Site Allele1 AD-pop ED-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop Total-pop AD-hz ED-hz Total-hz 001476 T 0.00 0.05 0.02 C 1.00 0.95 0.98 0.00 0.09 0.04 001795 T 0.23 0.17 0.20 A 0.77 0.83 0.80 0.35 0.29 0.32 001904 T 0.15 0.17 0.16 C 0.85 0.83 0.84 0.25 0.29 0.27 001913 A 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 002360 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.03 002446 T 0.23 0.47 0.35 C 0.78 0.53 0.65 0.35 0.50 0.45 002465 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 003286 T 0.06 0.02 0.04 G 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 003416 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 003417 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005515 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 005555 T 0.06 0.02 0.04 C 0.94 0.98 0.96 0.12 0.04 0.08 005655 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 005732 A 0.12 0.00 0.06 T 0.88 1.00 0.94 0.22 0.00 0.12 005775 T 0.25 0.43 0.34 C 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 005776 T 0.25 0.43 0.34 C 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 005777 A 0.25 0.43 0.34 C 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 005788 G 0.25 0.43 0.34 C 0.75 0.57 0.66 0.38 0.49 0.45 005926 T 0.31 0.33 0.32 C 0.69 0.67 0.68 0.43 0.44 0.43 006189 A 0.00 0.09 0.04 G 1.00 0.91 0.96 0.00 0.16 0.08 006190 C 0.17 0.41 0.29 T 0.83 0.59 0.71 0.29 0.48 0.41 006219 - 0.02 0.00 0.01 + 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006253 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006348 T 0.13 0.20 0.16 C 0.87 0.80 0.84 0.23 0.31 0.27 006373 A 0.11 0.00 0.05 G 0.89 1.00 0.95 0.19 0.00 0.10 006479 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 006601 T 0.21 0.00 0.11 C 0.79 1.00 0.89 0.33 0.00 0.19 006659 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 006857 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 007466 T 0.09 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 007575 C 0.04 0.09 0.07 G 0.96 0.91 0.93 0.08 0.16 0.12 007875 C 0.04 0.09 0.06 G 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 007918 A 0.00 0.07 0.03 C 1.00 0.93 0.97 0.00 0.12 0.06 007920 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 008098 G 0.00 0.18 0.09 T 1.00 0.82 0.91 0.00 0.30 0.16 008213 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 008334 A 0.04 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 008480 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 008700 - 0.04 0.07 0.06 + 0.96 0.93 0.94 0.08 0.14 0.11 009704 A 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 009917 G 0.08 0.00 0.04 C 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 009929 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 010424 C 0.04 0.09 0.06 G 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 010800 C 0.04 0.09 0.06 T 0.96 0.91 0.94 0.08 0.16 0.12 010858 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 011131 A 0.00 0.20 0.11 G 1.00 0.80 0.89 0.00 0.31 0.20 011542 T 0.05 0.09 0.07 C 0.95 0.91 0.93 0.10 0.17 0.14 011640 T 0.08 0.26 0.17 C 0.92 0.74 0.82 0.15 0.39 0.29 011739 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 011921 C 0.03 0.00 0.01 T 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 011977 T 0.10 0.29 0.19 C 0.90 0.71 0.81 0.17 0.41 0.30 012190 T 0.20 0.02 0.11 C 0.80 0.98 0.89 0.31 0.04 0.20 012502 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012536 G 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.02 012606 C 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012633 T 0.04 0.27 0.15 C 0.96 0.73 0.85 0.08 0.40 0.26 012638 A 0.06 0.00 0.03 G 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 012705 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 012715 + 0.04 0.09 0.07 - 0.96 0.91 0.93 0.08 0.17 0.12 012773 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 012788 G 0.10 0.26 0.18 A 0.90 0.74 0.82 0.19 0.39 0.30 012922 G 0.10 0.30 0.20 A 0.90 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 012965 T 0.11 0.30 0.20 C 0.89 0.70 0.80 0.19 0.42 0.32 013003 A 0.09 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 013046 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013171 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013173 C 0.10 0.26 0.18 T 0.90 0.74 0.82 0.19 0.39 0.29 013178 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013729 T 0.07 0.00 0.04 C 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.08 013762 T 0.09 0.00 0.05 G 0.91 1.00 0.95 0.16 0.00 0.10 013852 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 013887 G 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.03 013957 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.12 0.00 0.07 013958 T 0.13 0.11 0.12 G 0.87 0.89 0.88 0.23 0.20 0.21 014089 T 0.17 0.31 0.23 A 0.83 0.69 0.77 0.28 0.43 0.36 014115 G 0.12 0.31 0.21 A 0.88 0.69 0.79 0.22 0.43 0.33 014893 A 0.25 0.30 0.28 G 0.75 0.70 0.72 0.38 0.42 0.40 014911 G 0.12 0.09 0.11 A 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 015165 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 015623 A 0.14 0.07 0.10 G 0.86 0.93 0.90 0.24 0.13 0.18 015640 T 0.06 0.00 0.03 C 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 015722 C 0.12 0.09 0.11 T 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 015762 C 0.00 0.22 0.11 T 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 015763 T 0.12 0.09 0.11 C 0.88 0.91 0.89 0.22 0.16 0.19 015764 T 0.00 0.22 0.11 C 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 015805 A 0.07 0.00 0.04 G 0.93 1.00 0.96 0.13 0.00 0.07 016001 C 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.08 016011 T 0.15 0.30 0.22 C 0.85 0.70 0.78 0.26 0.42 0.35 016050 A 0.04 0.20 0.12 C 0.96 0.80 0.88 0.08 0.33 0.21 016614 G 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016642 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 016788 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 017100 + 0.25 0.30 0.28 - 0.75 0.70 0.72 0.38 0.42 0.40 017278 T 0.31 0.35 0.33 C 0.69 0.65 0.67 0.43 0.45 0.44 017362 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 017431 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017594 A 0.04 0.22 0.13 T 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 017689 T 0.08 0.00 0.04 A 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 017765 T 0.04 0.22 0.13 C 0.96 0.78 0.87 0.08 0.34 0.22 017975 T 0.42 0.37 0.39 C 0.58 0.63 0.61 0.49 0.47 0.48 017993 T 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 018266 A 0.17 0.30 0.24 G 0.82 0.70 0.76 0.29 0.42 0.37 018534 C 0.14 0.30 0.23 T 0.86 0.70 0.77 0.24 0.42 0.36 018898 T 0.16 0.32 0.24 C 0.84 0.68 0.76 0.27 0.43 0.36 019093 C 0.23 0.30 0.27 T 0.77 0.70 0.73 0.35 0.42 0.39 019131 C 0.15 0.30 0.22 G 0.85 0.70 0.78 0.25 0.42 0.35 019148 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019279 T 0.00 0.22 0.11 C 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 019291 T 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 019308 C 0.00 0.22 0.11 T 1.00 0.78 0.89 0.00 0.34 0.19 019350 T 0.00 0.23 0.11 C 1.00 0.77 0.89 0.00 0.35 0.19 019366 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019472 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019493 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 019494 A 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 019571 T 0.00 0.23 0.11 C 1.00 0.77 0.89 0.00 0.35 0.19 019626 C 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.02 019710 - 0.00 0.17 0.07 + 1.00 0.83 0.93 0.00 0.28 0.14 019842 T 0.02 0.22 0.12 C 0.98 0.78 0.88 0.04 0.34 0.21 019872 G 0.10 0.22 0.16 A 0.90 0.78 0.84 0.19 0.34 0.27 019914 A 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 020429 A 0.35 0.02 0.19 G 0.65 0.98 0.81 0.46 0.04 0.31 020581 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 020928 G 0.48 0.30 0.39 T 0.52 0.70 0.61 0.50 0.42 0.48 020929 C 0.33 0.02 0.17 A 0.67 0.98 0.83 0.44 0.04 0.29 021284 T 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 021379 G 0.09 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.96 0.16 0.00 0.07 021795 G 0.02 0.08 0.05 T 0.98 0.92 0.95 0.05 0.15 0.10 021971 T 0.02 0.09 0.05 C 0.98 0.91 0.95 0.04 0.17 0.10 022362 T 0.28 0.03 0.15 C 0.72 0.97 0.85 0.40 0.05 0.26 022958 T 0.00 0.03 0.02 C 1.00 0.97 0.98 0.00 0.06 0.03 023187 T 0.00 0.41 0.21 C 1.00 0.59 0.79 0.00 0.48 0.33 023406 T 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.03 023458 T 0.29 0.34 0.32 C 0.71 0.66 0.68 0.41 0.45 0.43 023691 C 0.20 0.02 0.11 T 0.80 0.98 0.89 0.32 0.04 0.19 024057 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024415 A 0.02 0.05 0.03 C 0.98 0.95 0.97 0.04 0.10 0.07 024596 A 0.07 0.48 0.27 G 0.93 0.52 0.73 0.12 0.50 0.39 024625 C 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 024626 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 024991 A 0.03 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 025126 T 0.03 0.00 0.01 C 0.97 1.00 0.99 0.05 0.00 0.03 025167 C 0.00 0.35 0.17 T 1.00 0.65 0.83 0.00 0.46 0.28 025200 G 0.00 0.03 0.01 C 1.00 0.97 0.99 0.00 0.06 0.03 025621 G 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 025941 G 0.48 0.47 0.48 A 0.52 0.53 0.52 0.50 0.50 0.50 025947 + 0.04 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.05 025987 T 0.07 0.03 0.05 C 0.93 0.97 0.95 0.12 0.05 0.09 026003 - 0.04 0.42 0.20 + 0.96 0.58 0.80 0.08 0.49 0.32 026032 A 0.06 0.06 0.06 G 0.94 0.94 0.94 0.12 0.11 0.11 026073 A 0.08 0.14 0.11 G 0.92 0.86 0.89 0.15 0.24 0.19 026190 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 026704 C 0.00 0.39 0.20 T 1.00 0.61 0.80 0.00 0.48 0.32 026980 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027016 G 0.00 0.02 0.01 A 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027294 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027541 T 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 027659 T 0.48 0.48 0.48 C 0.52 0.52 0.52 0.50 0.50 0.50 027694 A 0.05 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 0.09 0.00 0.04 027862 C 0.00 0.02 0.01 T 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.02 027967 T 0.04 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 028150 A 0.08 0.07 0.08 G 0.92 0.93 0.92 0.15 0.13 0.14 028192 T 0.35 0.02 0.18 C 0.65 0.98 0.82 0.45 0.04 0.30 028371 C 0.00 0.12 0.06 T 1.00 0.88 0.94 0.00 0.21 0.11 028583 A 0.12 0.39 0.26 G 0.88 0.61 0.74 0.21 0.48 0.39 028608 C 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.02 028865 T 0.10 0.37 0.23 C 0.90 0.63 0.78 0.17 0.47 0.35 028888 T 0.02 0.37 0.19 G 0.98 0.63 0.81 0.05 0.47 0.30 029161 T 0.14 0.38 0.25 C 0.86 0.62 0.75 0.24 0.47 0.38 029280 - 0.36 0.47 0.41 + 0.64 0.53 0.59 0.46 0.50 0.49 029549 T 0.35 0.53 0.44 A 0.65 0.47 0.56 0.45 0.50 0.49 029566 A 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 029765 + 0.02 0.00 0.01 - 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.02 030101 C 0.08 0.12 0.10 G 0.92 0.88 0.90 0.15 0.22 0.18 030105 - 0.65 0.34 0.50 + 0.35 0.66 0.50 0.46 0.45 0.50 030106 C 0.60 0.33 0.48 G 0.40 0.67 0.52 0.48 0.44 0.50 030236 A 0.42 0.57 0.49 C 0.58 0.43 0.51 0.49 0.49 0.50 030284 C 0.08 0.00 0.04 G 0.92 1.00 0.96 0.15 0.00 0.08 030305 G 0.06 0.00 0.03 A 0.94 1.00 0.97 0.12 0.00 0.06 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006219: a 008700: a 012715: A 017100: tttG 019710: ta 025947: C 026003: TGATGCGATCTCGGCTCACTGCAA 029280: G 029765: ATTC 030105: g