Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000150 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 000422 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 000560 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000606 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000627 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000673 A 0.02 0.02 0.02 C 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 000728 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001018 C 0.10 0.39 0.24 T 0.90 0.61 0.76 0.19 0.48 0.37 001063 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 001193 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001244 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001245 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001246 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 001343 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001519 C 0.05 0.17 0.11 G 0.95 0.83 0.89 0.09 0.29 0.20 001768 C 0.05 0.17 0.11 A 0.95 0.83 0.89 0.09 0.29 0.20 001979 A 0.05 0.17 0.11 G 0.95 0.83 0.89 0.09 0.29 0.20 002060 A 0.04 0.17 0.11 G 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 002116 G 0.04 0.17 0.11 A 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 002135 C 0.04 0.17 0.11 G 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 002182 C 0.04 0.17 0.11 T 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 002304 G 0.04 0.18 0.11 C 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.20 002324 G 0.04 0.18 0.11 A 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.20 002443 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002491 C 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 002587 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002618 T 0.03 0.17 0.11 A 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.20 002620 - 0.19 0.00 0.09 + 0.81 1.00 0.91 0.31 0.00 0.16 002630 G 0.03 0.17 0.11 C 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.20 002712 G 0.03 0.17 0.11 A 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.20 002732 A 0.03 0.17 0.11 C 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.20 002765 T 0.53 0.26 0.38 G 0.47 0.74 0.62 0.50 0.39 0.47 002977 T 0.03 0.17 0.11 C 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.19 003040 C 0.03 0.17 0.11 T 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.19 003050 C 0.03 0.17 0.11 T 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.19 003091 A 0.03 0.17 0.11 G 0.97 0.83 0.89 0.05 0.29 0.19 003254 A 0.04 0.17 0.11 G 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 003277 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003331 G 0.58 0.25 0.42 A 0.42 0.75 0.58 0.49 0.38 0.49 003374 T 0.12 0.00 0.07 G 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 003571 G 0.04 0.18 0.11 A 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.20 003575 G 0.59 0.25 0.42 A 0.41 0.75 0.58 0.48 0.38 0.49 003778 G 0.02 0.18 0.10 A 0.98 0.82 0.90 0.04 0.30 0.18 003965 T 0.02 0.17 0.10 G 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 004047 G 0.42 0.09 0.26 T 0.58 0.91 0.74 0.49 0.16 0.38 004090 C 0.02 0.17 0.10 G 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.17 004097 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004265 C 0.02 0.17 0.10 A 0.98 0.83 0.90 0.04 0.29 0.18 004470 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004511 + 0.06 0.00 0.03 - 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005848 A 0.28 0.09 0.18 G 0.72 0.91 0.82 0.41 0.16 0.30 006284 A 0.02 0.20 0.11 G 0.98 0.80 0.89 0.04 0.31 0.19 006568 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006600 G 0.29 0.09 0.20 T 0.71 0.91 0.80 0.41 0.17 0.31 006620 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006843 C 0.18 0.20 0.19 G 0.82 0.80 0.81 0.30 0.31 0.31 007044 A 0.29 0.09 0.19 G 0.71 0.91 0.81 0.41 0.16 0.31 007194 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007498 T 0.17 0.20 0.18 C 0.83 0.80 0.82 0.28 0.31 0.30 007601 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007650 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007906 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007916 G 0.12 0.00 0.06 A 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 008513 A 0.02 0.02 0.02 G 0.98 0.98 0.98 0.04 0.04 0.04 008575 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 008576 - 0.48 0.28 0.38 + 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 008953 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010234 G 0.29 0.09 0.19 A 0.71 0.91 0.81 0.41 0.16 0.31 010257 C 0.10 0.28 0.19 T 0.90 0.72 0.81 0.19 0.41 0.31 010746 C 0.04 0.20 0.12 T 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 010753 C 0.29 0.09 0.19 G 0.71 0.91 0.81 0.41 0.16 0.31 010952 A 0.33 0.28 0.31 G 0.67 0.72 0.69 0.44 0.41 0.43 011224 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011341 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011645 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011681 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011873 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012136 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012142 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012233 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012319 A 0.00 0.15 0.07 G 1.00 0.85 0.93 0.00 0.26 0.14 012377 A 0.04 0.20 0.12 G 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 012437 + 0.04 0.20 0.12 - 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 012508 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012602 A 0.21 0.09 0.15 G 0.79 0.91 0.85 0.33 0.16 0.25 012695 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 012903 G 0.48 0.28 0.38 A 0.52 0.72 0.62 0.50 0.41 0.47 012937 A 0.17 0.20 0.18 G 0.83 0.80 0.82 0.28 0.31 0.30 013027 T 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013056 A 0.04 0.20 0.12 G 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 013328 C 0.33 0.28 0.31 T 0.67 0.72 0.69 0.44 0.41 0.43 013760 C 0.04 0.20 0.12 T 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 013815 T 0.04 0.18 0.11 C 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.19 013819 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013826 A 0.04 0.18 0.11 G 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.19 013847 C 0.04 0.18 0.11 G 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.19 013888 G 0.04 0.29 0.16 T 0.96 0.71 0.84 0.08 0.41 0.26 013891 C 0.04 0.18 0.11 A 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.19 013902 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013926 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013929 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 013952 A 0.04 0.18 0.11 G 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.19 014011 T 0.04 0.20 0.12 G 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 014036 T 0.30 0.09 0.20 C 0.70 0.91 0.80 0.42 0.16 0.31 014063 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014225 G 0.04 0.20 0.12 A 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 014245 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 014356 G 0.04 0.20 0.12 A 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 014687 A 0.05 0.18 0.12 C 0.95 0.82 0.88 0.09 0.30 0.21 015018 G 0.04 0.20 0.12 A 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 015023 G 0.04 0.18 0.11 C 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.20 015110 A 0.05 0.24 0.14 G 0.95 0.76 0.86 0.09 0.36 0.25 015132 C 0.16 0.18 0.17 T 0.84 0.82 0.83 0.27 0.30 0.28 015306 G 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 015346 T 0.04 0.20 0.12 A 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 015453 A 0.23 0.65 0.44 T 0.77 0.35 0.56 0.35 0.45 0.49 015555 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015559 G 0.07 0.20 0.13 T 0.93 0.80 0.87 0.12 0.31 0.23 015614 A 0.52 0.28 0.40 G 0.48 0.72 0.60 0.50 0.41 0.48 015653 T 0.48 0.09 0.29 C 0.52 0.91 0.71 0.50 0.16 0.41 015672 T 0.48 0.09 0.29 C 0.52 0.91 0.71 0.50 0.16 0.41 015687 A 0.48 0.09 0.29 G 0.52 0.91 0.71 0.50 0.16 0.41 015983 G 0.07 0.00 0.03 C 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016022 A 0.08 0.24 0.16 C 0.92 0.76 0.84 0.15 0.36 0.27 016094 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 016184 A 0.11 0.24 0.18 G 0.89 0.76 0.82 0.20 0.36 0.29 016341 A 0.07 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.97 0.13 0.00 0.07 016364 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016556 T 0.50 0.28 0.39 C 0.50 0.72 0.61 0.50 0.41 0.47 016608 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 016714 A 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 016857 C 0.54 0.28 0.41 T 0.46 0.72 0.59 0.50 0.41 0.49 016926 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016932 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017001 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017068 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017076 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017139 G 0.52 0.28 0.40 C 0.48 0.72 0.60 0.50 0.41 0.48 017163 T 0.00 0.09 0.04 C 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 017311 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017312 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017692 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017965 A 0.17 0.26 0.22 G 0.83 0.74 0.78 0.28 0.39 0.34 018184 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018240 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018328 C 0.15 0.26 0.21 T 0.85 0.74 0.79 0.26 0.39 0.33 018358 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 018383 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018395 C 0.11 0.00 0.05 A 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 018423 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018694 C 0.17 0.26 0.21 T 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 019077 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 019116 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019327 A 0.25 0.46 0.35 G 0.75 0.54 0.65 0.38 0.50 0.46 019517 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001246: c 002620: G 004470: TATG 004511: T 008576: c 012437: Ag 017692: T 018240: GCGCC