Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000031 G 0.37 0.25 0.31 T 0.63 0.75 0.69 0.47 0.38 0.43 000048 T 0.04 0.03 0.03 C 0.96 0.97 0.97 0.08 0.05 0.07 000196 G 0.09 0.39 0.24 A 0.91 0.61 0.76 0.16 0.48 0.36 000267 G 0.09 0.22 0.15 T 0.91 0.78 0.85 0.16 0.34 0.26 000342 C 0.04 0.04 0.04 A 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 000351 T 0.04 0.04 0.04 A 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 000680 T 0.38 0.24 0.31 C 0.62 0.76 0.69 0.47 0.36 0.43 000999 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 001163 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 001472 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 001632 A 0.29 0.65 0.47 G 0.71 0.35 0.53 0.41 0.45 0.50 001817 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 001848 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002176 A 0.37 0.21 0.30 T 0.63 0.79 0.70 0.47 0.33 0.42 002187 T 0.00 0.06 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.00 0.11 0.05 002235 T 0.35 0.24 0.30 C 0.65 0.76 0.70 0.46 0.36 0.42 002300 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 002580 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002689 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002745 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002749 G 0.17 0.22 0.19 A 0.83 0.78 0.81 0.28 0.34 0.31 002759 C 0.38 0.11 0.24 G 0.62 0.89 0.76 0.47 0.19 0.36 003162 T 0.12 0.04 0.08 C 0.88 0.96 0.92 0.21 0.08 0.15 003345 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 003563 C 0.08 0.22 0.15 G 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 003977 C 0.35 0.62 0.49 T 0.65 0.38 0.51 0.45 0.47 0.50 004442 T 0.04 0.39 0.21 C 0.96 0.61 0.79 0.08 0.48 0.33 004447 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 004893 T 0.04 0.18 0.11 C 0.96 0.82 0.89 0.08 0.30 0.20 004909 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 004948 A 0.58 0.29 0.44 G 0.42 0.71 0.56 0.49 0.41 0.49 005162 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005882 A 0.12 0.43 0.28 G 0.88 0.57 0.72 0.22 0.49 0.40 005940 C 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006038 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006049 G 0.17 0.22 0.19 A 0.83 0.78 0.81 0.28 0.34 0.31 006058 T 0.08 0.22 0.15 C 0.92 0.78 0.85 0.15 0.34 0.25 006147 + 0.00 0.02 0.01 - 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006220 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006272 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006345 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 006529 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006588 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006596 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 006991 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007413 A 0.29 0.09 0.19 G 0.71 0.91 0.81 0.41 0.16 0.31 007625 A 0.08 0.00 0.04 T 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 007750 C 0.08 0.20 0.14 T 0.92 0.80 0.86 0.15 0.33 0.24 007821 C 0.14 0.07 0.11 G 0.86 0.93 0.89 0.24 0.14 0.19 008350 T 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 008351 - 0.06 0.00 0.03 + 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008776 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009118 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009123 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009259 C 0.08 0.27 0.17 G 0.92 0.73 0.83 0.15 0.40 0.29 009282 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 009356 T 0.48 0.46 0.47 C 0.52 0.54 0.53 0.50 0.50 0.50 009612 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009714 A 0.21 0.30 0.25 G 0.79 0.70 0.75 0.33 0.42 0.38 009757 T 0.02 0.09 0.05 A 0.98 0.91 0.95 0.04 0.17 0.10 010087 A 0.15 0.00 0.07 G 0.85 1.00 0.93 0.25 0.00 0.14 010287 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010404 A 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 010515 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 010614 A 0.29 0.50 0.39 T 0.71 0.50 0.61 0.41 0.50 0.48 010668 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010839 G 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 010915 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011217 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011257 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011266 G 0.33 0.28 0.31 T 0.67 0.72 0.69 0.44 0.41 0.43 011378 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011548 G 0.04 0.17 0.11 T 0.96 0.83 0.89 0.08 0.29 0.19 011614 T 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 011755 G 0.05 0.04 0.05 A 0.95 0.96 0.95 0.09 0.08 0.09 011781 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 011937 T 0.07 0.02 0.05 G 0.93 0.98 0.95 0.13 0.04 0.09 012061 A 0.02 0.11 0.06 T 0.98 0.89 0.94 0.04 0.19 0.12 012524 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012544 G 0.05 0.11 0.08 C 0.95 0.89 0.92 0.09 0.20 0.15 012751 G 0.24 0.00 0.12 T 0.76 1.00 0.88 0.36 0.00 0.21 012806 T 0.17 0.13 0.15 G 0.83 0.87 0.85 0.29 0.23 0.26 012974 T 0.20 0.33 0.26 C 0.80 0.67 0.74 0.31 0.44 0.39 013061 A 0.06 0.09 0.07 G 0.94 0.91 0.93 0.12 0.16 0.14 013119 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 013190 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 013328 A 0.21 0.33 0.27 T 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 013947 A 0.02 0.13 0.07 G 0.98 0.87 0.93 0.04 0.23 0.14 013989 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 014122 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 014250 T 0.44 0.28 0.36 G 0.56 0.72 0.64 0.49 0.41 0.46 014334 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 014992 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 015728 G 0.04 0.04 0.04 A 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 015755 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 016037 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016053 - 0.23 0.30 0.26 + 0.77 0.70 0.74 0.35 0.42 0.39 016150 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016266 T 0.00 0.08 0.04 C 1.00 0.92 0.96 0.00 0.15 0.07 016694 T 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.07 016749 C 0.21 0.27 0.24 A 0.79 0.73 0.76 0.33 0.40 0.36 016981 G 0.12 0.11 0.12 A 0.88 0.89 0.88 0.22 0.20 0.21 017419 A 0.09 0.03 0.06 G 0.91 0.97 0.94 0.16 0.05 0.11 017704 T 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 017859 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017991 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018364 G 0.02 0.09 0.05 C 0.98 0.91 0.95 0.04 0.17 0.10 019020 T 0.29 0.27 0.28 G 0.71 0.73 0.72 0.41 0.40 0.41 019304 G 0.04 0.02 0.03 A 0.96 0.98 0.97 0.08 0.04 0.06 019655 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019669 A 0.21 0.33 0.27 G 0.79 0.67 0.73 0.33 0.44 0.39 019734 G 0.19 0.04 0.12 A 0.81 0.96 0.88 0.30 0.08 0.21 020278 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020593 C 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 020752 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 020984 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021010 G 0.04 0.04 0.04 A 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 021077 C 0.07 0.03 0.05 G 0.93 0.97 0.95 0.12 0.05 0.09 021135 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021758 C 0.07 0.09 0.08 A 0.93 0.91 0.92 0.12 0.16 0.14 021920 - 0.05 0.00 0.02 + 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 022164 + 0.09 0.00 0.05 - 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.09 022276 A 0.21 0.14 0.17 G 0.79 0.86 0.83 0.33 0.24 0.28 022449 - 0.26 0.50 0.39 + 0.74 0.50 0.61 0.39 0.50 0.47 023657 G 0.29 0.30 0.29 A 0.71 0.70 0.71 0.41 0.42 0.41 023738 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023772 C 0.06 0.09 0.08 A 0.94 0.91 0.92 0.12 0.17 0.14 024118 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024143 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024338 A 0.13 0.00 0.07 G 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.14 024430 G 0.02 0.24 0.12 C 0.98 0.76 0.88 0.04 0.36 0.21 024804 G 0.05 0.10 0.07 T 0.95 0.90 0.93 0.09 0.18 0.13 025175 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025179 A 0.06 0.28 0.17 G 0.94 0.72 0.83 0.12 0.41 0.28 025223 T 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 025276 G 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 025438 T 0.04 0.09 0.06 C 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 025500 G 0.15 0.04 0.10 A 0.85 0.96 0.90 0.25 0.08 0.17 026760 T 0.14 0.10 0.12 G 0.86 0.90 0.88 0.24 0.17 0.21 027322 T 0.19 0.14 0.16 G 0.81 0.86 0.84 0.30 0.24 0.27 027323 T 0.19 0.14 0.16 A 0.81 0.86 0.84 0.30 0.24 0.27 027395 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027421 A 0.21 0.20 0.21 T 0.79 0.80 0.79 0.33 0.33 0.33 027680 A 0.06 0.03 0.05 T 0.94 0.97 0.95 0.12 0.05 0.09 027777 T 0.03 0.03 0.03 G 0.97 0.97 0.97 0.05 0.05 0.05 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006147: A 008351: TTAC 016053: G 021920: T 022164: T 022449: TC