Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000031 GG 4 0 4 GT 9 10 19 TT 10 10 20 0.591 2.222 0.028 000048 CC 21 19 40 CT 2 1 3 TT 0 0 0 0.048 0.013 0.056 000196 AA 20 8 28 AG 2 12 14 GG 1 3 4 4.707 0.209 1.232 000267 GG 1 2 3 GT 2 6 8 TT 20 15 35 4.707 1.252 4.889 000342 AA 21 21 42 AC 2 2 4 CC 0 0 0 0.048 0.048 0.095 000351 AA 22 21 43 AT 2 2 4 TT 0 0 0 0.045 0.048 0.093 000680 CC 10 12 22 CT 10 11 21 TT 4 0 4 0.296 2.272 0.105 000999 CC 19 21 40 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.025 001163 AA 20 20 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 001472 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 23 44 0.107 0.000 0.051 001632 AA 3 9 12 AG 8 12 20 GG 13 2 15 0.897 0.517 0.994 001817 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 001848 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002176 AA 4 0 4 AT 9 7 16 TT 10 10 20 0.591 1.143 0.091 002187 CC 23 15 38 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.066 0.026 002235 CC 11 12 23 CT 9 11 20 TT 4 0 4 0.780 2.272 0.014 002300 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 002580 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 002689 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002745 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 002749 AA 15 15 30 AG 5 6 11 GG 1 2 3 0.429 1.252 1.725 002759 CC 2 0 2 CG 12 5 17 GG 7 18 25 0.940 0.342 0.176 003162 CC 16 21 37 CT 5 2 7 TT 0 0 0 0.383 0.048 0.329 003345 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 22 44 0.045 0.000 0.023 003563 CC 1 2 3 CG 2 6 8 GG 21 15 36 4.959 1.252 5.074 003977 CC 2 7 9 CT 10 12 22 TT 8 2 10 0.196 0.940 0.223 004442 CC 22 8 30 CT 2 12 14 TT 0 3 3 0.045 0.209 0.577 004447 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 004893 CC 21 14 35 CT 2 8 10 TT 0 0 0 0.048 1.086 0.703 004909 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 22 43 0.048 0.000 0.023 004948 AA 8 2 10 AG 12 8 20 GG 4 11 15 0.020 0.093 0.450 005162 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 005882 AA 0 4 4 AG 6 12 18 GG 18 7 25 0.490 0.087 0.087 005940 CC 0 0 0 CG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006038 GG 24 22 46 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006049 AA 17 15 32 AG 6 6 12 GG 1 2 3 0.240 1.252 1.447 006058 CC 21 15 36 CT 2 6 8 TT 1 2 3 4.959 1.252 5.074 006147 -- 24 22 46 +- 0 1 1 ++ 0 0 0 0.000 0.011 0.005 006220 AA 23 23 46 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006272 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006345 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 006529 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 006588 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006596 CC 20 23 43 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 006991 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 007413 AA 2 0 2 AG 10 4 14 GG 12 19 31 0.002 0.209 0.068 007625 AA 0 0 0 AT 4 0 4 TT 20 23 43 0.198 0.000 0.093 007750 CC 1 2 3 CT 2 5 7 TT 21 15 36 4.959 2.001 6.398 007821 CC 0 0 0 CG 6 3 9 GG 16 17 33 0.548 0.131 0.605 008350 AA 20 23 43 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 008351 -- 0 0 0 +- 3 0 3 ++ 21 23 44 0.107 0.000 0.051 008776 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 009118 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 22 44 0.011 0.000 0.006 009123 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009259 CC 0 1 1 CG 4 10 14 GG 20 11 31 0.198 0.468 0.161 009282 CC 21 21 42 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.012 0.095 009356 CC 6 5 11 CT 13 15 28 TT 5 3 8 0.174 2.272 1.812 009612 AA 20 22 42 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.095 009714 AA 0 1 1 AG 10 11 21 GG 14 10 24 1.662 0.889 2.174 009757 AA 23 18 41 AT 1 4 5 TT 0 0 0 0.011 0.220 0.152 010087 AA 0 0 0 AG 7 0 7 GG 17 23 40 0.700 0.000 0.304 010287 AA 23 22 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010404 AA 0 0 0 AG 3 1 4 GG 21 21 42 0.107 0.012 0.095 010515 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 22 43 0.107 0.000 0.052 010614 AA 0 6 6 AT 14 11 25 TT 10 6 16 4.069 0.043 0.614 010668 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 010839 AA 20 23 43 AG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.093 010915 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011217 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 011257 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011266 GG 3 0 3 GT 10 13 23 TT 11 10 21 0.094 3.569 1.015 011378 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 011548 GG 0 2 2 GT 2 4 6 TT 22 17 39 0.045 3.584 5.074 011614 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 1 1 0.045 23.000 10.729 011755 AA 19 22 41 AG 2 0 2 GG 0 1 1 0.053 23.000 9.977 011781 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 20 22 42 0.000 0.011 0.006 011937 GG 18 22 40 GT 3 1 4 TT 0 0 0 0.124 0.011 0.100 012061 AA 0 0 0 AT 1 5 6 TT 23 18 41 0.011 0.342 0.218 012524 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 012544 CC 20 17 37 CG 2 5 7 GG 0 0 0 0.050 0.362 0.329 012751 GG 3 0 3 GT 4 0 4 TT 14 22 36 4.738 0.000 12.883 012806 GG 16 17 33 GT 6 6 12 TT 1 0 1 0.195 0.517 0.006 012974 CC 14 10 24 CT 9 11 20 TT 0 2 2 1.361 0.179 0.747 013061 AA 0 0 0 AG 3 4 7 GG 21 19 40 0.107 0.209 0.304 013119 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 013190 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 013328 AA 0 2 2 AT 10 11 21 TT 14 10 24 1.662 0.179 0.979 013947 AA 0 1 1 AG 1 4 5 GG 23 18 41 0.011 1.252 2.448 013989 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 014122 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 014250 GG 8 10 18 GT 11 13 24 TT 5 0 5 0.114 3.569 0.527 014334 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 014992 AA 21 21 42 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.024 015728 AA 22 21 43 AG 2 2 4 GG 0 0 0 0.045 0.048 0.093 015755 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 016037 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 016053 -- 1 0 1 +- 8 13 21 ++ 13 9 22 0.027 3.869 2.453 016150 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 20 42 0.011 0.000 0.006 016266 CC 21 16 37 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.140 0.061 016694 CC 23 18 41 CT 0 3 3 TT 0 0 0 0.000 0.124 0.055 016749 AA 15 10 25 AC 8 12 20 CC 1 0 1 0.003 3.094 1.746 016981 AA 18 18 36 AG 6 3 9 GG 0 1 1 0.490 2.296 0.230 017419 AA 0 0 0 AG 4 1 5 GG 19 17 36 0.209 0.015 0.173 017704 GG 24 21 45 GT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.006 017859 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017991 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 018364 CC 23 18 41 CG 1 4 5 GG 0 0 0 0.011 0.220 0.152 019020 GG 13 10 23 GT 8 12 20 TT 3 0 3 0.897 3.094 0.240 019304 AA 22 22 44 AG 2 1 3 GG 0 0 0 0.045 0.011 0.051 019655 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019669 AA 0 2 2 AG 10 11 21 GG 14 10 24 1.662 0.179 0.979 019734 AA 15 22 37 AG 9 0 9 GG 0 1 1 1.278 23.000 0.253 020278 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020593 CC 0 0 0 CT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 020752 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 020984 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021010 AA 22 22 44 AG 2 0 2 GG 0 1 1 0.045 23.000 10.729 021077 CC 0 0 0 CG 3 1 4 GG 20 18 38 0.112 0.014 0.105 021135 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 18 39 0.012 0.000 0.006 021758 AA 20 19 39 AC 3 4 7 CC 0 0 0 0.112 0.209 0.312 021920 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 20 21 41 0.050 0.000 0.024 022164 -- 19 21 40 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.209 0.000 0.100 022276 AA 1 0 1 AG 6 6 12 GG 12 16 28 0.048 0.548 0.046 022449 -- 1 6 7 +- 8 9 17 ++ 10 6 16 0.140 0.429 0.438 023657 AA 13 9 22 AG 8 13 21 GG 3 0 3 0.897 3.869 0.468 023738 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023772 AA 21 18 39 AC 3 4 7 CC 0 0 0 0.107 0.220 0.312 024118 AA 21 20 41 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024143 AA 21 19 40 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 024338 AA 0 0 0 AG 6 0 6 GG 17 18 35 0.517 0.000 0.256 024430 CC 22 10 32 CG 1 9 10 GG 0 0 0 0.011 1.830 0.767 024804 GG 0 0 0 GT 2 4 6 TT 20 16 36 0.050 0.247 0.249 025175 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 025179 AA 0 1 1 AG 3 11 14 GG 21 11 32 0.107 0.741 0.140 025223 CC 22 22 44 CT 2 0 2 TT 0 1 1 0.045 23.000 10.729 025276 CC 21 22 43 CG 3 1 4 GG 0 0 0 0.107 0.011 0.093 025438 CC 22 19 41 CT 2 4 6 TT 0 0 0 0.045 0.209 0.218 025500 AA 17 21 38 AG 7 2 9 GG 0 0 0 0.700 0.048 0.527 026760 GG 15 17 32 GT 6 4 10 TT 0 0 0 0.583 0.233 0.767 027322 GG 16 16 32 GT 7 6 13 TT 1 0 1 0.044 0.548 0.058 027323 AA 16 16 32 AT 7 6 13 TT 1 0 1 0.044 0.548 0.058 027395 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 21 45 0.000 0.012 0.006 027421 AA 1 3 4 AT 8 3 11 TT 15 16 31 0.003 7.425 3.363 027680 AA 0 0 0 AT 3 1 4 TT 21 19 40 0.107 0.013 0.100 027777 GG 17 18 35 GT 1 1 2 TT 0 0 0 0.015 0.014 0.029 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006147: A 008351: TTAC 016053: G 021920: T 022164: T 022449: TC