************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /home/qyi/lib/phase/PHASE2 -d1 il1ap.phase.inp il1ap.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST il1ap.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates il1ap.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual il1ap.phase.out_recom : estimates of recombination parameters il1ap.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 58 Positions of loci: 288 518 628 673 1723 1807 2103 2143 2264 2420 2913 3272 3631 3664 3755 3759 4521 4825 5138 6173 6279 6291 6716 7893 7921 7954 8014 8126 8225 9316 9319 9545 9608 9769 10520 10747 10760 10876 11448 12662 12705 13270 14416 14761 14767 14837 15216 15865 16018 16376 16386 16591 16814 17012 17081 17393 18006 18268 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file il1ap.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCCCGTCCTGCTGCIACCTTTGGAACTCGTTGCDGATGCGAGGCTIAATTIGCAGGGT 1.000000 2 GCCCGTCCTGCTGCIACTTTTGGAACTCGTTACDGACTCAAGGTTIAGCTIGTGAAAC 16.000000 3 GCCCGTCCTGCTGCIGCCTTTGGAACTCGTTACDGATTCAAGGTTIAGCTIGTGAGAC 1.000000 4 GCCCGTCTTGCTGCIACCTTTGGAACTCGTTACDGACTCAAGGTTIAGCTIGTGAGAC 4.000000 5 GCCCGCCCTGCTGCIGCCTTTGGAACTCGTTACDGATTCAAGGTTIAGCTIGTGAGAC 3.000000 6 GCCTGTCCCATCATIGCCCCTGGAGCTTGTTGCDGATGCGAGGCTIAATTIGCAGGGT 10.000000 7 GCCTGTCCCATCATIGCCCCTGGAGCTTGTTGCDGCTGCGAGGCTIAATTIGCAGGGT 20.000000 8 GCCTGTCCTGTTGCIGCCCCTGGAACTCGTTGCDGATGCGAGGCTIAGTTIGCAGGGT 1.000000 9 GCCTGTCCTGTTGCIGCCTCTGGAACTCGTTGCDGATGCGAGGTTIAGTTIGTGGGGC 1.000000 10 GCCTGTCCTGTTGCIGCCTCTGGAGCTCGTTGCDGATGCGAGGTTIAGTTIGTGGGGT 1.000000 11 GCCTGTTCCATCATIGCCCCTGGAGCTTGTTGCDGCTGCGAGGCTIAATAIGCAGGGT 11.000000 12 GCCTATCCTGTTGCDGCCTCTGGAACTCATTGCDGATGCGAGATTIAGTTIGTGGGGC 3.000000 13 GGCTGTCCTGTTGCIGCCTCTGAAATTCGTTGCDGATGCGAGGTTIAGTTIATGGGGC 4.000000 14 ACTTGTCCTGTCATIGCCCCAGGCGCTCGTCGTIGATGTGCCGTTDCATTDGCAGGGT 1.000000 15 ACTTGTCCTGTCATIGTCCCAAGCGCCCGCCGTIAATGTGCGGTTDCATTDGCAGGGT 8.000000 16 ACTTGTCCTGTCATIGTCCCAAGCGCCCGCCGTIAATGTGCGGTCDCATTDGCAGGGT 1.000000 17 ACTTGTCCTGTCATIGTCCCAAGCGCCCGCCGTIAATGTGCCGTTDCATTDGCAGGGT 3.000000 18 ACTTGTCCTGTCATIGTCCCAAGCGCCCGCCGTIAATGTGCCGTCDCATTDGCAGGGT 5.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,11) D002: (5,7) D003: (4,9) D004: (5,11) D005: (7,13) D006: (7,11) D007: (7,13) D008: (6,11) D009: (6,11) D010: (10,11) D011: (1,13) D012: (6,12) D013: (11,15) D014: (3,7) D015: (5,14) D016: (7,18) D033: (8,15) D034: (11,15) D035: (2,4) D036: (6,11) D037: (12,12) D038: (11,18) D039: (4,6) D040: (11,13) E001: (6,15) E002: (2,7) E003: (2,15) E004: (2,15) E005: (2,2) E006: (7,7) E007: (2,15) E008: (2,18) E009: (2,2) E010: (7,7) E011: (2,7) E012: (17,17) E013: (2,16) E014: (6,7) E015: (6,7) E016: (6,15) E017: (2,7) E018: (2,7) E019: (7,7) E020: (2,17) E021: (2,6) E022: (7,18) E023: (7,18) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C C C G T C T T G C T G C I A C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D002 G C C C G C C C T G C T G C I G C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A T T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 D003 G C C C G T C T T G C T G C I A C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G G A A C T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I G T G G G G C 0 D004 G C C C G C C C T G C T G C I G C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A T T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D005 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G G C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G A A A T T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I A T G G G G C 0 D006 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D007 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G G C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G A A A T T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I A T G G G G C 0 D008 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D009 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D010 G C C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G G A G C T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I G T G G G G T G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D011 G C C C G T C C T G C T G C I A C C T T T G G A A C T C G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G G C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G A A A T T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I A T G G G G C 0 D012 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T A T C C T G T T G C D G C C T C T G G A A C T C A T T G C D G A T G C G A G A T T I A G T T I G T G G G G C 0 D013 G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 D014 G C C C G T C C T G C T G C I G C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A T T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 D015 G C C C G C C C T G C T G C I G C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A T T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C A C T T G T C C T G T C A T I G C C C C A G G C G C T C G T C G T I G A T G T G C C G T T D C A T T D G C A G G G T 0 D016 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C [C] G T C D C A T T D G C A G G G T 0 D033 G C C T G T C C T G T T G C I G C C C C T G G A A C T C G T T G C D G A T G C G A G G C T I A (G) T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C [G] G T T D C (A) T T D G C A G G G T 0 D034 G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 D035 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C C G T C T T G C T G C I A C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C 0 D036 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T 0 D037 G C C T A T C C T G T T G C D G C C T C T G G A A C T C A T T G C D G A T G C G A G A T T I A G T T I G T G G G G C G C C T A T C C T G T T G C D G C C T C T G G A A C T C A T T G C D G A T G C G A G A T T I A G T T I G T G G G G C 0 D038 G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T C D C A T T D G C A G G G T 0 D039 G C C C G T C T T G C T G C I A C C T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A G A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 D040 G C C T G T T C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T A I G C A G G G T G G C T G T C C T G T T G C I G C C T C T G A A A T T C G T T G C D G A T G C G A G G T T I A G T T I A T G G G G C 0 E001 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E002 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E003 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C [G] G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E004 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E005 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C 0 E006 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E007 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E008 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T [C] D C A T T D G C A G G G T 0 E009 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C 0 E010 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E011 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C T G T [C] C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T [T] I G C A G G G T 0 E012 A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T T D C A T T D G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E013 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T C D C A T T D G C A G G G T 0 E014 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E015 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E016 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C G G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E017 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G [C] T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E018 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E019 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E020 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T T D C A T T D G C A G G G T 0 E021 G C C C G T C C T G C T G C I A C T T T T G G A A C T C G T T A C D G A C T C A A G G T T I A G C T I G T G A A A C G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G A T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T 0 E022 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T C D C A T T D G C A G G G T 0 E023 G C C T G T C C C A T C A T I G C C C C T G G A G C T T G T T G C D G C T G C G A G G C T I A A T T I G C A G G G T A C T T G T C C T G T C A T I G T C C C A A G C G C C C G C C G T I A A T G T G C C G T C D C A T T D G C A G G G T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = C = = C T T G ? T G C = A = = ? T = = = = A = = C = = = A = = = A C T = A = ? ? T = = = G ? T = = T G ? = A C = = = T = = T C C A ? C A T = G = = ? C = = = = G = = T = = = G = = = C T G = G = ? ? C = = = A ? A = = C A ? = G T 0 D002 = = = C = C = = T G C T G C = = = = T T = = = = A = = C = = = A = = = A = T = A = = = T = = = G C = ? = T G ? ? A C = = = T = T = = C A T C A T = = = = C C = = = = G = = T = = = G = = = C = G = G = = = C = = = A T = ? = C A ? ? G T 0 D003 = = = C = = = T = = ? = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = C T = A = = = = = = = = C = = = = = A = A = = = = T = = = C = = ? = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = T G = G = = = = = = = = T = = = = = G = G = 0 D004 = = = C = C ? = T ? C T G C = = = = T T = = = = A = = C = = = A = = = A = T = A = = = T = = = G C T = = T G ? = A C = = = T = T ? = C ? T C A T = = = = C C = = = = G = = T = = = G = = = C = G = G = = = C = = = A T A = = C A ? = G T 0 D005 = C = = = = = = C A = C A T = = = = C = = = G = G C = T = = = = = = = C = = = = = ? ? C = = = A = = = G C A ? = = T = G = = = = = = T G = T G C = = = = T = = = A = A T = C = = = = = = = A = = = = = ? ? T = = = G = = = A T G ? = = C 0 D006 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = A = = = = ? = = = 0 D007 = C = = = = = = C A = C A T = = = = C = = = G = G C = T = = = = = = = C = = = = = = = C = = = A = = = G C A ? = = T = G = = = = = = T G = T G C = = = = T = = = A = A T = C = = = = = = = A = = = = = = = T = = = G = = = A T G ? = = C 0 D008 = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = T = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = A = = = = ? = = = 0 D009 = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = 0 D010 = = = = = = C = T G = T G C = = = = T = = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = = = = T = = = G = T = = T G ? ? = = = = = = = = T = C A = C A T = = = = C = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = C = = = A = A = = C A ? ? = = 0 D011 = C = C = = = = = = C = = = = A = = = T = = G = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A = = ? G C A ? = = T = G = T = = = = = = T = = = = G = = = C = = A = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = = ? A T G ? = = C 0 D012 = = = = G = = = C A = C A T I = = = C = = = = = G = = T G = = = = = = = = = = = = ? ? C = = = A = = = = C A ? = = T = = = = A = = = T G = T G C D = = = T = = = = = A = = C A = = = = = = = = = = = = ? ? T = = = G = = = = T G ? = = C 0 D013 G = C = = = T = C A = = = = = = C = = = T G = ? ? ? T T = T T = C D G C = = C = A = ? C = I A = = A I = = = ? = = = A = T = = = C = T G = = = = = = T = = = A A = ? ? ? C C = C C = T I A A = = T = C = ? T = D C = = T D = = = ? = = = 0 D014 = ? = ? = = ? ? ? G C T G C = = = = T T = = = = A = = C = = = A = = = A = T = A = = = T = = = G C = = = T G ? = A C = ? = ? = = ? ? ? A T C A T = = = = C C = = = = G = = T = = = G = = = C = G = G = = = C = = = A T = = = C A ? = G T 0 D015 G = C C = C = = = = C T G C = = = = T T T = = A A = = = = = T A C D = = = T C A A G = = = I A G C = I ? T G A = A C A = T T = T = = = = T C A T = = = = C C A = = C G = = = = = C G T I = = = G T G C C = = = D C A T = D ? C A G = G T 0 D016 G ? C = = = = = C A = = = = = = C = = = T G = A = = T T = T T = C D G C = = C = A ? = C T ? A = = ? ? = = = ? = = = A ? T = = = = = T G = = = = = = T = = = A A = C = = C C = C C = T I A A = = T = C ? = T C ? C = = ? ? = = = ? = = = 0 D033 G = C = = = = = = = = T G C = = C = = = T G = A A = T = = T T = C D G = = = ? = A ? = C = I A (G) = = I = = = ? = = = A = T = = = = = = = = C A T = = T = = = A A = C G = C = = C C = T I A = = = ? = C ? = T = D C (A) = = D = = = ? = = = 0 D034 G = C = = = T = C A = = = = = = C = = = ? ? = A = = T T = T T = C D G C = = C = A = = C = I A = = A I = = = ? = = = A = T = = = C = T G = = = = = = T = = = ? ? = C = = C C = C C = T I A A = = T = C = = T = D C = = T D = = = ? = = = 0 D035 = = = = = = = C = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = 0 D036 = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = 0 D037 ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 G = C = = = T = C A = = = = = = C = = = T G = A = = T T = T T = C D G C = = C = A G = C T I A = = A I = = = ? = = = A = T = = = C = T G = = = = = = T = = = A A = C = = C C = C C = T I A A = = T = C C = T C D C = = T D = = = ? = = = 0 D039 = = = C = = = T T G C T G C = A = = T T = = = = A = = C = = = A = = = = C T = A = = ? T = = = G C = ? = T G ? = A C = = = T = = = C C A T C A T = G = = C C = = = = G = = T = = = G = = = = T G = G = = ? C = = = A T = ? = C A ? = G T 0 D040 = C = = = = T = C A = C A T = = = = C = = = G ? ? ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = ? ? ? ? A = ? ? ? C A ? = ? T = G = = = = C = T G = T G C = = = = T = = = A ? ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = = ? ? ? ? G = ? ? ? T G ? = ? C 0 E001 ? = C = = = = = C A = = = ? ? = C = = = T G = A = = T T = T T = C D ? = = = C = A = = C = ? A = = = I = = = = = = = ? = T = = = = = T G = = = ? ? = T = = = A A = C = = C C = C C = T I ? = = = T = C = = T = ? C = = = D = = = = = = = 0 E002 = = = C = = = = T G C T G C ? A = T T T = = = = A = = C = = = A = = = A C T = A = = = T = = = G C = = = T G ? A A C = = = T = = = = C A T C A T ? G = C C C = = = = G = = T = = = G = = = C T G = G = = = C = = = A T = = = C A ? G G T 0 E003 G = C C = = = = = = C ? G C = A C T T T T G = A A = T = = T T A C D G = C T C A A ? = = = I A G C ? ? = T G A A A C A = T T = = = = = = T ? A T = G T C C C A A = C G = C = = C C G T I A = T G T G C ? = = = D C A T ? ? = C A G G G T 0 E004 G = C C = = = = = = C T G C = A C T T T T G = A A = T = = T T A C D G = C T C A A = = = = I A G C = I = T G A A A C A = T T = = = = = = T C A T = G T C C C A A = C G = C = = C C G T I A = T G T G C = = = = D C A T = D = C A G G G T 0 E005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 E007 G = C C = = = = = = C T G C = A C T T T T G = A A = T = = T T A C D G = ? T C ? ? = = = = I A G C = I = T G A A A C A = T T = = = = = = T C A T = G T C C C A A = C G = C = = C C G T I A = ? G T ? ? = = = = D C A T = D = C A G G G T 0 E008 G = C C = = = = = = C T G C = A C ? T T T G = A A = T = = T T A C D ? = C T C A A G ? ? ? ? A G C ? ? = T G A A A C A = T T = = = = = = T C A T = G T ? C C A A = C G = C = = C C G T I ? = T G T G C C ? ? ? ? C A T ? ? = C A G G G T 0 E009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = ? ? 0 E010 = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = C = = ? = T G C T G C = A = T T T = = = = A = = C = = = A = = = A C T = A = = ? T = = = G C ? ? = T ? ? A A C = = = T = = ? = C A T C A T = G = C C C = = = = G = = T = = = G = = = C T G = G = = ? C = = = A T ? ? = C ? ? G G T 0 E012 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E013 G = C C = = = = = = C ? G C = A C T T T T G = A A = T = = T T A C D ? = C T C A A = = = T I A G ? = I = T G A A ? ? A = T T = = = = = = T ? A T = G T C C C A A = C G = C = = C C G T I ? = T G T G C = = = C D C A ? = D = C A G G ? ? 0 E014 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 E015 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = 0 E016 G = C = = = ? ? C A = = = = = = C = = = T G = A = = T T = T T = C D G = = = C = A = = ? ? ? ? = = = I = = = ? = = = A = T = = = ? ? T G = = = = = = T = = = A A = C = = C C = C C = T I A = = = T = C = = ? ? ? ? = = = D = = = ? = = = 0 E017 = = = C ? ? ? ? ? G C ? G C ? A = T T T = = = ? ? ? ? ? = = = A = = = ? ? T = A = = = T = = = G C = ? = T ? ? A A C = = = T ? ? ? ? ? A T ? A T ? G = C C C = = = ? ? ? ? ? = = = G = = = ? ? G = G = = = C = = = A T = ? = C ? ? G G T 0 E018 = = = C = = = = T G C T G C = A = T T T = = = = A = = C = = = A = = = A C T = A = = ? T = = = G C ? ? = T G A A ? C = = = T = = = = C A T C A T = G = C C C = = = = G = = T = = = G = = = C T G = G = = ? C = = = A T ? ? = C A G G ? T 0 E019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = 0 E020 G = C C = = = = = = C T G C = A C T T T T G = A A = T = = T T A C D G = C T C A A G ? = = I A G C = I = T G A A A C A = T T = = = = = = T C A T = G T C C C A A = C G = C = = C C G T I A = T G T G C C ? = = D C A T = D = C A G G G T 0 E021 = = = C = = = = T G C T G C = A = T T T = = = = A = = C = = = A = = = = C T ? A = = ? T = = = G C ? ? = T G ? ? A C = = = T = = = = C A T C A T = G = C C C = = = = G = = T = = = G = = = = T G ? G = = ? C = = = A T ? ? = C A ? ? G T 0 E022 G = C = = = = = C A = = = = = = C = = = T G = A = = T T = T T = C D G C = = C = A G = C T I A = = ? ? = = = ? ? = = A = T = = = = = T G = = = = = = T = = = A A = C = = C C = C C = T I A A = = T = C C = T C D C = = ? ? = = = ? ? = = 0 E023 G = C = = = ? ? C A = = = = = = C = = = T G = A = = T T = T T = C D G C = = C = A G = C T I A = = = I = = = = = = = A = T = = = ? ? T G = = = = = = T = = = A A = C = = C C = C C = T I A A = = T = C C = T C D C = = = D = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = ? = ? = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? ? = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 0.60 = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 ? = ? 1.00 ? = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? = = = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = END PHASEPROBS