Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000140 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000230 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000334 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000496 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000561 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000565 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 000583 T 0.08 0.13 0.11 C 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 000684 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000740 C 0.17 0.33 0.24 T 0.83 0.68 0.76 0.28 0.44 0.37 000750 G 0.09 0.10 0.09 A 0.91 0.90 0.91 0.16 0.18 0.17 000914 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000934 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001091 G 0.41 0.45 0.43 A 0.59 0.55 0.57 0.48 0.50 0.49 001222 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001427 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001626 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 001651 T 0.26 0.14 0.20 C 0.74 0.86 0.80 0.39 0.24 0.32 001654 C 0.05 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001812 C 0.15 0.00 0.07 T 0.85 1.00 0.93 0.26 0.00 0.14 002527 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002655 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002745 A 0.26 0.13 0.19 T 0.74 0.87 0.81 0.39 0.23 0.31 003013 A 0.13 0.02 0.08 C 0.87 0.98 0.92 0.23 0.04 0.14 003052 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 003170 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003281 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 003334 G 0.29 0.13 0.21 A 0.71 0.87 0.79 0.41 0.23 0.33 003531 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003544 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003727 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003728 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003867 T 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 003987 T 0.27 0.00 0.14 C 0.73 1.00 0.86 0.39 0.00 0.24 004228 A 0.26 0.11 0.19 T 0.74 0.89 0.81 0.39 0.20 0.31 004254 A 0.14 0.00 0.07 C 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.14 004288 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 004317 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004385 C 0.23 0.12 0.17 T 0.77 0.88 0.83 0.35 0.21 0.29 004425 G 0.14 0.00 0.07 A 0.86 1.00 0.93 0.24 0.00 0.13 004833 A 0.26 0.14 0.20 G 0.74 0.86 0.80 0.39 0.24 0.32 005140 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005217 T 0.25 0.13 0.19 C 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 005298 T 0.12 0.30 0.21 G 0.88 0.70 0.79 0.22 0.42 0.33 005307 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005374 C 0.25 0.13 0.19 T 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 005426 A 0.21 0.13 0.17 G 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 005590 C 0.25 0.14 0.20 T 0.75 0.86 0.80 0.38 0.24 0.31 005823 G 0.25 0.13 0.19 T 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 005898 A 0.25 0.13 0.19 G 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 006303 G 0.26 0.12 0.19 A 0.74 0.88 0.81 0.39 0.21 0.31 006339 A 0.22 0.12 0.17 G 0.78 0.88 0.83 0.34 0.21 0.28 006395 A 0.11 0.40 0.25 G 0.89 0.60 0.75 0.19 0.48 0.38 006428 T 0.22 0.12 0.17 C 0.78 0.88 0.83 0.34 0.21 0.28 006505 A 0.23 0.30 0.27 G 0.77 0.70 0.73 0.35 0.42 0.39 006534 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006734 A 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 006805 G 0.09 0.00 0.05 T 0.91 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 007138 A 0.24 0.13 0.18 G 0.76 0.87 0.82 0.36 0.23 0.30 007219 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007251 G 0.22 0.15 0.19 A 0.78 0.85 0.81 0.34 0.26 0.30 007409 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007495 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 007560 C 0.27 0.11 0.20 T 0.73 0.89 0.80 0.39 0.20 0.32 007701 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007705 A 0.00 0.03 0.01 G 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 007968 G 0.22 0.00 0.11 T 0.78 1.00 0.89 0.34 0.00 0.19 008053 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008058 C 0.25 0.13 0.19 T 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 008066 A 0.21 0.13 0.17 C 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 008179 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 008345 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008368 C 0.02 0.05 0.04 T 0.98 0.95 0.96 0.04 0.10 0.07 008460 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008517 C 0.04 0.10 0.07 T 0.96 0.90 0.93 0.08 0.17 0.12 008538 T 0.21 0.11 0.16 C 0.79 0.89 0.84 0.33 0.20 0.27 008631 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008738 C 0.21 0.14 0.17 T 0.79 0.86 0.83 0.33 0.24 0.29 008758 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008790 C 0.12 0.00 0.07 T 0.88 1.00 0.93 0.22 0.00 0.12 008888 C 0.23 0.13 0.18 T 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 008929 T 0.08 0.13 0.11 A 0.92 0.87 0.89 0.15 0.23 0.19 009048 A 0.21 0.13 0.17 G 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 009066 A 0.21 0.14 0.17 G 0.79 0.86 0.83 0.33 0.24 0.29 009105 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009662 T 0.17 0.11 0.14 A 0.83 0.89 0.86 0.28 0.20 0.24 009681 G 0.31 0.00 0.15 C 0.69 1.00 0.85 0.43 0.00 0.26 009746 G 0.17 0.08 0.13 A 0.83 0.92 0.87 0.28 0.15 0.22 009810 A 0.15 0.08 0.12 G 0.85 0.92 0.88 0.26 0.15 0.20 010111 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010131 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 010143 A 0.21 0.13 0.17 T 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 010157 A 0.10 0.41 0.26 G 0.90 0.59 0.74 0.19 0.48 0.38 010212 G 0.21 0.13 0.17 A 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 010252 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 010358 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010385 C 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010389 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 010435 C 0.21 0.14 0.17 T 0.79 0.86 0.83 0.33 0.24 0.29 010449 T 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010450 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010580 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010675 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010679 G 0.09 0.14 0.11 A 0.91 0.86 0.89 0.16 0.24 0.20 010876 G 0.21 0.13 0.17 A 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 010962 A 0.33 0.28 0.31 G 0.67 0.72 0.69 0.44 0.41 0.43 010964 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010974 C 0.21 0.13 0.17 T 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 011004 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011096 - 0.23 0.13 0.18 + 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 011110 T 0.21 0.10 0.16 C 0.79 0.90 0.84 0.33 0.17 0.26 011197 C 0.21 0.11 0.16 G 0.79 0.89 0.84 0.33 0.20 0.27 011318 T 0.25 0.13 0.19 C 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 011477 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011516 G 0.25 0.13 0.19 A 0.75 0.87 0.81 0.38 0.23 0.31 011518 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011548 C 0.23 0.13 0.18 T 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 011549 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011855 C 0.06 0.13 0.10 T 0.94 0.87 0.90 0.12 0.23 0.17 011882 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011919 C 0.23 0.13 0.18 A 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 011932 T 0.10 0.41 0.26 C 0.90 0.59 0.74 0.19 0.48 0.38 011933 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 011938 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011971 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012018 A 0.23 0.13 0.18 T 0.77 0.87 0.82 0.35 0.23 0.30 012045 G 0.21 0.13 0.17 A 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 012135 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012444 G 0.21 0.13 0.17 A 0.79 0.87 0.83 0.33 0.23 0.28 012624 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012660 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012770 C 0.20 0.15 0.18 A 0.80 0.85 0.82 0.33 0.25 0.29 012802 T 0.20 0.15 0.17 C 0.80 0.85 0.82 0.31 0.25 0.29 012891 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 012899 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012901 T 0.19 0.14 0.17 A 0.81 0.86 0.83 0.30 0.24 0.28 012998 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013219 T 0.19 0.14 0.17 C 0.81 0.86 0.83 0.30 0.24 0.28 013302 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013332 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013397 T 0.17 0.13 0.15 A 0.83 0.87 0.85 0.28 0.23 0.25 013630 G 0.20 0.13 0.16 A 0.80 0.87 0.84 0.31 0.23 0.27 013686 G 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013735 T 0.17 0.14 0.16 C 0.83 0.86 0.84 0.29 0.24 0.26 013809 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013839 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014005 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014075 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014482 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 014605 A 0.39 0.13 0.27 T 0.61 0.87 0.73 0.47 0.23 0.39 014791 A 0.14 0.29 0.21 G 0.86 0.71 0.79 0.24 0.41 0.34 014929 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014942 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015285 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015286 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015328 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 015486 T 0.34 0.00 0.18 C 0.66 1.00 0.82 0.45 0.00 0.29 015504 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015516 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 015719 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 015810 T 0.39 0.18 0.29 C 0.61 0.82 0.71 0.47 0.30 0.41 016080 G 0.46 0.15 0.30 A 0.54 0.85 0.70 0.50 0.26 0.42 016123 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016205 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016209 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 016421 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016823 C 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 016870 G 0.48 0.17 0.33 C 0.52 0.83 0.67 0.50 0.28 0.44 017239 T 0.38 0.15 0.27 C 0.62 0.85 0.73 0.47 0.26 0.39 017244 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017271 A 0.35 0.00 0.17 C 0.65 1.00 0.83 0.45 0.00 0.29 017298 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017306 C 0.23 0.00 0.12 G 0.77 1.00 0.88 0.35 0.00 0.21 017336 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017360 T 0.35 0.15 0.25 C 0.65 0.85 0.75 0.45 0.26 0.38 017368 A 0.33 0.15 0.24 C 0.67 0.85 0.76 0.44 0.26 0.36 017413 A 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017524 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 017742 G 0.23 0.43 0.32 A 0.77 0.57 0.68 0.35 0.49 0.44 017782 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 017857 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017988 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018072 G 0.18 0.15 0.17 A 0.82 0.85 0.83 0.30 0.26 0.28 018135 A 0.04 0.12 0.08 T 0.96 0.88 0.92 0.08 0.22 0.15 018671 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018998 A 0.15 0.15 0.15 G 0.85 0.85 0.85 0.25 0.26 0.25 018999 C 0.15 0.15 0.15 T 0.85 0.85 0.85 0.25 0.26 0.25 019037 T 0.12 0.41 0.27 C 0.88 0.59 0.73 0.22 0.48 0.39 019366 A 0.13 0.15 0.14 G 0.87 0.85 0.86 0.23 0.25 0.24 019430 + 0.02 0.12 0.07 - 0.98 0.88 0.93 0.04 0.22 0.13 019739 A 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019891 G 0.12 0.38 0.24 A 0.88 0.62 0.76 0.22 0.47 0.37 020108 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020397 T 0.33 0.11 0.22 C 0.67 0.89 0.78 0.44 0.20 0.35 020608 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021333 C 0.17 0.41 0.28 T 0.83 0.59 0.72 0.28 0.48 0.41 021451 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021480 C 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 021762 A 0.21 0.00 0.11 G 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 022095 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022781 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 022889 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023037 A 0.12 0.14 0.13 G 0.88 0.86 0.87 0.22 0.24 0.23 023104 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 011096: gta 019430: T