************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 i12r2.phase.inp i12r2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST i12r2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates i12r2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual i12r2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters i12r2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 47 Number of Loci: 146 Positions of loci: 135 138 197 966 972 974 984 1084 1543 2312 2449 3254 3420 3556 3624 3650 4012 7764 7864 7880 7900 8047 8540 8652 8727 8865 10093 10507 10614 14643 15879 16263 16668 16670 16692 21480 21632 21788 21802 21932 22172 22191 23424 23819 23919 24320 24451 25261 25644 26306 26388 26540 31805 31934 32061 32763 32885 33095 33774 33905 34704 34811 35023 35212 35359 38874 39296 39985 40361 41093 41138 44720 44921 46155 46432 46880 49969 50455 51029 51095 51385 51796 52066 56024 56161 56334 56653 56839 56926 57007 57018 57696 57963 57968 61937 62526 63247 65885 66183 67925 68091 68231 68572 68602 68788 73547 73739 73798 74680 75141 75185 79544 79656 80219 80263 80486 80493 80611 80846 80851 81170 81364 83631 83971 84049 84054 84078 84173 84183 84328 85052 85431 85647 85662 86054 86660 86696 88602 88646 89121 89328 89354 89658 89931 90551 91497 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file i12r2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCCDGTATATGCTCACATIIGAIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 1.000000 2 GCCDGTGCGCGCTCGCATDDGAIGCAAAIGCTATGGTGGACTAGACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCTACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 1.000000 3 GCCDGTGCGCGCTCGCATDDGAIGCAAADACTATGGTGGACTAGACATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIGTTCATTGTAGGGIATCGTCTTGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCGGAT 1.000000 4 GCCDGTGCGCGCTCGCAGDDGAIGCAAADGCTTTGGTGGGGTAGCCTTDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTAGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 1.000000 5 GCCDGTGCGCGCTCGCAGDDGAIGCAAADGCTTTGGTGCGGTAGCCTTDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTAGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 1.000000 6 GCCDGTGCGCGCTCGCAGDDGAIGCAAADGCCACGGTGGAGTAGACATITGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTAGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAAGTCGTIATGCAAAT 2.000000 7 GCCDGTGCGCGCTCGCAGDDGAIGCAAADGCCACGGTGGGGTAGACATITGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTAGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAGGTCGTIATGCAAAT 1.000000 8 GCCDGTGTACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 1.000000 9 GCCDGTGTACGCTCACATDDGAIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIATTTATTGTAAAAIATCGTCTGGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCAACG 2.000000 10 GCCDGTGTACGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCTTTGGTGGGGTAGCCTTDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACACAACG 1.000000 11 GCCDGTGTGCGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCTATGGTGGACTAGACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCTACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 2.000000 12 GCCDGTGTGCGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCCACGGTGGGCTAGACATITAACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAAGTCGTIATGCAAAT 2.000000 13 GCCDGTGTGCGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCCACGGCGGGCTAGACATITAACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAAGTCGTIATGCAAAT 1.000000 14 GCCDGTGTGCTTTCGCATDDGADGCGGADACTATGGTGGACTAGACATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIGTTCATTGTAGGGIATCGTCTTGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCACAACG 1.000000 15 GCCDGTGTGTGTCCGCATDDGAIGCAGGDGCTATAGTGGACGAGACAGICGACTGCCATTITACCCTATGGGACGAGCTAGCGCAGAATCGCACDGACCATAGCAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGCAACT 3.000000 16 GCCIGCGTGCGCTCGTTTDDAADGCAGGDGCTTTAGTGCGCGAGACAGICGGCTGCCTCCDGACCTTATGAGCCGGTCTAATGTAGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGCAACT 1.000000 17 GCCIGCGTGCGCTCGTTTDDAADGCAGGDGCTTTAGTGCGCGAGACAGICGGCTGCCTCCDGACCTTATGAGCCGGTCTAATGTAGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGTAACT 1.000000 18 GCCIGCGTGCGCTCGTTTDDAADGCAGGDGCTTTAGTGCGCGAGACAGICGGCTGCCTCCDGACCCTATGAGCCGGTCTAATGTAGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGCAACT 1.000000 19 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 25.000000 20 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTTATGGGACGAGCTAGCGCAGAATCGCACDGACCATAGCAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGTAACT 1.000000 21 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACTTICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 3.000000 22 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTAGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 3.000000 23 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATAGTGGACGAGACAGICGACTGCCATTITACGTTATGGGACGAGCTAGCGCAGAATCGCACDGACCATAGCAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGCAACT 2.000000 24 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATAGTGGACGAGACAGICGACTGCCATTITACCCTATGGGACGAGCTAGCGCAGAATCGCACDGACCATAGCAGGAIACCATCTTGGGAGAAAAGTAAAAGTCGTDACGCAACT 1.000000 25 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTTTGGTGGAGTAGCCATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCGTCTTGGGAGAAAAGGAAAGGTCGTIGCGCAGCT 1.000000 26 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTTTGGTGCGGTAGCCATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 2.000000 27 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTTTGATGGGGTAGCCATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCGTCTTGGGAGAAAAGGAAAGGTCGTIGCGCAGCT 1.000000 28 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIATTTATTGTAAAAIATCGTCTGGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCAACG 2.000000 29 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACG 3.000000 30 GTCDATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGTTATGATGGGCTGGATATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIATTTATTGTAAAAIATCGTCTGGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCAACG 1.000000 31 GTCDATATACGCTCACATDDGGIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACG 1.000000 32 GTCDATATACGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCTTTGGTGGAGTAGCCATDCGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 1.000000 33 GTCDATATACTCTCACATDDGAIACAAAIGCTTTGGTGGGGTAGCCATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 1.000000 34 GTCDATATACTTTCGCATDDGAIGCGGADGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 1.000000 35 GTCDATATACTTTCGCATDDGGIGCGGADGCTATGGTGGGCTAGCCATICGATCCTGATTITACGTTATGGACCGGGCCAACCTGAAGCCGTGCIGTTCATTGTAGGGIATCGTCTTGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIACGCGGAT 1.000000 36 GTCDATATATGTCCGCATDDGAIGCAGGDGCTATGGTGGAGTAGCCATDCGACTGCGATTITATGTTATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCGCACDGTCCATTGCTGGADATCGTCTTGGGGGAAAAGGAAAGATTGTIGCGCGGAT 1.000000 37 GTCDATATATTTTCACATDDGAIGCGGADGCCACGGCGGGCTAGACATITAACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAAGTCGTIATGCAAAT 1.000000 38 GTCDATATATTTTCACATDDGGIGCGGADGCCACGGTGGGCTAGACATITAACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCATDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGAAGAATAGTAAAAGTCGTIATGCAAAT 1.000000 39 GTCDATATGCGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTTCCTGACTGGGCCCACCTGGAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCGTCTTGGGAGAAAAGGAAAGGTCGTIGCGCAGCT 1.000000 40 GTCDATATGCGTTTGCATIIGAIGTAAAIACTATGGTGGGCTAGATATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 1.000000 41 GTCDATATGTGTCCGCATDDGAIGCAGGDGCTATAGTAGACGAGACAGICGACTGCCATTITACCTTATGGGACGAGCTAGCGCAGAATCGCACDGACCATAGCAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTDACGTAACT 1.000000 42 GTCDATGTGCGTCCGCATDDGAIGCAGGDGCTATAGTGGACGAGACAGICGACTGCCATTITACGTTATGGGACGAGCTAGCGCGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACACAACG 1.000000 43 ACADATATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 2.000000 44 ACADATATATGTCCGCATDDGAIGCAGGDGCTATGGTGGAGTAGCCATDCGACTGCGATTITATGTTATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCGCACDGTCCATTGCTGGADATCGTCTTGGGGGAAAAGGAAAGATTGTIGCGCGGAT 2.000000 45 ACADGTGTGCGCTCACATDDGAIGCAAAIGCCACGGTGGACTAGACATICAACTGCGACCDGATGTTATGAGCCGGTCCAACCTAGAGCCGCACDGTTCATTGTAGGAIATCGTCTTGAGGGAAAAGGAAAGGTTGTIGCGCGGAT 1.000000 46 ACAIACATACGCTCACATDDGAIACAAAIGCTATGGTGGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 1.000000 47 ACAIACATACGCTCACATDDGAIACAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACG 1.000000 48 ACAIACATACGTTTGCATDDGAIACAAAIGCTATGGTAGACTAAACATICGATCCTGATTITGCGTCATGGGACGAGCCAGCCCAGAGCCACACDGTTCGGACTAGGAITTTGCTCTAAGGAAGTCCTGAGGGTTACIGCGCGGAT 2.000000 49 ACAIACATACGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCTTTGGTGGAGTAGCCATDCGACTGCGATTIGATGTTCCTGACTGGGCCCACCTGAAATCGCACDGATCATAGTAGGAIACCATCTTGGGAGAATAGTAAAAGTCGTIACGCAACT 2.000000 50 ACAIACATACGTTTGCATIIGAIGTAAAIGCCACGGCGGGCTAGACATITAACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIATTTATTGTAAAAIATCGTCTGGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCAACG 1.000000 51 ACAIACATACGTTTGCATIIGAIGTAAAIGTTATGGTGGGCTGGATATICGACTGCCATTIGATGTTCCTGACTGGGTCAACCTGACGCCGTGCIATTTATTGTAAAAIATCGTCTGGGGGGGATAGGAGAGGCTGTIGCGCAACG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,21) D002: (12,19) D003: (4,12) D004: (5,26) D005: (13,22) D006: (1,42) D007: (11,49) D008: (10,29) D009: (23,38) D010: (27,30) D011: (37,43) D012: (7,26) D013: (6,34) D014: (15,31) D015: (35,47) D016: (40,51) D033: (6,19) D034: (28,29) D035: (29,50) D036: (19,28) D037: (19,19) D038: (2,45) D039: (11,14) D040: (21,32) E001: (19,25) E002: (19,24) E003: (19,43) E004: (8,19) E005: (19,48) E006: (22,41) E007: (22,46) E008: (9,33) E009: (9,23) E010: (19,19) E011: (19,21) E012: (17,44) E013: (19,39) E014: (20,49) E015: (19,48) E016: (19,19) E017: (19,19) E018: (18,44) E019: (15,19) E020: (15,19) E021: (19,19) E022: (19,19) E023: (16,36) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C C D G T G C G C G C T C G C A T D D G A I G C A A A D A C T A T G G T G G A C T A G A C A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I G T T C A T T G T A G G G I A T C G T C T T G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C T T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D002 G C C D G T G T G C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C C A C G G [T] G G G C T A G A C A T I T A A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D003 G C C D G T G C G C G C T C G C A G D D G A I G C A A A D G C T T T G G T G G G G T A G C C T T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T A G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T G C C D G T G T G C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C C A C G G T G G G C T A G A C A T I T A A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T 0 D004 G C C D G T G C G C G C T C G C A G D D G A I G C A A A D G C T T T G G T G C G G T A G C C T T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T A G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T T T G G T G C G G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 D005 G C C D G T G T G C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C C A C G G C G G G C T A G A C A T I T A A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T A G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D006 G C C D G T A T A T G C T C A C A T I I G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T G T G C G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C G T T A T G G G A C G A G C T A G C G C [G] A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C A C A A C G 0 D007 G C C D G T G T G C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C T A T G G T G G A C T A G A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C T A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T A C A I A C A T A C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C T T T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 D008 G (C) C D (G) T (G) T A C G (T) T (T) (G) C A T (I) (I) G A I (G) (T) A A A I G C T T T G G T G G G G T A G C C (T) T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C (A) C A A C G G (T) C D (A) T (A) T A C G (C) T (C) (A) C A T (D) (D) G A I (A) (C) A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T (A) T I C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C (G) C A A C G 0 D009 G T C D A T A T A (C) (G) (C) T C A C A T D D G (A) I (A) C (A) (A) A (I) G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C G T T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T G T C D A T A T A (T) (T) (T) T C A C A T D D G (G) I (G) C (G) (G) A (D) G C C A C G G T G G G C T A G A C A T I T A A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T 0 D010 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T T T G A T G G G G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C G T C T T G G G A G A A A A G G A A A G G T C G T I G C G C A G C T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G A T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G 0 D011 (G) (T) (C) D A T A T A (T) (T) (T) T C A C A T D D G A I (G) C (G) (G) A (D) G C C A C G G C G G G C T A G A C A T I T A A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T (A) (C) (A) [D] A [T] A T A (C) (G) (C) T C A C A T D D G A I (A) C (A) (A) A (I) G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D012 G C C D G T G C G C G C T C G C A G D D G A I G C A A A D G C C A C G G T G G G G T A G A C A T I T G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T A G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A G G T C G T I A T G C A A A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T T T G G T G C G G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 D013 G C C D G T G C G C G C T C G C A G D D G A I G C A A A D G C C A C G G T G G A G T A G A C A T I T G A C T G C C A T T I G A T G T T [C] C T G A C T A G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T G T C D A T A T A C T T T C G C A T D D G A I G C G G A D G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D014 G C C D G T G T G T G T C C G C A T D D G (A) I G C A G G D G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C C C T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G (G) I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C G 0 D015 (G) (T) (C) (D) A (T) A T A C T T T C G C A T D D G G I G C G G A D G C T A T G G T G G G C T A G (C) C A T I C G A T C C T G A T T I T A C G T T A T G G A C C G G G C C A A C C T G A A G C C G T G C I G T T C A T T G T A G G G I A T C G T C T T G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I A C G C G G A T (A) (C) (A) (I) A (C) A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G (A) T A T I C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C G 0 D016 (G) (T) (C) (D) A (T) A T (G) C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I (A) (C) T A T G G T G G G C T (A) G A T A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T (A) (C) (A) (I) A (C) A T (A) C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I (G) (T) T A T G G T G G G C T (G) G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G 0 D033 G C C D G T G C G C G C T C G C A G D D G A I G C A A A D G C C A C G G T G G A G T A G A C A T I T G A C T G C C A T T I G A T G T T [C] C T G A C T A G G C C C A C C T G A A A T C G C A T D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G A A G A A T A G T A A A A G T C G T I A T G C A A A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D034 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C G 0 D035 (G) (T) (C) (D) A (T) A T A C G (C) T (C) (A) C A T (D) (D) G A I (A) (C) A A A I G (T) (T) A (T) G G (T) G G G C T [G] G A (T) A T I (C) (G) A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C G (A) (C) (A) (I) A (C) A T A C G (T) T (T) (G) C A T (I) (I) G A I (G) (T) A A A I G (C) (C) A (C) G G (C) G G G C T A G A (C) A T I (T) (A) A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G 0 D036 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G 0 D037 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 D038 (G) C (C) D G T G (C) G C G C T C [G] C A T D D G A I G C A A A I G C T A T G G T G G A C T A G A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C T A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T (A) C (A) D G T G (T) G C G C T C [A] C A T D D G A I G C A A A I G C C A C G G T G G A C T A G A C A T I C A A C T G C G A C C D G A T G T T A T G A G C C G G T C C A A C C T A G A G C C G C A C D G T T C A T T G T A G G A I A T C G T C T T G A G G G A A A A G G A A A G G T T G T I G C G C G G A T 0 D039 G C C D G T G T G C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C T A T G G T G G A C T A G A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C T A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G C C D G T G T G C [T] T T C G C A T D D G [A] D G C G G A D A C T A T G G T G G A C T A G A C A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I G T T C A T T G T A G G G I A T C G T C T T G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C A C A A C G 0 D040 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C T T I C G A T C C T (G) A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C T T T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C (C) A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 E001 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T T T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C G T C T T G G G A G A A A A G G A A A G G T C G T I G C G C A G C T 0 E002 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G (T) C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C C C T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A (A) A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T 0 E003 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T A C A D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E004 G C C D G T G T [A] C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E005 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (G) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T A C A I A C A T A C G T T T G C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (A) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E006 G T C D A T A T (A) C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T A G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T (G) T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T A G T A G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C C T T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G T A A C T 0 E007 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (A) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T A C A I A C A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (G) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E008 G (C) C D (G) T (G) T A C (G) C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G G (T) C D (A) T (A) T A C (T) C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T T T G G T G G G G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 E009 G (C) C D (G) T (G) T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G T T A T G G T G G G C T G G A T A T I C G A C T G C C A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G T C A A C C T G A C G C C G T G C I A T T T A T T G T A A A A I A T C G T C T G G G G G G G A T A G G A G A G G C T G T I G C G C A A C G G (T) C D (A) T (A) T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C G T T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T 0 E010 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E011 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C T T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E012 G C C I G C G T G C G C T C G T T T D D A A D G C A G G D G C T T T A G T G C G C G A G A C A G I C G G C T G C C T C C D [G] A C C T T A T G A G C C G G T C T A A T G T A G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G T A A C T A C A D A T A T A T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I T A T G T T A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C G C A C D G T C C A T T G C T G G A D A T C G T C T T G G G G G A A A A G G A A A G A T T G T I G C G C G G A T 0 E013 G T C D A T A T (A) C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T (G) C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C G T C T T G G G A G A A A A G G A A A G G T C G T I G C G C A G C T 0 E014 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G T A A C T A C A I A C A T A C G T T T G C A T I I G A I G T A A A I G C T T T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I G A T G T T C C T G A C T G G G C C C A C C T G A A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T I A C G C A A C T 0 E015 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (G) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T A C A I A C A T A C G T T T G C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T (A) G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E016 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E017 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E018 G C C I G C G T G C G C T C G T T T D D A A D G C A G G D G C T T T A G T G C G C G A G A C A G I C G G C T G C C T C C D [G] A C C C T A T G A G C C G G T C T A A T G T A G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T A C A D A T A T A T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I T A T G T T A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C G C A C D G T C C A T T G C T G G A D A T C G T C T T G G G G G A A A A G G A A A G A T T G T I G C G C G G A T 0 E019 G C C D G T G T G T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C C C T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E020 G C C D G T G T G T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T A G T G G A C G A G A C A G I C G A C T G C C A T T I T A C C C T A T G G G A C G A G C T A G C G C A G A A T C G C A C D G A C C A T A G C A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E021 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E022 G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T G T C D A T A T A C G C T C A C A T D D G A I A C A A A I G C T A T G G T G G A C T A A A C A T I C G A T C C T G A T T I T G C G T C A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C A C A C D G T T C G G A C T A G G A I T T T G C T C T A A G G A A G T C C T G A G G G T T A C I G C G C G G A T 0 E023 G C C I G C G T G C G C T C G T T T D D A A D G C A G G D G C T T T A G T G C G C G A G A C A G I C G G C T G C C T C C D [G] A C C T T A T G A G C C G G T C T A A T G T A G A A T C G C A C D G A T C A T A G T A G G A I A C C A T C T T G G G A G A A T A G T A A A A G T C G T D A C G C A A C T G T C D A T A T A T G T C C G C A T D D G A I G C A G G D G C T A T G G T G G A G T A G C C A T D C G A C T G C G A T T I T A T G T T A T G G G A C G A G C C A G C C C A G A G C C G C A C D G T C C A T T G C T G G A D A T C G T C T T G G G G G A A A A G G A A A G A T T G T I G C G C G G A T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = C = = G = G C ? = = = = = G = = = = = = = = G = = = = D A = = = = = = = = = = ? ? = G = = A = = = = = C T G C C = = = = G A T = = T C C T = A C T = G = T = = A = = T G A ? = = = G T G = ? = = = = A T T G = = = = G = A = C = T C T = G G = = G G A = A ? G A G A = = C = G T = = ? ? = = = = = = T = = A = A T ? = = = = = A = = = = = = = = A = = = = I G = = = = = = = = = = ? ? = A = = T = = = = = T C C T G = = = = T G C = = C A T G = G A C = A = C = = G = = C A G ? = = = A C A = ? = = = = G G A C = = = = A = T = T = C T C = A A = = A A G = C ? T G A G = = T = A C = = ? ? = = = = = 0 D002 = C = = G = G = G = = T = T G = = = I I = = = G T = = = = = = C = C ? ? ? = = G = = = G = = = = = T A = C T G C C = = = = G A T = = T C C T = ? ? T = G = = = C A = = T G A = A T = G = = T = = A = = A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G A A G = A = A ? = A = A A = = C G T = A T = = A A = = = T = = A = A = A = = C = C A = = = D D = = = A C = = = = = = T = T ? ? ? = = A = = = A = = = = = C G = T C C T G = = = = T G C = = C A T G = ? ? C = A = = = A G = = C A G = G C = A = = C = = T = = G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A G G A = G = C ? = G = G G = = T A C = G C = = G G = = 0 D003 = = = = = = = C = = = C = C = = = G D D = = = = C = = = D = = T T T = = = = = = G = = = C = T = D C G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = C = = = = = = = = T = = = T = T = = = T I I = = = = T = = = I = = C A C = = = = = = C = = = A = A = I T A = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = 0 D004 = C = = G = G C ? = = = = = G = = G = = = = = G = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = A = A T ? = = = = = A = = T = = = = = A = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 = C = = G = G = G = = T = T G = = = I I = = = G T = = = = = = C = C = ? C G = G = = = G = = = = = T A = C T G C C = = = = ? A T = = T C C T = A C T = G = = = C A = = T G A = A T = G = = T = = A = = A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G A A G = A = A G = A = A A = = C G T = A T = = A A = = = T = = A = A = A = = C = C A = = = D D = = = A C = = = = = = T = T = ? T A = A = = = A = = = = = C G = T C C T G = = = = ? G C = = C A T G = G A C = A = = = A G = = C A G = G C = A = = C = = T = = G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A G G A = G = C C = G = G G = = T A C = G C = = G G = = 0 D006 = C = = G = A = A T = C T = A = = = I I = = = A = = A A I = T = = = G = = = = G = T G = = T = T = = = = = = = = G = = = = G = T = = = C C T = A C T = G = = C C A ? C T ? G ? G C = A = = = = = T = = G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A = G A = G = C ? ? ? = G G = = T A C = G = G = G G A T = T = = A = G = G C = T C = G = = = D D = = = G = = G G D = C = = = A = = = = A = G A = = C = G = = = = = = = = C = = = = T = C = = = A T G = G A C = A = = T A G ? G C ? A ? A T = G = = = = = A = = A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G = A G = A = A ? ? ? = A A = = C G T = A = A = A A C G 0 D007 G = C D G T G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = C = = = A = ? = I = = = T C C T = = = = = T G C = = C A T G = G A C = A = = = A G = = C A G = G C T A = = = = = T = = G G = C = = = = = = T T ? G C T C = A A = ? A = G = C C = G = G G = = T A C = G = = = G G A = A = A I A C A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = G = = = C = ? = D = = = C T G C = = = = = G A T = = T C C T = A C T = G = = = C A = = T G A = A T C G = = = = = A = = A T = G = = = = = = A C ? A T C T = G G = ? G = A = A G = A = A A = = C G T = A = = = A A C = 0 D008 = (C) = = (G) = (G) = = = = (T) = (T) (G) = = = (I) (I) ? ? = (G) (T) = = = ? = C = T = = = = = = = G = A = C C (T) = D = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = (T) = = (A) = (A) = = = = (C) = (C) (A) = = = (D) (D) ? ? = (A) (C) = = = ? = T = A = = = = = = = C = G = A T (A) = I = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = 0 D009 = = = = = = = = ? (C) (G) (C) = = = = = = = = = (A) = (A) = (A) (A) = (I) = = T = T A = = = = ? ? G = = = = = G = C G = ? ? ? = = = = = = T = C = = = A T G = G A ? = ? = = T A G = G C A G = = = = = = = C = = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = D = C = = = = C = = = = = = = = = ? (T) (T) (T) = = = = = = = = = (G) = (G) = (G) (G) = (D) = = C = C G = = = = ? ? T = = = = = T = T A = ? ? ? = = = = = = G = T = = = C C T = A C ? = ? = = C C A = C T G A = = = = = = = T = = = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = I = T = = = = A = 0 D010 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = G = A = C C ? = D = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = G A A T = = C A = D G A = C = = A = = = G G = = = C = = = = = T = = = A = A = A = = = = A = = = T ? = = = = = = = = G = T = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = = = C = G = A T ? = I = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = A C G C = = T G = I A T = T = = T = = = A A = = = T = = = = = G = = = G = G = T = = = = G = = = C ? = = = = = = = = A = G 0 D011 (G) (T) (C) ? ? ? ? ? = (T) (T) (T) = = = = = = = = = = = (G) = (G) (G) = (D) = = C = C = ? C = = G = = = G = = = = = T A = ? ? ? C C = = = = G A T = ? ? C C T = A C T = G = = = C A = = ? ? ? = A T = G = = T = = A = = A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G A A G = A = A G = A = A A = = C G T = A T = = A A = = (A) (C) (A) ? ? ? ? ? = (C) (G) (C) = = = = = = = = = = = (A) = (A) (A) = (I) = = T = T = ? T = = A = = = A = = = = = C G = ? ? ? T G = = = = T G C = ? ? A T G = G A C = A = = = A G = = ? ? ? = G C = A = = C = = T = = G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A G G A = G = C C = G = G G = = T A C = G C = = G G = = 0 D012 = C = = G = G ? G = = = = = G = = G = = = = = G = = = = D = = C A C = = = = G = = = = = A = = = ? T = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = T = = ? = A = = T = = A = A ? A = = = = = A = = T = = = = = A = = = = I = = T T T = = = = C = = = = = C = = = ? C = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = A = = = = = = = C = = ? = C = 0 D013 = C = = G = G C ? = G C = = = = = G = = = = = = = A A = = = = C = C = = = = = = G = = G = = = = = T = = C T G C C = = = = G A T = = T ? C T = A C T A G = = = C A = = T G A = A T = G ? = T = = A = = A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G A A G = A = A G = A = A A = = C G T = A T = = A A = = = T = = A = A T ? = T T = = = = = T = = = = = = = G G = = = = T = T = = = = = = C = = A = = = = = C = = T C C T G = = = = T G C = = C ? T G = G A C G A = = = A G = = C A G = G C = A ? = C = = T = = G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A G G A = G = C C = G = G G = = T A C = G C = = G G = = 0 D014 = C = = G = G = G T = T ? ? ? ? ? = = = = (A) = G ? ? G G D = C = = = A = ? = = A = G A = = ? ? G = = = = ? ? ? = C = = = = T = C C C = A T G = G A C = A = = T A G = G ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = D = = = = = = = T = T = = A = A = A C = C ? ? ? ? ? = = = = (G) = A ? ? A A I = T = = = G = ? = = G = T G = = ? ? T = = = = ? ? ? = G = = = = G = T G T = C C T = A C T = G = = C C A = C ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = I = = = = = = = G 0 D015 (G) (T) (C) (D) = (T) = = = = T T = = G = = = = = = G = G = G G = D = C = = = = = = = = = = = A = (C) C = = = = = = ? ? ? T = = = = = T = C ? = = A T G = = = C = = = = = A = = = ? ? ? = G C = = ? G = I = T = = = = T = = = = = G = = T = G = = = = = = = G = G = = = = G = G = G = C T = = = = = = = G G A T (A) (C) (A) (I) = (C) = = = = G C = = A = = = = = = A = A = A A = I = T = = = = = = = = = = = G = (A) T = = = = = = ? ? ? C = = = = = G = T ? = = C C T = = = T = = = = = C = = = ? ? ? = A T = = ? A = D = A = = = = A = = = = = A = = C = A = = = = = = = A = A = = = = T = A = A = T C = = = = = = = A A C G 0 D016 (G) (T) (C) (D) = (T) = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) (C) = = = = = = = = = = = (A) = = = = = D = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = C = = = = = = A A T = = C A = D G A = C = = A = = = G G = = = C = A = = = T = = = A = A = = = = T = A = ? = T C = = = A = = = = = = T (A) (C) (A) (I) = (C) = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) (T) = = = = = = = = = = = (G) = = = = = I = = = = = = = C = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = A = = = = = = C G C = = T G = I A T = T = = T = = = A A = = = T = G = = = G = = = G = G = = = = G = G = ? = C T = = = G = = = = = = G 0 D033 = C = = G = G C G = = = = = G = = G = = = = = G = = ? = D = = C = C = = = = = = ? ? = G = = = = = T = = C T G C C = = = = G A T ? = T ? C T = A C ? A G = = = C A = = T G A = A T = G ? ? ? = ? ? ? ? A T = G = = = = = = A C C A T C T = ? G A A G = A = A G = A = A A = = C G T = A T = = A A = = = T = = A = A T A = = = = = A = = T = = = = = A = = ? = I = = T = T = = = = = = ? ? = A = = = = = C = = T C C T G = = = = T G C ? = C ? T G = G A ? G A = = = A G = = C A G = G C = A ? ? ? = ? ? ? ? G G = C = = = = = = T T T G C T C = ? A G G A = G = C C = G = G G = = T A C = G C = = G G = = 0 D034 = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T = A = = = = = = C G C = = T G = I A T = T = = T = = = A A = = = T = G = = = G = = = G = G = = = = G = G = G = C T = = = G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = C = C = = = = = = A A T = = C A = D G A = C = = A = = = G G = = = C = A = = = T = = = A = A = = = = T = A = A = T C = = = A = = = = = = = 0 D035 (G) (T) (C) (D) = (T) = = ? ? ? (C) = (C) (A) = = = (D) (D) ? ? = (A) (C) = = = = = (T) (T) = (T) = ? (T) = = = = = ? = = (T) = = = (C) (G) = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = ? = = = = A A T = = ? ? ? D ? ? = ? = = A = = = G G = ? = C = A = = = T ? = = A = A = = = = T = A = ? = T C = = = A = = = = = ? = (A) (C) (A) (I) = (C) = = ? ? ? (T) = (T) (G) = = = (I) (I) ? ? = (G) (T) = = = = = (C) (C) = (C) = ? (C) = = = = = ? = = (C) = = = (T) (A) = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = ? = = = = C G C = = ? ? ? I ? ? = ? = = T = = = A A = ? = T = G = = = G ? = = G = G = = = = G = G = ? = C T = = = G = = = = = ? = 0 D036 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = A = = ? A = C ? ? = = = = T C C T G = = = = T G C = = C A T G = G A C = A = C = = G = = C A G A = = = A C A = D G = = ? G G A C = = G G = ? T = T = C T C T ? A = = A A G = C C T G A G = = T = A C = = = = = G G A T = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = G = = ? G = T ? ? = = = = C T G C C = = = = G A T = = T C C T = A C T = G = T = = A = = T G A C = = = G T G = I A = = ? A T T G = = A A = ? A = C = T C T G ? G = = G G A = A G G A G A = = C = G T = = = = = A A C G 0 D037 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D038 (G) = (C) = = = = (C) = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = T = = = = = = = = = = = = = = = = G = T C C T = = T T I ? G C = = C ? = = G = A = = A G = = = G = = C = = = = = T A = = = = = = = = G G A C = = = = = = T = T = C T C = A = = = A = G T C C T G = G = = = = A C = = = = = = = = = (A) = (A) = = = = (T) = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = = = = = = = = = A = C T G C = = C C D ? A T = = T ? = = A = C = = G T = = = A = = T = = = = = C G = = = = = = = = A T T G = = = = = = A = C = T C T = G = = = G = A A A G G A = A = = = = G T = = = = = = = = = 0 D039 = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = I I ? ? I = T A A ? I G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T C C T G ? = ? = T G C = = C ? T G = G A C ? ? = C = = G = = ? ? ? A = = T A ? ? ? D = = = = G G A C = = = = A = T = T = C T C = A A = = A A G = C ? ? ? ? ? ? = T = A C = = = G = G G A ? = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = D D ? ? D = C G G ? D A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C T G C C ? = ? = G A T = = T ? C T = A C T ? ? = T = = A = = ? ? ? C = = C G ? ? ? I = = = = A T T G = = = = G = A = C = T C T = G G = = G G A = A ? ? ? ? ? ? = C = G T = = = A = A A C ? 0 D040 = = = = = = = = = ? ? ? = C A = = = D D ? ? = A C = = = = = = = A = = = = = = = C = = A A ? T = ? = = ? T C C T (G) ? = = = T G C = ? ? A T G = G A C = A = = = A ? ? ? C A G = G C = ? ? ? ? ? = T = ? G G = C = = = = = = T T T G C T C = A A = G A ? G = C C = G = G ? = = T A C = G = = = G G A = = = = = = = = = = ? ? ? = T G = = = I I ? ? = G T = = = = = = = T = = = = = = = G = = G C ? A = ? = = ? C T G C (C) ? = = = G A T = ? ? C C T = A C T = G = = = C ? ? ? T G A = A T = ? ? ? ? ? = A = ? A T = G = = = = = = A C C A T C T = G G = A G ? A = A G = A = A ? = = C G T = A = = = A A C = 0 E001 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? = A A = = = ? = = = T C C T = = = = = T G C = = C A T G = G A C = A = = = A G = = C A = = G C = A = = = = = T = = G G = C = = = = = = T T T = C T C = A A = G A = G T C C T G = G = = = T A C = = = = = G = A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? ? = G C = = = ? = = = C T G C = = = = = G A T = = T C C T = A C T = G = = = C A = = T G = = A T = G = = = = = A = = A T = G = = = = = = A C C = T C T = G G = A G = A A A G G A = A = = = C G T = = = = = A = C = 0 E002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = A = = = T = = = = T C C T G = = = = = G = G T C = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = G C = A = = = = = T T = G G = C T = = = = = T T T G C T C = ? A = G A = G (T) C C = G = G G = = T A C I G = = = G G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = G = G = = = G = = = = C T G C C = = = = = A = C C T = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = A T = G = = = = = A C = A T = G C = = = = = A C C A T C T = ? G = A G = A (A) A G = A = A A = = C G T D A = = = A A C = 0 E003 G T C = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C A = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E004 = C = = G = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = A = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E005 G T C D = T = = ? = = C = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C A I = C = = ? = = T = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E006 = = = = = = = = (A) C = C T = A = = = = = = = = A = = A A I = = = = = G = ? = = = = T = A = = = T = = = = T C C T G = = = = = G = G = C ? = = = = = = = = = = C = = = C = = = = G C = A = = = = = T T = G G = C T = = = = = T T T G C T C = A A = G A = G = C C = G = G G = = T A C I G = = C G G A = = = = = = = = = (G) T = T C = G = = = = = = = = G = = G G D = = = = = A = ? = = = = G = G = = = G = = = = C T G C C = = = = = A = C = T ? = = = = = = = = = = T = = = G = = = = A T = G = = = = = A C = A T = G C = = = = = A C C A T C T = G G = A G = A = A G = A = A A = = C G T D A = = T A A C = 0 E007 ? ? ? D = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? I = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E008 = (C) = = (G) = (G) = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = = = C = G = A T = = ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = = C G C = = T G = I A T = T = = T = = = A A = ? = T = G = = = G = = = G = ? = = = = G = G = G = C T = = = G = = = = = = G = (T) = = (A) = (A) = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = G = A = C C = = ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = A A T = = C A = D G A = C = = A = = = G G = ? = C = A = = = T = = = A = ? = = = = T = A = A = T C = = = A = = = = = = T 0 E009 = (C) = = (G) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = G ? ? G ? = T = T = = = = = = = = = = = = = G = T ? = = C C T = A C T = G = T C = A ? C T G A C G C = = T G = I A T T T = = T = T = A A = = = T = G = = = G = = = G = G = = = = G = G = G = C T = = I G = = = = = = ? = (T) = = (A) = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A = = = = A ? ? A ? = C = G = = = = = = = = = = = = = T = C ? = = A T G = G A C = A = C T = G ? G C A G A A T = = C A = D G A C C = = A = C = G G = = = C = A = = = T = = = A = A = = = = T = A = A = T C = = D A = = = = = = ? 0 E010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E012 G = C I G C G = G C = C T = = T T = = = A = D = = = = = ? = = = T = ? = = = C G C G = = A = = G I = = G = = = = C T C C D ? = C C = = = = = A = C = = G T = T = A T G T = = = A T = = = = = = = A T = = = A = T A = = = I = C = A = = = = = = = A = = = T = = T = = = A G = C = = D A = = T A A C = A = A D A T A = A T = T C = = C A = = = G = I = = = = = ? = = = A = ? = = = G A G T = = C = = T D = = A = = = = G A T T I ? = T G = = = = = G = A = = A G = C = G C C C = = = G C = = = = = = = T C = = = T = C T = = = D = T = G = = = = = = = G = = = A = = G = = = G A = T = = I G = = C G G A = 0 E013 = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C A T G = G A C = A = = = A G = = C ? = = G C = A = = = = = T = = G G = C = = = = = = T T T = C T C = A A = G A = G T C C T G = G = = = T A C = = = = = G = A = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C C T = A C T = G = = = C A = = T ? = = A T = G = = = = = A = = A T = G = = = = = = A C C = T C T = G G = A G = A A A G G A = A = = = C G T = = = = = A = C = 0 E014 G T C D = T = = = = = C = C A = = = D D = = = A C = = = = = = = A = = = = = = = C = = A A = = = ? = = = T C C T = = = = = T G C = = = A T G = G A C = A = = T A G = G C A G = = = = = = = = = = = C = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = T = = = = A C A I = C = = = = = T = T G = = = I I = = = G T = = = = = = = T = = = = = = = G = = G C = = = ? = = = C T G C = = = = = G A T = = = C C T = A C T = G = = C C A = C T G A = = = = = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = C = = = = 0 E015 G T ? D = T = = = = = C = C A = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C ? I = C = = = = = T = T G = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E017 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E018 G = C I G C G = G C = C T = = T T = = = A = D = = = = = = = = = T = A = = = C G C G = = A = = G I = = G = = = = C T C C D ? = C C C = = = = A = C ? = G T = T = A T G T = = = A T = = = = = = = A T = = = A = T A = = = I = C = A = = = = = = = A = = = T = = T = = = A G = C = = D A = = = A A C = A = A D A T A = A T = T C = = C A = = = G = I = = = = = = = = = A = G = = = G A G T = = C = = T D = = A = = = = G A T T I ? = T G T = = = = G = A ? = A G = C = G C C C = = = G C = = = = = = = T C = = = T = C T = = = D = T = G = = = = = = = G = = = A = = G = = = G A = T = = I G = = = G G A = 0 E019 = C = = G = G = G T = T C = G = = = = = = = = G = = G G D = = = = = A = = = = = = G = G = = = G = = = = C T G C C = = = = = A = C C T = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = A T = G = = = = = A C = A T = G C = = = = = A C C A T C T = G G = A G = A = A G = A = ? ? = = C G T D A = = = A A C = = T = = A = A = A C = C T = A = = = = = = = = A = = A A I = = = = = G = = = = = = T = A = = = T = = = = T C C T G = = = = = G = G T C = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = G C = A = = = = = T T = G G = C T = = = = = T T T G C T C = A A = G A = G = C C = G = ? ? = = T A C I G = = = G G A = 0 E020 = C = = G = G = G T = T C = G = = = = = = = = G = = G G D = = = = = A = = = = = = G = G = = = G = = = = C T G C C = = = = = A = C C T = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = A T = G = = = = ? A C = A T = G C = = = = = A C C A T C T = ? G = ? G = A = A G = A = A A = = C G T D A = = = A A C ? = T = = A = A = A C = C T = A = = = = = = = = A = = A A I = = = = = G = = = = = = T = A = = = T = = = = T C C T G = = = = = G = G T C = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = G C = A = = = = ? T T = G G = C T = = = = = T T T G C T C = ? A = ? A = G = C C = G = G G = = T A C I G = = = G G A ? 0 E021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E023 = C = I G C G = ? C = C T = = T T = = = A = D = = = = = = = = = T = A ? ? ? ? ? C G = = A = = G ? = = G = = = = C T C C D ? = C ? = = = ? = A = C = = G T = T = A T G T = = = A T = = = = = = = A T = = = A = T A = = = I = C = A = = = = = = = A = ? = T = = T = = = A G = C = = D A = = = A A C = = T = D A T A = ? T = T C = = C A = = = G = I = = = = = = = = = A = G ? ? ? ? ? G T = = C = = T ? = = A = = = = G A T T I ? = T ? = = = ? = G = A = = A G = C = G C C C = = = G C = = = = = = = T C = = = T = C T = = = D = T = G = = = = = = = G = ? = A = = G = = = G A = T = = I G = = = G G A = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 0.91 = = 0.91 = 0.91 0.91 ? = = = = = 0.91 = = = = = = = = 0.91 = = = = 0.91 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = 0.99 = 0.99 = = = 0.99 0.99 0.99 = = = = 0.99 = = = 0.99 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = 0.98 = 0.98 = 0.98 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.79 = = 0.79 = 0.79 = = = = 0.73 = 0.73 0.73 = = = 0.73 0.73 ? ? = 0.73 0.73 = = = ? = 0.94 = 0.94 = = = = = = = 0.94 = 0.94 = 0.94 0.94 0.79 = 0.94 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = ? 0.86 0.86 0.86 = = = = = = = = = 0.86 = 0.86 = 0.86 0.86 = 0.86 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 0.73 0.73 0.73 ? ? ? ? ? = 0.85 0.85 0.85 = = = = = = = = = = = 0.85 = 0.85 0.85 = 0.85 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = 0.60 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 0.65 0.65 0.65 0.65 = 0.65 = = = = 0.93 0.93 = = 0.93 = = = = = = 0.93 = 0.93 = 0.93 0.93 = 0.93 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 0.80 1.00 = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.55 0.55 0.55 0.55 = 0.55 = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.57 0.57 = = = = = = = = = = = 0.68 = = = = = 0.98 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 0.61 0.61 0.61 0.61 = 0.61 = = ? ? ? 0.78 = 0.78 0.78 = = = 0.78 0.78 ? ? = 0.78 0.78 = = = = = 0.79 0.79 = 0.79 = ? 0.79 = = = = = ? = = 0.79 = = = 0.79 0.79 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 ? ? = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.57 = 0.57 = = = = 0.68 = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 0.98 = ? = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 0.51 ? = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 0.51 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = 0.92 = 0.92 0.92 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.89 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.67 = = 0.67 = 0.67 = = = 0.58 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 0.69 = = 0.69 = 0.69 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 0.97 0.97 0.97 0.97 = 0.97 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = 0.90 = 0.90 0.90 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? ? = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.99 = = 0.99 = 0.99 = 0.99 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.99 = = 0.99 = 0.99 = 0.99 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = = = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = END PHASEPROBS