************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 il1r2.phase.inp il1r2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il1r2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il1r2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il1r2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il1r2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 108 Positions of loci: 583 740 750 1091 1651 1812 2745 3013 3052 3334 3867 3987 4228 4254 4385 4425 4833 5217 5298 5374 5426 5590 5823 5898 6303 6339 6395 6428 6505 6734 6805 7138 7251 7560 7968 8058 8066 8368 8517 8538 8738 8790 8888 8929 9048 9066 9662 9681 9746 9810 10143 10157 10212 10385 10435 10449 10679 10876 10962 10974 11096 11110 11197 11318 11516 11548 11855 11919 11932 11933 12018 12045 12444 12770 12802 12901 13219 13397 13630 13735 14605 14791 15486 15719 15810 16080 16823 16870 17239 17244 17271 17306 17360 17368 17742 18072 18135 18998 18999 19037 19366 19430 19891 20397 21333 21480 21762 23037 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il1r2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 3.000000 2 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCAATGTCGDACCTGG 1.000000 3 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCAATGTCGIACTTGG 1.000000 4 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGTCAATGTCGDACTTGG 1.000000 5 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 9.000000 6 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCTCGCCAATGTCADACTTGA 1.000000 7 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCTCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 2.000000 8 CCAGCTTCGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACAGCCTGGGTGCGTAAGTACCGDACTTGG 1.000000 9 CCAGCTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACAGTCTGGGTGACTAGATGTCGDACTTGG 1.000000 10 CCAGCTTAGACCTCTAGCTTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAGTGTCADATTTGA 1.000000 11 CTAGCTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 2.000000 12 CTAGTTTCGGCCTCTAATGCGCGAGGGCGGTGATTCCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGTGTTACGTAAACACAACTACCCAGGCGCGCCAATGTCGDACTTGG 1.000000 13 CTAGTCACAGTCAACGATGCACGAGAGTGGTAGCTCATTTCCCAAATCGAAGGATGAGACDTCTGCTCCGAGGCTTTAGTAGTCTGGGTGAGTAAATGTCGDATTTAG 1.000000 14 CTAGTCACAGTCAACGATGCACGAGAGTGGTAGCTCATTTCCCAAATCGAAGGACGAGACDTCTGCTCCGAGGCTTTTGTAGTCTGGGTGAGTAAATGTCGDATTTAG 5.000000 15 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCTCGCCAATGTCGDATTTAG 1.000000 16 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGTCTGGGCGCGCCAGTACCGDACTTGG 1.000000 17 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCAGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGTCTGGGTGAGTAAATGTCGDATTTAG 1.000000 18 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAGTACCGDACTTGG 1.000000 19 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAATICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 1.000000 20 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAATICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAGTACCGIACTTGG 6.000000 21 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCGATGTTGDGCCTGG 9.000000 22 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 1.000000 23 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTTGDGCCTGG 1.000000 24 CTAACTTCGACCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCGATGTTGDGCCTGG 11.000000 25 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACAGTCTGGGTGACCCGATGTCGDACTTGG 1.000000 26 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATGAAGTICGCATTACATAAACACAACAATCTGGGTGACTAGATGTCGDACTTGG 1.000000 27 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATGAAGTICGCATTACATAAACACAACAGTCTGGGTGACTAGATGTCGDACTTGG 1.000000 28 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGACTGAAGTICGCATTACGTAAACACAACAGTCTGGGTGACTAGATGTCGDACTCGG 4.000000 29 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGAGGATTTCTTCTTCAGGTGGGTGAACGAAGTDCGCATTACATAAACACAGCTGCCCAGCCGCGCCAATGTTGDGCCTGG 1.000000 30 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGAGGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATGAAGTICGCATTACGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCAATGTCGDACCTGG 1.000000 31 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGAGGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATTAAGTICGCATTACGTAAACACAACTACCCAGCCGCGCCAATGTTGDGCCTGG 1.000000 32 CTAACTTCGACTTCTAGCGTGTTGAGGCGAGGATGTCTTCTTTAGGAGAGTGAATTAAGTICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCTCGCCAATGTCGDATTTAG 2.000000 33 CTAACTTCGGCCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGACTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTGCCCGCGCGACCCAATGTTGDGCCTGG 1.000000 34 CTAACTTCGGCCTCTAGCGTGTTGAGACGGTGACTTCTTCTTTAGGACAGTAAATGAAGTICGCATTATGTAAACACAACTGCCCGCGCGCCCCAATGTCGDACTTGG 1.000000 35 CTAACTTAGACCTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAATICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAGTGTCADATTTGA 1.000000 36 CTAACTTAGACCTCTAGCGTGTTGAGGCGGTGATTTCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAATICGCATTACGTAAACACAACTGCCCAGCCGCGCCAGTACCGDACTTGG 5.000000 37 CTAACTACGGCCACTAATGCGCGAGGGCGGTAGCTCCTTCTTTAGGACAGTGAATGAAGTICGTGCTCCGAAAACACAACTGCCCGCGCGACCCAATGTTGDGCCTGG 1.000000 38 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCATTTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCTCCGAGGACACAACTGCCCAGCCGCGCCAATGTCGDACTTGG 1.000000 39 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCATTTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCCCCGAGGCTTTTGTAGCCTGGGTGCGTAGATGTCADATTTGA 2.000000 40 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCATCTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCCCCGAGGCTTTTGTAGCCTGGGTGCGTAAAAGTCADATTTGA 2.000000 41 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCACCTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCCCCGAGGCTTTTGTAACCTGGGTGCGTAAAAGTCADATTTGA 1.000000 42 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCACCTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCCCCGAGGCTTTTGTAGCCTGGGTGCGTAAAAGTCADACTTGA 1.000000 43 TTGGTTACGGCCACCAATGCACGAGAGTGGTAGCTCACCTCTCTAATCGAAGGACGGGACDTCTGCCCCGAGGCTTTTGTAGCCTGGGTGCGTAAAAGTCADATTTGA 3.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,17) D002: (2,11) D003: (21,40) D004: (28,31) D005: (33,12) D006: (22,28) D007: (11,24) D008: (5,32) D009: (15,10) D010: (29,37) D011: (13,38) D012: (14,14) D013: (18,30) D014: (9,36) D015: (6,16) D016: (27,43) D033: (14,20) D034: (26,28) D035: (36,39) D036: (5,36) D037: (32,36) D038: (14,28) D039: (14,34) D040: (25,35) E001: (1,20) E002: (1,7) E003: (21,24) E004: (21,24) E005: (24,36) E006: (23,39) E007: (21,24) E008: (3,19) E009: (21,24) E010: (5,21) E011: (24,40) E012: (21,24) E013: (41,43) E014: (20,21) E015: (5,42) E016: (20,24) E017: (21,43) E018: (5,20) E019: (5,7) E020: (5,20) E021: (1,5) E022: (5,24) E023: (8,24) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T [G] C C C A G C C G C G T C A A T G T C G D A C T T G G C T A [A] C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G 0 D002 C (C) A G C T T C G A C C T C T A G C (T) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C (C) T G G C (T) A G C T T C G A C C T C T A G C (G) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C (T) T G G 0 D003 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A 0 D004 C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A C T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T C G G C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G A G G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T T A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T T G D G C C T G G 0 D005 C T A (A) (C) [T] T C G G C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A C T (T) C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G (C) (A) T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C G C G C G A C C C A A T G T (T) G D (G) C (C) T G G C [T] A (G) (T) [T] T C G G C C T C T A A T G C G C G A G G G C G G T G A T T (C) C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G (T) (G) T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G G C G C G C C A A T G T (C) G D (A) C (T) T G G 0 D006 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A C T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T C G G 0 D007 C T A G C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 D008 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G A G G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T T A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C T C G C C A A T G T C G D A T T T A G 0 D009 C (T) A (A) C T T (C) G A C C T C T A G C (G) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C T C G C C A A T G T C G D A T T T A G C (C) A (G) C T T (A) G A C C T C T A G C (T) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T [G] C C C A G C C G C G C C A G T G T C A D A T T T G A 0 D010 C T A A C T (T) C G (A) C (T) (T) C T A (G) (C) G (T) G (T) (T) (G) (A) G G C G (A) (G) (G) (A) (T) T (T) C T T C T T (C) A G G (T) G (G) G T G A A (C) G A A G T (D) C G C A T T A C A T A A A C A C A (G) C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T T G D G C C T G G C T A A C T (A) C G (G) C (C) (A) C T A (A) (T) G (C) G (C) (G) (A) (G) G G C G (G) (T) (A) (G) (C) T (C) C T T C T T (T) A G G (A) C (A) G T G A A (T) G A A G T (I) C G T G C T C C G A A A A C A C A (A) C T G C C C G C G C G A C C C A A T G T T G D G C C T G G 0 D011 (C) T (A) G T (C) A C (A) G (T) C A (A) C (G) A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C (C) C (A) A A T C G A A G G A (T) G (A) G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T A G T A G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G (T) T (G) G T (T) A C (G) G (C) C A (C) C (A) A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C (T) C (T) A A T C G A A G G A (C) G (G) G A C D T C T G C T C C G A G G A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G 0 D012 C T A G T C A C A G T C A A C G A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C C C A A A T C G A A G G A C G A G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T T G T A G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G C T A G T C A C A G T C A A C G A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C C C A A A T C G A A G G A C G A G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T T G T A G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G 0 D013 C T A A C T T C G A C (C) T C T A G C G T G T T G A G G C G (G) (T) G A T (T) T C T T C T T T A G G A (C) A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C (T) T C T A G C G T G T T G A G G C G (A) (G) G A T (G) T C T T C T T T A G G A (G) A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C C T G G 0 D014 C (C) A (G) C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T T G G C (T) A (A) C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G 0 D015 C (C) A (G) C T T C G A C C T C T A G C (T) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C T C G C C A A T G T C A D A C T T G A C (T) A (A) C T T C G A C C T C T A G C (G) T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G T C T G G G C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G 0 D016 C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C A T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A C C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A 0 D033 C T A G T C A C A G T C A A C G A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C C C A A A T C G A A G G A C G A G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T T G T A G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G 0 D034 C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C A T A A A C A C A A C A (A) T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A C T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A (G) T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T C G G 0 D035 C T A A C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C (A) G T A C C G D A C T T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A (G) A T G T C A D A T T T G A 0 D036 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G 0 D037 C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G A G G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T T A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C T C G C C A A T G T C G D A T T T A G C T A A C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G 0 D038 C T A G T C A C A G T C A A C G A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C C C A A A T C G A A G G A C G A G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T T G T A G T C T G G G T G A G T A A A T G T C G D A T T T A G C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A C T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C T A G A T G T C G D A C T C G G 0 D039 C T A (G) (T) (C) A C A G T C A A C G A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C C C A A A T C G A A G G A C G A G A C D T C T G C T C C G A G G C T T T T G T A G T C T G G G T G (A) G T A A A T G T C G D A T T T A G C T A (A) (C) (T) T C G G C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A C T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C G C G C G (C) C C C A A T G T C G D A C T T G G 0 D040 C T A A C T T C G A C T T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T G T C T T C T T T A G G A G A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G T C T G G G T G A C C C (G) (A) T G T C (G) D A (C) T T G (G) C T A A C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C (A) (G) T G T C (A) D A (T) T T G (A) 0 E001 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G 0 E002 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C T C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G 0 E003 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E004 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E005 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T A G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G D A C T T G G 0 E006 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C (A) A T G T T G D G C C T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T T T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A (G) A T G T C A D A T T T G A 0 E007 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E008 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G I A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A [A] T G T C G D A C T T G G 0 E009 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T [A] C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T [G] C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E010 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T (G) C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T (A) C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E011 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A T C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A 0 E012 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E013 T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A C C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A A C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A C C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A 0 E014 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E015 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A [C] C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A C T T G A 0 E016 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E017 C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G T T G G T T A C G G C C A C C A A T G C A C G A G A G T G G T A G C T C A [C] C T C T C T A A T C G A A G G A C G G G A C D T C T G C C C C G A G G C T T T T G T A G C C T G G G T G C G T A A A A G T C A D A T T T G A 0 E018 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G 0 E019 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C T C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G 0 E020 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T [G] C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G G C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A A T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A G T A C C G I A C T T G G 0 E021 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T A C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G 0 E022 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C A A T G T C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G 0 E023 C C A G C T T C G A C C T C T A G C T T G T T G A G G C A G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T G A A T G A A G T I C G C A T T A C G T A A A C A C A A C A G C C T G G G T G C G T A A G T A C C G D A C T T G G C T A A C T T C G A C C T C T A G C G T G T T G A G A C G G T G A T T T C T T C T T T A G G A C A G T A A A T G A A G T I C G C A T T A T G T A A A C A C A A C T G C C C A G C C G C G C C G A T G T T G D G C C T G G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C ? ? ? = C C = C = = C = = = = = = = = = C = = G = = T = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T ? ? ? = G T = A = = A = = = = = = = = = T = = A = 0 D002 = (C) = = ? ? = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = (T) = = ? ? = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = 0 D003 C = A A C = T = = A ? = T = T = G C = T G T T G A G A C = = = G A T = T C = T C T = T A G G A = A G T A A = T = A A G T I C G C A T T A T = T A A A C A C A A C T A = = C A = C C = = = C C G = T = = T G = G C C = = G T = G G T = A = = G ? = A = C = A T = C A C G A G A G T = = = A G C = C A = C T C = C T A A T = G A A G G = C = G G A C D T C T G C C C C = A G G C T T T T G T A G = = T G = G T = = = T A A = A = = C A = A T T = = A 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G T = T G = G T = ? C T A G = = = = C = = A = T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A C = C A = C C = ? G C C A = = = = T = = G = C T = = 0 D005 = ? = (A) (C) ? = = = = = = = = = = G C = T = T T G A = A = = = = = = C = (T) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = (C) (A) = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = G C = = = A C = = = = = = = (T) = = (G) = (C) = = = = ? = (G) (T) ? = = = = = = = = = = A T = C = C G A G = G = = = = = = T = (C) = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = (T) (G) = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = A G = = = C G = = = = = = = (C) = = (A) = (T) = = = 0 D006 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = A = A = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = T = ? = C A = C C = C G C C A = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = A = ? = T G = G T = A C T A G = = = = = = = = = = C = = 0 D007 = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = C = = A ? T = = = = = = A ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = T = = G ? C = = = 0 D008 = C = G = = = = = = = C = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? A G T = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = C = = G = = T = A = = = = = = = T = = = = = = G = = = = = ? ? ? ? G A G = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = = A = 0 D009 = (T) = (A) = = ? (C) = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = A = = = = G = = = = = A G = (C) = (G) = = ? (A) = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = = = G = = = = A = = = = = G A 0 D010 = = = = ? ? (T) = = (A) = (T) (T) = = = (G) (C) = (T) = (T) (T) (G) (A) = = = = (A) (G) (G) (A) (T) = (T) = = = = = = (C) = = = (T) G (G) ? = = = = (C) = = = = = (D) = = C A T = A = A T = = = = = = = (G) = = = = = = A G C = = C G = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? (A) = = (G) = (C) (A) = = = (A) (T) = (C) = (C) (G) (A) (G) = = = = (G) (T) (A) (G) (C) = (C) = = = = = = (T) = = = (A) C (A) ? = = = = (T) = = = = = (I) = = T G C = C = G A = = = = = = = (A) = = = = = = G C G = = A C = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 D011 (C) = (A) = = (C) = = (A) = (T) = = (A) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = (A) = = ? ? ? ? = = = = (T) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = C T T T = ? ? A = T = T G = G T = A = T A = = = = = = = = = T = = A = (T) = (G) = = (T) = = (G) = (C) = = (C) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = (T) = = ? ? ? ? = = = = (C) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = A C A C = ? ? T = C = C A = C C = C = C C = = = = = = = = = C = = G = 0 D012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0 D013 = = = = = = ? = = = ? (C) ? ? = = = = = = = = = = = = = = = (G) (T) = = = (T) = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G ? = = = = = = = = = = = = ? = A C = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = ? (T) ? ? = = = = = = = = = = = = = = = (A) (G) = = = (G) = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A ? = = = = = = = = = = = = ? = G T = = = = = C = = = 0 D014 = (C) = (G) = = = C = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = T G = G T = A C T A G A = G T = = = = = = = = = = (T) = (A) = = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = C A = C C = C G C C A G = A C = = = = = = = = = 0 D015 = (C) = (G) = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = C A = C = T = = = = = A = G T = A = = = = = = A = (T) = (A) = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = T G = G = G = = = = = G = A C = G = = = = = = G 0 D016 C = A A C = T = = A = T T = T = G C = T G T T G A G = C = = = G A T G T C T T C T = T A G G A G A G T = A = T = A A G T I C G C A T T A = A T A A A C A C A A C = = T = = = = = = = A C = = G ? T = = = G = = C = ? = G T = G G T = A = = G = C A = C = A T = C A C G A G A = T = = = A G C T C A C C T C = C T A A T C G A A = G = C = G G A C D T C T G C C C = G A G G C T T T T G T = = C = = = = = = = C G = = A ? A = = = A = = T = ? = A 0 D033 = = = G T C A = A G T = A A C G A T = C A C G A G A = T = = = A G C = C A = = T C C C = A A T = G A A = G = C = = G = C D T C T G C = C = = A G G C T T T T G T A ? T = ? G = G T = A = T A = A = G T = ? D = T = = A = = = = A C T T = G A C = T C T A G C = T G T T G A G = C = = = G A T = T C = = C T T T = G G A = A G T = A = T = = A = T I C G C A T = A = = T A A A C A C A A C T ? C = ? A = C C = C = C C = G = A C = ? I = C = = G = 0 D034 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = 0 D035 C ? A A C = T A = A = = T = T = G C = T G T T G A G = C = = = G A T = T C = = C T = T A G G ? ? ? ? T = A = T = A A = T I C G C A T T A = = T A A A C A C A A C T = = = C A = C C = = = C C (A) G = A C = G = = C = = = G T ? G G T = A C = G = = A = C = A T = C A C G A G A = T = = = A G C = C A = = T C = C T A A ? ? ? ? A = G = C = G G = C D T C T G C C C = = A G G C T T T T G T A = = = T G = G T = = = T A (G) A = G T = A = = T = = = A 0 D036 = C = G = = = C = = ? = ? ? ? ? = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G T = = = = = = = = = = T = A = = = A = = ? = ? ? ? ? = = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A C = = = = = = = = = 0 D037 = = = = = = ? C = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = A = G T = = = = T = = A = = = = = = = ? A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = G = A C = = = = C = = G = 0 D038 = ? ? G T C A = A G T C A A C G A T = C A C G A G A = T = = = A G C T C A = = T C C C = A A T C G A A = G A C = = G A C D T C T G C = C = = A G G C T T T T G T = = = = = = = = = = = G = = A = = = = = = = = T = T A = = ? ? A C T T = G A C T T C T A G C = T G T T G A G = C = = = G A T G T C = = C T T T = G G A G A G T = A C T = = A G T I C G C A T = A = = T A A A C A C A A C = = = = = = = = = = = C = = G = = = = = = = = C = C G = 0 D039 = = = (G) (T) (C) A = A = T = A A C G A T = C A C G A G A G T = = = A ? = = C A = = T C C C = A A ? = ? ? A G G = C = = G A C D T C T G C = C C = A G G C T T T T G T A = T = T = G = T = (A) G T A = = = = = = = = = T = = A = = = = (A) (C) (T) T = G = C = T C T A G C = T G T T G A G A C = = = G ? = = T C = = C T T T = G G ? = ? ? T A A = T = = A G T I C G C A T = A T = T A A A C A C A A C T = C = C = C = C = (C) C C C = = = = = = = = = C = = G = 0 D040 = = = = = = = C = = = T ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = A = T = T G = G T = A C = = (G) (A) ? = = = (G) = = (C) = = = (G) = = = = = = = A = = = C ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = T = C = C A = C C = C G = = (A) (G) ? = = = (A) = = (T) = = = (A) 0 E001 = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = A ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = A = G T = ? D = = = = = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = G ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = G = A C = ? I = = = = = = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 E003 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E004 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = A ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = G ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E005 = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A = G T T = = G = C = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = A C C = = A = T = = = 0 E006 C = A A C = T = = A = = T = T = G C = T G T T G A G A C = ? = G A T = T C = = C T = T A G G A = A G T A A = T = A A G T I C G C A T T A T = T A A A C A C A A C T = = = C A = C C = = = C C (A) = = = = T G = G C C = = G T = G G T = A = = G = = A = C = A T = C A C G A G A G T = ? = A G C = C A = = T C = C T A A T = G A A G G = C = G G A C D T C T G C C C C = A G G C T T T T G T A = = = T G = G T = = = T A (G) = = = = C A = A T T = = A 0 E007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 E008 = C = G = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? A = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = = ? I = = = = = = = T = A = = = = = = = ? = = = = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? G = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = = ? D = = = = = = 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E010 = C = G = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = G = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = ? ? = ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = A = = = = C = = ? ? T = = = = T = A = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = A = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = ? ? = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = G = = = = T = = ? ? C = = = 0 E011 C ? ? ? C = T = = A = = ? ? T = G C = T G T T G A G A C = = = G A T = T C = T C T = T A G G A = A G T A A = T = A A G T I ? G C A T T A T = T A A ? ? A C A A C ? = = = C A = C C = = = C C G = T = = T G = G C C = = G T ? ? ? T = A = = G = = ? ? C = A T = C A C G A G A G T = = = A G C = C A = C T C = C T A A T = G A A G G = C = G G A C D ? C T G C C C C = A G G ? ? T T T G T ? = = = T G = G T = = = T A A = A = = C A = A T T = = A 0 E012 = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E014 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = ? = A = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = A G = A C C ? I A = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = ? = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = A ? = = = = = = = = = = = G A = G T T ? D G = ? = = = 0 E015 C C A = C = T = = A = = T = T = G C T T G T T G A G = C A = = G A T = T C ? ? ? T = T A G G ? ? ? ? T = A = T = A A G T I ? ? C A T T A = = T A A A C A C A A C ? = = = C A = C C = = = C C = = T = = = G = = = = = = G T T G = T = A = = G = = A = C = A T G C A C G A G A = T G = = A G C = C A ? ? ? C = C T A A ? ? ? ? A = G = C = G G A C D ? ? T G C C C = = A G G C T T T T G T ? = = = T G = G T = = = T A = = A = = = A = = = = = = A 0 E016 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? A C C ? I A = T = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? G T T ? D G = C = = = 0 E017 C ? ? A C = T = = A = = ? ? ? ? G C = T G T T G ? ? ? ? = = = G A T = T C ? T C T = T A G G A = A G T A A = T = A A G T I C G C A T T A T = T A A A C A C A A C T A = = C A = C C = = = C C G = T = = T ? ? G C C = = G T ? ? G T = A = = G = = ? ? ? ? A T = C A C G A ? ? ? ? = = = A G C = C A ? C T C = C T A A T = G A A G G = C = G G A C D T C T G C C C C = A G G C T T T T G T A G = = T G = G T = = = T A A = A = = C ? ? A T T = = A 0 E018 = C = G ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = G T = = D = = = = = = = T = A ? ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G = A C = = I = = = = = = 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E020 = C = G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = G T = ? ? = = = = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = A C = ? ? = = = = = = 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 E022 = C = G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = C = = A = T = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = T = = G = C = = = 0 E023 = C = G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = A = = = T G = G T = = = T A A G = A C C = = A = T = = = = T = A = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = T = = = C A = C C = = = C C G A = G T T = = G = C = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 0.83 = = ? ? = = = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.72 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = 0.64 0.64 ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 0.85 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.87 0.88 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 0.60 = = 0.60 = 0.60 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.99 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 0.53 = 0.53 = = ? 0.50 = = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? 0.68 = = 0.89 = 0.89 0.76 = = = 0.89 0.89 = 0.89 = 0.89 0.89 0.89 0.89 = = = = 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 = 0.89 = = = = = = 0.62 = = = 0.79 0.93 0.79 ? = = = = 0.79 = = = = = 0.79 = = 0.93 0.93 0.93 = 0.93 = 0.93 0.93 = = = = = = = 0.68 = = = = = = 0.95 0.95 0.95 = = 0.95 0.95 = = = = = = = = = ? = = = = = = 0.84 = 0.84 = = 0.84 = = 0.84 = 0.84 = = 0.84 = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = 0.84 = = ? ? ? ? = = = = 0.51 = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? 0.57 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.61 0.61 = = = 0.52 = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.95 ? = = = = = = = = = = = = ? = 0.95 0.95 = = = = = 0.95 = = = = 0.57 = 0.57 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.73 = 0.71 = = = = = = = = = = = = = = 0.73 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = 0.56 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 0.74 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 0.86 0.86 0.86 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.56 0.98 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 0.62 0.88 ? = = = 0.88 = = 0.88 = = = 0.88 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = 1.00 = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 0.52 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? 1.00 = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = ? ? = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.62 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.98 ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.96 = = = 0.96 0.96 = 0.96 0.96 = = = 0.96 0.96 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = END PHASEPROBS