G G G G G D G G A A A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A (T) T G C C G C C G A C G T C C C T G G T G A T G A 0 D034 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G G A G A G G G A D G G T C G G T A D A T C G A G G A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 D035 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G 0 D036 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A A G G C A T A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 D037 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G T G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G G G A G A G T G A D G G T G G A C A D A T T G G A G G D G G G G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G C A T T A T T A C C G G C A C T G C C A A T A C T G G 0 D038 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 D039 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G (C) G (T) C (C) C T G (A) T A (C) (C) G G C G G T C G A G G A G T C A G A D C A C T C T T G G G G A G A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T A T T A C C G G (T) G (C) C (G) C T G (G) T A (A) (T) G G 0 D040 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E001 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E002 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T A G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C T T G G T A A T G A 0 E003 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E004 C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E005 C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C (G) T C C C T G G T A A T G A C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C (A) T C C T T G G T A A T G A 0 E006 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C A T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T A G 0 E007 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E008 C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G G A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E009 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T A G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E010 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E011 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C A T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G G A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E012 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G G T C C C A A G C C G G G T I G G A T T C C A A G G G G G T T C C D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G 0 E013 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E014 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E015 C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E016 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E017 C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C T T G G T A A T G A C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C T T G G T A A T G A 0 E018 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G G A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E019 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C T C T T G G G G A G A G G G A D A G G G A G C A D G T T C A G G G D A G G G A G C T C G G T A G G G T A C A C A C G T A T T A T T A C C G G T G C C G C T G G T A A T A G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E020 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G [G] A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E021 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G C G T C C C T G A C A A C G G C G G C C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E022 C G G (T) C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G A T C G G T A D A T C G A G A A I G G G A A A C C T A C T C G A T C G C G A G G A C T A G A C C G C A A G C G T C C C T G A C A A C G G C G G (C) C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A T T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A 0 E023 C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A T T G C C G C C G G T G C C G C T G G T A A T G G C G G T C G A G G A G T C A G A I C A C G C T T G G A G A A A G T G A D G G T G G G C A I A C T G G G G G D G G A G A G T T C G G T A G G G C A C A C A C G T A A T G C C G C C G G C G T C C C T G G T A A T G A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A = = A = = = = = = ? = T ? G = = = I A C = G G = = = = = = A = = = T = = = = = = A = = C = = = ? = = = = = = = G C C G ? = = = C = T = C = = = ? C = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G = = G = = = = = = ? = G ? A = = = D G T = C A = = = = = = G = = = C = = = = = = G = = T = = = ? = = = = = = = A T T A ? = = = T = C = G = = = ? T = = T = = 0 D002 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = G = = = = T = = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = G C C G = = = = T G = C = = T G G ? ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = A = = = = G = = A = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = A T T A = = = = C A = T = = C A A ? ? ? = = = 0 D003 ? ? = T C ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = = = = = = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = C T ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = = = = = A T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = = A = = G G = = = = = T = = T = T = = = = = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = = G = = C A = = = = = G = = A = C = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = = = = = = ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = A T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 C = A = = = = = = = = = = = C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A = = A = = = = = I = = = = = G = = I = = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = A G G C C G = A A = = G T C C = T G G = = = = = = T = G = = = = = = = = = = = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G = = G = = = = = D = = = = = A = = D = = = = = A = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T T A T T A = C G = = A C T G = C A A = = = = = = 0 D007 = G = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = G = = = = = = = = A = G G A = C A D G = = C A = = = = A = G G = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A T T A = = = G T = C = G = = = = = A = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = T = = = = = = = = G = T C G = T G I A = = G G = = = = G = A A = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G C C G = = = A C = T = C = = = = = G = = = A 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = G = = = = = A G = A = = T = = = = = = G = = C A D = = = = = = = = = = T G G T = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = A T T A C = ? ? ? = C = G = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = T = = = = = G T = G = = G = = = = = = C = = T G I = = = = = = = = = = G A A A = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = G C C G G = ? ? ? = T = C = = = = = G = = = A 0 D009 C = = = = = = ? = = = = = = = = D = = = T = = = = = = T = = = = G = = = = = = C = G T G I = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? = T = C = = = = = G = = = A T = = = = = = ? = = = = = = = = I = = = G = = = = = = G = = = = T = = = = = = G = A C A D = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = T = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? = C = G = = = = = A = = = G 0 D010 = = G = = = = = = = = = = = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A G = A = = T = = D = = = G = = C A = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = = = = C = ? ? ? = = = = = = = = = A = = = A = = A = = = = = = = = = = = C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G T = G = = G = = I = = = C = = T G = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = G = ? ? ? = = = = = = = = = G = = = G 0 D011 = = = T C ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G ? A = = = = G = = C A = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T ? G = = = = A = = G G = = = = = = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = G = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = G = = = = = = = = A = G G A = C A D G = = C A = = = = A = G G = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A T T A = = = G T = C = G = = = = = A = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = T = = = = = = = = G = T C G = T G I A = = G G = = = = G = A A = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G C C G = = = A C = T = C = = = = = G = = = A 0 D013 = = = T C ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = T G = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = G A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D014 = = G = = C C A A G C C G G G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A G = G G G T = C C D = A = C = = T = D = = C = A = = A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T = ? A = = = = = = = = = = = = = = = ? C = A C = = = = A = = G A G G A G T C A C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G A = A A A G = G A I = G = G = = C = I = = T = G = = G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A = ? G = = = = = = = = = = = = = = = ? T = C T = = 0 D015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G C C G = = = = C = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A T T A = = = = T = C = = = = = ? = = = = = = 0 D033 = G = = = = = = = = = = = = = = I = = = G = = = = = A G = A = = T = = = = = = G = = C A = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (A) = = = = = = = = G = = = = = = = = A C A = C = G = A = = = = = = = = = = = = = = D = = = T = = = = = G T = G = = G = = = = = = C = = T G = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (T) = = = = = = = = A = = = = = = = = G T G = T = A 0 D034 = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = G = = = = = A = = A = = T = = = = = = G = = C = I = C T = G = = G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A = T G = = = = C G = = = = = = = = = G T = = T = A = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = T = = = = = G = = G = = G = = = = = = C = = T = D = T C = A = = A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T = G A = = = = A A = = = = = = = = = A C = = C = G 0 D035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A C = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G T = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D036 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = = = C = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A 0 D037 C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? = G = = = A = G = A G = = = G = = C A G = = = A = = = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = T G = C = = T G G = = A = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? = T = = = G = T = G A = = = A = = G G A = = = G = = = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = C = = = = = = = = = = = C A = T = = C A A = = C = = = 0 D038 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C = C T T G G = = A = = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = T = = = = T = = = = = = = = = T = A T T A = = G = T = C = G = = = G T = = T = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A = T C C A A = = G = = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = G = = = = C = = = = = = = = = A = G C C G = = A = C = T = C = = = A C = = C = = 0 D039 = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = (T) = (C) = = = (A) = = (C) (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = (C) = (G) = = = (G) = = (A) (T) = = 0 D040 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = ? ? ? = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = ? ? ? = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E001 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A T T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T A G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E002 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = T = = = = T = = = = = = = = = T = A T T A = = = = T = C = G C = = = = = = = A G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = G = = = = C = = = = = = = = = A = G C C G = = = = C = T = C T = = = = = = = G A 0 E003 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = G G D = = A G = G T T ? ? ? ? ? ? ? G = A = A C A C G T A = T G = = = = C G = = = = = = = = = G T = = T = A = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = A A I = = G A = A C C ? ? ? ? ? ? ? T = G = G A G G A C T = G A = = = = A A = = = = = = = = = A C = = C = G 0 E004 = = = T = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A ? C = = T = D = = C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T = G A = = = = A A = = = = = = = = = A C = = C = G = = = C = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G ? G = = C = I = = T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A = T G = = = = C G = = = = = = = = = G T = = T = A 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = T = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A C = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = A = = = = G C C G = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G T = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = G = = = = A T T A = = = = = = = = = = = = = = = = = A = 0 E007 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A ? G ? A T T G = = = = C G = T = C = G = = = G T = = T = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G ? A ? T A G A = = = = A A = C = T = C = = = A C = = C = = 0 E008 = = = T = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = = C = A = = A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G ? G G A C T = G A = = = = A A = = = = = = = = = A C = = C = G = = = C = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = = T = G = = G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A ? A C G T A = T G = = = = C G = = = = = = = = = G T = = T = A 0 E009 = = = T = = = = = = = = ? ? = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? ? = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = T = = = = T = = = = = = = = = T = A T T A = = = = T = C = G = = = = = = = = A G = = = C = = = = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = ? ? ? ? ? = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = G = = = = C = = = = = = = = = A = G C C G = = = = C = T = C = = = = = = = = G A 0 E010 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A T T G = = = = C G = T = C = G = = = G T = = T = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T A G A = = = = A A = C = T = C = = = A C = = C = = 0 E011 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = = G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C = T A T T G = = = = C G = T = C = G = = = G T = = T = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = = A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G = C T A G A = = = = A A = C = T = C = = = A C = = C = = 0 E012 = = = = = G A G G A G T C A = A = C A C G C T T G G A = A A A G = G A = = G = G = = C = I = C T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A T T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C A A G C C G G = T = G G A T T C C A A G = G G G T = C C = = A = C = = T = D = T C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T A G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A 0 E014 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A 0 E015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A 0 E017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E019 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = G = = G = = = A = G = A = = = D G = = C A = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = A T T A = = = = T = C = G = = = = = = = = A G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A = = A = = T = = = G = T = G = = = I A = = G G = = = = G = A = = = T = = = = = = = = = C = = = = = = = = = A = G C C G = = = = C = T = C = = = = = = = = G A 0 E020 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A 0 E021 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = A C = = C = G = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = T = A 0 E022 = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = T = D = = C = A = A A I = = G A = A C C T A C = C = A T = G = G A G G A C T = G A = = = = A A = = = = = = = = = A C = = C = G = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = C = I = = T = G = G G D = = A G = G T T C G G = A = G G = A = A C A C G T A = T G = = = = C G = = = = = = = = = G T = = T = A 0 E023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T = C = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = C = T = C = = = = = = = = = A END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = = ? ? = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 0.97 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 0.96 = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0.80 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.97 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.64 = 0.64 = 0.64 = = = 0.60 = = 0.58 0.58 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 0.82 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 END PHASEPROBS