Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 000129 T 0.33 0.24 0.28 C 0.67 0.76 0.72 0.44 0.36 0.41 000143 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000196 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 000251 A 0.00 0.04 0.02 G 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 000393 C 0.37 0.43 0.40 T 0.63 0.57 0.60 0.47 0.49 0.48 000595 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 000661 C 0.37 0.43 0.40 A 0.63 0.57 0.60 0.47 0.49 0.48 001656 T 0.13 0.05 0.09 A 0.87 0.95 0.91 0.23 0.09 0.16 001821 T 0.04 0.04 0.04 C 0.96 0.96 0.96 0.08 0.08 0.08 001934 T 0.20 0.17 0.18 C 0.80 0.83 0.82 0.31 0.29 0.30 001979 T 0.09 0.07 0.08 C 0.91 0.93 0.92 0.16 0.12 0.14 002106 T 0.13 0.07 0.10 C 0.87 0.93 0.90 0.23 0.12 0.18 002271 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002330 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002604 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 002627 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002677 A 0.20 0.17 0.18 G 0.80 0.83 0.82 0.31 0.29 0.30 002702 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003102 T 0.13 0.07 0.10 C 0.87 0.93 0.90 0.23 0.12 0.18 003126 A 0.13 0.07 0.10 G 0.87 0.93 0.90 0.23 0.12 0.18 003205 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003270 T 0.02 0.07 0.04 C 0.98 0.93 0.96 0.04 0.12 0.08 003620 T 0.17 0.57 0.38 C 0.83 0.43 0.62 0.28 0.49 0.47 003684 A 0.05 0.00 0.02 G 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 003769 T 0.17 0.17 0.17 C 0.82 0.83 0.83 0.29 0.29 0.29 003820 C 0.14 0.07 0.10 G 0.86 0.93 0.90 0.24 0.12 0.18 003881 A 0.00 0.39 0.20 G 1.00 0.61 0.80 0.00 0.48 0.32 004021 T 0.12 0.20 0.17 C 0.88 0.80 0.83 0.21 0.33 0.28 004338 A 0.13 0.05 0.09 T 0.87 0.95 0.91 0.23 0.09 0.16 004991 T 0.17 0.18 0.18 C 0.83 0.82 0.82 0.29 0.30 0.29 005248 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 005371 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 006058 A 0.10 0.00 0.05 T 0.90 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006062 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 006102 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007023 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007164 G 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 007275 T 0.30 0.00 0.14 C 0.70 1.00 0.86 0.42 0.00 0.25 007396 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 007400 - 0.11 0.00 0.05 + 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 007602 C 0.07 0.00 0.03 A 0.93 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 007649 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007808 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007841 G 0.27 0.00 0.13 A 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 007866 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008009 - 0.09 0.37 0.23 + 0.91 0.63 0.77 0.16 0.47 0.35 008219 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008329 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008359 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008360 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008398 C 0.28 0.02 0.15 A 0.72 0.98 0.85 0.41 0.04 0.26 008834 C 0.15 0.37 0.26 T 0.85 0.63 0.74 0.26 0.47 0.39 009019 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009388 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 011792 - 0.00 0.05 0.02 + 1.00 0.95 0.98 0.00 0.10 0.05 011956 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 012006 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 012070 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012348 T 0.17 0.38 0.26 C 0.83 0.62 0.74 0.28 0.47 0.39 012393 C 0.06 0.00 0.03 T 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.07 012461 - 0.17 0.38 0.27 + 0.83 0.62 0.73 0.28 0.47 0.39 012722 C 0.17 0.36 0.26 G 0.83 0.64 0.74 0.28 0.46 0.38 013109 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 013248 - 0.00 0.37 0.18 + 1.00 0.63 0.82 0.00 0.47 0.30 013598 A 0.00 0.05 0.02 G 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.05 013723 T 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 013745 C 0.29 0.39 0.34 T 0.71 0.61 0.66 0.41 0.47 0.45 013823 A 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 013843 T 0.03 0.00 0.01 A 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 014016 C 0.28 0.39 0.33 T 0.72 0.61 0.67 0.40 0.47 0.44 014026 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014104 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 014112 C 0.28 0.39 0.33 T 0.72 0.61 0.67 0.40 0.47 0.44 014169 G 0.07 0.00 0.04 A 0.93 1.00 0.96 0.14 0.00 0.07 016518 G 0.27 0.00 0.13 A 0.73 1.00 0.87 0.40 0.00 0.23 016618 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016632 A 0.15 0.04 0.10 C 0.85 0.96 0.90 0.25 0.08 0.17 016848 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017207 T 0.02 0.36 0.18 C 0.98 0.64 0.82 0.04 0.46 0.30 017221 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 017227 T 0.00 0.36 0.17 C 1.00 0.64 0.83 0.00 0.46 0.29 017305 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017308 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017341 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017355 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017408 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017440 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017645 A 0.26 0.53 0.38 G 0.74 0.47 0.62 0.39 0.50 0.47 019131 A 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019190 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019371 T 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019374 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019394 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 019498 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019629 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021212 A 0.42 0.46 0.44 G 0.58 0.54 0.56 0.49 0.50 0.49 021282 C 0.04 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 021293 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 021297 T 0.12 0.37 0.24 C 0.88 0.63 0.76 0.22 0.47 0.37 021518 T 0.33 0.37 0.35 G 0.67 0.63 0.65 0.44 0.47 0.46 021527 A 0.06 0.07 0.06 C 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 021852 C 0.29 0.37 0.33 T 0.71 0.63 0.67 0.41 0.47 0.44 022145 G 0.31 0.37 0.34 C 0.69 0.63 0.66 0.43 0.47 0.45 022147 G 0.50 0.48 0.49 A 0.50 0.52 0.51 0.50 0.50 0.50 022278 T 0.06 0.07 0.06 G 0.94 0.93 0.94 0.12 0.12 0.12 022412 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 022742 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 022764 C 0.04 0.37 0.20 T 0.96 0.63 0.80 0.08 0.47 0.32 022934 T 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023089 A 0.48 0.52 0.50 G 0.52 0.48 0.50 0.50 0.50 0.50 023236 T 0.15 0.11 0.13 G 0.85 0.89 0.87 0.25 0.19 0.22 023388 T 0.08 0.11 0.10 G 0.92 0.89 0.90 0.15 0.19 0.17 023441 G 0.04 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 023765 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 023815 C 0.02 0.11 0.07 G 0.98 0.89 0.93 0.04 0.19 0.12 024211 C 0.29 0.00 0.15 G 0.71 1.00 0.85 0.41 0.00 0.25 024305 T 0.19 0.11 0.15 C 0.81 0.89 0.85 0.30 0.19 0.25 024442 G 0.32 0.00 0.15 T 0.68 1.00 0.85 0.43 0.00 0.26 024731 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024769 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 024783 C 0.07 0.07 0.07 T 0.93 0.93 0.93 0.12 0.12 0.12 024920 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025049 C 0.00 0.33 0.16 G 1.00 0.67 0.84 0.00 0.44 0.27 025572 G 0.65 0.28 0.45 C 0.35 0.72 0.55 0.45 0.41 0.50 025688 + 0.08 0.00 0.04 - 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 025902 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 025937 - 0.10 0.00 0.05 + 0.90 1.00 0.95 0.17 0.00 0.09 025942 - 0.09 0.00 0.04 + 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 026421 G 0.09 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.96 0.17 0.00 0.08 026507 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026564 C 0.16 0.28 0.22 G 0.84 0.72 0.78 0.27 0.41 0.35 026620 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 026679 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027143 T 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 027204 T 0.06 0.50 0.28 C 0.94 0.50 0.72 0.12 0.50 0.40 027386 C 0.42 0.52 0.47 T 0.58 0.48 0.53 0.49 0.50 0.50 027604 T 0.15 0.20 0.17 C 0.85 0.80 0.83 0.25 0.31 0.28 027649 - 0.33 0.02 0.18 + 0.67 0.98 0.82 0.44 0.04 0.30 028016 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 028117 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 028145 G 0.00 0.20 0.10 C 1.00 0.80 0.90 0.00 0.31 0.17 028497 T 0.24 0.28 0.26 A 0.76 0.72 0.74 0.36 0.41 0.39 028735 G 0.19 0.02 0.11 C 0.81 0.98 0.89 0.30 0.04 0.19 028836 A 0.06 0.52 0.29 G 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 029175 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 029176 T 0.06 0.52 0.29 A 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 029346 C 0.00 0.04 0.02 T 1.00 0.96 0.98 0.00 0.08 0.04 029445 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 029750 A 0.12 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 029914 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030014 G 0.35 0.02 0.19 A 0.65 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 030077 C 0.04 0.20 0.12 T 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 030308 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030309 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030347 C 0.04 0.20 0.12 T 0.96 0.80 0.88 0.08 0.31 0.21 030429 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 030459 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030924 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 031071 C 0.17 0.26 0.21 G 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 031468 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 031476 T 0.06 0.52 0.29 C 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 032339 T 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 032531 T 0.07 0.52 0.30 C 0.93 0.48 0.70 0.13 0.50 0.42 032828 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 032873 G 0.17 0.26 0.22 A 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 033099 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 033200 A 0.06 0.52 0.29 G 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 033420 A 0.17 0.26 0.22 C 0.83 0.74 0.78 0.29 0.39 0.34 033432 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 033764 T 0.17 0.26 0.22 C 0.83 0.74 0.78 0.28 0.39 0.34 034524 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 034563 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 034998 G 0.06 0.52 0.29 A 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 035013 G 0.42 0.02 0.22 C 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 035016 T 0.00 0.09 0.04 A 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 035126 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 035291 A 0.17 0.20 0.18 G 0.83 0.80 0.82 0.28 0.31 0.30 035637 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 035716 A 0.06 0.52 0.29 G 0.94 0.48 0.71 0.12 0.50 0.41 035734 T 0.17 0.26 0.21 C 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 035736 T 0.17 0.26 0.21 A 0.83 0.74 0.79 0.28 0.39 0.33 035763 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035770 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 035848 C 0.48 0.02 0.26 A 0.52 0.98 0.74 0.50 0.04 0.38 036087 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036283 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036330 T 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 036657 T 0.04 0.43 0.23 C 0.96 0.57 0.77 0.08 0.49 0.36 036688 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 036816 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 036833 G 0.07 0.50 0.28 C 0.93 0.50 0.72 0.13 0.50 0.40 037069 C 0.48 0.47 0.48 T 0.52 0.53 0.52 0.50 0.50 0.50 037330 G 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 037334 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037391 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 037767 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 037955 - 0.04 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 038233 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038391 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038697 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 038750 A 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 038845 A 0.15 0.27 0.21 G 0.85 0.73 0.79 0.25 0.40 0.33 039011 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039033 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039076 C 0.42 0.02 0.22 T 0.58 0.98 0.78 0.49 0.04 0.35 039105 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 039810 G 0.13 0.00 0.07 A 0.87 1.00 0.93 0.23 0.00 0.12 039972 C 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000595: CAT 007023: T 007400: A 007808: AA 008009: TCAA 011792: ATTA 011956: A 012461: AAATAT 013248: T 019190: T 025688: G 025937: TCTA 025942: TTC 027649: G 037955: GACT 039033: G