Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 000129 CC 10 12 22 CT 11 11 22 TT 2 0 2 0.179 2.272 1.482 000143 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 000196 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 000251 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 23 21 44 0.000 0.048 0.023 000393 CC 4 5 9 CT 9 10 19 TT 10 8 18 0.591 0.306 0.915 000595 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 21 23 44 0.048 0.000 0.023 000661 AA 10 8 18 AC 9 10 19 CC 4 5 9 0.591 0.306 0.915 001656 AA 17 20 37 AT 6 2 8 TT 0 0 0 0.517 0.050 0.428 001821 CC 21 21 42 CT 2 2 4 TT 0 0 0 0.048 0.048 0.095 001934 CC 14 15 29 CT 9 8 17 TT 0 0 0 1.361 1.019 2.363 001979 CC 19 20 39 CT 4 3 7 TT 0 0 0 0.209 0.112 0.312 002106 CC 17 20 37 CT 6 3 9 TT 0 0 0 0.517 0.112 0.541 002271 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002330 CC 23 22 45 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.006 002604 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 002627 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 002677 AA 0 0 0 AG 9 8 17 GG 14 15 29 1.361 1.019 2.363 002702 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 003102 CC 17 20 37 CT 6 3 9 TT 0 0 0 0.517 0.112 0.541 003126 AA 0 0 0 AG 6 3 9 GG 17 20 37 0.517 0.112 0.541 003205 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 22 23 45 0.011 0.000 0.006 003270 CC 22 20 42 CT 1 3 4 TT 0 0 0 0.011 0.112 0.095 003620 CC 14 5 19 CT 7 10 17 TT 0 8 8 0.840 0.306 1.359 003684 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 18 23 41 0.055 0.000 0.024 003769 CC 13 15 28 CT 7 8 15 TT 0 0 0 0.900 1.019 1.919 003820 CC 0 0 0 CG 6 3 9 GG 16 20 36 0.548 0.112 0.556 003881 AA 0 3 3 AG 0 12 12 GG 22 8 30 0.000 0.209 1.250 004021 CC 13 15 28 CT 4 5 9 TT 0 2 2 0.302 2.001 1.117 004338 AA 0 0 0 AT 6 2 8 TT 17 20 37 0.517 0.050 0.428 004991 CC 15 14 29 CT 8 8 16 TT 0 0 0 1.019 1.086 2.104 005248 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 005371 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 006058 AA 0 0 0 AT 5 0 5 TT 19 23 42 0.324 0.000 0.148 006062 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 006102 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 007023 -- 22 23 45 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007164 CC 20 23 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.050 0.000 0.023 007275 CC 13 23 36 CT 5 0 5 TT 4 0 4 4.536 0.000 13.635 007396 CC 20 23 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.050 0.000 0.023 007400 -- 0 0 0 +- 5 0 5 ++ 18 23 41 0.342 0.000 0.152 007602 AA 20 23 43 AC 3 0 3 CC 0 0 0 0.112 0.000 0.052 007649 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 007808 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 007841 AA 13 23 36 AG 6 0 6 GG 3 0 3 2.148 0.000 8.055 007866 CC 21 23 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.006 008009 -- 0 2 2 +- 4 13 17 ++ 19 8 27 0.209 1.043 0.110 008219 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 008329 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 008359 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 008360 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 008398 AA 13 22 35 AC 7 1 8 CC 3 0 3 1.431 0.011 4.889 008834 CC 1 2 3 CT 5 13 18 TT 17 8 25 0.571 1.043 0.010 009019 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 009388 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 21 23 44 0.048 0.000 0.023 011792 -- 0 0 0 +- 0 2 2 ++ 23 17 40 0.000 0.059 0.025 011956 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 21 17 38 0.012 0.000 0.007 012006 CC 20 17 37 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.012 0.000 0.007 012070 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 20 43 0.011 0.000 0.006 012348 CC 17 7 24 CT 6 11 17 TT 1 2 3 0.240 0.601 0.000 012393 CC 0 0 0 CT 3 0 3 TT 21 20 41 0.107 0.000 0.055 012461 -- 1 2 3 +- 6 12 18 ++ 17 7 24 0.240 0.940 0.023 012722 CC 1 2 3 CG 6 11 17 GG 17 8 25 0.240 0.416 0.002 013109 CC 22 21 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.023 013248 -- 0 2 2 +- 0 13 13 ++ 24 8 32 0.000 1.043 0.208 013598 AA 0 0 0 AG 0 2 2 GG 21 20 41 0.000 0.050 0.024 013723 GG 18 16 34 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.007 013745 CC 4 2 6 CT 3 13 16 TT 12 7 19 7.213 1.333 0.717 013823 AA 1 0 1 AC 1 0 1 CC 18 22 40 8.183 0.000 17.982 013843 AA 19 22 41 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.013 0.000 0.006 014016 CC 4 2 6 CT 3 13 16 TT 13 7 20 7.783 1.333 0.857 014026 CC 19 22 41 CT 0 0 0 TT 1 0 1 20.000 0.000 42.000 014104 CC 19 22 41 CT 0 0 0 TT 1 0 1 20.000 0.000 42.000 014112 CC 4 2 6 CT 3 13 16 TT 13 7 20 7.783 1.333 0.857 014169 AA 18 21 39 AG 1 0 1 GG 1 0 1 8.183 0.000 17.537 016518 AA 12 23 35 AG 8 0 8 GG 2 0 2 0.153 0.000 2.396 016618 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 016632 AA 0 0 0 AC 7 2 9 CC 17 21 38 0.700 0.048 0.527 016848 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 23 45 0.011 0.000 0.006 017207 CC 23 8 31 CT 1 12 13 TT 0 2 2 0.011 0.702 0.177 017221 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 017227 CC 24 8 32 CT 0 12 12 TT 0 2 2 0.000 0.702 0.390 017305 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 017308 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017341 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017355 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017408 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 017440 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 017645 AA 3 4 7 AG 6 12 18 GG 14 3 17 2.407 1.351 0.350 019131 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 22 23 45 0.045 0.000 0.022 019190 -- 22 23 45 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019371 AA 22 23 45 AT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019374 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019394 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 019498 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 019629 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 021212 AA 4 4 8 AG 12 13 25 GG 8 6 14 0.020 0.445 0.312 021282 CC 0 0 0 CT 2 0 2 TT 22 23 45 0.045 0.000 0.022 021293 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 021297 CC 18 8 26 CT 6 13 19 TT 0 2 2 0.490 1.043 0.413 021518 GG 12 8 20 GT 8 13 21 TT 4 2 6 1.500 1.043 0.018 021527 AA 0 0 0 AC 3 3 6 CC 21 20 41 0.107 0.112 0.218 021852 CC 2 2 4 CT 10 13 23 TT 12 8 20 0.002 1.043 0.538 022145 CC 13 8 21 CG 7 13 20 GG 4 2 6 2.476 1.043 0.129 022147 AA 8 7 15 AG 8 10 18 GG 8 6 14 2.667 0.381 2.567 022278 GG 21 20 41 GT 3 3 6 TT 0 0 0 0.107 0.112 0.218 022412 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 22 21 43 0.000 0.012 0.006 022742 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 022764 CC 0 2 2 CT 2 13 15 TT 22 8 30 0.045 1.043 0.005 022934 AA 23 23 46 AT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023089 AA 7 7 14 AG 9 10 19 GG 8 6 14 1.484 0.381 1.723 023236 GG 18 18 36 GT 5 5 10 TT 1 0 1 0.644 0.342 0.094 023388 GG 20 18 38 GT 4 5 9 TT 0 0 0 0.198 0.342 0.527 023441 AA 22 23 45 AG 2 0 2 GG 0 0 0 0.045 0.000 0.022 023765 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 023815 CC 0 0 0 CG 1 5 6 GG 22 18 40 0.011 0.342 0.224 024211 CC 2 0 2 CG 10 0 10 GG 12 23 35 0.002 0.000 1.214 024305 CC 16 18 34 CT 7 5 12 TT 1 0 1 0.044 0.342 0.002 024442 GG 2 0 2 GT 8 0 8 TT 9 20 29 0.012 0.000 1.755 024731 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 22 23 45 0.011 0.000 0.006 024769 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 21 23 44 0.048 0.000 0.023 024783 CC 0 0 0 CT 3 3 6 TT 20 20 40 0.112 0.112 0.224 024920 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 025049 CC 0 2 2 CG 0 8 8 GG 20 8 28 0.000 0.000 1.649 025572 CC 4 11 15 CG 6 11 17 GG 10 1 11 2.321 0.741 1.762 025688 -- 20 23 43 +- 4 0 4 ++ 0 0 0 0.198 0.000 0.093 025902 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 18 22 40 0.000 0.011 0.006 025937 -- 1 0 1 +- 2 0 2 ++ 18 23 41 4.203 0.000 9.977 025942 -- 0 0 0 +- 4 0 4 ++ 18 23 41 0.220 0.000 0.097 026421 GG 0 0 0 GT 4 0 4 TT 18 23 41 0.220 0.000 0.097 026507 AA 21 23 44 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.012 0.000 0.006 026564 CC 1 3 4 CG 5 7 12 GG 16 13 29 0.499 1.431 2.351 026620 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 23 44 0.012 0.000 0.006 026679 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 027143 CC 20 23 43 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 027204 CC 21 8 29 CT 3 7 10 TT 0 8 8 0.107 3.522 10.308 027386 CC 3 8 11 CT 14 8 22 TT 7 7 14 0.960 2.112 0.169 027604 CC 17 15 32 CT 7 7 14 TT 0 1 1 0.700 0.025 0.140 027649 -- 2 0 2 +- 12 1 13 ++ 10 22 32 0.375 0.011 0.208 028016 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 028117 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 028145 CC 24 15 39 CG 0 7 7 GG 0 1 1 0.000 0.025 0.919 028497 AA 13 13 26 AT 9 7 16 TT 1 3 4 0.130 1.431 0.442 028735 CC 15 22 37 CG 9 1 10 GG 0 0 0 1.278 0.011 0.666 028836 AA 0 9 9 AG 3 6 9 GG 21 8 29 0.107 5.239 13.319 029175 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 23 45 0.045 0.000 0.022 029176 AA 21 8 29 AT 3 6 9 TT 0 9 9 0.107 5.239 13.319 029346 CC 0 0 0 CT 0 2 2 TT 24 21 45 0.000 0.048 0.022 029445 CC 24 22 46 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.011 0.005 029750 AA 1 0 1 AG 4 0 4 GG 19 23 42 1.361 0.000 3.895 029914 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030014 AA 8 22 30 AG 15 1 16 GG 1 0 1 3.219 0.011 0.465 030077 CC 0 1 1 CT 2 7 9 TT 22 15 37 0.045 0.025 0.253 030308 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 030309 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 030347 CC 0 1 1 CT 2 7 9 TT 22 15 37 0.045 0.025 0.253 030429 AA 24 22 46 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.005 030459 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 030924 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 031071 CC 1 3 4 CG 6 6 12 GG 17 14 31 0.240 2.407 2.659 031468 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 031476 CC 21 8 29 CT 3 6 9 TT 0 9 9 0.107 5.239 13.319 032339 CC 19 23 42 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.053 0.000 0.024 032531 CC 19 8 27 CT 3 6 9 TT 0 9 9 0.118 5.239 12.347 032828 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 032873 AA 16 14 30 AG 6 6 12 GG 1 3 4 0.195 2.407 2.504 033099 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 033200 AA 0 9 9 AG 3 6 9 GG 21 8 29 0.107 5.239 13.319 033420 AA 1 3 4 AC 6 6 12 CC 16 14 30 0.195 2.407 2.504 033432 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 033764 CC 15 14 29 CT 5 6 11 TT 1 3 4 0.429 2.407 3.012 034524 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 034563 AA 21 23 44 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.051 034998 AA 21 8 29 AG 3 6 9 GG 0 9 9 0.107 5.239 13.319 035013 CC 8 22 30 CG 12 1 13 GG 4 0 4 0.020 0.011 1.934 035016 AA 24 19 43 AT 0 4 4 TT 0 0 0 0.000 0.209 0.093 035126 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 035291 AA 0 1 1 AG 8 7 15 GG 16 15 31 0.960 0.025 0.280 035637 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 035716 AA 0 9 9 AG 3 6 9 GG 21 8 29 0.107 5.239 13.319 035734 CC 17 14 31 CT 6 6 12 TT 1 3 4 0.240 2.407 2.659 035736 AA 17 14 31 AT 6 6 12 TT 1 3 4 0.240 2.407 2.659 035763 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 035770 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 035848 AA 6 22 28 AC 13 1 14 CC 5 0 5 0.174 0.011 2.206 036087 AA 22 23 45 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036283 CC 22 23 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 036330 GG 21 23 44 GT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 036657 CC 22 9 31 CT 2 8 10 TT 0 6 6 0.045 1.965 7.769 036688 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 036816 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 036833 CC 19 8 27 CG 3 5 8 GG 0 8 8 0.118 5.762 12.429 037069 CC 5 6 11 CT 11 6 17 TT 6 7 13 0.000 2.554 1.168 037330 CC 21 22 43 CG 2 0 2 GG 0 0 0 0.048 0.000 0.023 037334 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 037391 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 037767 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 037955 -- 0 0 0 +- 2 0 2 ++ 22 23 45 0.045 0.000 0.022 038233 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 038391 AA 24 21 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.012 0.006 038697 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 038750 AA 0 0 0 AT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 038845 AA 1 3 4 AG 5 6 11 GG 18 13 31 0.644 2.148 3.363 039011 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 039033 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 23 23 46 0.011 0.000 0.005 039076 CC 4 0 4 CT 12 1 13 TT 8 22 30 0.020 0.011 1.934 039105 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 23 46 0.011 0.000 0.005 039810 AA 17 23 40 AG 6 0 6 GG 0 0 0 0.517 0.000 0.224 039972 AA 22 23 45 AC 1 0 1 CC 0 0 0 0.011 0.000 0.006 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000595: CAT 007023: T 007400: A 007808: AA 008009: TCAA 011792: ATTA 011956: A 012461: AAATAT 013248: T 019190: T 025688: G 025937: TCTA 025942: TTC 027649: G 037955: GACT 039033: G