************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 il1f7.phase.inp il1f7.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il1f7.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il1f7.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il1f7.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il1f7.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 45 Positions of loci: 531 772 816 1033 1082 1217 1278 1828 1868 1890 1928 1934 2163 2288 2344 2403 2432 2590 2652 2757 2832 2864 2972 3578 3643 3888 3933 3963 4022 4119 4120 4344 4422 4735 6723 6882 7026 7231 7416 7676 7838 8028 8116 8390 8412 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il1f7.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCCCGCTCTAAGDGGGACTTGAGGACCAAACCATCGGDGTGCTIT 8.000000 2 CCCCGCTCTAAGDGGGACTTGAGGACCCAACCATCGGITTGCCIT 9.000000 3 CCCCGCTCTAAGDGGGACTTGAGGACCCAACCATCGGITTGCCIC 15.000000 4 CCCCGCTCTAAGDGGGACTTGAGGACCCAACCATCGGDGTGCTIT 1.000000 5 CCCCGCTCTAAGDGAGACTTGAGGACCCAACCATCGGITTGCCIC 2.000000 6 CCCCGTTCTAAGDAGGACTCTGAGGCCCAACCATCGGITTGCCIT 20.000000 7 CCCCGTTCTAAGDGGGACTCTGAGGCCCAACCATCGGITTGCCIT 16.000000 8 CCCCACTCTAAGDGGGACTTGGGGACCAAACCATCGGDGTGCTIT 1.000000 9 CCCCACTCTAAGDGGGACTTGGGAACCAAACCATCGGDGTGCTIT 7.000000 10 ATTTGCCTATGCIGACCTCTGAGGAGGCGGTTGGTAAIGCAATDT 4.000000 11 ATTTGCCTATGCIGACCTCTGAGGAGGCGGTTGGTAADGCAATDT 1.000000 12 ATTTGCCTATGCIGACCTCTGAGGAGGCGGTTGGTAADTCAATDT 10.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY DY01: (1,6) DY02: (5,9) DY03: (5,12) DY04: (2,12) DY05: (6,12) DY06: (6,9) DY07: (1,2) DY08: (1,10) DY09: (2,3) DY10: (1,2) DY11: (9,10) DY12: (1,10) DY13: (2,9) DY14: (3,9) DY15: (8,9) DY16: (2,12) DY17: (3,9) DY18: (2,12) DY19: (1,4) DY20: (12,11) DY21: (1,2) DY22: (1,10) DY23: (2,12) DY24: (6,12) E101: (6,7) E102: (6,7) E103: (6,6) E104: (3,6) E105: (7,7) E106: (6,7) E107: (7,12) E108: (6,7) E109: (7,7) E110: (3,6) E111: (3,12) E112: (3,7) E113: (6,7) E114: (3,6) E115: (6,7) E116: (6,6) E117: (6,7) E118: (3,3) E119: (3,7) E120: (3,7) E121: (6,7) E122: (3,3) E123: (3,6) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 DY01 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 DY02 C C C C G C T C T A A G D G A G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY03 C C C C G C T C T A A G D G A G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY04 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY05 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY06 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY07 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 DY08 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A [I] G C A A T D T 0 DY09 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C 0 DY10 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 DY11 C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A [I] G C A A T D T 0 DY12 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A [I] G C A A T D T 0 DY13 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY14 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY15 C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY16 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY17 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C A C T C T A A G D G G G A C T T G G G A A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY18 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY19 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G D G T G C T I T 0 DY20 A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A [D] [G] C A A T D T 0 DY21 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 DY22 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C A A A C C A T C G G D G T G C T I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A [I] G C A A T D T 0 DY23 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 DY24 C C C C G T T C T A A G D [A] G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 E101 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E102 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E103 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E104 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E105 C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E106 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D [G] G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E107 C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 E108 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E109 C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E110 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E111 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C A T T T G C C T A T G C I G A C C T C T G A G G A G G C G G T T G G T A A D T C A A T D T 0 E112 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E113 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E114 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D [A] G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E115 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E116 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E117 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E118 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C 0 E119 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E120 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E121 C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T C C C C G T T C T A A G D G G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T 0 E122 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C 0 E123 C C C C G C T C T A A G D G G G A C T T G A G G A C C C A A C C A T C G G I T T G C C I C C C C C G T T C T A A G D A G G A C T C T G A G G C C C A A C C A T C G G I T T G C C I T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 DY01 = = = = = C = = = = = = = G = = = = = T G A G = A = = A = = = = = = = = = D G = = = T = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = C T G A = G = = C = = = = = = = = = I T = = = C = = 0 DY02 = = = = G = = ? ? ? ? ? = = A = = = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = I T = = = C = C = = = = A = = ? ? ? ? ? = = G = = = = = = G = A = = = A = = = = = = = = = D G = = = T = T 0 DY03 C C C C = = T C T A A G D = = G A C T = = = = = = C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I C A T T T = = C T A T G C I = = C C T C = = = = = = G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D T 0 DY04 C C C C = = T ? ? ? ? ? D ? ? ? ? C T = = = = = = C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I = A T T T = = C ? ? ? ? ? I ? ? ? ? T C = = = = = = G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D = 0 DY05 C C C C = T T C T A A G D A G G A C T C T G A = G C C = A A C C A T C G G ? = ? G C C I = A T T T = C C T A T G C I G A C C T C T G A G = A G G = G G T T G G T A A ? = ? A A T D = 0 DY06 = = = = G T = = = = = = = A = = = = = C T = A G G = = C = = = = = = = = = I T = = = C ? = = = = = A C = = = = = = = G = = = = = T G = G A A = = A = = = = = = = = = D G = = = T ? = 0 DY07 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = D G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = I T = = = C = = 0 DY08 C C C C = = T C T A A G D ? ? ? ? C T = = = = = = C C A A A C C A T C G G ? = T G C = I = A T T T = = C T A T G C I ? ? ? ? T C = = = = = = G G C G G T T G G T A A ? = C A A = D = 0 DY09 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C 0 DY10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = D G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = I T = = = C = = 0 DY11 ? ? C C A = T C T A A G D = G G A C T = = G = A = C C A A A C C A T ? ? ? ? = T G C = I = ? ? T T G = C T A T G C I = A C C T C = = A = G = G G C G G T T G G ? ? ? ? = C A A = D = 0 DY12 C C C C = = T C T A A G D = G G A C T = = = = = = C C A A A C C A T C G G ? = T G C = I = A T T T = = C T A T G C I = A C C T C = = = = = = G G C G G T T G G T A A ? = C A A = D = 0 DY13 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = I T = = = C = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = A = = = = = = = = = D G = = = T = = 0 DY14 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = C = = = = = = = = = I T = = = C = C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = A = = = = = = = = = D G = = = T = T 0 DY15 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY16 C C C C = = T C T A A G D ? ? ? ? C T = = = = = = C C = A A C ? ? ? C G G ? = T G C C ? = A T T T = = C T A T G C I ? ? ? ? T C = = = = = = G G = G G T ? ? ? T A A ? = C A A T ? = 0 DY17 = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = = = C = = = ? ? ? = = = ? T = = = C ? C = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = A = = = ? ? ? = = = ? G = = = T ? T 0 DY18 C C C C = = T C T A A G D = G G A C T = = = = = = C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I = A T T T = = C T A T G C I = A C C T C = = = = = = G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D = 0 DY19 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 0 DY21 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = D G = = = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = I T = = = C ? = 0 DY22 C C C C = = T ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C T = = = = = = C C A A A C C A T ? ? ? ? = T G C = I = A T T T = = C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? T C = = = = = = G G C G G T T G G ? ? ? ? = C A A = D = 0 DY23 C C C C = = T ? ? ? ? ? D ? ? ? ? C T = = = = = = C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I = A T T T = = C ? ? ? ? ? I ? ? ? ? T C = = = = = = G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D = 0 DY24 C C C C = T T C T A ? G ? ? ? ? ? C T C T G A = G C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I = A T T T = C C T A T ? C ? ? ? ? ? T C T G A G = A G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = C = = = = = = = G = = = = = T G A G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = = = A = = = = = C T G A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E106 = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E107 C C C C = T T C T A A G D = G G A C T C T G A = G C C = A A C C A T C G G ? = T G C C I = A T T T = C C T A T G C I = A C C T C T G A G = A G G = G G T T G G T A A ? = C A A T D = 0 E108 = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = = = = C = = = = = = = G = = = = = T G A G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = = = A = = = = = C T G A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E111 C C C C = = T C T A A G D = G G A C T = = = = = = C C = A A C C A T ? ? ? ? = ? G C C I C A T T T = = C T A T G C I = A C C T C = = = = = = G G = G G T T G G ? ? ? ? = ? A A T D T 0 E112 = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T G A G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? = = C T G A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E113 = = = = = = = ? ? ? ? ? ? A = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E114 = = = = = C = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = T G A G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = C T G A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E115 = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E116 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E117 = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = 0 E118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = 0 E119 = = = = = C = = = = = = = = = = = = = T G A G = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = T = = = = = = = = = = = = = C T G A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T 0 E120 = = = = = C = = = = = = = = = = = = = T G A G = A = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = ? C = = = = = T = = = = = = = = = = = = = C T G A = G = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = ? T 0 E121 = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = 0 E123 = = = = = C = = = = = = = G = = = = = T G A G = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = = = A = = = = = C T G A = G = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = 0.97 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = ? 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 END PHASEPROBS