Site Genotype1 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 Total-chi2 001476 CC 24 20 44 CT 0 2 2 TT 0 0 0 0.000 0.050 0.023 001795 AA 13 15 28 AT 11 8 19 TT 0 0 0 2.121 1.019 3.016 001904 CC 17 15 32 CT 7 8 15 TT 0 0 0 0.700 1.019 1.694 001913 AA 0 0 0 AC 1 0 1 CC 23 23 46 0.011 0.000 0.005 002360 CC 20 18 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.014 0.007 002446 CC 13 6 19 CT 5 8 13 TT 2 5 7 1.604 0.460 2.710 002465 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 20 39 0.013 0.000 0.006 003286 GG 21 22 43 GT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.011 0.093 003416 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 003417 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 005515 CC 21 22 43 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.052 005555 CC 21 21 42 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.107 0.012 0.095 005655 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 005732 AA 0 0 0 AT 6 0 6 TT 18 23 41 0.490 0.000 0.218 005775 CC 14 8 22 CT 8 10 18 TT 2 5 7 0.296 0.306 1.018 005776 CC 14 8 22 CT 8 10 18 TT 2 5 7 0.296 0.306 1.018 005777 AA 2 5 7 AC 8 10 18 CC 14 8 22 0.296 0.306 1.018 005788 CC 14 8 22 CG 8 10 18 GG 2 5 7 0.296 0.306 1.018 005926 CC 11 11 22 CT 11 9 20 TT 2 3 5 0.107 0.277 0.020 006189 AA 0 0 0 AG 0 4 4 GG 23 19 42 0.000 0.209 0.095 006190 CC 0 4 4 CT 8 11 19 TT 15 8 23 1.019 0.004 0.001 006219 -- 0 0 0 +- 1 0 1 ++ 22 23 45 0.011 0.000 0.006 006253 GG 22 23 45 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 006348 CC 17 14 31 CT 6 9 15 TT 0 0 0 0.517 1.361 1.746 006373 AA 0 0 0 AG 5 0 5 GG 18 23 41 0.342 0.000 0.152 006479 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 006601 CC 15 23 38 CT 8 0 8 TT 1 0 1 0.003 0.000 0.516 006659 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 23 44 0.107 0.000 0.051 006857 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 21 21 42 0.012 0.000 0.006 007466 CC 19 23 42 CT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.095 007575 CC 0 0 0 CG 2 4 6 GG 21 19 40 0.048 0.209 0.224 007875 CC 0 0 0 CG 2 4 6 GG 22 19 41 0.045 0.209 0.218 007918 AA 0 0 0 AC 0 3 3 CC 24 20 44 0.000 0.112 0.051 007920 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 23 46 0.011 0.000 0.005 008098 GG 0 0 0 GT 0 8 8 TT 24 14 38 0.000 1.086 0.417 008213 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 21 42 0.107 0.000 0.054 008334 AA 0 0 0 AG 2 0 2 GG 22 21 43 0.045 0.000 0.023 008480 CC 22 17 39 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.015 0.006 008700 -- 0 0 0 +- 2 3 5 ++ 22 17 39 0.045 0.131 0.160 009704 AA 0 0 0 AT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 009917 CC 20 21 41 CG 4 0 4 GG 0 0 0 0.198 0.000 0.097 009929 CC 22 21 43 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 010424 CC 0 0 0 CG 2 4 6 GG 22 19 41 0.045 0.209 0.218 010800 CC 0 0 0 CT 2 4 6 TT 22 19 41 0.045 0.209 0.218 010858 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 011131 AA 0 0 0 AG 0 9 9 GG 17 14 31 0.000 1.361 0.643 011542 CC 17 18 35 CT 2 4 6 TT 0 0 0 0.059 0.220 0.256 011640 CC 16 10 26 CT 3 11 14 TT 0 0 0 0.140 2.644 1.800 011739 CC 18 19 37 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.007 011921 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 19 19 38 0.013 0.000 0.007 011977 CC 17 8 25 CT 4 11 15 TT 0 0 0 0.233 3.154 2.130 012190 CC 15 21 36 CT 7 1 8 TT 1 0 1 0.025 0.012 0.450 012502 CC 22 20 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 012536 GG 0 0 0 GT 0 1 1 TT 24 20 44 0.000 0.012 0.006 012606 CC 0 0 0 CG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 012633 CC 22 10 32 CT 2 12 14 TT 0 0 0 0.045 3.094 1.482 012638 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 21 22 43 0.107 0.000 0.052 012705 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 21 44 0.011 0.000 0.006 012715 -- 22 18 40 +- 2 4 6 ++ 0 0 0 0.045 0.220 0.224 012773 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 24 22 46 0.000 0.011 0.005 012788 AA 19 11 30 AG 5 12 17 GG 0 0 0 0.324 2.865 2.291 012922 AA 20 9 29 AG 3 14 17 GG 1 0 1 2.617 4.402 0.693 012965 CC 19 9 28 CT 3 13 16 TT 1 0 1 2.457 3.869 0.556 013003 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 19 22 41 0.209 0.000 0.097 013046 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 22 22 44 0.011 0.000 0.006 013171 GG 23 20 43 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013173 CC 1 0 1 CT 3 11 14 TT 20 10 30 2.617 2.644 0.185 013178 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 21 44 0.011 0.000 0.006 013729 CC 20 15 35 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.112 0.000 0.064 013762 GG 19 15 34 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.209 0.000 0.117 013852 GG 22 18 40 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 013887 GG 0 0 0 GT 1 0 1 TT 22 16 38 0.011 0.000 0.007 013957 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 20 18 38 0.112 0.000 0.059 013958 GG 18 14 32 GT 4 4 8 TT 1 0 1 1.252 0.281 0.324 014089 AA 17 8 25 AT 6 13 19 TT 1 0 1 0.240 4.220 1.460 014115 AA 19 8 27 AG 4 13 17 GG 1 0 1 1.361 4.220 0.810 014893 AA 2 0 2 AG 8 14 22 GG 14 9 23 0.296 4.402 1.353 014911 AA 19 19 38 AG 4 4 8 GG 1 0 1 1.361 0.209 0.516 015165 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 22 46 0.000 0.011 0.005 015623 AA 1 0 1 AG 4 3 7 GG 17 19 36 1.144 0.118 0.786 015640 CC 21 23 44 CT 3 0 3 TT 0 0 0 0.107 0.000 0.051 015722 CC 1 0 1 CT 4 4 8 TT 19 19 38 1.361 0.209 0.516 015762 CC 0 0 0 CT 0 10 10 TT 24 13 37 0.000 1.775 0.666 015763 CC 19 19 38 CT 4 4 8 TT 1 0 1 1.361 0.209 0.516 015764 CC 24 13 37 CT 0 10 10 TT 0 0 0 0.000 1.775 0.666 015805 AA 0 0 0 AG 3 0 3 GG 18 20 38 0.124 0.000 0.059 016001 AA 19 22 41 AC 4 0 4 CC 0 0 0 0.209 0.000 0.097 016011 CC 17 9 26 CT 5 13 18 TT 1 0 1 0.571 3.869 1.111 016050 AA 0 0 0 AC 2 9 11 CC 21 13 34 0.048 1.455 0.872 016614 CC 22 22 44 CG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016642 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 016788 CC 18 22 40 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.014 0.000 0.006 017100 -- 14 9 23 +- 8 14 22 ++ 2 0 2 0.296 4.402 1.353 017278 CC 11 10 21 CT 11 10 21 TT 2 3 5 0.107 0.040 0.005 017362 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 017431 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 017594 AA 0 0 0 AT 2 10 12 TT 22 13 35 0.045 1.775 1.007 017689 AA 20 23 43 AT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 017765 CC 22 13 35 CT 2 10 12 TT 0 0 0 0.045 1.775 1.007 017975 CC 8 9 17 CT 12 11 23 TT 4 3 7 0.020 0.016 0.030 017993 GG 23 23 46 GT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 018266 AA 1 0 1 AG 5 14 19 GG 14 9 23 0.360 4.402 1.670 018534 CC 0 0 0 CT 5 14 19 TT 13 9 22 0.468 4.402 3.729 018898 CC 16 8 24 CT 5 14 19 TT 1 0 1 0.499 4.791 1.561 019093 CC 2 0 2 CT 7 14 21 TT 15 9 24 0.730 4.402 0.979 019131 CC 1 0 1 CG 5 14 19 GG 18 9 27 0.644 4.402 1.280 019148 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 019279 CC 24 13 37 CT 0 10 10 TT 0 0 0 0.000 1.775 0.666 019291 GG 20 23 43 GT 4 0 4 TT 0 0 0 0.198 0.000 0.093 019308 CC 0 0 0 CT 0 10 10 TT 24 13 37 0.000 1.775 0.666 019350 CC 24 12 36 CT 0 10 10 TT 0 0 0 0.000 1.903 0.684 019366 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 23 22 45 0.011 0.000 0.006 019472 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 23 22 45 0.011 0.000 0.006 019493 CC 23 22 45 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 019494 AA 0 0 0 AG 0 1 1 GG 24 21 45 0.000 0.012 0.006 019571 CC 24 12 36 CT 0 10 10 TT 0 0 0 0.000 1.903 0.684 019626 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 22 19 41 0.000 0.013 0.006 019710 -- 0 0 0 +- 0 6 6 ++ 23 12 35 0.000 0.720 0.256 019842 CC 23 13 36 CT 1 10 11 TT 0 0 0 0.011 1.775 0.826 019872 AA 19 13 32 AG 5 10 15 GG 0 0 0 0.324 1.775 1.694 019914 AA 0 0 0 AG 4 0 4 GG 20 23 43 0.198 0.000 0.093 020429 AA 3 0 3 AG 11 1 12 GG 10 22 32 0.000 0.011 1.447 020581 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 020928 GG 5 1 6 GT 12 12 24 TT 6 10 16 0.048 1.239 0.417 020929 AA 10 22 32 AC 11 1 12 CC 2 0 2 0.179 0.011 0.390 021284 CC 22 16 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.016 0.007 021379 AA 14 23 37 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.159 0.000 0.061 021795 GG 0 0 0 GT 1 3 4 TT 20 15 35 0.012 0.149 0.114 021971 CC 23 18 41 CT 1 4 5 TT 0 0 0 0.011 0.220 0.152 022362 CC 8 17 25 CT 10 1 11 TT 0 0 0 2.663 0.015 1.171 022958 CC 14 14 28 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.018 0.009 023187 CC 16 5 21 CT 0 10 10 TT 0 2 2 0.000 0.781 0.288 023406 CC 18 20 38 CT 0 1 1 TT 0 0 0 0.000 0.012 0.007 023458 CC 10 10 20 CT 7 9 16 TT 2 3 5 0.207 0.177 0.401 023691 CC 0 0 0 CT 8 1 9 TT 12 21 33 1.250 0.012 0.605 024057 AA 22 21 43 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024415 AA 0 0 0 AC 1 2 3 CC 23 18 41 0.011 0.055 0.055 024596 AA 0 3 3 AG 3 15 18 GG 20 4 24 0.112 2.954 0.023 024625 CC 0 0 0 CG 0 1 1 GG 23 21 44 0.000 0.012 0.006 024626 CC 22 22 44 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 024991 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 19 20 39 0.013 0.000 0.006 025126 CC 17 19 36 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.015 0.000 0.007 025167 CC 0 1 1 CT 0 10 10 TT 19 6 25 0.000 1.409 0.000 025200 CC 17 16 33 CG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.016 0.008 025621 AA 23 23 46 AG 1 0 1 GG 0 0 0 0.011 0.000 0.005 025941 AA 6 3 9 AG 13 12 25 GG 5 2 7 0.174 2.951 2.028 025947 -- 22 18 40 +- 2 0 2 ++ 0 0 0 0.045 0.000 0.025 025987 CC 20 17 37 CT 3 1 4 TT 0 0 0 0.112 0.015 0.108 026003 -- 0 2 2 +- 2 11 13 ++ 22 5 27 0.045 1.190 0.072 026032 AA 0 0 0 AG 3 2 5 GG 21 15 36 0.107 0.066 0.173 026073 AA 0 0 0 AG 4 5 9 GG 20 13 33 0.198 0.468 0.605 026190 CC 22 23 45 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.045 0.000 0.022 026704 CC 0 3 3 CT 0 12 12 TT 22 8 30 0.000 0.209 1.250 026980 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 027016 AA 23 22 45 AG 0 1 1 GG 0 0 0 0.000 0.011 0.006 027294 CC 22 20 42 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.006 027541 CC 23 23 46 CT 1 0 1 TT 0 0 0 0.011 0.000 0.005 027659 CC 5 5 10 CT 15 14 29 TT 4 4 8 1.526 1.110 2.624 027694 AA 0 0 0 AC 2 0 2 CC 20 23 43 0.050 0.000 0.023 027862 CC 0 0 0 CT 0 1 1 TT 23 22 45 0.000 0.011 0.006 027967 CC 21 22 43 CT 2 0 2 TT 0 0 0 0.048 0.000 0.023 028150 AA 0 0 0 AG 4 3 7 GG 20 19 39 0.198 0.118 0.312 028192 CC 9 22 31 CT 12 1 13 TT 2 0 2 0.517 0.011 0.177 028371 CC 0 0 0 CT 0 5 5 TT 20 16 36 0.000 0.383 0.173 028583 AA 0 3 3 AG 5 12 17 GG 16 8 24 0.383 0.209 0.000 028608 CC 0 0 0 CT 1 0 1 TT 20 23 43 0.012 0.000 0.006 028865 CC 17 8 25 CT 4 8 12 TT 0 3 3 0.233 0.172 0.782 028888 GG 20 8 28 GT 1 8 9 TT 0 3 3 0.012 0.172 2.736 029161 CC 16 8 24 CT 6 9 15 TT 0 3 3 0.548 0.032 0.095 029280 -- 1 3 4 +- 14 12 26 ++ 7 4 11 3.094 1.351 3.848 029549 AA 7 3 10 AT 12 12 24 TT 1 4 5 2.031 1.351 2.464 029566 AA 0 0 0 AG 1 0 1 GG 21 20 41 0.012 0.000 0.006 029765 -- 21 20 41 +- 1 0 1 ++ 0 0 0 0.012 0.000 0.006 030101 CC 0 1 1 CG 4 3 7 GG 20 16 36 0.198 1.976 0.786 030105 -- 8 1 9 +- 15 13 28 ++ 1 8 9 3.219 2.182 2.174 030106 CC 8 1 9 CG 13 12 25 GG 3 8 11 0.421 1.714 0.578 030236 AA 2 4 6 AC 16 16 32 CC 6 1 7 3.311 6.481 8.049 030284 CC 0 0 0 CG 4 0 4 GG 20 21 41 0.198 0.000 0.097 030305 AA 21 21 42 AG 3 0 3 GG 0 0 0 0.107 0.000 0.054 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006219: a 008700: a 012715: A 017100: tttG 019710: ta 025947: C 026003: TGATGCGATCTCGGCTCACTGCAA 029280: G 029765: ATTC 030105: g